一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记制造技术

本发明专利技术涉及一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记。所述SNP标记是位于白菜类作物A03染色体上BrFLC5基因的外显子3的Pi3+1位的核苷酸，其为A或G。所述SNP标记的GG基因型个体的抽薹开花时间晚于GA和AA基因型的个体。本发明专利技术所述的SNP标记能够高通量鉴定白菜类作物控制抽薹开花相关基因BrFLC5存在的功能性变异位点，经检验目标位点基因型的检测准确率可高达百分之百，具有高效性和准确性；同时操作简便、价格低廉，在白菜类作物耐抽薹性分子育种中能够有效地开展标记辅助选择。

【技术实现步骤摘要】
一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记
本专利技术属于白菜类作物分子育种
，具体涉及一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记。
技术介绍
白菜类作物包括大白菜、小白菜、菜薹、水菜、乌塌菜、芜菁等多种类型的蔬菜作物以及作为油料作物的白菜型油菜，在全世界范围内栽培广泛，历史悠久。抽薹开花是白菜类作物的重要农艺性状之一，抽薹开花的时间直接影响白菜类作物的商品品质。在我国的春季及高寒地区的秋冬白菜类作物的生产栽培中，遭遇低温常常会导致先期抽薹开花，使得其完全丧失商品性，成为困扰生产的一大难题。提高品种的耐先期抽薹性一直以来就是白菜类蔬菜的重要育种目标。FLC是开花抑制因子，参与了植物开花调控网络中的春化路径和自主路径，在营养生长向生殖生长转换的调控网络中起到重要作用。低温可以抑制FLC基因的表达，从而解除FLC对开花的抑制作用，使得植物开花。FLC基因丧失功能会导致植物对低温的要求降低，不需要经历低温抑制FLC基因表达的过程，从而表现为早开花。白菜的祖先在与拟南芥分化后经历了基因组三倍化的过程(Wangetal.,2011)。在白菜基因组中存在4个FLC的同源基因，分别为BrFLC1、BrFLC2、BrFLC3和BrFLC5，其中BrFLC1、BrFLC2、BrFLC3来自基因组三倍化复制，BrFLC5则是拟南芥与白菜的共同祖先经历基因组α复制产生的，这个拷贝在拟南芥基因组中已经丢失，但在白菜类作物中保留下来(Yangetal.,2006)。白菜类作物的4个FLC同源基因位于不同的染色体上，其中BrFLC1位于A10染色体，BrFLC2位于A02染色体，BrFLC3和BrFLC5位于A03染色体(Schranzetal.,2002)。张学铭等(2014)发现BrFLC5的外显子3存在Pi3+1(G-A)变异，这个变异导致BrFLC5基因不能正常转录。携带A基因型位点的白菜类作物的开花时间较携带G基因型位点的白菜类作物显著提早。利用这个位点的变异可以对白菜类作物的抽薹早晚进行预测。竞争性等位基因特异性PCR(KASP)技术是一种高通量、低成本、低错误检测率的SNP分型方法，已成为国际上SNP分析的主流方法之一，在作物分子育种方面已经被广泛应用。开发基于KASP技术的BrFLC5的SNP标记将能够用于白菜耐抽薹性的早期评估，有效提高耐抽薹分子育种的效率。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是针对现有技术的不足提供一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记，所述SNP标记能够鉴定白菜类作物控制抽薹开花相关基因BrFLC5存在的功能性变异位点，从而在白菜类作物耐抽薹性分子育种中有效地开展标记辅助选择，操作简便。为此，本专利技术提供了一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记，所述SNP标记是位于白菜类作物A03染色体上BrFLC5基因的外显子3的Pi3+1位的核苷酸，其为A或G。根据本专利技术，SNP的位置是基于1.5版本的白菜基因组序列而确定的。在本专利技术的一些实施例中，所述SNP标记的GG基因型个体的抽薹开花时间晚于GA和AA基因型的个体。本专利技术还提供了一种用于PCR扩增所述SNP标记的引物，其序列信息为：正向FAM荧光引物：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGAGCTACTAGAACTTGTGGAAAGG-3'；正向VIC荧光引物：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCATGAGCTACTAGAACTTGTGGAAAGA-3'；反向引物：5'-GGAGGAGAGCAAAAATAGTCTCAG-3'。本专利技术又提供了一种所述SNP标记在白菜类作物抽薹开花鉴定中的应用。根据本专利技术，所述SNP标记的GG基因型个体的抽薹开花时间晚于GA和AA基因型的个体。在本专利技术的一些实施例中，所述的应用包括以下步骤：A，提取待测白菜类作物的DNA，获得DNA模板；B，向步骤A提取的DNA模板中加入特异的KASPPrimermix和通用的KASPMastermix，进行PCR扩增，获得PCR产物；C，对PCR产物进行荧光检测分析，根据PCR产物发出的荧光对白菜类作物的抽薹开花进行鉴定；所述KASPPrimermix含有三种特异性的引物，分别为：正向FAM荧光引物：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGAGCTACTAGAACTTGTGGAAAGG-3'；正向VIC荧光引物：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCATGAGCTACTAGAACTTGTGGAAAGA-3'；反向引物；5'-GGAGGAGAGCAAAAATAGTCTCAG-3'；所述KASPMastermix包含如下各组分：通用的TRETcassette荧光引物，ROX内参染料，KlearTaqDNA聚合酶和dNTP。根据本专利技术，若PCR产物发出的荧光为FAM荧光，则待测白菜类作物为SNP标记的GG基因型个体；若PCR产物发出的荧光为VIC荧光，则待测白菜类作物为SNP标记的AA基因型个体；若PCR产物发出的荧光为FAM和VIC的混合荧光，则待测白菜类作物为SNP标记的GA基因型个体。在本专利技术的一些实施例中，所述PCR扩增的反应体系为：组分96孔板384孔板1536孔板DNA模板5μl2.5μl0.625μlKASPPrimerMix5μl2.5μl0.625μlKASPMasterMix0.14μl0.07μl0.0175μl反应总体积10.14μl5.07μl1.2675μl所述PCR扩增的步骤为：在专利技术的另一些实施例中，所述PCR扩增还包括以下步骤：本专利技术的有益效果为：本专利技术所述的SNP标记能够高通量鉴定白菜类作物控制抽薹开花相关基因BrFLC5存在的功能性变异位点，经检验目标位点基因型的检测准确率可高达百分之百，具有高效性和准确性；利用该标记一次PCR可检测1536个样品(实验使用1536微孔板时)，或384个样品(实验使用384微孔板时)或96个样品(实验使用96微孔板时)，每个样品的检测费用仅为0.3元/样品(1536孔板)，0.8-1.0元/样品(384孔板)，1.8元/样品(96孔板)，操作简便、价格低廉，在白菜类作物耐抽薹性分子育种中能够有效地开展标记辅助选择。附图说明图1为实施例1中对281份白菜材料的PCR扩增产物进行荧光检测的结果示意图。具体实施方式为使本专利技术容易理解，下面将详细说明本专利技术。本专利技术所涉及的用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记，是位于白菜类作物A03染色体上BrFLC5基因的外显子3的Pi3+1位的核苷酸，其为A或G；含有该SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO:4所示，SNP位点为该序列的第63位核苷酸y，y为A或G；所述SNP标记的GG基因型个体的抽薹开花时间晚于GA和AA基因型的个体。根据本专利技术，SNP的位置是基于1.5版本的白菜基因组序列(Bra022771(B.rapachromosomeV1.5)2013-05-17)而确定的，网址：http://brassicadb.org。根据SNP突变信息特点，设计特异成套的竞争性等位基因特异性PCR引物，包括两条正向引物(正向FAM荧光引物和正向VIC荧光引物)、一条反向引物；其序列信息为：正向FAM荧光引物：5'-G本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记，所述SNP标记是位于白菜类作物A03染色体上BrFLC5基因的外显子3的Pi3+1位的核苷酸，其为A或G。

【技术特征摘要】
1.一种用于白菜类作物抽薹开花鉴定的SNP标记，所述SNP标记是位于白菜类作物A03染色体上BrFLC5基因的外显子3的Pi3+1位的核苷酸，其为A或G。2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，SNP的位置是基于1.5版本的白菜基因组序列而确定的。3.根据权利要求1或2所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的GG基因型个体的抽薹开花时间晚于GA和AA基因型的个体。4.一种用于PCR扩增权利要求1-3任一项所述SNP标记的引物，其序列信息为：正向FAM荧光引物：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGAGCTACTAGAACTTGTGGAAAGG-3'；正向VIC荧光引物：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCATGAGCTACTAGAACTTGTGGAAAGA-3'；反向引物：5'-GGAGGAGAGCAAAAATAGTCTCAG-3'。5.一种权利要求1-3任一项所述SNP标记在白菜类作物抽薹开花鉴定中的应用。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述SNP标记的GG基因型个体的抽薹开花时间晚于GA和AA基因型的个体。7.根据权利要求5或6所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：A，提取待测白菜类作物的DNA，获得DNA模板；B，向步骤A提取的DNA模板中加入特异的KASPPrimermix和通用的...

【专利技术属性】
技术研发人员：武剑，郗希，王晓武，梁建丽，程锋，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11