circRNA_27455及其检测试剂与应用制造技术

本发明专利技术涉及circRNA_27455及其检测试剂与应用。现有研究发现的与猪肉品质相关的基因远远无法满足应用的需求，故而，本申请利用二代测序及生物信息学分析的方法，寻找调控猪脂肪沉积的circRNAs。本申请提供的circRNA_27455与猪肌内脂肪含量密切相关，为选育不同肉质品质的种猪提供新的基因标志物。

【技术实现步骤摘要】
circRNA_27455及其检测试剂与应用
本专利技术涉及生物
，具体涉及circRNA_27455、含circRNA_27455检测试剂及其在检测猪肌内脂肪中的应用。
技术介绍
circRNA是一类由特殊选择性剪切产生的环形内源性分子，呈共价闭合的环形结构，没有5'和3'极性，不能被核糖核酸酶降解。在哺乳动物细胞中，circRNA分布广泛，含量丰富，且具有稳定性，保守性和组织特异性。已经有研究发现circRNA与多种疾病相关。但是，circRNA是否参与脂肪沉积与代谢未见于报道。随着分子生物学的发展，基因检测的技术在提高畜牧业育种、改善牲畜肉质等方面都显示出很大的潜力。目前研究已经发现部分和猪肉品质相关的基因，但是仍有大量的新基因有待发现，现有的基因远远无法满足实际生产应用的需求，故而，本申请结合最新的分子标志物环状RNA，期望寻找一些新的和猪肉品质相关的基因。肌内脂肪是指沉积在肌肉内的脂肪，它和肉质呈正相关。肌内脂肪之所以引起人们越来越大的兴趣，是因为它影响肉质的嫩度和多汁性，特别是肉的多汁性。当肌内脂肪含量低于2％时，肉的质地和口感都较差，因此，研究肌内脂肪的生成，对改善肉食香味、提高猪肉的食用价值以及生产有利于人体健康的肉产品具有重要的意义。本申请选择了大白猪和莱芜猪，前者属于典型的瘦肉型猪种，肌内脂肪含量低，而后者肌内脂肪含量高；二者在脂肪沉积方面的显著差异为脂肪代谢的机制研究提供了良好模型。结合二代测序及生物信息学分析的方法，本申请寻找到部分调控猪脂肪沉积的circRNAs，为选育具有不同肌肉品质的种猪提供理论基础和机理指导。专利技术内容一种与猪肌内脂肪相关的环状RNA，命名为circRNA_27455，序列与SEQIDNO.1具有95％以上序列同源性。优选的，circRNA_27455序列为SEQIDNO.1。一种检测肌内脂肪的试剂，检测circRNA_27455的表达水平。进一步，采用测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测样品中circRNA_27455的表达水平。优选的，采用高通量测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测样品中circRNA_27455的表达水平。优选的，试剂包含检测circRNA_27455的探针或用于荧光定量PCR的引物。优选的，荧光定量PCR检测引物序列为SEQIDNO.2和SEQIDNO.3。进一步，样品为组织，优选的，样品为肌内脂肪组织，更优选的，样品为猪肌内脂肪组织。进一步，所述核酸扩增技术选自聚合酶链式反应(PCR)、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链式反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。其中，PCR需要在扩增前将RNA逆转录成DNA(RT-PCR)，TMA和NASBA直接扩增RNA。本专利技术中的核酸杂交技术包括但不限于原位杂交(ISH)、微阵列和Southern或Northern印迹。本专利技术的目的在于提供下述任意一项应用：circRNA_27455在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；circRNA_27455在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；circRNA_27455在选育具有不同肌肉品质猪中的应用；上述试剂在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；上述试剂在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；上述试剂在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。一种检测猪肌内脂肪含量的方法，包括：(1)选取猪肌内脂肪组织；(2)检测样品中circRNA_27455的表达量。定义：术语“同源”是主要是指序列上的同源，也就是用来说明两个或多个RNA或DNA序列具有相同的祖先。同源的序列一般有相似的功能。一般来说，当相似程度高于50％时，常推测检测序列和目标序列可能是同源序列；当相似性程度低于20％时，就难以确定其是否具有同源性。环状RNA(circularRNA，circRNA)，亦称环形RNA，是最近几年研究确认的一种新型的非编码RNA(noncodingRNA，ncRNA)分子。根据RNA构成的不同，环状RNA可分为三类：外显子环状RNA(exoncircularRNA，ecircRNA)、内含子环状RNA(circularintronicRNAs,ciRNAs)和外显子-内含子circRNA(exon-introncircRNA,EIciRNA)。本专利技术中“探针”指能与另一分子的特定序列或亚序列或其它部分结合的分子。除非另有指出，术语“探针”通常指能通过互补碱基配对与另一多核苷酸结合的多核苷酸探针。根据杂交条件的严谨性，探针能和与该探针缺乏完全序列互补性的靶多核苷酸结合。探针可作直接或间接的标记，其范围包括引物。所述探针具有与靶点基因的特定的碱基序列互补的碱基序列。这里，所谓“互补”，只要是杂交即可，可以不是完全互补。这些多核苷酸通常相对于该特定的碱基序列具有90％以上、更优选95％以上、特别优选100％的同源性。这些探针可以是DNA，也可以是RNA，另外，可以为在其一部分或全部中核苷酸通过PNA(Polyamidenucleicacid，肽核酸)、LNA(注册商标，lockednucleicacid，BridgedNucleicAcid，交联化核酸)、ENA(注册商标，2′-O,4′-C-Ethylene-bridgednucleicacids)、GNA(Glycerolnucleicacid，甘油核酸)、TNA(Threosenucleicacid，苏糖核酸)等人工核酸置换得到的多核苷酸。本专利技术中的术语“杂交”用于指代互补核酸的配对。杂交和杂交强度受诸如以下的因素影响：核酸之间的互补程度、所涉及的条件的严格性、形成的杂交体的Tm和核酸内的G:C比率。测序技术主要为高通量测序技术(High-throughputsequencing)，又称下一代测序技术(nextgenerationsequencing)，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，极大提高了测序效率。高通量测序平台的代表是罗氏公司(Roche)的454测序仪(RochGSFLXsequencer)，Illumina公司的Solexa基因组分析仪(IlluminaGenomeAnalyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABISOLiDsequencer)。附图说明图1是肌内脂肪差异表达circRNA分类图:A为上调的差异表达circRNA分类图，B为下调的差异表达circRNA分类图图2是荧光定量验证候选基因差异表达图具体实施方式下面结合附图和实施例对本专利技术作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围。实施例1circRNA测序及差异表达circRNA挑选1.1实验动物：该试验以脂肪沉积存在明显差异的大白猪和莱芜猪为材料，饲养于莱芜市大千农牧有限公司，在相同饲养条件和环境下生长育肥，参照营养需要标准(NationalResearchCouncil,NRC,1998)饲喂日粮，选择180日龄、种内体重接近的大白猪(约100kg)和莱芜猪(约35kg)各3只，且健康、体质优良。1.2样品采集：屠宰实验猪后，迅速将肌内脂肪组织分离。为减少RNA的降解，所有过程在冰上进行。之本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪肌内脂肪相关的环状RNA，命名为circRNA_27455，序列与SEQ ID NO.1具有95％以上序列同源性。

【技术特征摘要】
1.一种与猪肌内脂肪相关的环状RNA，命名为circRNA_27455，序列与SEQIDNO.1具有95％以上序列同源性。2.下述任意一项应用：circRNA_27455在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；circRNA_27455在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；circRNA_27455在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。3.一种检测肌内脂肪的试剂，其特征在于，试剂检测circRNA_27455的表达水平。4.权利要求3所述的试剂，其特征在于，试剂采用测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测样品中circRNA_27455的表达水平。5.权利要求3所述的试剂，其特征在于，试剂采用高通量测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测样品中c...

【专利技术属性】
技术研发人员：苗向阳，李嫒，解领丽，黄万龙，张秀秀，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11