用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒及其使用方法技术

本发明专利技术公开了一种用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒及其使用方法。所述试剂盒包括一对可以同时扩增α-珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物，一对扩增α-珠蛋白基因簇中--SEA基因型的引物，一对扩增α-珠蛋白基因簇中--THAI基因型的引物；一条特异性检测α1区段的特征序列A1的荧光探针，一条特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针，一条特异性检测--SEA基因型扩增产物的荧光探针，以及一条特异性检测--THAI基因型扩增产物的荧光探针。本发明专利技术所述试剂盒对α-地中海贫血珠蛋白基因缺失检测具有高度的灵敏性、稳定性、准确性及较高的特异性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及医学检测
，具体涉及一种用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒及其使用方法。
技术介绍
地中海贫血简称地贫，是最常见的单基因遗传疾病之一，常见的地贫种类有α-地贫和β-地贫，分别由α-蛋白基因簇和β-珠蛋白基因簇异常表达引起。在我国，广西、广东和海南是地中海贫血的高发省份，其中广西α-地贫的发病率是15.5％。中国人群中，缺失型α-地贫的基因型常见基因型为--SEA、-α3.7和-α4.2，以及广西区内相对常见的泰国型缺失(--THAI)。 同源基因定量技术是一种根据基因的同源性，采用共同的扩增引物对同源基因进行扩增，最后采用荧光标记法或者探针法对基因的含量进行相对定量的方法。α-珠蛋白基因簇(NG_000006.1)由调控因子(HS-40)，α基因(α1和α2)，ζ基因(ζ2)，假基因(Ψζ1,Ψα2 and Ψα1)和θ组成，其排列顺序为:HS40–ζ2–Ψζ1–Ψα2–Ψα1–α2–α1–θ。α地中海贫血基因据其同源性，可划分为X1，X2，Y1，Y2，Z1和Z2区间，其中-α3.7(也称为右侧缺失)的形成源于Z1和Z2之间的同源重组，其DNA结构表现为仅仅包含一个α1区段，而-α4.2(也称为左侧缺失)则来源于X1和X2之间的同源重组，如图1所示，其DNA结构表现为存在一个α2-α1的融合基因。对-α3.7和-α4.2携带者而言，其表现型及危害相似。然而，由于-α3.7和-α4.2均由大区段同源基因重组产生，因而不同个体所携带的-α3.7或-α4.2基因序列并不一致，因此，目前常用的诊断方法为通过跨越断点式PCR(Gap-PCR)将其扩增出来，但因其区段长度较长，导致检测时间也较长。另一方面，由于-α3.7和-α4.2的危害相似，如果可以将其简并进行检测，则可以实现短区段快速扩增检测。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是提供一种用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒及其使用方法。采用该试剂盒可以相对定量检测α-珠蛋白基因簇中α1和α2功能基因的拷贝数及拷贝数的变化。 本专利技术所述的用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒，包括扩增引物和荧光探针，所述的扩增引物为：一对可以同时扩增α-珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物A1A2-F和A1A2-R，一对扩增α-珠蛋白基因簇中--SEA基因型的Gap-PCR引物SEA-F和SEA-R，以及一对扩增α-珠蛋白基因簇中--THAI基因型的Gap-PCR引物THAI-F和THAI-R；所述的荧光探针为：一条特异性检测α1区段的特征序列A1的荧光探针A1-Prob，一条特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针A2-Prob，一条特异性检测--SEA基因型扩增产物的荧光探针SEA-Prob，以及一条特异性检测--THAI基因型扩增产物的荧光探针THAI-Prob； 其中： 所述的可以同时扩增α-珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物对中， A1A2-F：5’-GGGTTGCGGGAGGTGTAG-3’； A1A2-R：5’-GCAGGCAGTGGCTTAGGA-3’； 所述的扩增α-珠蛋白基因簇中--SEA基因型的Gap-PCR引物对中， SEA-F：5’-CTCAGTATTGGAGGGAAGGA-3’； SEA-R：5’-CAGTGTTGTAGTCATGGCTTA-3’； 所述的扩增α-珠蛋白基因簇中--THAI基因型的Gap-PCR引物对中， THAI-F：5’-AAGCGAGAGGAATCACATTC-3’； THAI-R：5’-CTTGGATCTGCACCTCTG-3’； 所述的特异性检测特α1区段的征序列A1的荧光探针A1-Prob为： A1-Prob：5’6-FAM-CCTCGGCCCCACTGACCCTC-3’BHQ-1； 所述的特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针A2-Prob为： A2-Prob：5’ROX–CCTGGGCCGCACTGACCCTC-3’BHQ-2； 所述的特异性检测--SEA基因型扩增产物的荧光探针SEA-Prob为： SEA-Prob：5’-HEX-TCCTCCTGCCCCAGCCTCCAA-BHQ-1-3’； 所述的的特异性检测--THAI基因型扩增产物的荧光探针THAI-Prob为： THAI-Prob：5’-CY5-TGTACCAAGTGGGCTGAGCCCTTGA-BHQ-2-3’。 本专利技术所述的荧光探针中，FAM指羧基荧光素，HEX指六氯-6-甲基荧光素，ROX指羧基-X-罗丹明，CY5是指花青染料分子5，BHQ-1和BHQ-2是指荧光淬灭基团。 上述技术方案中，所述α1区段的序列为：5’-ATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGGCGCGCACGCTGGCGAGTATGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGTGAGGCTCCCTCCCCTGCTCCGACCCGGGCTCCTCGCCCGCCCGGACCCACAGGCCACCCTCAACCGTCCTGGCCCCGGACCCAAACCCCACCCCTCACTCTGCTTCTCCCCGCAGGATGTTCCTGTCCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCGCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCTGCCCAGGTTAAGGGCCACGGCAAGAAGGTGGCCGACGCGCTGACCAACGCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTGTCCGCCCTGAGCGACCTGCACGCGCACAAGCTTCGGGTGGACCCGGTCAACTTCAAGGTGAGCGGCGGGCCGGGAGCGATCTGGGTCGAGGGGCGAGATGGCGCCTTCCTCGCAGGGCAGAGGATCACGCGGGTTGCGGGAGGTGTAGCGCAGGCGGCGGCTGCGGGCCTGGGCCCTCGGCCCCACTGACCCTCTTCTCTGCACAGCTCCTAAGCCACTGCCTGCTGGTGACCCTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTTC本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于检测常见缺失型α‑地中海贫血的试剂盒，包括扩增引物和荧光探针，其特征在于：所述的扩增引物为：一对可以同时扩增α‑珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物A1A2‑F和A1A2‑R，一对扩增α‑珠蛋白基因簇中‑‑SEA基因型的Gap‑PCR引物SEA‑F和SEA‑R，以及一对扩增α‑珠蛋白基因簇中‑‑THAI基因型的Gap‑PCR引物THAI‑F和THAI‑R；所述的荧光探针为：一条特异性检测α1区段的特征序列A1的荧光探针A1‑Prob，一条特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针A2‑Prob，一条特异性检测‑‑SEA基因型扩增产物的荧光探针SEA‑Prob，以及一条特异性检测‑‑THAI基因型扩增产物的荧光探针THAI‑Prob；其中：所述的可以同时扩增α‑珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物对中，A1A2‑F：5’‑GGGTTGCGGGAGGTGTAG‑3’；A1A2‑R：5’‑GCAGGCAGTGGCTTAGGA‑3’；所述的扩增α‑珠蛋白基因簇中‑‑SEA基因型的Gap‑PCR引物对中，SEA‑F：5’‑CTCAGTATTGGAGGGAAGGA‑3’；SEA‑R：5’‑CAGTGTTGTAGTCATGGCTTA‑3’；所述的扩增α‑珠蛋白基因簇中‑‑THAI基因型的Gap‑PCR引物对中，THAI‑F：5’‑AAGCGAGAGGAATCACATTC‑3’；THAI‑R：5’‑CTTGGATCTGCACCTCTG‑3’；所述的特异性检测特α1区段的征序列A1的荧光探针A1‑Prob为：A1‑Prob：5’6‑FAM‑CCTCGGCCCCACTGACCCTC‑3’BHQ‑1；所述的特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针A2‑Prob为：A2‑Prob：5’ROX–CCTGGGCCGCACTGACCCTC‑3’BHQ‑2；所述的特异性检测‑‑SEA基因型扩增产物的荧光探针SEA‑Prob为：SEA‑Prob：5’‑HEX‑TCCTCCTGCCCCAGCCTCCAA‑BHQ‑1‑3’；所述的的特异性检测‑‑THAI基因型扩增产物的荧光探针THAI‑Prob为：THAI‑Prob：5’‑CY5‑TGTACCAAGTGGGCTGAGCCCTTGA‑BHQ‑2‑3’。...

【技术特征摘要】
2014.04.16 CN 201410152710.61.用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒，包括扩增引物和荧
光探针，其特征在于：
所述的扩增引物为：一对可以同时扩增α-珠蛋白基因簇中α1区段
的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物A1A2-F和A1A2-R，一对扩增
α-珠蛋白基因簇中--SEA基因型的Gap-PCR引物SEA-F和SEA-R，以及一对扩
增α-珠蛋白基因簇中--THAI基因型的Gap-PCR引物THAI-F和THAI-R；
所述的荧光探针为：一条特异性检测α1区段的特征序列A1的荧光探
针A1-Prob，一条特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针A2-Prob，
一条特异性检测--SEA基因型扩增产物的荧光探针SEA-Prob，以及一条特异
性检测--THAI基因型扩增产物的荧光探针THAI-Prob；
其中：
所述的可以同时扩增α-珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α
2区段的特征序列A2的引物对中，
A1A2-F：5’-GGGTTGCGGGAGGTGTAG-3’；
A1A2-R：5’-GCAGGCAGTGGCTTAGGA-3’；
所述的扩增α-珠蛋白基因簇中--SEA基因型的Gap-PCR引物对中，
SEA-F：5’-CTCAGTATTGGAGGGAAGGA-3’；
SEA-R：5’-CAGTGTTGTAGTCATGGCTTA-3’；
所述的扩增α-珠蛋白基因簇中--THAI基因型的Gap-PCR引物对中，
THAI-F：5’-AAGCGAGAGGAATCACATTC-3’；
THAI-R：5’-CTTGGATCTGCACCTCTG-3’；
所述的特异性检测特α1区段的征序列A1的荧光探针A1-Prob为：
A1-Prob：5’6-FAM-CCTCGGCCCCACTGACCCTC-3’BHQ-1；
所述的特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针A2-Prob为：
A2-Prob：5’ROX–CCTGGGCCGCACTGACCCTC-3’BHQ-2；
所述的特异性检测--SEA基因型扩增产物的荧光探针SEA-Prob为：
SEA-Prob：5’-HEX-TCCTCCTGCCCCAGCCTCCAA-BHQ-1-3’；
所述的的特异性检测--THAI基因型扩增产物的荧光探针THAI-Prob为：
THAI-Prob：5’-CY5-TGTACCAAGTGGGCTGAGCCCTTGA-BHQ-2-3’。
2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：
所述α1区段的序列为：
5’-ATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCG
GCGCGCACGCTGGCGAGTATGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGTGAGGCTCCCTCCCCTGCTCCG
ACCCGGGCTCCTCGCCCGCCCGGACCCACAGGCCACCCTCAACCGTCCTGGCCCCGGACCCAA
ACCCCACCCCTCACTCTGCTTCTCCCCGCAGGATGTTCCTGTCCTTCCCCACCACCAAGACCT

\tACTTCCCGCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCTGCCCAGGTTAAGGGCCACGGCAAGAAGGTGG
CCGACGCGCTGACCAACGCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTGTCCGCCCTGA
GCGACCTGCACGCGCACAAGCTTCGGGTGGACCCGGTCAACTTCAAGGTGAGCGGCGGGCCGG
GAGCGATCTGGGTCGAGGGGCGAGATGGCGCCTTCCTCGCAGGGCAGAGGATCACGCGGGTTG
CGGGAGGTGTAGCGCAGGCGGCGGCTGCGGGCCTGGGCCCTCGGCCCCACTGACCCTCTTCTC
TGCACAGCTCCTAAGCCACTGCCTGCTGGTGACCCTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTTCAC
CCCTGCGGTGCACGCCTCCCTGGACAAGTTCCTGGCTTCTGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAA
ATACCGTTAA-3’；
所述α2区段的序列为：
5’-ATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCG
GCGCGCACGCTGGCGAG...

【专利技术属性】
技术研发人员：龙驹，
申请(专利权)人：龙驹，
类型：发明
国别省市：广西;45