一种精准分析DMD基因结构变异断点的方法及系统技术方案

本发明专利技术公开了一种精准分析DMD基因拷贝数变异断点的方法和系统，包括接收片段序列、初次比对、重比对、位置分析、疑似断点分析、深度校正这些流程，能够精准分析出DMD基因拷贝数变异的类型和断点位置，平均检测误差率小于4bp，精准度高，稳定性好；此外，本发明专利技术可同时涵盖外显子和内含子的变异检测，解决了现有技术无法精准分析基因拷贝数变异断点的弊端，为实现快速并行的DMD断点检测服务和DMD结构变异分子机制研究提供的技术支持。

A method and system for accurate analysis of breakpoints in DMD gene structure variation

The invention discloses a method and system for precise analysis of DMD gene copy number variation breakpoints, including receiving sequence, initial alignment, weight ratio, position analysis, suspected breakpoint analysis, depth correction of these processes can accurately analyze DMD gene copy number variation type and location, the average detection error rate is less than 4bp, high accuracy, good stability; in addition, the invention can also include mutations in exons and introns, solves the problem that the existing technology can not accurate analysis of the shortcomings of gene copy number variation breakpoints, provide support for research of DMD service and structural variation in the molecular mechanism of DMD breakpoint detection fast parallel technology.

【技术实现步骤摘要】
一种精准分析DMD基因结构变异断点的方法及系统
本专利技术属于生物信息学领域，更具体地涉及一种精准分析DMD基因结构变异断点的方法及系统。
技术介绍
假肥大型肌营养不良症(Duchennemusculardystrophy,DMD)是一种以进行性四肢近端骨骼肌萎缩无力、小腿腓肠肌假性肥大为特征，同时累及心肌和呼吸肌，部分患者伴有智力障碍的致死性X连锁隐性遗传病，其发病率为活产男婴的1/3500。患者从3～5岁起病，12岁左右失去行走能力，20多岁死亡。Becker肌营养不良症(Beckermusculardystrophy,BMD)与DMD互为等位基因异质性疾病，其发病率为1/30000，发病年龄比DMD晚，进展速度慢。目前国内外尚缺乏对本病特效的治疗方法，故通过对先证者的确诊、携带者的产前诊断和提供正确的遗传咨询以杜绝假肥大型肌营养不良症患儿的出生是降低本病发病率的关键措施。DMD/BMD是由定位于Xp21.2-21.3的编码抗肌萎缩蛋白(dystrophin)的DMD基因突变所致，大约有60～65％的DMD患儿是由于DMD基因外显子缺失所致，5～10％是由于DMD基因外显子重复所本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种精准分析DMD基因拷贝数变异断点的方法，包括如下步骤：接收片段序列：接收样本在高通量测序平台下测得的片段序列；初次比对：将片段序列与人类基因组参考序列进行比对，获得soft‑clipping序列；重比对：将soft‑clipping序列与DMD基因参考序列进行比对；位置分析：根据初次比对和重比对的soft‑clipping序列的位置信息，判断soft‑clipping序列支持的变异类型；疑似断点分析：将soft‑clipping序列两端位点按基因组坐标分类，根据类别内各位点的支持变异的序列数目，确定疑似变异断点；深度校正：根据两端疑似变异断点划分变异区段，根据变异区段的平均深度水平及支持变...

【技术特征摘要】
1.一种精准分析DMD基因拷贝数变异断点的方法，包括如下步骤：接收片段序列：接收样本在高通量测序平台下测得的片段序列；初次比对：将片段序列与人类基因组参考序列进行比对，获得soft-clipping序列；重比对：将soft-clipping序列与DMD基因参考序列进行比对；位置分析：根据初次比对和重比对的soft-clipping序列的位置信息，判断soft-clipping序列支持的变异类型；疑似断点分析：将soft-clipping序列两端位点按基因组坐标分类，根据类别内各位点的支持变异的序列数目，确定疑似变异断点；深度校正：根据两端疑似变异断点划分变异区段，根据变异区段的平均深度水平及支持变异的序列数目，确定样本的DMD基因拷贝数变异类型和断点位置。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述方法还包括步骤：样本质控：根据初次比对的结果，设定样本质控信息的阈值，筛选质控合格的样本。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述方法还包括步骤：序列质控：重比对前，去除soft-clipping序列长度小于20bp的junctionreads。4.根据权利要求1～3任一项所述的方法，其特征在于：高通量测序平台为半导体测序平台。5.根据权利要求1～3任一项所述的方法，其特征在于：步骤”位置分析”中，判断soft-clipping序列支持的变异类型的方法具体如下：对于3’端soft-clipping序列，如果重比对位置位于初次比对上的终止位置3’端，则该soft-clipping序列支持DMD片段缺失；如果重比对位置位于初次比对上的终止位置5’端，则该soft-clipping序列支持DMD片段重复；对于5’端soft-clipping序列，如果重比对位置位于初次比对上的终止位置5’端，则该soft-clipping序列支持DMD片段缺失；如果重比对位置位于初次比对上的终止位置3’端，则该soft-clipping序列支持DMD片段重复。6.根据权利要求1～3任一项所述的方法，其特征在于：步骤”疑似断点分析”具体包括：将soft-clipping序列两端位点的基因组坐标进行取模、排序和聚类；在类别内统计各位点的...

【专利技术属性】
技术研发人员：糜庆丰，章凌杰，黄铨飞，朱鹏远，吴春求，周幸芝，王杨，林浩纯，
申请(专利权)人：东莞博奥木华基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44