一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法技术

本发明专利技术公开的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，包括如下步骤：(1)质量控制步骤；(2)序列对比步骤；(3)变异检测步骤；(4)变异注释步骤；(5)结果报告步骤。本发明专利技术与现有技术相比，具有如下优点：(1)检测结果的可靠性。(2)检测内容的多样化。(3)检测方法的灵活性。(4)数据结果的可视化。

Detection and analysis of lung cancer cell mutation based on high throughput sequencing technology

The present invention discloses a lung cancer cell mutation detection and analysis method based on high-throughput sequencing technology, which includes the following steps: (1) quality control steps; (2) sequence comparison steps; (3) variation detection steps; (4) variation annotation steps; (5) results reporting steps; () variation detection steps; (2) variation annotation steps; (2) results reporting steps. Compared with the prior art, the present invention has the following advantages: (1) the reliability of the detection result. (2) diversification of testing content. (3) flexibility of detection methods. (4) visualization of data results.

【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法
本专利技术涉及生物检测
,特别涉及一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法。本专利技术主要分析具有正常组织和肿瘤组织配对的外显子测序样本数据。
技术介绍
我国是一个肺癌的高发国家，目前肺癌特别是非小细胞肺癌已证实与多种基因突变、融合和基因扩增有关,但是目前的主流分析程序中只能针对其中的单核酸突变、基因融合或者扩增中的一种进行分析，且现有的分析方法中仍然存在一定的假阳性和假阴性的问题，这势必为后期临床为肺癌患者的靶向治疗用药造成困扰，影响患者的治疗效果。因此本方法拟通过更加严格、更加全面的分析方法实现对肺癌组织的各种类型的体细胞突变进行检测，以期为肺癌患者的靶向治疗用药提供更加准确的指导。现有分析方法存在以下几点问题：(1)检测结果的可靠性：由于不同方法的过滤和统计方法的不同，现有的分析方法仍然存在一定的假阳性和假阴性问题。(2)检测指标单一：现有的分析方法中大多只能检测单核苷酸突变(SNP),插入缺失(Indel)，还有一些只能检测基因融合(GeneFusion)或者拷贝数变异(CNV)。(3)报告结果单一:现有分析本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)质量控制步骤；(2)序列对比步骤；(3)变异检测步骤；(4)变异注释步骤；(5)结果报告步骤。

【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)质量控制步骤；(2)序列对比步骤；(3)变异检测步骤；(4)变异注释步骤；(5)结果报告步骤。2.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，所述质量控制步骤具体是：(1.1)利用FastQC查看测序质量结果，查看序列测序得分值分布、GC分布和重复率；统计所有序列的总TotalReads，Totalbases、Q20、Q30、GC含量、N字符的数量及相关比例；(1.2)去除序列中含有的接头序列；(1.3)对序列首尾的index或者测序质量比较差的reads进行trimming；(1.4)利用滑动窗口，根据得分值对低质量的Reads进行过滤，如去除N或者低得分值的序列。3.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，所述序列对比步骤具体是：(2.1)通过bwtsw算法对参考基因组构建比对索引；(2.2)通过BWA-MEM算法将目标序列比对到基因组；(2.3)利用picard里面的MarkDuplicates去除由于PCR引入的重复序列,并利用samtools提取唯一比对上参考基因组的序列；利用GATK-RealignerTargetCreator来确定在INDEL附近需要进行重比对的区域，利用IndelRealigner在确定的区域内进行重新比对；(2.4)对(2.3)步骤产生的比对文件的碱基质量进行重新矫正。4.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘港彪，王玲平，朱月艳，孙子奎，
申请(专利权)人：上海派森诺生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31