本申请描述了制备标记RNA片段的固定文库的方法。本文还描述了从单一样品制备DNA和RNA测序文库的多种方法。这些方法可包括从单个细胞进行的文库制备。

本文提供了系统、方法和组合物的实施方案，所述系统、方法和组合物的实施方案涉及使用单一测定同时分析单个样本中的多种分析物的方法。一些实施方案涉及同时分析单个样本中的DNA和RNA，例如，涉及同时产生DNA和RNA文库。

本文提供了体系、方法和组合物的实施方案，这些实施方案涉及用于选择性地控制酶促反应的测定。一些实施方案涉及抑制、减少或消除来自开放染色质测序、全基因组测序或靶向测序的次DNA(诸如线粒体DNA)测序读段的方法。

本公开涉及用于耗尽来自核酸样本的不需要RNA种类的方法和材料。具体地，本公开描述了如何去除可能干扰样本中靶RNA分子的分析、操作和研究的不需要rRNA、tRNA、mRNA或其他RNA种类。

本文提供的一些实施方案包括用于检测阵列上的靶配体的方法和组合物。在一些实施方案中，捕获探针特异性结合到来自样本的靶配体，确定阵列中包含该捕获探针的小珠的位置，并且对该小珠进行解码以识别该捕获探针和该样本。在一些实施方案中，条形码指示附接...

本文描述了用于从RNA制备双链互补DNA(cDNA)的组合物和方法。在一些实施方案中，这些方法允许cDNA的等温制备。在一些实施方案中，这些方法允许cDNA的嗜常温或热稳定制备。本文还描述了用于在单个反应容器中制备cDNA和双链cDNA...

本发明所公开的技术涉及利用单个光源和单个检测器进行核酸测序的系统和方法。本发明所公开的技术可以使用光源刺激来自多核苷酸的荧光发射，并且基于检测器接收到的荧光发射的强度来鉴定多核苷酸中的核碱基。本发明所公开的技术可以利用四种类型的核苷酸类...

本发明所公开的技术涉及核酸测序领域，并且更具体地涉及利用单次光激发和至少三个荧光标签进行DNA测序的系统和方法。在一些实施方案中，本发明所公开的技术使用与第一荧光标签偶联的第一核苷酸、与第二荧光标签偶联的第二核苷酸、与第三荧光标签偶联的...

本发明提供了一种潜在预后生物标志物，其是基于通过对全球人类内源性逆转录病毒(hERV)/逆转录转座子反式活化进行序列分析产生的复合评分和使用对肿瘤样品内免疫细胞进行的去卷积产生的细胞特征的组合，以预测化学治疗剂和免疫检查点抑制剂的功效。...

本文中提出用于评估拷贝数变化的技术。所述技术包含从一组基线样本产生基线，所述基线代表或模仿个别生物样本的假定匹配的样本，所述一组基线样本不与所述个别生物样本匹配。来自这组基线样本的经归一化的测序数据被提供给用户，所述经归一化的测序数据包...

本文描述了将扩增子大小偏差归一化的标准品和方法。这些标准品可以包含独特分子标识符。在一些实施方案中，这些标准品和方法与下一代测序(NGS)测定一起使用。本文还描述了用于使用荧光来定量包含DNA的样品中的DNA损伤或用于确定文库中DNA损...

本文提供的系统、方法和组合物涉及制备核酸文库。一些实施方案包括通过连接单链核酸制备核酸文库。备核酸文库。备核酸文库。

本文提供了系统、方法和组合物的实施方案，这些实施方案涉及珠粒上标签片段化和液滴加索引。一些实施方案包括对分配的珠粒执行共测定，这些共测定包括核酸测序、带索引的PCR、制备核酸文库、确定甲基化状态、鉴定基因组变体、或蛋白质分析。或蛋白质分...

本发明描述了包含固定到其表面的多个转座体复合物的可降解聚酯小珠，其中每个转座体复合物包含结合到第一多核苷酸和第二多核苷酸的转座酶，其中该第一多核苷酸包含包括转座子末端序列的3'部分和标签，并且该第二多核苷酸包含与该转座子末端序列互补并杂...

本文提供用于多重单细胞基因表达分析的方法和组合物。一些方法和组合物包括具有诸如唯一性分子条形码(UMI)的唯一性条形码的小滴和/或珠粒的使用。和/或珠粒的使用。和/或珠粒的使用。

公开了方法和系统，这些方法和系统可以从核酸测序技术和装置收集大型数据集，从各种格式的文件中过滤生物样品的相关基因组信息和序列变体信息，以标准化格式生成仅具有相关信息的自定义数据文件，并且向下游分析提供所生成的信息以用于个性化医学用途。成...

本文公开了用有时效性的方式进行核苷酸测序数据的二级分析的系统和方法。一些实施方案包括迭代地进行二级分析，而序列读段由测序系统生成。二级分析可以包括序列读段与参考序列(如，人参考基因组序列)的比对以及利用该比对来检测样品和参考之间的差异。...

本发明的实施方案涉及制备核酸文库。一些实施方案涉及制备归一化核酸文库，诸如其中对于不同量的输入核酸，扩增核酸的量基本上相同的文库。一些实施方案涉及制备具有某些衔接子的索引核酸文库。的索引核酸文库。的索引核酸文库。

公开了基底以及通过使用室温UV纳米压纹方法制备所述基底，其中所述基底包含：可官能化层、包含多个微米级图案或纳米级图案或其组合的聚合物层、以及背衬层。所述基底可以通过卷对卷连续方法制备。所述基底可以用作用于生物分子分析的流动池、纳流体装置...

本文提供的一些实施方案包括用于在阵列上检测靶配体的方法和组合物。在一些实施方案中，捕获探针特异性结合到来自样本的靶配体，确定阵列中包含该捕获探针的珠的位置，并且对该珠进行解码以识别该捕获探针和该样本。在一些实施方案中，条形码指示附接于珠...