浸润性和预后的乳腺癌生物标志物标签制造技术

描述了从正常乳腺至原位导管癌的转化和至浸润性导管癌(IDC)的转化的microRNA特征谱及其使用方法。描述了使用microRNA标签区分浸润性癌与原位癌的诊断和预后的方法。还描述了microRNA表达用于预测总体存活期和转移时间的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】浸润性和预后的乳腺癌生物标志物标签专利技术人：CarloM.Croce,StefanoVolinia相关申请的交叉参考本申请要求2012年1月20日提交的美国临时申请号61/588,790的利益，为了所有目的，将所述美国临时申请的完整公开内容通过引用明确地并入本文。关于联邦政府资助的研究的声明本专利技术是在国立卫生研究院授予的基金号U01-CA152758和U01-CA154200下由政府资助进行的。政府具有本专利技术的某些权利。
本专利技术总地来说涉及分子生物学领域。更具体地，其涉及癌症相关技术。本专利技术的某些方面包括在乳腺癌的诊断、治疗和预后中的应用。专利技术背景乳腺癌(BC)是复杂疾病，特征在于遗传改变的异质性，并且受几个环境因子影响。原位导管癌(DCIS)是反映恶性细胞在乳腺导管内的增殖(而无穿过基膜的浸润)的异质性的病变群体。约80％的所有乳腺癌为浸润性导管癌(IDC)，这是最常见的BC类型。具有不同分子亚型(管腔A/B、HER2+和基底样)的乳腺肿瘤具有明显不同的mRNA特征谱。直至1980年，DCIS很少被诊断，并且代表<1％的BC。随着乳房x线摄影术的使用增加，DCIS成为最快速增加的BC的亚组，在美国占据15％–25％的新诊断的BC病例。MicroRNA(miRNA)是一类具有调节功能的保守非编码RNA，其在癌症中发挥重要作用。miRNA的微阵列分析近年来已产生许多新的知识。仍然存在对关于miRNA的功能和活性的信息以及可用于它们的表征和分析的方法及组合物的需要。然而，全基因组mRNA表达研究不能鉴定进展期特异性基因。专利技术概述在第一广泛方面，本文中描述了显示增加的不良预后乳腺癌的风险的乳腺癌标签。标签包括来自人受试者的组织的测试样品中miRNA/mRNA标签的水平变化的测定。在一个实施方案中，miRNA/mRNA标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；和mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成。测试样品的miRNA和mRNA基因产物的水平相对于无癌症组织的对照样品的对应miRNA和mRNA基因产物水平的变化表明人受试者具有不良的BC的存活预后。在另一个方面，本文中提供了确定人受试者是否具有不良的乳腺癌(BC)存活预后的方法。方法通常包括测量来自人受试者的组织的测试样品的miRNA/mRNA标签的水平，其中所述miRNA/mRNA标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成。方法通常还包括测定受试者的存活预后；其中测试样品的miRNA和mRNA基因产物水平相对于无癌组织的对照样品的对应miRNA和mRNA基因产物水平的变化表明人受试者具有不良的BC存活预后。在另一个方面，本文中提供了诊断人受试者是否具有与不良预后相关的BC或处于发生所述BC的风险中的方法，其包括：(1)从获自人受试者的组织的测试样品逆转录RNA以提供一组靶寡脱氧核苷酸；(2)将所述靶寡脱氧核苷酸与包含miRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列杂交以提供所述测试样品的杂交特征谱，其中所述微阵列包含针对miRNA/mRNA标签的mRNA-特异性探针寡核苷酸，所述标签由如下基因产物组成：miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1；(3)将测试样品杂交特征谱与从无转移组织的对照样品产生的杂交特征谱相比较，和，(4)基于miRNA/mRNA基因产物标签的变化，诊断人受试者是否患有与不良预后相关的BC或处于发生所述BC的风险中。在某些实施方案中，测定患有浸润性导管癌(IDC)乳腺癌(BC)的受试者的存活预后的步骤。在某些实施方案中，测定受试者的存活预后的步骤预测总体存活期(OS)。在某些实施方案中，相对于对照样品，miRNA和mRNA的标签组与特异于这样的miRNA和mRNA的探针杂交，表明人患者的不良存活的预后。在另一个方面，本文中提供了用于确定具有乳腺癌(BC)的人受试者是否具有不良存活结果的方法，其包括：测定获自人受试者的乳腺细胞的核酸样品以测定所述核酸样品的miRNA/mRNA标签的表达水平，所述miRNA/mRNA标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；以及mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成；以及确定所述人受试者具有不良存活结果，如果与对照核酸样品相比较，核酸样品的miRNA/mRNA标签的表达水平存在变化的话。在另一个方面，本文中提供了用于测试结肠癌相关疾病的DNA芯片，在所述芯片上探针已被固定来测定miRNA/mRNA标签，所述标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种确定人受试者是否具有乳腺癌(BC)的不良存活预后的方法，其包括：测量来自人受试者的组织的测试样品的miRNA/mRNA标签的水平，所述miRNA/mRNA标签由：i)miRNA基因产物：hsa‑miR‑103、hsa‑miR‑1307、hsa‑miR‑148b、hsa‑miR‑324、hsa‑miR‑326、hsa‑miR‑328、hsa‑miR‑365、hsa‑miR‑484、hsa‑miR‑874a、hsa‑miR‑93；和ii)mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成；以及，确定受试者的存活预后；其中测试样品中miRNA和mRNA基因产物的水平相对于无癌症组织对照样品中对应miRNA和mRNA基因产物的水平的变化，表示人受试者具有BC的不良存活预后。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2012.01.20 US 61/588,7901.测量miRNA/mRNA标签的水平的试剂在制备用于通过下列步骤确定人受试者是否具有乳腺癌的不良存活预后的试剂中的用途：测量来自人受试者的组织的测试样品的miRNA/mRNA标签的水平，所述miRNA/mRNA标签由：i)miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；和ii)mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成；以及，确定受试者的存活预后；其中测试样品中miRNA和mRNA基因产物的水平相对于无癌症组织对照样品中对应miRNA和mRNA基因产物的水平的变化，表示人受试者具有乳腺癌的不良存活预后。2.包含miRNA-和mRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列在制备用于诊断人受试者是否患有与不良预后相关的乳腺癌或处于发生所述乳腺癌的风险中的试剂中的用途，所述诊断包括：(1)从获自人受试者的组织的测试样品逆转录RNA以提供一组靶寡脱氧核苷酸；(2)将所述靶寡脱氧核苷酸与包含miRNA-和mRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列杂交以提供所述测试样品的杂交特征谱，其中所述微阵列包含针对miRNA/mRNA标签的miRNA-和mRNA-特异性探针寡核苷酸，所述标签由：i)miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；和ii)mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成；(3)将所述测试样品杂交特征谱与从无癌细胞的对照样品产生的杂交特征谱相比较，和，(4)基于所述miRNA/mRNA标签的变化，诊断人受试者是否患有与不良预后相关的乳腺癌或处于发生所述乳腺癌的风险中。3.测定获自人受试者的乳腺细胞的核酸样品以确定所述核酸样品的miRNA/mRNA标签的表达水平的试剂在制备用于通过下列步骤确定患有乳腺癌的人受试者是否具有不良存活结果的试剂中的用途：测定获自人受试者的乳腺细胞的核酸样品以确定所述核酸样品的miRNA/mRNA标签的表达水平，所述miRNA/mRNA标签由：i)miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874a、hsa-miR-93；和ii)mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成；以及，确定所述人受试者具有不良存活结果，如果与对照样品相比较所述核酸样品的miRNA/mRNA标签的表达水平存在变化的话。4.权利要求1-3的任一项的用途，其中相对于对照样品，miRNA/mRNA标签中的miRNA和mRNA各自与至少一个对于这样的miRNA和mRNA特异性的探针杂交。5.权利要求1-3的任一项的用途，其中通过检测转录的多核苷酸或其部分的存在来评估miRNA和mRNA的表达水平，其中所述转录的多核苷酸包含miRNA或mRNA的编码区。6.权利要求1-3的任一项的用途，其中所述样品为乳腺癌相关的体液、细胞...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·M·克罗斯，S·弗里尼亚，
申请(专利权)人：俄亥俄州立大学，
类型：发明
国别省市：美国;US