草鱼生长速度相关的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术通过对NPY基因部分片段进行扩增，通过SNaPshot SNP分型方法，提供一种草鱼生长速度相关的SNP标记，其中，S1位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子(ATG，以ATG的第一个核苷酸为第一位)起第639位，且该位置处碱基为T或A；S2位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子起第892位，且该位置处碱基为C或A。这两个SNP位点可用于鉴定或选育生长速度较快的草鱼，为筛选和建立草鱼快长新品系奠定基础。

Grass carp SNP markers related to growth rate and its application

The NPY gene fragment was amplified by SNaPshot method, SNP, a grass carp growth rate of SNP markers, which, from the start codon S1 in intron 1 of NPY gene sequences (ATG, with the first nucleotide ATG first) 639th, and the location base is T or A; 892nd from the start codon S2 in intron 1 of NPY gene sequences, and the position of base for C or A. The two SNP loci can be used for identification or breeding of faster growth of grass carp, to lay the foundation for the selection and establishment of grass carp fast Changxin lines.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于动物分子生物学DNA标记技术与应用领域，具体涉及一种草鱼生长速度相关的SNP标记、用于检测SNP单倍型的序列、引物对及该SNP标记在辅助草鱼快长品系的选育工作中的应用。
技术介绍
草鱼(Ctenopharyngodonidella)属雅罗鱼亚科(Leuciscinae)、草鱼属(Ctenopharyngodon)，是我国淡水养殖鱼类中年产量最大的养殖对象，因草鱼生长速度快，肉质鲜美，深受人们喜爱。目前养殖草鱼还有一定的效益空间，但从生产支出看，2008年以来饲料成本不断上涨，饲料成本占了草鱼养殖的70％以上成本。近年来，草鱼亲鱼遗传背景不清、近亲繁殖导致草鱼出现种质退化的现象，草鱼在繁殖过程中多采用对挑选的亲鱼进行人工催产后放入产卵池让其自然交配产卵，在这种繁殖过程中虽然在一定程度上减少了草鱼后代遗传多样性的降低，对草鱼遗传多样性的保护有一定的积极意义。但是这种繁殖方式往往也要根据生产上的需要，繁殖过程中产池中的亲鱼从1组到30组不等(1组为1尾雌鱼和1尾雄鱼)，这种模式亲鱼与亲鱼之间交配繁殖是随机的，由于亲本遗传信息不清，往往会导致近亲繁殖和亲本质量较差的在一起繁殖，这样繁殖出的草鱼鱼苗质量没有保障，往往导致成活率低，生长缓慢等。选育出生长速度更快的草鱼新品种可以节约饲料成本，缩短养殖周期进而大幅度降低草鱼养殖成本，因此，开发快速可靠的育种技术，进行草鱼快长品种(系)的培育十分必要。在开展常规选育研究的同时，开发和应用分子标记辅助育种技术可加快草鱼良种选育进程。SNP是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸变异而产生的多态性，位于基因编码区的非同义SNP可导致氨基酸的变化，从而影响蛋白质的功能，特别是发生在结构功能区域的SNP尤其重要，最终引起生物表型的变化。此外，在SNP标记研究和应用中发现，基因组上相邻SNPs的等位位点倾向以整体形式遗传给后代，这种一组相关联的SNPs等位位点被称作单倍型(haplotype)。为了更有效的鉴定与性状密切相关的分子标记，必须对整个基因序列上的SNPs所构成的单倍型进行关联分析。神经肽Y(neuropeptideY，NPY)是一种含36个氨基酸残基的神经递质，其结构与Y肽(PYY)和胰多肽(PP)相近，因此被归为胰多肽家族。广泛分布于哺乳动物的中枢和周围神经系统及组织、器官，与许多部位的神经元中其他神经递质共存，如去甲肾上腺素，也可以由非神经元细胞合成及释放。NPY参与体内多种生理调节过程，对脊椎动物的摄食起到重要的促进作用，NPY对能量代谢有重要的调节作用，其主要生物学功能还包括对食物摄取、血压、激素分泌、生长发育、调节体温、生物节律、性行为等生理过程的调节作用。SNaPshotSNP分型是一种以单碱基延伸原理为基础，同时利用多重PCR对多个已知SNP位点进行遗传分型的方法。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI3730测序仪跑胶后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。
技术实现思路
本专利技术通过对NPY基因部分片段进行扩增，通过SNaPshotSNP分型方法，提供一种草鱼生长速度相关的SNP标记，并用于鉴定或选育生长速度较快的草鱼，为筛选和建立草鱼快长新品系奠定基础。本专利技术的具体技术方案如下：一种草鱼生长速度相关的SNP标记，包括两个SNP位点S1和S2，所述S1位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子(ATG，以ATG的第一个核苷酸为第一位)起第639位，且该位置处碱基为T或A；所述S2位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子起第892位，且该位置处碱基为C或A；所述NPY基因的内含子1序列如SEQIDNO：1所示，其中，SEQIDNO：1的核苷酸序列如下：CTGTCTGGAATGACTGGAAATACTGTGGTTACATTGCCAAATAATCCATGCAAAGTTATCAACAGAGCACACATACAATCCAAAATCCCTTATTCTAACTCTTTTATCCTATGGTTTGAGCACAATGGCCATGTTTTTTTAGCTCCAGCAAAACTAATGCATTTTGACCCAGTTTCATATCATGCCTGAATCAATCAAATGCTTTCCATTTCCTCTCCATTTCAAGGTGTTTTTTTTAATCATCATTTCATCTCCAAAAAGACGCATCCTTGTATGCATATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTATTTTTTTTGGAGGGTGGGGGGGTCCATTTTACTTCATTATTTTTGCTGAGGGAATCATTGAAGGGAAAAAATCACTTTCTCTAATGTTTCTCCTGCTTTTCAGATTTTACATTTGAGAAAAAGACCTCAGTAATACATTGTCTTCTCGAACAATGTCTCGCACTGTTCTCGGATATTACAAAATACCAAGTCTGCTATCAAAAGTCAGATTTTTGTATAGATTTTTAATATGAGCTGAAACATTTTTCTTAAAATTTATCCAAAGGTTAAGCTATCCACATTTATTTTATAACTTTCTTGCTCATATTGTATGTTGACACTTGTCTCGTTTGTGTCTATTTTTTCTTTTATAATTTTAAGGGGAAACATAAACAAATGGGACAAATGCTTCATTGAAACAATACCGAGTTATGAAAGAGCAATAAAGCTTTCCTCTGGCTTTATATACATAAATATCATGCAATATATCATGATAATCATAAAATGGCTCTTTGTTTGCTCTATAGGATAAATGAAACCTTGCCTATCAGGTTCAGCATATGTGTAGGTAGATATCAAGATGACATTTTTAGTAAAGAACACCAGAACAACCTAAGAAGTTTAAAAGGTGAATCAGGTGGACAAAACTGGCAGTTTCAGATGATGACTCGAACCTCTTGTGTTTAGTGCAAAATAACGTCCCTAAATAACCTCCCACGCATTCAAATGAGGACCAAACAAGCGCGTTTTAAAGCAGTGATGACAGAGGATTTAATCCGTGACGCGGGCTCGCGCGCATCAAAAGAGTCGCGCGCAATTGCGCGTGGGCTCCTCTCTTTATGGCACGAGCCATACAAGTATAAAACCAGGCGACGCACGACTCAGATTGCAGAAAATTGGAGAAGTCGAGACCCACCGAGCAAGAAGGGCAATCAAGACCTCATTCAAGGAAGTGTAAGTGCATGATTTATATTATGCTTTTACGTTATATGGAAGCTTTATTTTATTAAAAGTTTTATTTCTTTTAGAAAGTAATGAAATTTAGTTGTTGTTAAATATCTTTATTAGGTTAGTATTATTAAATATCA本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种草鱼生长速度相关的SNP标记，其特征在于，包括两个SNP位点S1和S2，所述S1位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子起第639位，且该位置处碱基为T或A；所述S2位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子起第892位，且该位置处碱基为C或A；所述NPY基因的内含子1序列如SEQ ID NO：1所示。

【技术特征摘要】
1.一种草鱼生长速度相关的SNP标记，其特征在于，包括两个SNP位点S1和S2，所述S1位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子起第639位，且该位置处碱基为T或A；所述S2位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子起第892位，且该位置处碱基为C或A；所述NPY基因的内含子1序列如SEQIDNO：1所示。2.用于扩增权利要求1所述的SNP位点S1和S2所在基因片段的引物对，其特征在于，所述引物对具有SEQIDNo：2-3所示的核苷酸序列。3.用于检测权利要求1所述的SNP位点S1和S2单倍型的延伸引物，其特征在于，用于检测S1位点的引物具有SEQIDNo：4所示的核苷酸序列，用于检测S2位点的引物具有SEQIDNo：5所示的核苷酸序列。4.一种利用权利要求1所述的SNP位点鉴定草鱼生长性能的方法，其特征在于，具体包括以下步骤：(1)提取样品DNA，贮存备用；(2)PCR扩增反应：利用上述具有SEQIDNo：2-3所示核苷酸序列的引物对，对待测草鱼DNA进行PCR扩增，获取含有S1位点和S2位点的目标片段；(3)凝胶检测和纯化：将步骤(2)获得的扩增产物用1％的琼脂糖凝胶(120V，30min)，琼脂糖凝胶在紫外灯下显色，检测到432bp单条谱带，即用ExoI和Sap对PCR产物进行纯化；(4)延伸反应：利用上述具有SEQIDNo：4-5所示核苷酸序列延伸引物，对纯化后的PCR产物进行延伸反应；(5)分型判定：延伸反应结束后，取1uL延伸产物，加8uL上样loading，95℃变性3min，立即冰水浴，测序仪型号为ABI3730XL，进行SNaPshot分型，根据测序结果峰图的颜色可判断所测个体的单倍型，若为D1(ATAC)和D2(AAAA)，则判定该样品为快长型草鱼，若为D3(TTCC)和D4(ATAA)，则判定该样品为普通草鱼。5.根据权利要求4所述的鉴定草鱼生长...

【专利技术属性】
技术研发人员：樊佳佳，朱冰，白俊杰，姜鹏，马冬梅，李胜杰，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院珠江水产研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44