用于间皮瘤预后的组合物和方法技术

公开了用于在外科手术后间皮瘤患者预后的组合物和方法。特别地，本公开内容提供了与间皮瘤预后有关的微RNA分子(miRNA)，以及与之相关或来源于其中的各种核酸分子。本公开内容还提供了与间皮瘤预后良好或预后差相关的miRNA的改变的表达。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用于在外科手术后间皮瘤患者预后的组合物和方法。特别地，本专利技术涉及与间皮瘤预后有关的微RNA分子，以及与之相关或来源于其中的各种核酸分子。
技术介绍
最近几年中，微RNA (miRs、miRNA)作为新的重要调节RNA类别而出现，其对各种各样的生物过程具有重大影响。这些小的(通常长18-24个核苷酸)非编码RNA分子可通过促进RNA降解，抑制mRNA翻译，并且还影响基因转录，来调节蛋白质表达模式。miRs在诸如发育和分化、细胞增殖控制、应激反应和代谢等各种过程中起关键作用。目前有大约1100种已知的人miRs。已发现许多miRs的表达在多种人类癌症类型中发生改变，在一些病例中，提出了强有力的证据支持如下推测:这类改变可能在肿瘤进程中起致病作用。间皮瘤是发生在间皮中的肿瘤，间皮覆盖分别包覆胸腔器官(例如肺和心脏)和腹器(例如消化道和肝)的胸膜、腹膜和心包的表面。在弥漫性胸膜间皮瘤的情况下，胸痛由胸壁胸膜侧的肋间神经侵袭引起，而呼吸与循环障碍可因肿瘤生长和器官侧的胸膜中的胸膜液蓄积而产生(Takagi, Journal of Clinical and Experimental Medicine, (3 月增刊)，“Respiratory Diseases”，第469-472页，1999)。存在最终增殖进入邻近的纵隔器官，发展成直接侵袭心脏，或者借助膈膜发展到腹腔，或者由于另外的淋巴或循环转移而可能在胸腔外发展。 据报道，在美国每年有3，000人发生弥漫性胸膜间皮瘤，在1980年代病例数开始显著增加，并且在60多岁男性中频繁观察到，且男性发病率约是女性发病率的约5倍。按照最新报道，在美国和欧洲，间皮瘤的发病率呈快速升高的趋势，并且根据1995年英国流行病学统计，预测间皮瘤的死亡数在未来25年中将持续增加，在最差可能情况下，已指出在1940年代出生男性中具有达到占所有死亡1%的程度的风险。多种不同的临床疾病病期分类已被用于间皮瘤，由于所用的用于病期分类的方法不同，因此当比较治疗结果时，先前的对间皮瘤的治疗报告便遇到困难(Nakano, Respiration,第18卷,第9期,第916-925期，1999)。另外，恶性间皮瘤与暴露于石棉具有病因关系，这在动物实验中也得到了证实(Tada，Journal of Clinical and Experimental Medicine (3 月增干丨J )，“RespiratoryDiseases”，第406-408页，1999)。吸入呼吸道的石棉到达胸膜正下方的位置，由于通常20年的慢性刺激，肿瘤最终在此发展，而且该肿瘤在胸膜整个表面散开呈一薄层。因此，虽然恶性间皮瘤被归类为石棉相关疾病，但并非所有恶性间皮瘤都由石棉引起，并且只在全部患者的一半左右中观察到已完整记录的暴露。恶性胸膜间皮瘤(MPM)对治疗具有抗性，这与预后极差有关，需要立即采取对策(Nakano，Respiration，第18卷，第9期，第916-925页，1999)。恶性间皮瘤的预后受病期影响。当作为与细胞毒性化学疗法和放射疗法以及辅助免疫治疗(例如干扰素或白介素)的综合治疗(multimodality therapy)的部分进行时，手术可能是有效的治疗，但这只是在早期诊断的罕见情况下。当研究胸膜或腹膜中间皮瘤的可能性时，应考虑少数差异指征。胸膜和腹膜两者可具有以不同速率伴随原发肿瘤(primaries)的继发性恶性肿瘤，因此间皮瘤和继发性恶性肿瘤或另一种不同来源的原发肿瘤间的区分是重要的。大多重点都放在独特肿瘤标志物的发现和表征上。然而，没有鉴定出具有足够灵敏性或特异性而在临床上有用的标志物，虽然已表明多个标志物的组合提高预后准确性。对于与间皮瘤有关的特异性和精确的标志物的需求未得到满足，包括对可能具有预后意义以确定对生存是必需或适度的治疗程度的标志物。专利技术概述 按照本专利技术的一些方面，SEQ ID NO: 1-77或其任何组合的表达水平的改变表示间皮瘤预后。按照本专利技术 的一个方面，提供用于确定受试者的间皮瘤预后的方法，所述方法包括: (a)提供来自受试者的生物样品； (b)测定所述样品中选自SEQID NO: 1-16、21-77的核酸序列和与之有至少约80%同一'I生的序列的表达水平；和 (C)将所述表达水平与阈值表达水平进行比较， 其中与所述阈值表达水平相比，SEQ ID NO: 1-16、21-77的任一个和与之有至少约80%同一性的序列的水平表示所述受试者的预后。在一些实施方案中，核酸序列选自SEQ ID NO: 1-4、11-12、21、22、27_35、45_47、52-59,70-72和与之有至少约80%同一性的序列，且与阈值表达水平相比，所述核酸序列中任一个表达水平的提高都表示所述受试者的预后良好。在其它实施方案中，核酸序列选自SEQ ID NO: 5-10、13-16、23-26、36-44、48-51、60-69、73-77 和与之有至少约 80% 同一性的序列，且与阈值表达水平相比，所述核酸序列中任一个表达水平的提高都表示所述受试者的预后差。在某些实施方案中，受试者是人。在某些实施方案中，所述方法用来确定受试者的疗程。在某些实施方案中，获自受试者的生物样品选自体液、细胞系或组织样品。在某些实施方案中，组织是新鲜、冷冻、固定、蜡包埋或福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)组织。在某些实施方案中，组织是间皮。按照一些实施方案，表达水平通过选自核酸杂交、核酸扩增或其组合的方法测定。按照一些实施方案，核酸杂交使用固相核酸生物芯片阵列或原位杂交进行。按照其它实施方案，核酸扩增方法是实时PCR。按照一些实施方案，PCR方法包括正向引物和反向引物。按照一些实施方案，正向引物与SEQ ID NO: 1-16、21-77、其片段或与之有至少约80%同一性的序列部分互补。按照一些实施方案，正向引物包含选自SEQ ID NO: 78-100的序列和与之有至少约80%同一性的序列。按照一些实施方案，反向引物包含SEQ ID NO: 124和与之有至少约80%同一性的序列。按照一些实施方案，实时PCR方法还包括探针。按照一些实施方案，探针与SEQ IDNO: 1-16、21-77、其片段或与之有至少约80%同一性的序列互补。按照一些实施方案，探针包含选自SEQ ID NO: 101-123的序列和与之有至少约80%同一性的序列。本专利技术还提供间皮瘤预后的试剂盒，所述试剂盒包含正向引物和反向引物和探针。按照一些实施方案，正向引物与SEQ ID NO: 1-16、21-77、其片段或与之有至少约80%同一性的序列部分互补。按照一些实施方案，正向引物包含选自SEQ ID NO: 78-100的序列和与之有至少约80%同一性的序列。按照一些实施方案，反向引物包含SEQ ID NO: 124和与之有至少约80%同一性的序列。按照一些实施方案，探针包含与选自SEQ ID NO: 1-16,21-77的序列、其片段或与之有至少约80%同一性的序列互补的核酸序列。按照一些实施方案，探针包含选自SEQ ID NO: 101-123的序列和与之有至少约80%同一性的序列。按照一些实施方案本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.07.25 US 61/367419;2010.11.30 US 61/4179051.一种用于确定受试者的间皮瘤的预后的方法，所述方法包括: (a)提供来自受试者的生物样品； (b)测定所述样品中选自SEQID NO: 1-16、21-77的核酸序列和与之有至少约80%同一'I生的序列的表达水平；和 (C)将所述表达水平与阈值表达水平进行比较， 其中所述核酸的表达水平与所述阈值表达水平的比较表示所述受试者的预后。2.权利要求1的方法，其中所述核酸序列选自SEQID NO: 1-4、11_12、21、22、27_35、45-47,52-59,70-72和与之有至少约80%同一性的序列，且其中与所述阈值表达水平相比，所述核酸序列中任一个表达水平的提高表示所述受试者的预后良好。3.权利要求1的方法，其中所述核酸序列选自SEQID NO: 5_10、13-16、23_26、36_44、48-51,60-69,73-77和与之有至少约80%同一性的序列，且其中与所述阈值表达水平相比，所述核酸序列中任一个表达水平的 提高表示所述受试者的预后差。4.权利要求1-3中任一项的方法，其中所述受试者是人。5.权利要求1中任一项的方法，其中所述方法用来确定所述受试者的治疗进程。6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述生物样品选自体液、细胞系和组织样品。7.权利要求6的方法，其中所述体液是血液。8.权利要求6的方法，其中所述组织是新鲜、冷冻、固定、蜡包埋或福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织。9.权利要求8的方法，其中所述组织是间皮。10.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述表达水平通过选自核酸杂交、核酸扩增及其组合的方法测定。11.权利要求10的方法，其中所述核酸杂交使用固相核酸生物芯片阵列或原位杂交进行。12.权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：H帕斯，M霍申，Y戈伦，
申请(专利权)人：纽约大学，
类型：
国别省市：