用于检测遗传物质的方法和组合物技术

本发明专利技术提供了用于检测靶标多核苷酸拷贝数差异的组合物和方法。在一些情况下，当初始样品是母体组织(例如，血液、血浆)时，此处提供的方法和组合物可用于诊断胎儿遗传异常。所述方法和材料应用的技术允许检测多核苷酸拷贝数虽微小但统计学显著的差异。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测遗传物质的方法和组合物相关串请的交叉引用本申请根据美国法典第35篇第119(e)条要求获得2009年11月25日申请的美国临时申请号61/264，591、2010年3月2日申请的美国临时申请号61/309，837、2010年3月2日申请的美国临时申请号61/309，845,2010年3月25日申请 的美国临时申请号61/317，635,2010年3月25日申请的美国临时申请号61/317，639,2010年3月25日申请的美国临时申请号61/317，684、2010年3月25日申请的美国临时申请号61/341，065、2010年3月25日申请的美国临时申请号61/341，218、2010年9月8日申请的美国临时申请号61/380, 981,2010年11月I日申请的美国临时申请号61/409，106,2010年11月2日申请的美国临时申请号61/409，473、2010年11月5日申请的美国临时申请号61/410，769的利益，其中每个申请都整体援引并入本文。
技术介绍
胎儿非整倍性是染色体数的畸变，通常是由于卵子或精子发生期间的减数分裂不分离引起的；然而，某些非整倍性如三体性8更通常地是由于合子后有丝分裂分离导致的(Nicolaidis 和 Petersen (1998)Human Reproduction 13:313-319)。这样的畸变包括正常染色体数的减少和增加，并且可涉及常染色体以及性染色体。减少性非整倍性的一个例子是特纳综合征，其典型特征是存在单X性染色体。染色体数增加的例子包括唐氏综合征(染色体21三体)、帕韬氏综合征(染色体13三体)、爱德华氏综合征(染色体18三体)和克氏综合征(Kleinfelter' s syndrome)(性染色体的XXY三体)。非整倍性通常导致显著的身体和神经损伤，这导致很高百分比的受影响个体不能存活至成年。事实上，除13、18或21之外其它染色体的常染色体非整倍性胎儿通常在子宫内死亡。然而，某些非整倍性，如克氏综合征，表现出的表型非常不明显，并且那些受其它三体性如XXY和XXX影响者常常发育成熟为具有生育能力的成年人。在一些情况下，导致染色体一部分的拷贝数异常的部分非整倍性可能是由于不平衡的不分离引起的。采用侵入性检测(例如通过羊膜穿刺术或绒毛膜绒毛取样(CVS))对胎儿进行非整倍性的产前诊断，这与O. 5% -2%的流产操作相关风险有关(D' Alton, Μ. E.，(1994)Semin Perinatol 18 :140-62 ;Caughey AB (2006)Obstet Gynecol 108:612-6)。准确筛查胎儿非整倍性的另一个障碍在于母亲血浆中胎儿DNA浓度较低，尤其是在孕龄较早时。单路或低级多路检测方法不可能提供足够的靶标数来区分整倍性胎儿和非整倍性胎儿(例如染色体21三体)。通常，本领域还需要用于检测生物学样品(不一定来自于母亲血液)中拷贝数变异的方法和组合物。
技术实现思路
本公开文本提供了用于检测遗传物质群体内靶标多核苷酸的拷贝数的方法和组合物。可以利用分配将靶标多核苷酸细分到多个反应体积。在一些情况下，针对靶标多核苷酸的探针被细分到多个反应体积。在一些情况下，所述方法包括如下步骤a.将第一连接探针与第一靶标多核苷酸结合；b.将第二连接探针与第二靶标多核苷酸结合；c.使所述第一和第二连接探针进行连接反应以获得一种或多种连接产物；d.将所述一种或多种连接产物分配到两个或更多个分区中；e.扩增所述一种或多种连接产物内的序列以获得扩增产物；f.确定包含所述扩增产物的所述分区的数目；以及g.计算所述第一靶标多核苷酸的拷贝数。在一些情况下，靶标多核苷酸没有被分配到所述两个或更多个分区中。分区可以包括多种类型的分区，包括固体分区(即孔、管等等)和流体分区(例如油相如连续油相中的水性小滴或至少两种不混溶流体的混合物中的水性小滴)。分区也可以是稳定的或不稳定的。例如，在一些情况下，在扩增过程期间，所述两个或更多个分区基本上保持完整。在一些情况下，分区是油相中的水性小滴，且所述水性小滴在本方法的扩增反应期间基本保持完整。当评价分区是否存在一种或多种靶标多核苷酸(或针对所述多核苷酸的探针)时，在确定步骤期间所述分区(例如所述水性小滴)也可基本上保持完整。所述分区可能包含从所述连接产物起始的扩增反应。 第一和第二连接探针可结合(或被设计为结合)多种靶标多核苷酸；通常，第一连接探针结合第一靶标多核苷酸，而第二连接探针结合第二多核苷酸。在一些情况下，第一和第二连接探针各自被设计为结合所述第一靶标多核苷酸。在其它情况下，所述第一连接探针结合第一靶标多核苷酸，该第一靶标多核苷酸的序列不同于所述第二靶标多核苷酸的序列。在一些情况下，第一连接探针被设计为结合在种内个体间保守的多核苷酸序列。在一些情况下，第一连接探针被设计为结合在两个或更多不同种间保守的多核苷酸序列。在一些情况下，连接探针结合染色体的非多态性区域。在一些实施方案中，所述方法包括将多条连接探针连接于所述第一靶标多核苷酸。例如，所述方法可包括将至少4条连接探针结合于所述第一靶标多核苷酸。在其它情况下，此处提供的方法中使用至少 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、200、500、1000、5000、10，000,20, 000,30, 000,40, 000,50, 000,60, 000,70, 000,100, 000、2，000，000,3, 000，000,4, 000，000,5, 000，000,6, 000，000,7, 000，000,8, 000，000、9，000, 000或10，000，000条连接探针。通常，一条或更多的所述连接探针结合于不同多核苷酸(例如，不同染色体、相同染色体内的不同区域)。在一些情况下，在本方法和组合物中，使用多个第一连接探针(例如靶标连接探针)，并且使用多个第二连接探针(例如参照连接探针)。该方法可进一步包括将至少4条连接探针结合于所述第一靶标多核苷酸，并且将至少4条连接探针结合于所述第二靶标多核苷酸。在一些情况下，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、200、500、1000、5000、10，000,20, 000,30, 000、40，000,50, 000,60, 000,70, 000、100，000,2, 000，000,3, 000，000,4, 000，000,5, 000，000、6，000，000,7, 000，000,8, 000，000,9, 000，000 或 10，000，000 条连接探针结合于所述第一或所述第二靶标多核苷酸。第一连接探针可结合(或被设计为结合)所述第一靶标多核苷酸中的第一区域，并且所述第二连接探针可结合(或被设计为结合)所述第一靶标多核苷酸中的第二区域，其中所述第一和第二区域没有相同序列。第一靶标多核苷酸通常与所述第二靶标多核苷酸不相同。在一些情况下，第一靶标多核苷酸与所述第二靶标多核苷酸相同。在一些例子中，所述第一靶标多核苷酸是测试染色体，而所述第二靶标多核苷酸是参照染本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：本杰明·辛德森，瑟奇·萨克森诺夫，菲利普·贝尔格莱德，凯文·奈斯，迈克尔·卢塞罗，比利·科尔斯顿，
申请(专利权)人：伯乐生命医学产品有限公司，
类型：
国别省市：