一种鉴定柿属植物的方法技术

本发明专利技术公开了一种鉴定柿属植物的方法，涉及生物技术领域，包括如下步骤：1)以待测柿属植物的基因组DNA为模板，用由序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；2)将所述PCR产物测序，根据测序结果列出所述待测柿属植物的核苷酸分子式；3)将步骤2)所得的核苷酸分子式与对应的若干个柿属植物的核苷酸分子式进行比对，从而确定所述待测柿属植物。实验证明，该方法精确、操作简捷，可以提高相关产业的生产效率和质量监控水平，有效弥补以往方法的不足；另外，该方法同时实现了非花期(如苗期)的鉴定。本方法对于促进柿属植物的育种、城市园林绿化事业的发展以及环境保护具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定柿属植物的方法
本专利技术属于生物
，涉及一种鉴定植物品种的方法。
技术介绍
柿是柿科(Ebenaceae)柿属(Diospyros)的乔木树种。柿属植物共有约500种、1000多个栽培品种。柿的果实是中国、韩国和日本的重要传统食物。柿的树皮、叶、果实和种子是药物的来源。柿也是城市园林绿化的重要乔木树种。柿树通常根据果实和花的特征进行分类，果期和花期以外的时间存在鉴定难的问题。由于表型标记和DNA分子标记的数量少，现有标记灵敏度有限，存在同物异名和同名异物现象，柿属植物的鉴定仍然是全球研究的难点。柿属植物种质资源的精确鉴定对于育种和利用以及众多领域的科学研究是重要的基础工作。
技术实现思路
本专利技术设计了可用于柿属植物PCR扩增的引物，鉴别方法操作简单，易于推广，提供待测柿属植物的核苷酸分子式通式，为实现上述效果，本专利技术所提供的用于鉴定或辅助鉴定待测柿属植物的方法，是利用泛素连接酶基因序列中的变异位点构建核苷酸分子式，进而鉴定或辅助鉴定待测柿属植物的方法，具体包括如下步骤：(1)以待测柿属植物的基因组DNA为模板，用由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；(2)将所述PCR产物测序，截掉所述PCR产物序列自5’端起的第53个核苷酸记为第1位，截掉所述PCR产物的核苷酸序列自5’末端起的前52个核苷酸以及第749个(含)以后的核苷酸，得到长度为696bp的DUB序列；(3)将所述DUB序列与DNA序列数据库中的全部序列放在一起，进行比对，自动生成一个DNA比对序列矩阵；所述DNA序列库为如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列3至序列6中的至少一种组成；(a2)由序列表中序列3至序列6中的至少一种，和序列7至序列14中的至少一种组成。(4)根据所述DNA比对序列矩阵列出所述待测柿属植物的核苷酸分子式；所述待测柿属植物的核苷酸分子式的通式为：B4B9B39B42B162B186B196B201B225B227B274B299B321B340B344B628；在所述通式中，所述B4、所述B9、所述B39、所述B42、所述B162、所述B186、所述B196、所述B201、所述B225、所述B227、所述B274、所述B299、所述B321、所述B340、B344和B628，依次表示在所述DNA序列比对数据矩阵中的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628个位点；在所述通式中，每一个B为A、T、C和G中的任一种或两种；当所述待测柿属植物为纯合型时，在所述通式中，每一个B为A、T、C和G中的任一种，在测序时显示单一峰；当所述待测柿属植物为杂合型时，在所述通式中，每一个B可能为A、T、C和G中的两种，在测序时会得到明显的叠加双峰。(5)将步骤(4)所得所述待测柿属植物的核苷酸分子式与核苷酸分子式组I进行比对；所述核苷酸分子式组I由如下a1)-a12)共12种核苷酸分子式组成：a1)C4T9A39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；a2)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a3)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299Y321A340C344T628；a4)C4C9G39C42R162Y186G196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a5)T4T9G39C42A162C186G196T201G225C227C274A299C321A340C344T628；a6)C4T9G39C42A162C186G196T201C225T227C274G299C321A340C344T628；a7)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340T344T628；a8)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340Y344T628；a9)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340C344T628；a10)C4T9G39C42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a11)C4T9G39Y42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a12)C4Y9G39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；在a1)-a12)中，Y表示T和C；R表示A和G(即所述待测柿属植物的相应位点为杂合型)；(6)根据步骤(5)的比对结果，按照如下方法对所述待测柿属植物进行品种鉴定：若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a1)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为台湾乌木；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a2)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿x3号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a3)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿5号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a4)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为老鸦柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a5)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为金枣柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a6)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿164号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a7)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿873号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a8)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为君迁子4号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a9)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为君迁子8号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a10)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为美洲柿20-80号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a11)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为美洲柿20-82号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a12)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为油柿20-75号。进一步，以上本专利技术所提供的鉴定或辅助鉴定待测柿属植物的方法，其操作步骤可转化为如下：(1)以待测柿属植物的基因组DNA为模板，用由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；(2)将所述PCR产物测序，将测序结果与核苷酸序列组I进行比对；所述核苷酸序列组I由序列表中序列3-14，共12个序列组成；(3)根据步骤(2)的比对结果，按照如下方法对所述待测柿属植物进行鉴定：若所述PCR产物的核苷酸序列中含有序列3，则所述待测柿属植物为或候选为台湾乌木；若所述PCR产物的核苷酸序列中含有序列4，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿x3本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴别柿属植物方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)以待测柿属植物的基因组DNA为模板，用由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对其进行PCR扩增，得到PCR产物；(2)将所述PCR产物测序后，所述PCR产物序列自5’端起的第53个核苷酸记为第1位，截掉所述PCR产物的核苷酸序列自5’末端起的前52个核苷酸以及第749个(含)以后的核苷酸，得到DUB序列；(3)将所述DUB序列与DNA序列库中的全部序列放在一起进行比对，得到DNA比对序列矩阵；所述DNA序列库为如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列3至序列6中的至少一种组成；(a2)由序列表中序列3至序列6中的至少一种，和序列7至序列14中的至少一种组成；(4)根据所述DNA比对序列矩阵列出所述待测柿属植物的核苷酸分子式；所述待测柿属植物的核苷酸分子式的通式为：B4B9B39B42B162B186B196B201B225B227B274B299B321B340B344B628；在所述通式中，所述B4、所述B9、所述B39、所述B42、所述B162、所述B186、所述B196、所述B201、所述B225、所述B227、所述B274、所述B299、所述B321、所述B340、B344和B628，依次表示在所述DNA序列比对数据矩阵中的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628个位点(对应DUB序列的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628个核苷酸位点)；在所述通式中，每一个B为A、T、C和G中的任一种或两种；(5)将步骤(4)所得所述待测柿属植物的核苷酸分子式与核苷酸分子式组I进行比对；所述核苷酸分子式组I由如下a1)‑a12)共12种核苷酸分子式组成：a1)C4T9A39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；a2)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a3)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299Y321A340C344T628；a4)C4C9G39C42R162Y186G196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a5)T4T9G39C42A162C186G196T201G225C227C274A299C321A340C344T628；a6)C4T9G39C42A162C186G196T201C225T227C274G299C321A340C344T628；a7)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340T344T628；a8)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340Y344T628；a9)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340C344T628；a10)C4T9G39C42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a11)C4T9G39Y42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a12)C4Y9G39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；在a1)‑a12)中，Y表示T和C；R表示A和G；(6)根据步骤(5)的比对结果，按照如下方法对所述待测柿属植物进行鉴定：若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a1)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为台湾乌木；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a2)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿x3号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a3)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿5号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a4)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为老鸦柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a5)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为金枣柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a6)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿164号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a7)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿873号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a8)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候...

【技术特征摘要】
1.一种鉴别柿属植物方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)以待测柿属植物的基因组DNA为模板，用由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对其进行PCR扩增，得到PCR产物；(2)将所述PCR产物测序后，所述PCR产物序列自5’端起的第53个核苷酸记为第1位，截掉所述PCR产物的核苷酸序列自5’末端起的前52个核苷酸以及第749个(含)以后的核苷酸，得到DUB序列；(3)将所述DUB序列与DNA序列库中的全部序列放在一起进行比对，得到DNA比对序列矩阵；所述DNA序列库为如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列3至序列6中的至少一种组成；(a2)由序列表中序列3至序列6中的至少一种，和序列7至序列14中的至少一种组成；(4)根据所述DNA比对序列矩阵列出所述待测柿属植物的核苷酸分子式；所述待测柿属植物的核苷酸分子式的通式为：B4B9B39B42B162B186B196B201B225B227B274B299B321B340B344B628；在所述通式中，所述B4、所述B9、所述B39、所述B42、所述B162、所述B186、所述B196、所述B201、所述B225、所述B227、所述B274、所述B299、所述B321、所述B340、B344和B628，依次表示在所述DNA序列比对数据矩阵中的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628个位点(对应DUB序列的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628个核苷酸位点)；在所述通式中，每一个B为A、T、C和G中的任一种或两种；(5)将步骤(4)所得所述待测柿属植物的核苷酸分子式与核苷酸分子式组I进行比对；所述核苷酸分子式组I由如下a1)-a12)共12种核苷酸分子式组成：a1)C4T9A39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；a2)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a3)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299Y321A340C344T628；a4)C4C9G39C42R162Y186G196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a5)T4T9G39C42A162C186G196T201G225C227C274A299C321A340C344T628；a6)C4T9G39C42A162C186G196T201C225T227C274G299C321A340C344T628；a7)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340T344T628；a8)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340Y344T628；a9)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340C344T628；a10)C4T9G39C42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a11)C4T9G39Y42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a12)C4Y9G39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；在a1)-a12)中，Y表示T和C；R表示A和G；(6)根据步骤(5)的比对结果，按照如下方法对所述待测柿属植物进行鉴定：若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a1)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为台湾乌木；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a2)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿x3号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a3)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿5号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a4)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为老鸦柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a5)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为金枣柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a6)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿164号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a7)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿873号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a8)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为君迁子4号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a9)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为君迁子8号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a10)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为美洲柿20-80号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a11)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为美洲柿20-82号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a12)所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为油柿20-75号。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述待测柿属植物为如下12种中的任一种：台湾乌木、乌柿x3号、乌柿5号、老鸦柿、金枣柿、浙江柿164号、浙江柿873号、君迁子4号、君迁子8号、美洲柿20-80号、美洲柿20-82号、油柿20-75号。3.一种用于鉴定或辅助鉴定待测柿属植物的试剂盒，包括引物对、记载有核苷酸分子式组I的对比卡；所述引物对由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成；所述核苷酸分子式组I由如下a1)-a12)共12种核苷酸分子式组成：a1)C4T9A39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；a2)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a3)C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299Y321A340C344T628；a4)C4C9G39C42R162Y186G196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a5)T4T9G39C42A162C186G196T201G225C227C274A299C321A340C344T628；a6)C4T9G39C42A162C186G196T201C225T227C274G299C321A340C344T628；a7)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340T344T628；a8)C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C2...

【专利技术属性】
技术研发人员：李文清，解孝满，鲁仪增，庄振杰，葛磊，杨海平，刘德深，
申请(专利权)人：山东省林木种质资源中心，
类型：发明
国别省市：山东,37