使用重叠水解探针检测单核苷酸多态性制造技术

描述了用于快速检测样品中靶核酸的SNP存在或不存在的方法。所述方法可包括进行扩增步骤、使用具有两个重叠SNP特异性水解探针序列(其中探针序列之一可以包括朝向3'端的发夹结构)的双链探针的杂交步骤以及检测步骤。此外，提供了设计用于检测靶核酸的SNP的双链SNP特异性水解探针连同试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用重叠水解探针检测单核苷酸多态性专利
本专利技术涉及基于聚合酶链式反应(PCR)的诊断领域，而更具体地，涉及使用重叠水解探针的PCR检测方法。专利技术背景PCR是拷贝或‘扩增’DNA或RNA小区段的高效率并且成本节约的方式。使用PCR，仅在几小时内就可制造出数以百万计的DNA部分的拷贝，得到分析所需的足够的DNA。此方法使得临床医生可以使用最小量的样品(如血液或组织)来诊断和监测疾病。实时PCR使得扩增和检测可以同时进行。一种检测方法是通过使用寡核苷酸水解探针(也称为TaqMan®探针)完成，所述探针具有例如于该寡核苷酸探针的5'端共价连接的荧光团和例如内部或3'端连接的猝灭剂。水解探针是双重标记的寡核苷酸探针，其依赖于Taq聚合酶的5'至3'核酸酶活性，在与互补靶序列杂交的过程中切割水解探针，并得到基于荧光的检测。实时PCR方法可用于在具有单核苷酸多态性(SNP)的靶核酸中扩增和检测序列变异。然而，许多现有的SNP检测/基因分型测定基于SNP为双等位基因的假设(参见，例如，Morita等人，Mol.Cel.Probes,2007,21,171-176)。用目前现有的实时PCR本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于检测样品中靶核酸中的单核苷酸多态性(SNP)的方法，所述方法包括：‑ 进行扩增步骤，所述扩增步骤包括使样品与包含第一核酸的第一寡核苷酸引物和包含第二核酸序列的第二寡核苷酸引物接触，从而当样品中存在任何靶核酸时，产生包含有义链和反义链的扩增产物；‑ 进行杂交步骤，所述杂交步骤包括向所述扩增产物提供双链寡核苷酸探针，其包含：‑ 第一SNP特异性水解探针，其包含与所述有义链的第一含SNP区域互补的第三核酸序列，所述第一SNP特异性水解探针包含第一相互作用标记和第二相互作用标记、第一5'端和第一3'端；和‑ 第二SNP特异性水解探针，其包含与所述反义链的含SNP区域互补的第四核酸序列，所述第二SN...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.11.26 US 14/5553431.用于检测样品中靶核酸中的单核苷酸多态性(SNP)的方法，所述方法包括：-进行扩增步骤，所述扩增步骤包括使样品与包含第一核酸的第一寡核苷酸引物和包含第二核酸序列的第二寡核苷酸引物接触，从而当样品中存在任何靶核酸时，产生包含有义链和反义链的扩增产物；-进行杂交步骤，所述杂交步骤包括向所述扩增产物提供双链寡核苷酸探针，其包含：-第一SNP特异性水解探针，其包含与所述有义链的第一含SNP区域互补的第三核酸序列，所述第一SNP特异性水解探针包含第一相互作用标记和第二相互作用标记、第一5'端和第一3'端；和-第二SNP特异性水解探针，其包含与所述反义链的含SNP区域互补的第四核酸序列，所述第二SNP特异性水解探针包含第三相互作用标记和第四相互作用标记、第二5'端和第二3'端；且-检测所述扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在表明在靶核酸靶标中存在SNP，且其中所述扩增产物的不存在表明在靶核酸靶标中不存在SNP。2.权利要求1的方法，其中所述第二SNP特异性水解探针包含朝向第二3'端的发夹结构，所述发夹结构包含非天然存在的核酸序列的区域，其包含一个或多个额外的核苷酸以产生发夹结构。3.权利要求1或2中任一项的方法，其中所述第一相互作用标记包含第一5'末端的第一供体荧光部分，且所述第二相互作用标记包含在第一SNP特异性水解探针上第一供体荧光部分的不超过8个核苷酸之内的第一对应受体荧光部分，且其中第三相互作用标记包含第二5'末端的第二供体荧光部分，且所述第四相互作用标记包含在第二SNP特异性水解探针上第二供体荧光部分的不超过8个核苷酸之内的第二对应受体荧光部分。4.权利要求3的方法，其中所述第一受体荧光部分是第一猝灭剂，且其中所述第二受体荧光部分是第二猝灭剂。5.权利要求1至4中任一项的方法，其中所述扩增使用具有5'至3'核酸酶活性的聚合酶。6.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述寡核苷酸引物的第一和/或第二核酸序列和/或所述水解探针的第三和/或第四核酸序列包含至少一个修饰的核苷酸。7.权利要求1至6中任一项的方法，其中所述寡核苷酸引物的第一和第二核酸序列和/或所述水解探针的第三和第四核酸序列具有40或更少个核苷酸。8.用于检测样品中靶核酸中的SNP的试剂盒，其包含：-包含第一核酸的第一寡核苷酸引物和包含第二核酸序列的第二寡核苷酸引物，其对于产生包含靶核酸的有义链和反义链的扩增产物是特异性的；和-双链寡核苷酸探针，其包含：-第一SNP特异性水解探针，其包含与所述有义链的第一含SNP区域互补的第三核酸序列，所述第一SNP特异性水解探针包含第一相互作用标记和第二相互作用标记、第一5'端和第一3'端；和-第二SNP特异性水解探针，其包含与所述反义链的含SNP区域互补的第四核酸序列，所述第二SNP特异性水解...

【专利技术属性】
技术研发人员：R梅塔，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH