一种菠萝成熟衰老相关基因的分子标记方法技术

本发明专利技术提供一种菠萝成熟衰老相关基因的分子标记方法：提取采后菠萝衰老过程各阶段的RNA；对菠萝成熟衰老过程中的转录组进行了测序，组装得到了81129个unique基因；在此基础上使用SSR软件MicroSAtellite(MISA)进行了SSR扫描，找到了35099个SSR分子标记，供菠萝多态性分析；对所有SSR重复单元在Unigene上前后序列的长度进行筛选。只保留前后序列均不小于150bp的SSR，用其设计引物；不同物种间，进行PCR扩增并通过PAGE技术进行多态性检测。通过本发明专利技术，获得了菠萝衰老相关的基因表达谱，然后对获得的序列进行SSR标记扫描，确认其多态性。

【技术实现步骤摘要】

:本专利技术涉及
。
技术介绍
:菠萝是重要的热带水果，备受大家关注，但是菠萝基因组序列尚不清楚，现有分子标记不能满足研究需要，这给菠萝基因定位和多态性分析带来了不便。对菠萝进行多态性分析的分子标记方法很多，如SSR、SNP、RFLP等。大多数是借用其它物种现有的分子标记，或对有限的DNA序列进行扫描，查找获得。但是获得的这些标记，针对性不强，没有特异对某一生物途径相关的基因进行标记。
技术实现思路
:本专利技术的目的在于克服现有技术的不足，提供，通过对菠萝果实衰老过程的RNA进行测序，查找与该事件相关基因的SSR标记。为了解决
技术介绍
所存在的问题，本专利技术采用以下技术方案:，包括以下步骤:(I)提取采后菠萝衰老过程各阶段的RNA ；(2)通过Illumina Solexa Hiseq2000对菠萝成熟衰老过程中的转录组进行了测序，组装得到了 81129个unique基因；(3)在此基础上使用SSR软件MicroSAtell ite (MISA)进行了 SSR扫描，找到了35099个SSR分子标记，供菠萝多态性分析；(4)对所有SSR重复单元在Unigene本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种菠萝成熟衰老相关基因的分子标记方法，其特征在于，它包括如下步骤：(1)提取采后菠萝衰老过程各阶段的RNA；(2)通过Illumina?Solexa?Hiseq2000对菠萝成熟衰老过程中的转录组进行了测序，组装得到了81129个unique基因；(3)在此基础上使用SSR软件MicroSAtellite(MISA)进行了SSR扫描，找到了35099个SSR分子标记，供菠萝多态性分析；(4)对所有SSR重复单元在Unigene上前后序列的长度进行筛选。只保留前后序列均不小于150bp的SSR，用其设计引物；(5)不同物种间，进行PCR扩增并通过PAGE技术进行多态性检测。

【技术特征摘要】
1.一种菠萝成熟衰老相关基因的分子标记方法，其特征在于，它包括如下步骤: (1)提取采后菠萝衰老过程各阶段的RNA； (2)通过IlluminaSolexa Hiseq2000对菠萝成熟衰老过程中的转录组进行了测序,组装得到了 81129个unique基因； (3)在此基础上使用SSR软件MicroSAtellite(MISA)进行了 SSR扫描，找到了 35099个SSR分子标记,供菠萝多态性分析； (4)对所有SSR重复单元在Unigene上前后序列的长度进行筛选。只保留前后序列均不小于150bp的SSR，用其设计引物； (5)不同物种间，进行PCR扩增并通过PAGE技术进行多态性检测。2.根据权利要求1所述的一种菠萝成熟衰老相关基因的分子标记方法，所述的步骤(I)中，在此过程植物组织样品不能解冻，提取的RNA质量要求是28S / 18S约2倍。3.根据权利要求1所述的一种菠萝成熟衰老相关基因的分子标记方法，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：张鲁斌，常金梅，贾志伟，谷会，弓德强，洪克前，
申请(专利权)人：中国热带农业科学院南亚热带作物研究所，
类型：发明
国别省市：