筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型及其构建方法技术

本发明专利技术公开了一种筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型及其构建方法，该血清蛋白质谱模型主要由人血清蛋白质质谱中质核比（M/Z）位于4976±380Da、6857±737Da、4407±726Da、5488±963Da、7068±142Da、3250±591Da、4753±360Da、6885±572Da?、5644±382Da、2892±299Da、3281±348Da、4292±289Da、2678±208Da和5364±126Da的人血清蛋白质组成，本发明专利技术的构建方法具有合理可行、操作简便、可批量处理的特点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及检测
，尤其涉及一种筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型及其构 建方法。
技术介绍
胰腺癌是消化系统较常见的恶性肿瘤，因胰腺位置深而隐蔽且侵袭性强，故手术 切除率低，愈后很差，5年生存率不足6%，被称为“癌中之王”。而提高早期诊断率对改善胰 腺癌的长期生存率意义重大，因此找到理想的可用于早期鉴别诊断的方法如特异的血清或 胰液蛋白标记物是解决此问题的关键。胰腺癌的早期诊断最可取的模式是对高危人群(老 年男性，有长期吸烟、嗜酒史，或有慢性胰腺炎、糖尿病，高脂饮食、与致癌物接触的职业和 有胰腺癌家族史者)定期的普查和筛选，但采用这种模式对胰腺癌却有一定困难。虽然目前 一些常用的肿瘤标志物如CA19-9、CA50、CA242等，对于诊断胰腺癌、评估其预后及监测有 无复发起到了重要作用，但其特异性和敏感性尚不能满足早期诊断的需要，因为这些指标 在无转移的局限性胰腺癌中并不升高，而在非胰腺癌患者中也会升高，因此需要寻找新的 特异指标来进一步提高胰腺癌早期诊断水平。
技术实现思路
本专利技术的目的在于针对现有技术的不足，提供一种筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模 型及其构建方法。本专利技术的目的是通过以下技术方案来实现的一种筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型，它主要由人血清蛋白质质谱中质核比(M/Z)位 于 4976士380Da、6857士737Da、4407士726Da、5488士963Da、7068士142Da、3250士591Da、 4753士360Da、6885士572Da 、5644士382Da、2892士299Da、3281士348Da、4292士289Da、 2678士208Da和5364士 126Da的人血清蛋白质组成。进一步地，包括以下步骤(1)血清的收集、处理、与蛋白芯片的结合收集胰腺癌、慢性胰腺炎、胰腺良性肿瘤患 者或健康志愿者的血清，加入去垢剂、缓冲剂等，并与CMio蛋白芯片结合；(2)质谱数据的收集首先用已知分子量的标准蛋白质芯片All-in-One将Ciphergen PBS- II -PLUS型SELDI-T0F-MS系统的分子量误差校正到<0. 1%，再将结合好蛋白质的芯片 放入质谱仪中进行检测。原始数据由Proteinchip Software 3. 2软件采集，设置激光强度 为180，检测灵敏度6，检测上限100，000 Λ，优化收集数据范围2000 20000 Λ，信号收 集位置从20 80，每个样本取168个点所收集信号的平均值。用Proteinchip Software 3. 2软件以xlm的格式输出原始质谱(3 )分析组成，从而得到本专利技术筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型。进一步地，所述步骤(3)具体为 (a)原始质谱图上传到服务器；(b)先用小波变换(UDWT)去除质谱仪器本身造成的噪音；(c)修正去除噪音后的质谱图的基线；(d)校正整个图谱的分子量值；(e)用局部极值法找出蛋白值峰，用信噪比和该峰在各样本中出现的比率过虑蛋白质峰；(f)均一化所有样本数据；(g)对预处理完筛选出来的蛋白质峰做进一步的检验分析，筛选出P<0.05差异蛋白峰；(h)对筛选的差异蛋白峰进一步用遗传算法结合支持向量机模型的方法筛选最佳模 型，用留一法评估模型的预测效果，选出建立支持向量机模型预测的约登指数最高的组合 作为最终的候选标志物，建立的模型和留一法交叉验证的结果作为最终的结果；(i)输出各种统计结果和图片。本专利技术的有益效果是1、本质谱模型的构建方法合理可行，且较简便，操作性强，可批量处理；2、敏感性和特 异性较高；3、本模型能够对疑诊胰腺癌的患者进行早期筛查，并为进一步发现可能的肿瘤标记物 提供基础。具体实施例方式本专利技术筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型能够对疑诊胰腺癌的患者进行早期筛查， 并为进一步发现可能的肿瘤标记物提供基础。本专利技术筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型由人血清蛋白质质谱中质核比(M/Z)位 于 4976士380Da、6857士737Da、4407士726Da、5488士963Da、7068士142Da、3250士591Da、 4753士360Da、6885士572Da、5644士382Da、2892士299Da、3281士348Da、4292士289Da、 2678士208Da和5364士 126Da的人血清蛋白质组成。本专利技术质谱模型的构建方法包括以下步骤 1、血清的收集、处理、与蛋白芯片的结合。血清的收集、处理、与蛋白芯片(CMlO)的结合包括收集符合入选标准的各种患 者如胰腺癌、慢性胰腺炎、胰腺良性肿瘤患者或健康志愿者的血清，加入去垢剂、缓冲剂等， 并与CMlO蛋白芯片结合。1)采集胰腺癌、慢性胰腺炎、胰腺良性肿瘤患者(或健康志愿者)清晨空腹静脉血 约3mL，室温下静置l-2h，3000rpm离心15min分离血清，_8(TC冰箱保存。2)实验方法(如图4所示) A、芯片的预处理a、CMlO蛋白芯片的每个孔中加入200 μ 1 Binding Buffer。b、摇床上振荡(600rpm，室温)5分钟使充分平衡后去除液体，重复平衡一次。B、血清的预处理a、冰浴上缓慢融解血清(30 60分钟)，IOOOOrpm离心5分钟(4°C )。bUOy 1 U9血清变性溶液中加入血清5yL，摇床上振荡使充分混合(600rpm，41，30分钟)。c、用Binding Buffer将U9处理后的血清稀释至200 μ 1用于上样，摇床上振荡使 充分混合(600rpm，4°C，2分钟)。至此血清被稀释约40倍。C、蛋白质与芯片结合a、取上述经U9处理并稀释过的血清ΙΟΟμ 1加到芯片上，仔细检查并去除每个孔中的 气泡以免其影响蛋白质与芯片的结合。b、芯片与血清充分反应1小时(600rpm摇床上振荡，4°C)后去除样品。D、结合后冲洗a、每孔加入200 μ 1相应的Binding Buffer，摇床上振荡5分钟(600rpm，室温)后除去液体。重复该过程2次。b、用水(纯度HPLC级)200μ 1快速清洗每个孔1次，用力甩干并将Bio-processor 倒扣在清洁的吸水纸上轻拍以去除多余的水。C、将芯片从Bio-processor中取出，自然干燥。E、加能量吸收分子(EAM)每孔点加50%饱和的SPA溶液1 μ 1，待其自然干燥后重复点加1次。自然干燥即可上 机检测。2、质谱数据的收集采用的仪器可以为Ciphergen PBS- II -PLUS 型 SELDI-TOF-MS 系统。首先用已知分子量的标准蛋白质芯片Al Ι-in-One将SELDI质谱系统的分子 量误差校正到<0. 1%，再将结合好蛋白质的芯片放入质谱仪中进行检测。原始数据由 Proteinchip Software 3. 2软件采集，设置激光强度为180，检测灵敏度6，检测上限 100，000 Λ，优化收集数据范围2000 20000 ，信号收集位置从20 80，每个样本取 168个点所收集信号的平均值。用Proteinchip Software 3. 2软件将原始数据以xlm的格 式输出°3> ZJU-PDAS (ZheJiang University-ProteinChip Data Analyze Sys本文档来自技高网...

【技术保护点】
１．一种筛选胰腺癌的血清蛋白质谱模型，其特征在于，它主要由人血清蛋白质质谱中质核比（Ｍ／Ｚ）位于４９７６±３８０Ｄａ、６８５７±７３７Ｄａ、４４０７±７２６Ｄａ、５４８８±９６３Ｄａ、７０６８±１４２Ｄａ、３２５０±５９１Ｄａ、４７５３±３６０Ｄａ、６８８５±５７２Ｄａ　　　　、５６４４±３８２Ｄａ、２８９２±２９９Ｄａ、３２８１±３４８Ｄａ、４２９２±２８９Ｄａ、２６７８±２０８Ｄａ和５３６４±１２６Ｄａ的人血清蛋白质组成。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡建庭，陈妙研，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：86