浸润性和预后的乳腺癌生物标志物标签制造技术

描述了从正常乳腺至原位导管癌的转化和至浸润性导管癌(IDC)的转化的microRNA特征谱及其使用方法。描述了使用microRNA标签区分浸润性癌与原位癌的诊断和预后的方法。还描述了microRNA表达用于预测总体存活期和转移时间的用途。

【技术实现步骤摘要】
本申请是申请号为201380012282.0的分案申请。专利技术人：Carlo M.Croce,Stefano Volinia相关申请的交叉参考本申请要求2012年1月20日提交的美国临时申请号61/588,790的利益，为了所有目的，将所述美国临时申请的完整公开内容通过引用明确地并入本文。关于联邦政府资助的研究的声明本专利技术是在国立卫生研究院授予的基金号U01-CA152758和U01-CA154200下由政府资助进行的。政府具有本专利技术的某些权利。
本专利技术总地来说涉及分子生物学领域。更具体地，其涉及癌症相关技术。本专利技术的某些方面包括在乳腺癌的诊断、治疗和预后中的应用。专利技术背景乳腺癌(BC)是复杂疾病，特征在于遗传改变的异质性，并且受几个环境因子影响。原位导管癌(DCIS)是反映恶性细胞在乳腺导管内的增殖(而无穿过基膜的浸润)的异质性的病变群体。约80％的所有乳腺癌为浸润性导管癌(IDC)，这是最常见的BC类型。具有不同分子亚型(管腔A/B、HER2+和基底样)的乳腺肿瘤具有明显不同的mRNA特征谱。直至1980年，DCIS很少被诊断，并且代表<1％的BC。随着乳房x线摄影术的使用增加，DCIS成为最快速增加的BC的亚组，在美国占据15％–25％的新诊断的BC病例。MicroRNA(miRNA)是一类具有调节功能的保守非编码RNA，其在癌症中发挥重要作用。miRNA的微阵列分析近年来已产生许多新的知识。仍然存在对关于miRNA的功能和活性的信息以及可用于它们的表征和分析的方法及组合物的需要。然而，全基因组mRNA表达研究不能鉴定进展期特异性基因。专利技术概述在第一广泛方面，本文中描述了显示增加的不良预后乳腺癌的风险的乳腺癌标签。标签包括来自人受试者的组织的测试样品中miRNA/mRNA标签的水平变化的测定。在一个实施方案中，miRNA/mRNA标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874 a、hsa-miR-93；和mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成。测试样品的miRNA和mRNA基因产物的水平相对于无癌症组织的对照样品的对应miRNA和mRNA基因产物水平的变化表明人受试者具有不良的BC的存活预后。在另一个方面，本文中提供了确定人受试者是否具有不良的乳腺癌(BC)存活预后的方法。方法通常包括测量来自人受试者的组织的测试样品的miRNA/mRNA标签的水平，其中所述miRNA/mRNA标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874 a、hsa-miR-93；以及mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成。方法通常还包括测定受试者的存活预后；其中测试样品的miRNA和mRNA基因产物水平相对于无癌组织的对照样品的对应miRNA和mRNA基因产物水平的变化表明人受试者具有不良的BC存活预后。在另一个方面，本文中提供了诊断人受试者是否具有与不良预后相关的BC或处于发生所述BC的风险中的方法，其包括：(1)从获自人受试者的组织的测试样品逆转录RNA以提供一组靶寡脱氧核苷酸；(2)将所述靶寡脱氧核苷酸与包含miRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列杂交以提供所述测试样品的杂交特征谱，其中所述微阵列包含针对miRNA/mRNA标签的mRNA-特异性探针寡核苷酸，所述标签由如下基因产物组成：miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874 a、hsa-miR-93；以及mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1；(3)将测试样品杂交特征谱与从无转移组织的对照样品产生的杂交特征谱相比较，和，(4)基于miRNA/mRNA基因产物标签的变化，诊断人受试者是否患有与不良预后相关的BC或处于发生所述BC的风险中。在某些实施方案中，测定患有浸润性导管癌(IDC)乳腺癌(BC)的受试者的存活预后的步骤。在某些实施方案中，测定受试者的存活预后的步骤预测总体存活期(OS)。在某些实施方案中，相对于对照样品，miRNA和mRNA的标签组与特异于这样的miRNA和mRNA的探针杂交，表明人患者的不良存活的预后。在另一个方面，本文中提供了用于确定具有乳腺癌(BC)的人受试者是否具有不良存活结果的方法，其包括：测定获自人受试者的乳腺细胞的核酸样品以测定所述核酸样品的miRNA/mRNA标签的表达水平，所述miRNA/mRNA标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR-328、hsa-miR-365、hsa-miR-484、hsa-miR-874 a、hsa-miR-93；以及mRNA基因产物：ADAT1、ANKRD52、BIRC6、C10orf18、C2CD2、CHD9、CHM、CPT1A、DAAM1、DIP2B、DPY19L3、FAM91A1、GMCL1、ME1、NCOA2、OTUD6B、PDSS2、PIK3CA、SMG1、TRIM23、TTC3、UBR5、UBXN7和ZFC3H1组成；以及确定所述人受试者具有不良存活结果，如果与对照核酸样品相比较，核酸样品的miRNA/mRNA标签的表达水平存在变化的话。在另一个方面，本文中提供了用于测试结肠癌相关疾病的DNA芯片，在所述芯片上探针已被固定来测定miRNA/mRNA标签，所述标签由miRNA基因产物：hsa-miR-103、hsa-miR-1307、hsa-miR-148b、hsa-miR-324、hsa-miR-326、hsa-miR本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于检测受试者的乳腺浸润性导管癌(IDC)的标志物，其包括miR‑210基因产物。

【技术特征摘要】
2012.01.20 US 61/588,7901.一种用于检测受试者的乳腺浸润性导管癌(IDC)的标志物，其包括miR-210基因产物。2.检测权利要求1的miR-210基因产物相较于测试样品的增加的试剂在制备用于检测受试者的乳腺浸润性导管癌的试剂中的用途。3.一种用于检测患有乳腺癌的受试者的从DCIS至IDC的转化的标志物，其包括权利要求1的miR-210基因产物。4.一种用于区分浸润性导管癌(IDC)与原位导管癌(DCIS)的microRNA标签，其包含：i)IDC中的let-7d、miR-181a、miR-210和miR-221的至少一种的上调；和ii)IDC中的miR-10b、miR-126、miR-143、miR-218和miR-335-5p的至少一种的下调。5.一种用于患有乳腺癌的受试者的总体存活预后和转移时间预后的microRNA标签，其包括：miR-210、miR-21、miR-106b*、miR-197和/或let-7i。6.一种用于区分浸润性导管癌(IDC)与原位导管癌(DCIS)的microRNA标签，其包括在原位下调的let-7d、miR-210和miR-221以及在浸润转化中上调的let-7d、miR-210和miR-221的至少一种。7.一种用于乳腺癌的总体存活期和转移时间的microRNA标签，其包括：miR-210、miR-21、miR-106b*、miR-197和let-7i。8.一种浸润转化的标志物，其包括具有与miR-210反相关的特征谱的蛋白质编码基因，其中BRCA1、FANCD、FANCF、PARP1、E-钙粘蛋白、Rb1的一个或多个在原位癌中被激活并且在浸润性癌中被下调。9.一种原位导管癌的标志物，其包括至少一个差异剪接同种型，例如不存在激酶结构域的截短的EGFR，其中这样的标志物仅在原位导管癌中过表达。10.测定miR-210的表达的试剂在制备用于基于miR-210表达的增加将患者鉴定为具有与乳腺浸润性导管癌(IDC)相关的标志物的试剂中的用途，其中所述鉴定包括：a)分析来自怀疑具有IDC的患者的测试样品的miR-210的表达；和，b)将所述患者鉴定为：i)如果检测到来自所述患者的样品相较于非癌性乳腺样品的miR-210表达的增加，则具有与IDC癌相关的标志物或ii)如果未检测到所述增加，则不具与IDC癌相关的标志物。11.权利要求10的用途，其中所述鉴定还包括分析相较于非癌性乳腺样品，测试样品的let-7d、miR-221和miR-181a的一个或多个的增加；和/或miR-10b、miR-126、miR-143、miR-218和miR-335-5p的一个或多个的降低。12.测量至少一种miR-210基因产物的水平的试剂在制备用于诊断受试者是否具有乳腺导管浸润性癌(IDC)的试剂中的用途，其中所述诊断包括：测量来自所述受试者的测试样品的至少一种miR-210基因产物的水平，其中所述测试样品的至少miR-210基因产物的水平相较于对照样品的对应miR基因产物的水平的升高表明所述受试者具有IDC。13.测定至少一种标志物的表达水平的试剂在制备用于测试受试者的乳腺癌的浸润性的试剂中的用途，其中所述测试包括：a)测定来自具有乳腺浸润性导管癌(IDC)的受试者的样品的至少一种标志物的表达水平；所述至少一种标志物包括至少一种miR-210基因产物；b)将步骤(a)中测定的表达水平与来自健康受试者的样品的标志物的对照表达水平相比较；和c)当步骤(b)中比较的结果表明所述测试受试者中至少一种标志物的表达水平高于对照中的所述表达水平时，则判断所述受试者具有IDC的诊断。14.权利要求13的用途，其中所述样品包含乳腺组织。15.权利要求13的用途，其中体外进行所有方法步骤。16.包含miR-210特异性探针寡核苷酸的微阵列在制备用于诊断受试者是否具有乳腺浸润性导管癌(IDC)的试剂中的用途，其中所述诊断包括：a)从获自所述受试者的测试样品逆转录RNA，以提供一组靶寡脱氧核苷酸，其中所述受试者具有乳腺IDC；b)使所述靶寡脱氧核苷酸与包含miR-210特异性探针寡核苷酸的微阵列杂交，以提供所述测试样品的杂交特征谱；和c)将所述测试样品的杂交特征谱与...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·M·克罗斯，S·弗里尼亚，
申请(专利权)人：俄亥俄州立大学，
类型：发明
国别省市：美国;US