用于预测肝癌预后的lncRNA标志物制造技术

本发明专利技术公开了用于预测肝癌预后的lncRNA标志物，所述lncRNA标志物为lncRNA选自MKLN1‑AS、RP11‑133K1.6、RP1‑228H13.5、LRRC3‑AS1和AC127904.2中的一种或几种。本发明专利技术同时公开了预测肝癌预后的风险评分模型，根据该模型，作为辅助手段预测肝癌患者的预后，从而对患者进行风险评估和监测。

LncRNA marker for predicting prognosis of hepatocellular carcinoma

The invention discloses a method for prediction of liver cancer prognosis lncRNA markers, the lncRNA markers for one or several lncRNA MKLN1 AS, RP11 from 133K1.6, RP1 228H13.5, LRRC3 AS1 and in AC127904.2. The invention also discloses a risk scoring model for predicting the prognosis of liver cancer, according to the model, as an auxiliary means to predict the prognosis of the patients with liver cancer, so as to carry out risk assessment and monitoring for the patients.

【技术实现步骤摘要】
用于预测肝癌预后的lncRNA标志物
本专利技术属于生物医药领域，涉及用于预测肝癌预后的lncRNA标志物。
技术介绍
肝癌是最常见的恶性肿瘤之一，是世界范围内肿瘤导致死亡的主要因素之一。80％的新发肝癌病例出现在发展中国家，肝细胞癌(HCC)是中国癌症死亡的主要原因之一。尽管局部治疗如手术和经导管动脉化学栓塞能够治疗肝癌，但肝癌病人仍有很高的复发率，因此手术对患者生存改善还很有限。目前，血清甲胎蛋白(AFP)的早期筛查及多学科综合治疗的应用，使肝癌的五年生存率有所提高，但由于其恶性生物学特性，其复发率和死亡率仍居高不下，因此如何进行风险评估和监测是一个重要的问题。肝癌的发生发展是多因素、多步骤的复杂过程，肝癌的发病机制极其复杂，其发生、发展和转移与多种基因的突变、缺失、细胞信号转导通路异常及新生血管异常增生等密切相关，进一步探索肝癌的发病机制，了解其生物学特性，是确定新的肝癌生物标志物及寻找有效治疗靶点的基础。基因组学研究表明，大约只有1％的基因可转录成有蛋白编码功能的RNA，而大部分则转录成无蛋白编码功能的RNA，即非编码RNA。其中，长链非编码RNA(longnon-codingRNA，lncRNA)是真核细胞中一类转录本长度大于200个核苷酸，但无或很少具有蛋白编码功能的RNA，曾被认为是基因转录的副产物或“暗物质”，不具有生物学功能。随着lncRNA功能学的进展，越来越多的研究表明lncRNA在人类疾病中发挥重要作用。目前，研究表明lncRNA具有复杂的生物学功能，如与细胞代谢、细胞凋亡、细胞周期、细胞黏附运动等有关，并可通过多种途径如调节DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重构、作为miRNA的前体、mRNA降解、磷酸化作用、蛋白修饰等发挥功能，正如同内源性miRNA研究已取得重要成果一样，lncRNA在疾病诊断和治疗领域代表了另一类重要的分子来源，其研究前景巨大。多项研究已证实lncRNA在肿瘤领域发挥重要作用，主要体现在肿瘤的发生、发展、浸润、转移及复发等多个方面。目前，在肿瘤组织中发现的异常表达的lncRNA可涉及全身各个系统，分布较为广泛，但是由于lncRNA数量庞大，目前针对lncRNA在癌症领域中的研究仍处在起步阶段。lncRNA影响肿瘤发生和/或发展的机制尚有待进一步揭示，众多针对癌症治疗的潜在靶点也有待于研究者们不断发现。因为lncRNA在肝癌的发生机制中的角色尚未阐明，因此探寻lncRNA肝癌的分子基础具有重要意义。
技术实现思路
为了弥补现有技术的不足，本专利技术的目的之一，在于提供一种预测肝癌预后的手段和产品。本专利技术的目的之二，提供一种建立肝癌患者预后预测模型的方法。为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：本专利技术提供了lncRNA在制备预测肝癌预后的产品中的应用，所述lncRNA选自MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1和AC127904.2中的一种或几种。进一步，所述产品包括芯片、或试剂盒。其中，所述芯片包括基因芯片；所述试剂盒包括基因检测试剂盒。所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针包括用于检测基因表达水平的针对MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1和AC127904.2基因的寡核苷酸探针；所述基因检测试剂盒包括用于检测MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1和AC127904.2基因表达水平的引物或芯片。进一步，所述产品包括检测样本中MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的表达水平的试剂。进一步，所述试剂选自：特异性识别MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的探针；或特异性扩增MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的引物。本专利技术提供了一种预测肝癌预后的产品，所述产品通过检测MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2表达水平来预测肝癌的预后结果。进一步，所述产品通过检测标本中MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2表达水平来预测肝癌的预后结果。进一步，所述产品包括(但不限于)：通过RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片或高通量测序平台检测ENSG00000262155基因的表达水平。其中，所述用RT-PCR诊断肝癌的产品至少包括一对特异扩增MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2基因的引物；所述用实时定量PCR诊断肝癌的产品至少包括一对特异扩增MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2基因的引物；所述用原位杂交诊断肝癌的产品包括：与MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2基因的核酸序列杂交的探针；所述用芯片诊断肝癌的产品包括与ENSG00000262155基因的核酸序列杂交的探针。进一步，每例标本在分别进行检测后，使用公式：进行风险评分，其中，N为用于预测预后的lncRNA数，Expi为每个lncRNA的表达水平，Ci为每个lncRNA的回归系数；lncRNAMKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2对应的回归系数分别为0.290、0.403、0.531、-0.175、-0.330，Ci小于0代表基因低表达，Ci大于0代表基因高表达。进一步，评价个体肝癌预后的信息时，把患者的lncRNA的表达水平代入公式中，得出风险评分，然后与确定的cut-off值比较，小于该值的患者属于低危组，大于该值的患者属于高危组。本专利技术提供了一种建立肝癌患者预后预测模型的方法，所述方法包括以下步骤：(1)将患者分为训练组和验证组，从训练组受试者采集的标本中测定差异表达基因；(2)根据所述差异表达基因，确定具有统计显著性的设定值范围；(3)多变量Cox回归分析每个差异表达基因对生存期的贡献，建立风险评分模型；(4)使用验证组对风险评分模型进行验证，检验所建模型的预测准确度。进一步，所述差异表达基因为MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1和AC127904.2，其中，MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5在肝癌患者中表达上调，LRRC3-AS1、AC127904.2在肝癌患者中表达下调。在本专利技术中，选自MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的一种或几种进行了风险评分，发现一种或几种均具有预测肝癌预后的能力，但是把5中lncRNA联合起来预本文档来自技高网...

【技术保护点】
lncRNA在制备预测肝癌预后的产品中的应用，其特征在于，所述lncRNA选自MKLN1‑AS、RP11‑133K1.6、RP1‑228H13.5、LRRC3‑AS1和AC127904.2中的一种或几种。

【技术特征摘要】
1.lncRNA在制备预测肝癌预后的产品中的应用，其特征在于，所述lncRNA选自MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1和AC127904.2中的一种或几种。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括芯片、或试剂盒。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括检测样本中MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的表达水平的试剂。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂选自：特异性识别MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的探针；或特异性扩增MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的引物。5.一种预测肝癌预后的产品，其特征在于，所述产品通过检测标本中MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2表达水平来预测肝癌的预后结果。6.根据权利要求5所述的产品，其特征在于，所述产品包括：通过RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片或高通量测序平台检测MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的表达水平。7.根据权利要求5或6所述的产品，其特征在于，每例标本在分别进行检测后，使用公式：进行风险评...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨承刚，宋宏涛，董东，
申请(专利权)人：北京泱深生物信息技术有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11