一种未知融合基因的检测方法技术

本发明专利技术公开了一种未知融合基因的检测方法。本发明专利技术所要保护的构建未知融合基因检测文库的方法，包括将样本的总RNA在逆转录体系中进行逆转录或将所述总RNA片段化后在逆转录体系中进行逆转录获得逆转录产物；将所得逆转录产物在第一轮扩增体系中进行PCR扩增，获得第一轮PCR扩增产物，所述第一轮扩增体系含有TSO

【技术实现步骤摘要】
一种未知融合基因的检测方法


[0001]本专利技术属于基因检测
，具体涉及一种未知融合基因的检测方法。

技术介绍

[0002]融合基因是指两个基因的全部或一部分的序列相互融合为一个新的基因的过程，其有可能是染色体易位、中间缺失或染色体倒置所致的结果。目前主要检测方法包括荧光原位杂交(FISH)、逆转录聚合酶链反应(RT
‑
PCR)、免疫组化(IHC)和高通量测序(NGS)等几种方法，从DNA、RNA和蛋白质等水平进行检测，这几种检测方法优劣并存，几种检测方法优缺点如下所述：
[0003]FISH法，特异性高，结果形象直观，但是FISH操作方法复杂、耗时长；不能够确认参与融合的基因，也不能够区分不同的融合类型，可能会错失发生率低或者较为复杂的重排形式的融合基因；常规FISH方法需要计算不少于50个细胞，所以对于组织量少的标本(例如穿刺活检样本)，FISH不能操作；必须知晓发生融合的两个基因的序列来设计探针；两个发生融合的基因所在染色体的位置必须相距较近；不能同时检测不同基因与一个已知基因的融合。
[0004本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.构建未知融合基因检测文库的方法，其特征在于：所述构建方法包括如下步骤：A1、将样本的总RNA或片段化后的总RNA加入逆转录体系中进行反应获得逆转录产物；所述逆转录体系含有逆转录酶、随机引物和TSO
‑
N引物；所述TSO
‑
N引物从5
’
到3
’
依次包含端头序列、通用序列1和3
’
末端3个鸟苷酸；所述逆转录酶具有模板转换和末端转移酶的活性，会在新合成的cDNA的3
’
末端添加3个C；所述随机引物的序列为6
‑
9个随机碱基；A2、将A1所得逆转录产物加入第一轮扩增体系中进行PCR扩增，获得第一轮PCR扩增产物；所述第一轮扩增体系含有TSO
‑
F引物和第一特异性引物；所述TSO
‑
F引物从5
’
到3
’
依次包括接头序列1和通用序列1；所述第一特异性引物针对融合基因3
’
端区域设计；A3、将第一轮PCR扩增产物放入第二轮扩增体系中进行扩增，获得未知融合基因检测文库；所述第二轮扩增体系含有所述TSO
‑
F引物、第二特异性引物和Barcode引物；所述第二特异性引物为Ω引物，从5
’
到3
’
依次包括5'端特异序列和通用序列2和3'端特异序列，所述5'端特异序列和3'端特异序列针对融合基因3
’
端区域设计，所述通用序列2不能与所述融合基因结合；所述Barcode引物从5
’
到3
’
依次含有接头序列2、Barcode特异序列和通用序列2；所述Ba...

【专利技术属性】
技术研发人员：王沛，陈敏，郑乔松，张幸幸，师晓，王京京，
申请(专利权)人：北京泛生子基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：