作为用于乳腺癌风险评估、诊断、预后和治疗的标记的ｃｈｒ２和ｃｈｒ１６的遗传性变型制造技术

本发明专利技术涉及作为乳腺癌易感性变体的某些Ｃｈｒ２ｑ１４、Ｃｈｒ２ｑ３５和Ｃｈｒ１６ｑ１２上的遗传性变型。描述了使用这些变型对乳腺癌的易感性增加和／或降低的风险评估和诊断的方法。本发明专利技术进一步涉及诊断对乳腺癌的易感性的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】作为用于乳腺癌风险评估、诊断、预后和治疗的标记的 chr2和chr16的遗传性变型
技术介绍
迄今为止，在世界范围内，乳腺癌是女性最常见的癌症。当前全球每年的发病率超 过1，151，000个新增诊断病例(Parkin et al.，2005)。乳腺癌发病率在发达国家是最高 的，特别是在北欧种族血统的群体中，并且这种发病率还在增加。在美国，每年年龄标化发 病率为每100，000群体大约131个病例，这超过世界平均水平的三倍。在北欧国家，比率同 样高。在2006年，估计在美国将新诊断214，650个侵袭性乳腺癌病例，并且41，430个人将 死于该疾病[Jemal,et al.，(2006)，CACancer J Clin，56，106-30]。对于该数字必需增加 另外的61，980个在2006年预期的乳腺导管原位癌和小叶原位癌诊断。从个人角度看，在 美国女性中，形成乳腺癌的终生可能性为13. 2% (即每八个女性中的一个在其生命期间形 成乳腺癌)。对于大多数癌症，早期检测和适当治疗是重要因素。总的来说，乳腺癌的5-年 存活率为88 %。然而，在存在有区域型侵袭性疾病或转移性疾病的个体中，存活率分别降低 到 81%禾口 26% [Jemal, et al.，(2006)，CA Cancer J Clin，56，106—30]。逐渐地，重点落在鉴定处于原发性乳腺癌或复发性乳腺癌的高风险的个体。这样 的个体可以通过更密集的筛选、预防性化学疗法、激素疗法以及预防性手术——在个体处 于极高风险的情况下——进行处理。群体筛选检查计划对卫生事业形成巨大的经济负担， 而预防性疗法具有相关联的风险与生活品质影响。乳腺癌的遗传诱因乳腺癌的两种主要类型的已知风险因素是内分泌因素和遗传。对于后者，大 约12%的乳腺癌患者具有一个或多个患有乳腺癌的一级亲属[(2001)，Lancet, 358, 1389-99]。公知的主要乳腺癌诱因基因BRCAl和BRCA2赋予携带者大大增加的乳腺癌风 险，终生外显率估计值的范围为40-80%。BRCAl和BRCA2突变的存在可以解释大多数具 有6个或以上乳腺癌病例的家族和大部分包含乳腺癌和卵巢癌或男性乳腺癌的家族。然 而，这样的家族的确是非常罕见的。发现BRCAl和BRCA2突变在具有较少病例的家族中或 者在特征仅在于乳腺癌病例的家族中的频率低得多。合起来，BRCAl和BRCA2的突变可以 占15-20%的家族性乳腺癌风险。在非基础群体(non-founder population)中，如果可以 检测所有常见的BRCA突变，那么预期2-3%之间的乳腺癌发生患者将包含突变[Gorski， et al.，(2005),Breast Cancer Res Treat,92,19-24 ； (2000),Br J Cancer,83，1301—8]。 该低的“发现机会”统计将BRCA突变检测的可靠应用排除在具有明显的遗传诱因的家族之 外(Anon[(2003)，J Clin Oncol，21，2397-406])。已知稀少、高外显率突变在 TP53 和 PTEN 基因中发生，然而，这些一起占不超过5%的乳腺癌的总遗传风险[Easton，(1999), Breast Cancer Res, 1，14-7]。连锁研究在鉴定任何更多的普遍的赋予高乳腺癌风险的突变中已经 基本上失败[Smith, et al.，(2006)，Genes Chromosomes Cancer，45，646-55]。最近的流行病学研究已经表明多数乳腺癌病例在易生病、易感染的少数群体中 出现[Antoniou, et al.，(2002)，Br J Cancer，86，76-83 ；Pharoah, et al.，(2002)，Nat Genet, 31, 33-6]。来自孪生研究的数据和存活的原发性乳腺癌患者的对侧乳房中癌症恒定 的高发病率的观测表明乳腺癌的大部分的未表征风险与内源性因素相关，最可能与遗传因素相关[Lichtenstein，et al.，(2000)，N Engl J Med，343，78—85 ；Petoand Mack, (2000)， Nat Genet，26，411-4]。支持该普遍风险的遗传因素的知识是非常有限的。使用赋予低到中 等风险并且可彼此相互作用和与激素风险因素相互作用的风险等位基因，种族隔离分析预 测乳腺癌的非特征遗传风险很可能本质上是多基因的。然而，这些研究预测通过俘获这些 低到中等风险等位基因的遗传序型分析可限定的分布的最高和最低五分之一之间的相对 危险度的差异差不多有 40 倍[Antoniou，etal.，(2002)，Br J Cancer, 86, 76-83 ；Pharoah, et al. , (2002), Nat Genet，31，33-6]。预期所有乳腺癌病例的88%在易感染的50%的 群体中出现，并且12%的最高风险的群体占所有乳腺癌病例的50% [Pharoah, et al., (2002)，Nat Genet, 31, 33-6 ；Pharoah, (2003)，Recent Results Cancer Res，163，7-18 ； discussion 264-6]。因此，许多关注集中于鉴定这样的遗传易感染个体并且对他们发展个 性化的医疗管理策略。我们和其他人已经示出冰岛具有显著的家族性乳腺癌风险，该风险延伸到至少第 五级亲属[Amundadottir，et al.，(2004)，PLoSMed, 1，e65 ；Tulinius, et al.，(2002)，J Med Genet，39，457-62]。在冰岛，BRCAl突变对家族性风险的作用被认为是最小的[Arason， et al. ,(1998),J Med Genet, 35,446-9 ；Bergthorsson,et al. ,(1998),Hum Mutat,Su ppl 1，S195-7]。在 BRCA2 基因(999del5)中单一基础突变(single foundermutation)存 在的携带者频率在普通冰岛人群体中为0. 6-0. 8%，而在女性乳腺癌患者中为7. 7-8.6% [Thorlacius, et al.，(1997)，Am J Hum Genet, 60，1079-84 ；Gudmundsson,et al.，(1996)， Am J Hum Genet，58，749-56]。估计该单一突变占对第一到第三级亲属大约40 %的遗传 乳腺癌风险[Tulinius, et al.，(2002), J Med Genet，39，457-62]。尽管该估计高于在非 基础群体中归因于组合的所有BRCA 1和2突变的15-25%的家族性风险，但是仍有大约 60%的冰岛人家族性乳腺癌风险有待解释。检测对BRCA2999del5阴性的患者的一级亲属 保持 1. 72 倍的乳腺癌的群体风险(95% CI 1. 49-1. 96) [Tulinius, et al.，(2002)，J Med Genet,39，457-62]。对促进剩余的乳腺癌的遗传风险的遗传因素的理解是非常有限的本文档来自技高网...

【技术保护点】
在人类个体中确定乳腺癌的易感性的方法，包括确定至少一个多态标记的至少一个等位基因在从所述个体获得的核酸样品或源自所述个体的基因型数据集中存在或不存在，其中所述至少一个多态标记选自在表１０、表１５和表１９任一个中列出的多态标记，和与它们连锁不平衡的标记，并且其中所述至少一个等位基因的存在表示所述个体对乳腺癌的易感性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】IS 2007-3-26 8625;IS 2007-5-25 8648在人类个体中确定乳腺癌的易感性的方法，包括确定至少一个多态标记的至少一个等位基因在从所述个体获得的核酸样品或源自所述个体的基因型数据集中存在或不存在，其中所述至少一个多态标记选自在表10、表15和表19任一个中列出的多态标记，和与它们连锁不平衡的标记，并且其中所述至少一个等位基因的存在表示所述个体对乳腺癌的易感性。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一个多态标记位于具有如SEQID N0:4、 SEQ ID NO 5或SEQ ID NO 6中列出的序列的基因组区段内。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一个多态标记选自表10、表15和表 19任一个中列出的标记。4.根据前述权利要求任一项所述的方法，其中所述至少一个多态标记选自 rs4848543(SEQ ID NO 1)、rs3803662(SEQ ID NO 3)和 rsl3387042(SEQ ID NO :2)。5.根据前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括在所述个体中评估至少一种单元 型的频率。6.前述权利要求任一项所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的存在赋予 的易感性是增加的易感性。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述等位基因A在标记rs4848543中存在、等位基 因T在标记rs3803662中存在和/或等位基因A在标记rsl3387042中存在表示对乳腺癌 的易感性增加。8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的存在表示 对乳腺癌的易感性增加，其中相对危险度(RR)或优势比(OR)为至少1. 20。9.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的存在表示 易感性增加，其中相对危险度(RR)或优势比(0R)为至少1.25。10.根据权利要求1-5的任一项所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的 存在赋予的易感性是降低的易感性。11.前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括分析包含来自人类个体的基因组 DNA的样品或源自人类个体的基因型数据集中存在或不存在不与表10、表15和表19列出 的标记的任何一个连锁不平衡的至少一个乳腺癌风险变体的至少一个风险等位基因。12.权利要求1-9的任一项所述的方法，包括确定在至少两个多态标记中存在或不存 在至少一个等位基因，其中在所述至少两个多态标记中存在至少一个等位基因表示对乳腺 癌易感性增加。13.根据前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括确定在从所述个体获得的核酸 样品中或在源自所述个体的基因型数据集中存在或不存在乳腺癌的至少一种高外显遗传 因素的步骤。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述高外显遗传因素是BRCA2999del5。15.根据前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括评估所述个体的雌激素受体或 孕酮受体状态。16.根据权利要求15所述的方法，其中在所述个体中雌激素受体阳性状态或孕酮受体 阳性状态与乳腺癌风险增加相关联。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述乳腺癌风险增加与rsl3387042等位基因A和/或rs3803662等位基因T以及与它们连锁不平衡的标记相关联。18.前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括分析非遗传信息以进行所述个体的 风险评估、诊断或预后。19.权利要求18所述的方法，其中所述非遗传信息选自龄、性别、种族、社会经济状况、 前疾病诊断、患者病史、乳腺癌家族史、生化测量和/或临床测量。20.权利要求11-19任一项所述的方法，进一步包括计算组合风险。21.确定在先前诊断患有乳腺癌的个体中形成至少第二原发性肿瘤的风险的方法，所 述方法包括确定至少一个多态标记的至少一个等位基因在从所述个体获得的核酸样品或 源自所述个体的基因型数据集中存在或不存在，其中所述至少一个多态标记选自在表10、 表15和表19任一个中列出的多态标记，和与它们连锁不平衡的标记，并且其中所述至少一 个等位基因的存在表示形成至少第二原发性肿瘤的风险。22.根据权利要求20所述的方法，其中所述至少一个多态标记是rs4848543(SEQ ID NO 1)和与它们连锁不平衡的标记。23.在人类个体中评估对乳腺癌的易感性的试剂盒，所述试剂盒包括用于在所述个体 的基因组中选择性检测至少一个多态标记的至少一个等位基因的试剂，其中所述多态标记 选自表10、表15和表19中列出的标记和与它们连锁不平衡的标记，并且其中所述至少一个 等位基因的存在表示对乳腺癌的易感性。24.权利要求23所述的试剂盒，其中所述至少一个多态标记是rs4848543(SEQID NO 1)、rs3803662(SEQ ID NO 3)或 rsl3387042(SEQ ID NO :2)。25.根据权利要求23或24所述的试剂盒，其中所述试剂包括至少一种相邻寡核苷酸、 缓冲液和可检测标记，所述至少一种相邻寡核苷酸与包含所述至少一个多态标记的个体基 因组的片段杂交。26.根据权利要求23-25任一项所述的试剂盒，其中所述试剂包括至少一对寡核苷酸， 其与从所述对象获得的基因组核酸片段的相反链杂交，其中每个寡核苷酸引物对被设计以 选择性扩增所述个体的基因组的片段，所述片段包含一个多态标记，并且其中所述片段的 大小为至少30个碱基对。27.根据权利要求25或26所述的试剂盒，其中所述至少一种寡核苷酸与所述个体的基 因组完全互补。28.根据权利要求23-27任一项所述的试剂盒，其中所述试剂盒包括a.检测寡核苷酸探针，其长度为5-100个核苷酸；b.增强子寡核苷酸探针，其长度为5-100个核苷酸；和c.内切核酸酶；其中所述检测寡核苷酸探针与其核苷酸序列由SEQ ID N0:4、EQID NO :5或SEQ ID NO 6列出的核酸的第一片段特异性杂交，和其中所述检测寡核苷酸探针在其3’端包含可检测标记，并且在其5’端包含猝灭部分；其中所述增强子寡核苷酸的长度为5-100个核苷酸，并且与所述核苷酸序列的第二片 段互补，所述第二片段相对于所述寡核苷酸探针位于5’端，以便当所述两个寡核苷酸都与 所述核酸杂交时，所述增强子寡核苷酸相对于所述检测寡核苷酸探针位于3’端；其中在所述第一片段和所述第二片段之间存在单碱基缺口，以便当所述寡核苷酸探针和所述增强子寡核苷酸探针都与所述核酸杂交时，在所述寡核苷酸之间存在单碱基缺口 ； 禾口其中当所述检测探针与所述核酸杂交时，用内切核酸酶处理所述核酸，将可检测标记 从所述检测探针的3'端切割，以释放游离的可检测标记。29.确定人类个体中乳腺癌的遗传指示物的装置，包括计算机可读存储器；和储存在所述计算机可读存储器上的程序；其中所述程序适合在处理器上执行以针对选自表10、表15和表19中列出的标记和与 它们连锁不平衡的标记的至少一个多态标记，分析至少一个人类个体的标记和/或单元型 信息，并基于所述标记或单元型信息产生输出，其中所述输出包括作为所述人类个体的乳 腺癌的遗传指示物的至少一个标记或单元型的个体风险量度。30.权利要求29所述的装置，其中所述程序进一步包括与所述至少一个标记等位基因 和/或单元型相关联的乳腺癌的风险量度，其中所述风险量度基于在诊断患有乳腺癌的多 个个体中的至少一个多态标记的至少一个等位基因和/或单元型的频率和在多个参考个 体中的至少一个多态标记的至少一个等位基因和/或单元型的频率的指示物的比较，并且 其中所述人类个体的个体风险基于所述个体的至少一个标记等位基因和/或单元型的携 带状态与所述至少一个标记等位基因和/或单元型的风险量度的比较。31.根据权利要求29或30所述的装置，其中所述至少一个多态标...

【专利技术属性】
技术研发人员：西蒙斯泰西，帕特里克舒莱姆，安德烈马诺列斯库，
申请(专利权)人：解码遗传学私营有限责任公司，
类型：发明
国别省市：IS[冰岛]