一种长片段末端文库的构建方法技术

本发明专利技术涉及一种长片段末端文库的构建方法，包括有1）DNA随机打断、末端缺口补齐修复；2）制成A-Fragment步骤；3）将A-Fragment与LMP?Adaptor进行粘性末端的连接；4）将LMP-Adaptor-Fragment用不少于两种的识别四个碱基的限制性内切酶消化；5）将获得的酶消化文库中的片段再次进行环化；6）将纯化后的环状分子用LMP?Adaptor的引物进行扩增，扩增产物回收后完成LMP文库的构建。本发明专利技术的建库方法，只需要合成两条63?bp的寡核苷酸序列，进行简单的分子生物学连接、扩增等实验，获得的LMP文库两端带有测序引物序列，能够直接应用于二代测序。此外，由于二次环化后的片段中存在已知的限制性内切酶位点，能够快速分拣待测片段两端的序列，对测序数据进行有效筛选，去除嵌和序列。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学测序
，具体涉及一种长片段末端文库(Long MatePair，LMP)的构建方法，以及该方法在基因组序列拼接，特别是de novo测序与组装中的有效应用。
技术介绍
目前，二代测序方法已广泛的应用于基因组denovo拼接中，由于测序数据巨大且测序长度短，影响拼接质量的关键因素是基因组的重复序列(如微卫星序列，核糖体RNA序列，转座子序列等)，重复单元的长度在几bp到几kb不等。构建多种不同长度插入片段的文库进行测序，可以跨越不同长度的重复序列，有效地改善基因组的拼接完整性和准确性。LMP基于基因组中较大跨度(2 IOkb)片段两端序列的测序，解决大基因组和复杂基因组的组装问题，纠正重复序列造成的拼接错误，并能够发现基因组的结构变异，特别适用于新基因组测序(De novo sequencing)。目前,几种(long mate pair文库构建的方法存在效率较低，实验过程复杂，不易控制，错误率较高，嵌合分子以及低文库复杂性等缺点。因此，简单有效的LMP方法对于新一代测序技术的发展与应用具有重要作用，但是目前仍然处于改善与探索的过程中。
技术实现思路
本专利本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种长片段末端文库的构建方法，其特征在于，所述的方法的步骤如下：1）首先将基因组DNA随机打断，并将打断的DNA进行末端缺口补齐修复；2）将修复的DNA片段的3′端加上脱氧腺苷酸A，制成A？Fragment；3）将制成A？Fragment与3′端带有突出的脱氧胸甘酸T的？LMP？Adaptor进行粘性末端的连接，获得环状的LMP？Adaptor？Fragment；4）将去除了未环化的线性分子的LMP？Adaptor？Fragment用不少于两种的识别四个碱基的限制性内切酶消化adaptor以外的区域，获得相应的酶消化文库；？？？5）将步骤4）获得的酶消化文库中的片段进行末端缺口补齐修复后，按照...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：陈祖耕，姜楠，王萍，暴云娟，刘桂友，陈晓云，
申请(专利权)人：天津工业生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：