基于连续电介质球腔镜像的生物分子动力检测方法技术
Biomolecular dynamic detection method based on continuous dielectric sphere mirror image
The present invention discloses a biomolecule dynamic detection method based on a continuous dielectric cavity mirror image. The main method is realized by the cavity mirror mixed solvent model to construct three successive layers of dielectric, the model consists of a continuous dielectric sphere and truncated eight surface body. Compared with the prior art, the present invention is more suitable for biological macromolecules with spherical shape or nearly spherical shape, and the amount of operation is much smaller in actual biological molecular dynamics simulation. In addition, the invention can greatly reduce the thickness of the buffer layer, or even completely cancel the buffer layer, thereby greatly improving the efficiency of the biomolecular dynamics simulation.
【技术实现步骤摘要】
基于连续电介质球腔镜像的生物分子动力检测方法
本专利技术涉及生物大分子动力检测。
技术介绍
现有技术下，生物分子模拟中，对处理异构系统的静电相互作用通常采用球腔混合镜像溶剂模型(Y.Lin,A.Baumketner,S.Deng,Z.Xu,D.Jacobs,W.Cai,Animage-basedreactionfieldmethodforelectrostaticinteractionsinmoleculardynamicssimulationsofaqueoussolutions,J.Chem.Phys.131(2009)154103)。然而对非球状的生物大分子(如肌动蛋白和DNA)，采用球状模腔效率不高。为解决上述问题，本申请人于2014年2月5日公开的公开号为CN103559424A的专利文献中公开了一种椭球腔镜像模型下的生物分子动力检测方法。相比于前述的球腔镜像溶剂模型，该椭球腔镜像溶剂模型结构对于对某些细长生物大分子，比如肌动蛋白和DNA，在生物大分子动力学模拟中更有效。椭球腔镜像溶剂模型结构对于对某些细长生物大分子尽管很有效，但对于球状甚至近似球状的生...
【技术保护点】
基于连续电介质球腔镜像的生物分子动力检测方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：构建连续电介质球腔混合镜像溶剂模型；所述连续电介质球腔混合镜像溶剂模型包括连续电介质球体和截角八面体；截角八面体位于连续电介质球体内，中心重合；连续电介质球体具有外径为R
【技术特征摘要】
1.基于连续电介质球腔镜像的生物分子动力检测方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：构建连续电介质球腔混合镜像溶剂模型；所述连续电介质球腔混合镜像溶剂模型包括连续电介质球体和截角八面体；截角八面体位于连续电介质球体内，中心重合；连续电介质球体具有外径为R1、内径为R2的球层；所述球层的介电常数由εo至εi自外向内连续变化；S2：找出连续电介质球体内溶剂电荷在截角八面体与连续电介质球体之间的周期镜像；S3：找出连续电介质球体内电荷在连续电介质球体内外的反应场镜像电荷；S4：计算源电荷与目标电荷之间的静电相互作用；所述目标电荷是指截角八面体内所有实电荷，所述源电荷是指截角八面体内所有实电荷加上截角八面体与连续电介质...
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