本发明专利技术提供了一种能够在包含胎儿和母体核酸的母体样品中检测单个或多个胎儿染色体非整倍性并且验证已作出正确的确定的方法。该方法适用于在多个样品中确定任何感兴趣的序列的拷贝数变异(CNV)，这些样品包含来源于两个不同基因组的基因组核酸的混合物，并且已知或怀疑这两个不同基因组在一个或多个感兴趣的序列的量方面不同。该方法至少适用于无创性产前诊断的实施，并且适用于与健康个体对比患病的个体中序列表达差异有关的病状的诊断和监测。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术提供了一种能够在包含胎儿和母体核酸的母体样品中确定单个或多个胎儿染色体非整倍性并且验证已作出正确的确定的方法。该方法至少适用于无创性产前诊断的实施，并且适用于与健康个体对比患病的个体中序列表达差异相关联的病状的诊断和监测。
技术介绍
2007 年公布的美国妇产科学会(American College of Obstetrics·andGynecology ；AC0G)实施公告号77支持对所有孕妇妊娠期的前三个月进行非整倍性风险评估，该评估是基于颈半透明度测量以及替代生化标记物，用以筛查唐氏综合征(美国妇产科学会实施公告号77 (AC0G Practice Bulletin No. 77)，妇产科(ObstetGynecol) 109 :217-227 )。这些筛查测试仅可以提供风险确定，该风险确定是非决定性的并且具有非最佳的确定和高假阳性率。如今，仅有包括绒膜绒毛采样(CVS)、羊膜穿刺或脐带穿刺在内的创伤性方法才提供关于胎儿的明确遗传信息，但这些程序对母亲和胎儿都有风险(欧迪波(Odibo)等人，妇产科(Obstet Gynecol) 112 :813-819;欧迪波(Odibo)等人，妇产科(Obstet Gynecol) 111 :589-595;埃文斯(Evans)和瓦普纳(Wapner)，围产期学论文集(Semin Perinatol) 29 :215-218 )。因此，所希望的是一种用来获得关于胎儿染色体状态的明确信息的无创性手段。对从母体血浆中获得的CfDNA进行大规模平行DNA测序产生数百万个短序列标签，这些短序列标签可以被比对并且唯一地映射到来自参照人类基因组的位点，并且所映射的标签的计数可以用于确定染色体的过度表达或表达不足(范(Fan)等人，美国国家科学院院刊(Proc Natl Acad Sci USA) 105 :16266-16271 ;维尔克汀(Voelkerding)和里昂(Lyon)，临床化学(Clin Chem) 56 :336-338 )。然而，测序深度和后续计数统计决定了胎儿非整倍性确定的灵敏度。显然不能在测试样品群体中确定一种以上类型的三体性，这一情况强调了针对用来在母体血浆样品中确定染色体非整倍性的优化的算法的需求(赵(Chiu)等人，英国医学杂志(BMJ) 342, C7401 ;埃里克(Ehrich)等人，美国妇产科杂志(Am J Obstet Gynecol) 2014 205 el)。现有方法的局限性成为针对最佳的无创性方法的需求的基础，这些最佳的无创性方法将为产前诊断以及与拷贝数变化有关的医学病状的诊断和监测提供特异性、灵敏性以及适用性中的任一者或全部以便可靠地诊断染色体非整倍性。本专利技术实现了上述需求中的一些，并且尤其提供了一个优点，即提供了一种可靠的方法，该方法具有足够的灵敏性以便确定单个或多个染色体非整倍性，并且该方法验证已作出正确的确定。专利技术概述本专利技术提供了一种能够在包含胎儿和母体核酸的母体样品中确定单个或多个胎儿染色体非整倍性并且验证已作出正确的确定的方法。该方法适用于在多个样品中确定任何感兴趣的序列的拷贝数变异(CNV)，这些样品包含来源于两个不同基因组的基因组核酸的混合物，并且已知或怀疑这两个不同基因组在一个或多个感兴趣的序列的量方面不同。该方法至少适用于无创性产前诊断的实施，并且适用于与健康个体对比患病的个体中序列表达差异有关的病状的诊断和监测。在一个实施方案中，该方法通过以下步骤在包含胎儿和母体核酸分子的母体测试样品中确定存在或不存在一种胎儿染色体非整倍性(a)获得针对在母体样品中胎儿和母体核酸的序列信息，以便识别针对一个感兴趣的染色体的多个序列标签的一个数目以及针对至少两个归一化染色体的多个序列标签的一个数目；(b)使用序列标签的数目来计算针对感兴趣的染色体的一个第一归一化值和一个第二归一化值；并且(C)将针对感兴趣的染色体的第一归一化值与一个第一阈值进行比较并且将针对感兴趣的染色体的第二归一化值与一个第二阈值进行比较，以确定在样品中存在或不存在一种胎儿非整倍性。第一和第二阈值可以是相同的，或者它们可以是不同的。在这个方法的步骤(C)中，针对所述感兴趣的染色体的第一归一化值与阈值的比较指示存在或不存在针对所述感兴趣的染色体的一种非整倍性，并且针对所述感兴趣的染色体的第二归一化值与阈值的比较验证存在或不存 在针对感兴趣的染色体的一种非整倍性的确定。在一些实施方案中，第一归一化值是一个第一染色体剂量，它是针对感兴趣的染色体的序列标签的数目与针对一个第一归一化染色体的序列标签的数目的比率，并且第二归一化值是一个第二染色体剂量，它是针对感兴趣的染色体的序列标签的数目与针对一个第二归一化染色体的序列标签的数目的比率。任选地，第一和第二归一化值可以表示为如下所述的归一化的染色体值(NCV)。在上述和所有后续实施方案中，获得测序信息的步骤包括下一代测序(NGS)。NGS可以是使用多个可逆染料终止子进行合成法测序(sequencing-by-synthesis)。可替代地，NGS可以是连接法测序(sequencing-by-ligation)进行测序。NGS还可以是单分子测序。类似地，在上述和所有后续实施方案中，针对染色体21的归一化染色体是选自染色体9、11、14、以及I。在一些实施方案中，针对染色体18的归一化染色体是选自染色体8、3、2、以及6。在一些实施方案中，针对染色体13的归一化染色体是选自染色体4、染色体2-6的群组、染色体5、以及染色体6。在一些实施方案中，针对染色体X的归一化染色体是选自染色体6、5、13、以及3。在一些实施方案中，针对染色体I的归一化染色体是选自染色体10、11、9、以及15。在一些实施方案中，针对染色体2的归一化染色体是选自染色体8、7、12、以及14。在一些实施方案中，针对染色体3的归一化染色体是选自染色体6、5、8、以及18。在一些实施方案中，针对染色体4的归一化染色体是选自染色体3、5、6、以及13。在一些实施方案中，针对染色体5的归一化染色体是选自染色体6、3、8、以及18。在一些实施方案中，针对染色体6的归一化染色体是选自染色体5、3、8、以及18。在一些实施方案中，针对染色体7的归一化染色体是选自染色体12、2、14、以及8。在一些实施方案中，针对染色体8的归一化染色体是选自染色体2、7、12、以及3。在一些实施方案中，针对染色体9的归一化染色体是选自染色体11、10、1、以及14。在一些实施方案中，针对染色体10的归一化染色体是选自染色体1、11、9、以及15。在一些实施方案中，针对染色体11的归一化染色体是选自染色体1、10、9、以及15。在一些实施方案中，针对染色体12的归一化染色体是选自染色体7、14、2、以及8。在一些实施方案中，针对染色体14的归一化染色体是选自染色体12、7、2、以及9。在一些实施方案中，针对染色体15的归一化染色体是选自染色体1、10、11、以及9。在一些实施方案中，针对染色体16的归一化染色体是选自染色体20、17、15、以及I。在一些实施方案中，针对染色体17的归一化染色体是选自染色体16、20、19、以及22。在一些实施方案中，针对染本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
【专利技术属性】
技术研发人员：里查德·P·拉瓦，
申请(专利权)人：维里纳塔健康公司，
类型：
国别省市：
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