本发明专利技术属于基因序列及其获取方法领域，具体涉及与西瓜果实苦味基因（bitterness,Bt）连锁SNP位点及CAPS标记的获得方法。所述的西瓜果实苦味连锁的SNP位点及CAPS标记，具有序列表中的SEQ?ID?NO:1～2的核苷酸碱基序列。本发明专利技术通过筛选RILs群体中的苦味单株；结合西瓜高密度遗传图谱信息，将西瓜果实苦味基因进行初步定位；将与性状连锁的候选SNP位点结合分离群体验证分析及自然群体验证分析，获取与目的性状紧密连锁的标记，可应用于西瓜品种改良分子辅助育种，为西瓜品质分子育种提供技术支持，同时大大缩短了传统基因定位的时间。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因序列及其获取方法领域，具体涉及与西瓜果实苦味基因(bitterness, Bt)连锁SNP位点及CAPS标记的获得方法。
技术介绍
西瓜(Citrullus Ianatus)属于葫芦科重要作物，占世界蔬菜作物面积7%,全球年产量约为90，000，000吨(11 ://^&08丨&丨.fa0.0rg)。我国西瓜产销量位于世界第一，是我国具有国际竞争力和较大经济增长空间的重要园艺作物。近期西瓜全基因组序列的发布，极大促进了西瓜分子生物学研究，为分子设计辅助育种提供了更加坚实的基础。随着西瓜基因组时代的到来，进一步明确基因功能，寻找控制西瓜重要性状的关键基因，是目前西瓜分子生物学研究的首要内容。西瓜起源于非洲，原产非洲的野生西瓜包含两个生化类型，一种果实含有葫芦素(Cucurbitacin)，具有苦味，另一种不含葫芦素；后一种随着人们的选育成为目前主栽品种。目前在西瓜种质资源库(http://www.ars-grin.gov/)所存的西瓜种质资源中有多份材料都具有果实苦味这一性状，通常具有苦味果实的西瓜种质资源表现出对很多病害的抗性，适合西瓜抗性育种采用，但同时由于苦味是一种不良性状且遗传表现为显性遗传，给育种选育过程增加了难度。通过鉴定苦味基因，开发其紧密连锁的分子标记进行品种初期筛选，达到分子辅助育种的目的，可大大缩短育种的周期提高育种效率。此外，葫芦科其他作物如黄瓜等果实苦味发生更为严重，对生产影响更大，其果实苦味鉴定较困难且受很多因素影响，导致了目前尚未发现果实苦味基因。因此，西瓜育种领域的科研和实践中需要提出一种西瓜果实苦味基因Bt连锁SNP位点及CAPS标记及其获取方法
技术实现思路
本专利技术的目的是获得与西瓜果实苦味基因Bt连锁SNP位点及CAPS标记。本专利技术的目的是通过以下技术方案实现的:所述的西瓜果实苦味连锁的SNP位点及CAPS标记，具有序列表中的SEQ IDN0:1 2的核苷酸碱基序列。序列表中SEQ ID NO:1为引物对Bt-F和Bt-R、对非苦味材料特异性扩增的核苷酸序列；序列表中SEQ ID N0:2为引物对Bt-F和Bt-R、对果实苦味材料特异性扩增的核苷酸序列。本专利技术的目的是通过以下另一技术方案实现的:西瓜果实苦味基因Bt连锁SNP位点及CAPS标记的获取方法，该标记具有序列表中的SEQ ID NO:1 2的核苷酸碱基序列；该获取方法包括以下步骤:A、供试材料选取:所述的供试材料包括父本、母本、Fl代、RILs群体、重测序材料、自然群体；B、供试材料果实苦味风味的确定:采用口尝的方法鉴定上述各个供试材料的果实，得到鉴定出果实苦味的单株；C、对所述的RILs群体中的鉴定出果实苦味的单株与该RILs群体所构建的高密度分子标记遗传图谱进行遗传连锁分析，初步定位目标基因区间；D、候选SNP的获得:对所述的重测序材料在所述的初步定位基因区间内进行基因组序列比对，获取与西瓜材料表型性状完全符合的候选SNP位点；E、基因组DNA提取:分别提取所述的父本、母本、Fl代、RILs群体、自然群体的各自的基因组DNA ；F、针对所述的候选SNP位点设计所述的CAPS标记,在所述的父本、母本、Fl代、RILs群体中验证所述的候选SNP位点，获得与西瓜果实苦味基因Bt连锁的CAPs标记。本专利技术的有益效果为:本专利技术通过筛选RILs群体中的苦味单株；结合西瓜高密度遗传图谱信息，将西瓜果实苦味基因进行初步定位；利用西瓜全基因重测序信息，对参试的20份西瓜重测序材料初步定位基因区间全部SNP位点进行与果实苦味风味的连锁分析，获取与果实苦味性状连锁的SNP位点。本专利技术将与性状连锁的候选SNP位点结合分离群体验证分析及自然群体验证分析，获取与目的性状紧密连锁的标 记，可应用于西瓜品种改良分子辅助育种，为西瓜品质分子育种提供技术支持，同时大大缩短了传统基因定位的时间。本专利技术对RILs分离群体及自然群体进行果实风味鉴定并利CAPS标记分子检测所述SNP位点与目的性状连锁情况；利用上述特异CAPS标记，可以用来对品种进行初期筛选，达到分子标记辅助育种的目的，大大缩短育种周期，具有重要的理论及实践意义。附图说明图1为实施例1中西瓜果实苦味基因Bt初步定位结果图。图2为实施例1中初步定位基因区间西瓜20个重测序材料序列比对后获得的候选SNP位点图。图3为实施例1中引物对Bt-F和Bt-R对父本(苦)、母本(不苦XSFl代的PCR扩增反应条带及该PCR扩增产物利用NspI酶切后的结果电泳图。图4为实施例1中引物对Bt-F和Bt-R对RILs群体的PCR扩增反应条带及该PCR扩增产物利用NspI酶切后的结果电泳图。图5为实施例1中引物对Bt-F和Bt-R对自然群体的PCR扩增反应条带及该PCR扩增产物利用NspI酶切后的结果电泳图。具体实施例方式实施例1:本实施例为西瓜果实苦味基因Bt连锁SNP位点及CAPS标记，以及该标记的获取方法。所述的西瓜果实苦味基因Bt连锁SNP位点及CAPS标记，具有序列表中的SEQ IDN0:1 2的核苷酸碱基序列。序列表中SEQ ID NO:1为引物对Bt-F和Bt-R对非苦味材料特异性扩增的核苷酸序列，共503个碱基；序列表中SEQ ID NO: 2为引物对Bt-F和Bt-R对果实苦味材料特异性扩增的核苷酸序列，共503个碱基；该获取方法包括以下步骤:A、供试材料选取:所述的供试材料包括父本、母本、Fl代、RILs群体、重测序材料、自然群体；所述的父本为:PI296341FR，为典型野生类型西瓜材料，果实具有苦味；所述的母本为:97103，为典型的东亚类型西瓜栽培品种，果实无苦味，含糖量高；所述的Fl代为:以上述为亲本进行杂交获取的Fl代；所述的RILs群体为:该Fl代自交多代获得的RILs群体，共103株，包58含株果实非苦味株系和45株果实苦味株系(详见表I)；所述的重测序材料为:13份果实非苦味材料和7份果实苦味材料，共20份(详见表2)； 所述的自然群体为:在1484份西瓜资源库中经过风味鉴定共发现69份资源果实可能具有苦味，将这69份苦味资源加上随机选择的果实不具苦味资源，得到200份西瓜种质资源构成的自然群体(详见表3)；上述各个供试材料均为北京市农林科学院蔬菜研究中心种质资源库保存的种质资源材料。B、供试材料果实苦味风味的确定:采用口尝的方法鉴定上述各个供试材料的果实，得到果实苦味的单株:每株系连续种植4年，有3年及以上的单株果实鉴定为苦味，该株系即定为果实苦味，不再品尝，否则需继续品尝。每株每次由对苦味敏感者同时品尝，以确保试验结果的准确性。步骤B中的验证结果与分析如下:西瓜果实苦味基因遗传规律分析。根据步骤B中对苦味亲本PI296341FR (父本)、非苦味亲本97103 (母本)、Fl群体的单株、103个RILs分离群体单株进行果实苦味鉴定。结果表明PI296341FR、97103和Fl的果实苦味性状分别为苦、不苦、和苦。该Fl多代自交后获得RILs群体果实苦味鉴定结果表明:103个单株中有45个果实苦味单株和58个果实不具苦味单株，卡平方检验X 2=1.3981，df=l，P=0.237，差异不显著，符合I:1的理论分离比例。本文档来自技高网...
【技术保护点】
西瓜果实苦味基因Bt连锁SNP位点及CAPS标记，其特征在于：该标记具有序列表中的SEQ?ID?NO:1～2的核苷酸碱基序列。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：许勇，张洁，张海英，宫国义，郭绍贵，任毅，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，北京京研益农科技发展中心，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。