用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物、捕获探针及构建方法、测序方法和应用技术

本发明专利技术提供了用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物、捕获探针及构建方法、测序方法和应用，涉及基因组学技术领域，本发明专利技术提供的用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物和捕获探针，包括如序列表中所示的序列，能够实现对人类线粒体序列的快速捕获。本发明专利技术提供的构建方法，能够降低基因组DNA中同源序列影响线粒体序列分析的干扰，在构建文库时，只需要进行三步PCR的方法即可完成从目标序列筛选，到目标序列捕获，到接头序列引入的过程，降低了操作难度和提高了实验效率，并且，由于本发明专利技术的主要流程均在PCR仪上完成，使用试剂便捷，价格低廉，在普通实验室内即可完成。

Pre trapping primers, capture probes, construction methods, sequencing methods and applications for constructing human mitochondrial DNA Libraries

The present invention provides for the construction of human mitochondrial DNA Library of pre capture primers and capture probes and construction methods, sequencing methods and applications, involving genomics technology, the invention provides for the construction of human mitochondrial DNA Library of pre capture primers and capture probes, including sequence shown in a sequence table, to achieve fast the capture of human mitochondrial sequences. The construction method provided by the invention can reduce the interference effect of homologous sequence analysis of the genome sequence of mitochondrial DNA, in the library, you can only need to step PCR method complete screening from the target sequence to the target sequence to capture, process joint sequence is introduced, it can reduce the operation difficulty and improve the efficiency of the experiment, and because of the invention, the main process was completed in PCR instrument, reagents used convenient, low price, can be completed in general laboratory.

【技术实现步骤摘要】
用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物、捕获探针及构建方法、测序方法和应用
本专利技术涉及基因组学
，尤其是涉及一种用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物、捕获探针及构建方法、测序方法和应用。
技术介绍
线粒体是真核生物细胞内非常重要的细胞器，是真核生物进行氧化代谢的主要部位，是糖类等物质在细胞中最终氧化释放能量的场所。线粒体自身具有一套独立的基因组，它只在卵母细胞中进行分裂，因此具有母系遗传的特点，即只通过女性向下一代进行传递。线粒体DNA基因突变的传递有一定数量上的特点。每个细胞中含有大量线粒体，如果细胞内所有的线粒体DNA上的某一位点均为同一类型的碱基，即全部都是正常基因或同为突变基因，则该细胞为纯质的；如果细胞内所有的线粒体DNA上的某一位点同时存在正常基因和突变基因，则该细胞为异质的。当异质率到达一定的水平后，就有可能对细胞的正常功能产生影响。研究显示，线粒体基因的突变会导致：KSS综合症，Leigh氏病或称亚急性坏死性脑肌病，ELAS综合症，MERRF综合症，Leber氏遗传性视神经萎缩症，Alper综合症，慢性进行性外眼肌麻痹，线粒体神经消化道脑肌病，Pearson综合症等。目前对人类线粒体基因组进行测序的方法主要有以下几种：1)使用多对引物扩增线粒体序列后，用一代测序方法进行检测。该方法需要引物序列从16-24对引物不等，需要将每对引物进行扩增后，进行一代测序。用该方法进行检测耗时长，对于低异质性突变不能有效进行检测。2)使用NimbleGen芯片杂交系统、Agilent液相杂交系统或其他杂交系统进行杂交后进行高通量检测。使用液相杂交系统需要合成大规模探针，合成价格较高的分子探针、均一性较差、难以对一些区域较大的基因组序列进行捕获等缺点。同时进行杂交捕获需要试剂组份较多，步骤繁杂，操作流程长，仪器要求严格。通过高通量测序仪进行检测，能对突变频率较低的异质性突变进行有效检测，但不能有效排除基因组DNA对线粒体DNA信息的干扰。因此，开发一种能够快速、准确、操作简单、省时省力的针对人类线粒体基因组进行测序的方法尤为重要。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的在于提供用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物，本专利技术的第二个目的在于提供用于构建人类线粒体DNA文库的捕获探针，本专利技术的第三个目的在于提供一种人类线粒体DNA文库的构建方法，本专利技术的第四个目的在于提供一种人类线粒体DNA文库的测序方法，本专利技术的第五个目的在于提供上述方法在分析人类线粒体DNA异质性中的应用，以缓解现有技术中存在的步骤繁杂，操作流程长，仪器要求严格，且检测效率低的技术问题。本专利技术提供的用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物，包括如下引物对：引物对1：包括E1Fa和E1Ra，所述E1Fa具有如SEQIDNO.1所示序列，E1Ra具有如SEQIDNO.2所示序列；引物对2：包括E2Fa和E2Ra，所述E2Fa具有如SEQIDNO.3所示序列，E2Ra具有如SEQIDNO.4所示序列；引物对3：包括E3Fa和E3Ra，所述E3Fa具有如SEQIDNO.5所示序列，E3Ra具有如SEQIDNO.6所示序列；引物对4：包括E4Fa和E4Ra，所述E4Fa具有如SEQIDNO.7所示序列，E4Ra具有如SEQIDNO.8所示序列；引物对5：包括E5Fa和E5Ra，所述E5Fa具有如SEQIDNO.9所示序列，E5Ra具有如SEQIDNO.10所示序列；引物对6：包括E6Fa和E6Ra，所述E6Fa具有如SEQIDNO.11所示序列，E6Ra具有如SEQIDNO.12所示序列。本专利技术还提供了用于构建人类线粒体DNA文库的捕获探针，包括如下探针组：探针组1：E1F具有如SEQIDNO.13所示序列，E1R具有如SEQIDNO.14所示序列，E8F具有如SEQIDNO.15所示序列，E8R具有如SEQIDNO.16所示序列，E15F具有如SEQIDNO.17所示序列，E15R具有如SEQIDNO.18所示序列，E22F具有如SEQIDNO.19所示序列，E22R具有如SEQIDNO.20所示序列，E29F具有如SEQIDNO.21所示序列，E29R具有如SEQIDNO.22所示序列，E36F具有如SEQIDNO.23所示序列，E36R具有如SEQIDNO.24所示序列，E43F具有如SEQIDNO.25所示序列，E43R具有如SEQIDNO.26所示序列，E50F具有如SEQIDNO.27所示序列，E50R具有如SEQIDNO.28所示序列，E57F具有如SEQIDNO.29所示序列，E57R具有如SEQIDNO.30所示序列；探针组2：E2F具有如SEQIDNO.31所示序列，E2R具有如SEQIDNO.32所示序列，E9F具有如SEQIDNO.33所示序列，E9R具有如SEQIDNO.34所示序列，E16F具有如SEQIDNO.35所示序列，E16R具有如SEQIDNO.36所示序列，E23F具有如SEQIDNO.37所示序列，E23R具有如SEQIDNO.38所示序列，E30F具有如SEQIDNO.39所示序列，E30R具有如SEQIDNO.40所示序列，E37F具有如SEQIDNO.41所示序列，E37R具有如SEQIDNO.42所示序列，E44F具有如SEQIDNO.43所示序列，E44R具有如SEQIDNO.44所示序列，E51F具有如SEQIDNO.45所示序列，E51R具有如SEQIDNO.46所示序列，E58F具有如SEQIDNO.47所示序列，E58R具有如SEQIDNO.48所示序列；探针组3：E3F具有如SEQIDNO.49所示序列，E3R具有如SEQIDNO.50所示序列，E10F具有如SEQIDNO.51所示序列，E10R具有如SEQIDNO.52所示序列，E17F具有如SEQIDNO.53所示序列，E17R具有如SEQIDNO.54所示序列，E24F具有如SEQIDNO.55所示序列，E24R具有如SEQIDNO.56所示序列，E31F具有如SEQIDNO.57所示序列，E31R具有如SEQIDNO.58所示序列，E38F具有如SEQIDNO.59所示序列，E38R具有如SEQIDNO.60所示序列，E45F具有如SEQIDNO.61所示序列，E45R具有如SEQIDNO.62所示序列，E52F具有如SEQIDNO.63所示序列，E52R具有如SEQIDNO.64所示序列，E59F具有如SEQIDNO.65所示序列，E59R具有如SEQIDNO.66所示序列；探针组4：E4F具有如SEQIDNO.67所示序列，E4R具有如SEQIDNO.68所示序列，E11F具有如SEQIDNO.69所示序列，E11R具有如SEQIDNO.70所示序列，E18F具有如SEQIDNO.71所示序列，E18R具有如SEQIDNO.72所示序列，E25F具有如SEQIDNO.73所示序列，E25R具有如SEQIDNO.74所示序列，E32F具有如SEQIDNO.75所示序列，E32R具有如SEQIDNO.76所示序列，E39F具有如SEQIDNO.77所示序列，E39R具有如SEQIDNO.本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物，其特征在于，包括如下引物对：引物对1：包括E1Fa和E1Ra，所述E1Fa具有如SEQ ID NO.1所示序列，E1Ra具有如SEQ ID NO.2所示序列；引物对2：包括E2Fa和E2Ra，所述E2Fa具有如SEQ ID NO.3所示序列，E2Ra具有如SEQ ID NO.4所示序列；引物对3：包括E3Fa和E3Ra，所述E3Fa具有如SEQ ID NO.5所示序列，E3Ra具有如SEQ ID NO.6所示序列；引物对4：包括E4Fa和E4Ra，所述E4Fa具有如SEQ ID NO.7所示序列，E4Ra具有如SEQ ID NO.8所示序列；引物对5：包括E5Fa和E5Ra，所述E5Fa具有如SEQ ID NO.9所示序列，E5Ra具有如SEQ ID NO.10所示序列；引物对6：包括E6Fa和E6Ra，所述E6Fa具有如SEQ ID NO.11所示序列，E6Ra具有如SEQ ID NO.12所示序列。

【技术特征摘要】
1.用于构建人类线粒体DNA文库的预捕获引物，其特征在于，包括如下引物对：引物对1：包括E1Fa和E1Ra，所述E1Fa具有如SEQIDNO.1所示序列，E1Ra具有如SEQIDNO.2所示序列；引物对2：包括E2Fa和E2Ra，所述E2Fa具有如SEQIDNO.3所示序列，E2Ra具有如SEQIDNO.4所示序列；引物对3：包括E3Fa和E3Ra，所述E3Fa具有如SEQIDNO.5所示序列，E3Ra具有如SEQIDNO.6所示序列；引物对4：包括E4Fa和E4Ra，所述E4Fa具有如SEQIDNO.7所示序列，E4Ra具有如SEQIDNO.8所示序列；引物对5：包括E5Fa和E5Ra，所述E5Fa具有如SEQIDNO.9所示序列，E5Ra具有如SEQIDNO.10所示序列；引物对6：包括E6Fa和E6Ra，所述E6Fa具有如SEQIDNO.11所示序列，E6Ra具有如SEQIDNO.12所示序列。2.用于构建人类线粒体DNA文库的捕获探针，其特征在于，包括如下探针组：探针组1：E1F具有如SEQIDNO.13所示序列，E1R具有如SEQIDNO.14所示序列，E8F具有如SEQIDNO.15所示序列，E8R具有如SEQIDNO.16所示序列，E15F具有如SEQIDNO.17所示序列，E15R具有如SEQIDNO.18所示序列，E22F具有如SEQIDNO.19所示序列，E22R具有如SEQIDNO.20所示序列，E29F具有如SEQIDNO.21所示序列，E29R具有如SEQIDNO.22所示序列，E36F具有如SEQIDNO.23所示序列，E36R具有如SEQIDNO.24所示序列，E43F具有如SEQIDNO.25所示序列，E43R具有如SEQIDNO.26所示序列，E50F具有如SEQIDNO.27所示序列，E50R具有如SEQIDNO.28所示序列，E57F具有如SEQIDNO.29所示序列，E57R具有如SEQIDNO.30所示序列；探针组2：E2F具有如SEQIDNO.31所示序列，E2R具有如SEQIDNO.32所示序列，E9F具有如SEQIDNO.33所示序列，E9R具有如SEQIDNO.34所示序列，E16F具有如SEQIDNO.35所示序列，E16R具有如SEQIDNO.36所示序列，E23F具有如SEQIDNO.37所示序列，E23R具有如SEQIDNO.38所示序列，E30F具有如SEQIDNO.39所示序列，E30R具有如SEQIDNO.40所示序列，E37F具有如SEQIDNO.41所示序列，E37R具有如SEQIDNO.42所示序列，E44F具有如SEQIDNO.43所示序列，E44R具有如SEQIDNO.44所示序列，E51F具有如SEQIDNO.45所示序列，E51R具有如SEQIDNO.46所示序列，E58F具有如SEQIDNO.47所示序列，E58R具有如SEQIDNO.48所示序列；探针组3：E3F具有如SEQIDNO.49所示序列，E3R具有如SEQIDNO.50所示序列，E10F具有如SEQIDNO.51所示序列，E10R具有如SEQIDNO.52所示序列，E17F具有如SEQIDNO.53所示序列，E17R具有如SEQIDNO.54所示序列，E24F具有如SEQIDNO.55所示序列，E24R具有如SEQIDNO.56所示序列，E31F具有如SEQIDNO.57所示序列，E31R具有如SEQIDNO.58所示序列，E38F具有如SEQIDNO.59所示序列，E38R具有如SEQIDNO.60所示序列，E45F具有如SEQIDNO.61所示序列，E45R具有如SEQIDNO.62所示序列，E52F具有如SEQIDNO.63所示序列，E52R具有如SEQIDNO.64所示序列，E59F具有如SEQIDNO.65所示序列，E59R具有如SEQIDNO.66所示序列；探针组4：E4F具有如SEQIDNO.67所示序列，E4R具有如SEQIDNO.68所示序列，E11F具有如SEQIDNO.69所示序列，E11R具有如SEQIDNO.70所示序列，E18F具有如SEQIDNO.71所示序列，E18R具有如SEQIDNO.72所示序列，E25F具有如SEQIDNO.73所示序列，E25R具有如SEQIDNO.74所示序列，E32F具有如SEQIDNO.75所示序列，E32R具有如SEQIDNO.76所示序列，E39F具有如SEQIDNO.77所示序列，E39R具有如SEQIDNO.78所示序列，E46F具...

【专利技术属性】
技术研发人员：范嘉庚，王伟，李洲，
申请(专利权)人：杭州祥音生物医药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33