一步法快速构建扩增子文库的引物组合制造技术

本发明专利技术公开了一步法快速构建扩增子文库的引物组合，其包括：根据目标扩增子设计的上游融合引物，所述上游融合引物包括第一接头序列和根据目标扩增子设计的特异性上游引物序列；根据目标扩增子设计的下游融合引物，所述下游融合引物包括第二接头序列和根据目标扩增子设计的特异性下游引物序列；上游通用引物，所述上游通用引物包括第三接头序列、barcode序列和第一接头序列；和下游通用引物，所述下游通用引物包括通用序列和第二接头序列。运用该融合引物组合可以简便、快速的经1步构建扩增子文库，且由于在PCR起始前就引入barcode，使得样本及文库间交叉污染的可能性大大降低。

【技术实现步骤摘要】
一步法快速构建扩增子文库的引物组合
本专利技术涉及生物
，特别涉及一种一步法快速构建扩增子文库的引物组合。
技术介绍
下一代测序(next-generationsequencing，NGS)由于高通量、高灵敏度、高度自动化等特性，近年来在疾病的研究和诊断治疗中越来越多地被应用。NGS技术能实现多基因平行检测，比传统检测方法节省样本，且灵敏度更高，能更真实还原肿瘤变异全景。但LifeNGS平台中传统的构建扩增子文库的方法步骤繁琐，需要经过PCR扩增、消化、加接头、纯化等步骤，需要花费约5h；并且由于多步骤操作中需要开盖，因此文库易被污染，文库损失率高；另外在传统的构建扩增子文库的方法中，单个样品建立文库的成本较高，为200-1000元/例。公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种一步法快速构建扩增子文库的引物组合。运用该引物组合可以简便、快速的经1步PCR构建扩增子文库，且由于在PCR起始前就引入barcode，使得样本及文库间交叉污染的可能性大大降低，并能简化实验场地分区的要求，该引物组合还能将单个样品建立文库的成本控制在30元/例。为实现上述目的，本专利技术提供了以下技术方案：一种用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，包括：根据目标扩增子设计的上游融合引物，所述上游融合引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第一接头序列(Bridge序列)和根据目标扩增子设计的特异性上游引物序列；根据目标扩增子设计的下游融合引物，所述下游融合引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第二接头序列(trP1序列)和根据目标扩增子设计的特异性下游引物序列；上游通用引物，所述上游通用引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第三接头序列(A序列)、barcode序列和第一接头序列；和下游通用引物，所述下游通用引物包括按照5’到3’的方向依次排列的通用序列(Uni序列)和第二接头序列。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，所述第一接头序列包括SEQID:1序列，SEQID:1序列的核苷酸序列为GGCATACGTCCTCGTCTA。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，所述第二接头序列包括SEQID:2序列，SEQID:2序列的核苷酸序列为TCTATGGGCAGTCGGTGAT。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，所述第三接头序列包括SEQID:3序列，SEQID:3序列的核苷酸序列为CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAG。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，所述通用序列包括SEQID:4序列，SEQID:4序列的核苷酸序列为CCACTACGCCTCCGCTTTCCTC。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，根据任意一种目标扩增子设计的上游融合引物、根据任意一种目标扩增子设计的下游融合引物、上游通用引物和下游通用引物的浓度均为100μM。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，当同一个PCR反应中的目标扩增子的数量＞1时，所述根据目标扩增子设计的上游融合引物为根据每一种目标扩增子设计的上游融合引物的组合，所述根据目标扩增子设计的下游融合引物为根据每一种目标扩增子设计的下游融合引物的组合。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，根据任意一种目标扩增子设计的上游融合引物和根据该目标扩增子设计的下游融合引物的摩尔比为1:1；所述上游通用引物和下游通用引物的摩尔比为1:1。上游通用引物和下游通用引物的具体用量要根据PCR扩增时目标扩增子的数量进行调整，如：PCR扩增时，需扩增5种目标扩增子和需扩增22种目标扩增子时，上游通用引物和下游通用引物的具体用量可能不同，本领域技术人员可根据本领域的常规技术手段确定上游通用引物和下游通用引物的具体用量。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，所述DNA样品为基因组DNA。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，基因组DNA提取自组织样本或福尔马林固定石蜡包埋样本。上述用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合在另一种实施方式中，所述目标扩增子包括选自下组22种目标扩增子中的至少一个：ALK基因的Chr2:29432588-29432707(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:5所示：TAAGGGACAAGCAGCCACACCCCATTCTTGAGGGGCTGAGGTGGAAGAGACAGGCCCGGAGGGGTGAGGCAGTCTTTACTCACCTGTAGATGTCTCGGGCCATCCCGAAGTCTCCAATCTTGGCCACTCTTCCAGGGCCTGGACAGGTCAAGAGGCAGT；ALK基因的Chr2:29443616-29443730(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:6所示：CGGAGGAAGGACTTGAGGTCTCCCCCCGCCATGAGCTCCAGCAGGATGAACCGGGGCAGGGATTGCAGGCTCACCCCAATGCAGCGAACAATGTTCTGGTGGTTGAATTTGCTGCAGAGCAGAGAGGGATGTAACCAAAATTAACTGAGCTGAGTCTGG；BRAF基因的Chr7:140453091-140453197(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:7所示：CCTCAATTCTTACCATCCACAAAATGGATCCAGACAACTGTTCAAACTGATGGGACCCACTCCATCGAGATTTCACTGTAGCTAGACCAAAATCACCTATTTTTACTGTGAGGTCTTCATGAAGAAATATATCTGAGGTGTAGTAAGTAAAGGAAAACAGTAG；EGFR基因的Chr7:55241604-55241726(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:8所示：TGACCCTTGTCTCTGTGTTCTTGTCCCCCCCAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCAGTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGCTCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGTAAGGTCCCTGG；EGFR基因的Chr7:55242398-55242513(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:9所示：ACAATTGCCAGTTAACGTCTTCCTTCTCTCTCTGTCATAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTATCAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGTGAGTTTCTGCTTTGCTGTGT；EGFR基因的Chr7:55248970-55249096(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:1本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于，包括：根据目标扩增子设计的上游融合引物，所述上游融合引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第一接头序列(Bridge序列)和根据目标扩增子设计的特异性上游引物序列；根据目标扩增子设计的下游融合引物，所述下游融合引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第二接头序列(trP1序列)和根据目标扩增子设计的特异性下游引物序列；上游通用引物，所述上游通用引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第三接头序列(A序列)、barcode序列和第一接头序列；和下游通用引物，所述下游通用引物包括按照5’到3’的方向依次排列的通用序列(Uni序列)和第二接头序列。

【技术特征摘要】
1.一种用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于，包括：根据目标扩增子设计的上游融合引物，所述上游融合引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第一接头序列(Bridge序列)和根据目标扩增子设计的特异性上游引物序列；根据目标扩增子设计的下游融合引物，所述下游融合引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第二接头序列(trP1序列)和根据目标扩增子设计的特异性下游引物序列；上游通用引物，所述上游通用引物包括按照5’到3’的方向依次排列的第三接头序列(A序列)、barcode序列和第一接头序列；和下游通用引物，所述下游通用引物包括按照5’到3’的方向依次排列的通用序列(Uni序列)和第二接头序列。2.如权利要求1所述的用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于：所述第一接头序列包括SEQID:1序列；可选的，所述第二接头序列包括SEQID:2序列；可选的，所述第三接头序列包括SEQID:3序列；可选的，所述通用序列包括SEQID:4序列。3.如权利要求1所述的用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于：用于构建同一个DNA样品的扩增子文库的引物组合中，上游通用引物中的barcode序列相同；用于构建不同DNA样品的扩增子文库的引物组合中，上游通用引物中的barcode序列不同。4.如权利要求1所述的用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于：当同一个PCR反应中的目标扩增子的数量＞1时，所述根据目标扩增子设计的上游融合引物为根据每一种目标扩增子设计的上游融合引物的组合，所述根据目标扩增子设计的下游融合引物为根据每一种目标扩增子设计的下游融合引物的组合。5.如权利要求1所述的用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于：所述DNA样品为基因组DNA；可选的，基因组DNA提取自组织样本或福尔马林固定石蜡包埋样本。6.如权利要求1所述的用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于：所述目标扩增子包括选自下组22种目标扩增子中的至少一个：ALK基因的Chr2:29432588-29432707(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:5所示；ALK基因的Chr2:29443616-29443730(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:6所示；BRAF基因的Chr7:140453091-140453197(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:7所示；EGFR基因的Chr7:55241604-55241726(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:8所示；EGFR基因的Chr7:55242398-55242513(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:9所示；EGFR基因的Chr7:55248970-55249096(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:10所示；EGFR基因的Chr7:55259505-55259621(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:11所示；ERBB2基因的Chr17:37880969-37881082(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:12所示；KRAS基因的Chr12:25380261-25380363(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:13所示；KRAS基因的Chr12:25398183-25398310(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:14所示；MET基因的Chr7:116340233-116340335(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:15所示；MET基因的Chr7:116411880-116412005(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:16所示；MET基因的Chr7:116417426-116417546(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:17所示；MET基因的Chr7:116423399-116423499(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:18所示；NRAS基因的Chr1:115256507-115256586(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:19所示；NRAS基因的Chr1:115258651-115258755(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:20所示；PIK3CA基因的Chr3:178936056-178936179(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:21所示；PIK3CA基因的Chr3:178952000-178952092(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:22所示；TP53基因的Chr17:7577027-7577154(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:23所示；TP53基因的Chr17:7577507-7577613(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:24所示；TP53基因的Chr17:7578182-7578298(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:25所示；TP53基因的Chr17:7578389-7578537(Hg19)扩增子，其序列如SEQID:26所示。7.如权利要求6所述的用于构建DNA样品的扩增子文库的引物组合，其特征在于：根据ALK基因的Chr2:29432588-29432707(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:27所示；根据ALK基因的Chr2:29432588-29432707(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:28所示；可选的，根据ALK基因的Chr2:29443616-29443730(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:29所示；根据ALK基因的Chr2:29443616-29443730(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:30所示；可选的，根据BRAF基因的Chr7:140453091-140453197(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:31所示；根据BRAF基因的Chr7:140453091-140453197(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:32所示；可选的，根据EGFR基因的Chr7:55241604-55241726(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:33所示；根据EGFR基因的Chr7:55241604-55241726(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:34所示；可选的，根据EGFR基因的Chr7:55242398-55242513(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:35所示；根据EGFR基因的Chr7:55242398-55242513(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:36所示；可选的，根据EGFR基因的Chr7:55248970-55249096(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:37所示；根据EGFR基因的Chr7:55248970-55249096(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:38所示；。可选的，根据EGFR基因的Chr7:55259505-55259621(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:39所示；根据EGFR基因的Chr7:55259505-55259621(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:40所示；可选的，根据ERBB2基因的Chr17:37880969-37881082(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:41所示；根据ERBB2基因的Chr17:37880969-37881082(Hg19)扩增子设计的特异性下游引物序列如SEQID:42所示；可选的，根据KRAS基因的Chr12:25380261-25380363(Hg19)扩增子设计的特异性上游引物序列如SEQID:43所示；根据KRAS基因的Chr12:25380261-2...

【专利技术属性】
技术研发人员：阎海，王思振，焦宇辰，徐大勇，郑乔松，师晓，
申请(专利权)人：北京泛生子基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11