染色体９ｐ２１区段和ＫＩＦ６基因ＳＮＰ检测液相芯片以及特异性引物制造技术

本发明专利技术公开了一种染色体９ｐ２１区段ＳＮＰ检测液相芯片和特异性引物，主要包括有：ＡＳＰＥ引物对，每条ＡＳＰＥ引物由５’端的ｔａｇ序列和３’端针对ＳＮＰ位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对染色体９ｐ２１区段Ｇ２２１１５５０３Ｃ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１７和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１８、Ａ２２０８６０５５Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱＩＤ　ＮＯ．１９和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２０、Ａ２２１１４４７７Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２１和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２２、Ａ２２１０５０２６Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２３和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２４、Ａ２２１０５９５９Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２５和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２６、和／或Ａ２２０８８６１９Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２７和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２８；所述ｔａｇ序列选自ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１～ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１４；分别包被有特异的ａｎｔｉ－ｔａｇ序列的、具有不同颜色编码的微球；扩增引物。本发明专利技术还公开了染色体９ｐ２１区段和ＫＩＦ６基因ＳＮＰ检测液相芯片。本发明专利技术所提供的检测方法与测序法的吻合率高达１００％。所制备的ＫＩＦ６基因和染色体９ｐ２１区段ＳＮＰ检测液相芯片具有非常好的信号－噪声比。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种染色体9p21区段、KIF6基因SNP位点检测液相芯片以及特异性引物。
技术介绍
WTCCC于2007年对1926例患有冠心病/心肌梗塞或有严重家族史者和2938名对照受试者的全基因组关联研究结果显示：与冠心病相关性最大的多态性位点rs1333049(G＞C)位于9p21区域(P＝1.80×10-14)。该研究结果于2008年经在东亚人群中得到验证。2009于中国人群中得到证实。PROVEIT-TIMI 22研究同样证实：rs1333049C等位基因携带者应用他汀强化治疗较他汀常规治疗获益更多。同时，与冠心病相关的多态性位点还有A22086055G(rs10757274)、A22114477G(rs10757278)、A22105026G(rs2383206)、A22105959G(rs2383207)和A22088619G(rs2891168)，此5个位点均与rs1333049(G22115503C)完全连锁。KIF6(Kinesin-like protein 6)编码驱动蛋白样蛋白-6，为分子动力超家族中的一员。CARE、WOSCOPS及PROVE IT-TIMI 22三项研究均表明，KIF6基因Trp719Arg(rs20455T＞C)与冠脉事件的相关性。KIF6基因Trp719Arg多态性在高加索人群中达到60％，具有719Arg多态性的人患冠心病(CHD)的风险增加55％。与非携带者相比(HR＝0.94)，KIF6719Arg等位基因携带者应用他汀强化治疗较他汀常规治疗获益更多(HR＝0.59)，强化治疗使携带者发生冠脉事件的绝对危险降低10.0％，非携带者仅降低0.8％。目前国内外关于心血管疾病风险的检测日渐增多，目前的产品一般基于PCR技术的荧光定量PCR法、RFLP法和DNA测序法等，存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点，同时由于检测通量的局限性，不能满足实际应用的需要。而染色体9p21区段SNP位点，目前国内外几乎没有相关的检测产品。
技术实现思路
本专利技术的目的之一是提供染色体9p21区段SNP检测液相芯片，该液相芯片可用于检测染色体区段9p21的G22115503C(rs1333049)、A22086055G(rs10757274)、A22114477G(rs10757278)、A22105026G(rs2383206)、A22105959G(rs2383207)和A22088619G(rs2891168)突变的野生型和突变型。实现上述目的的技术方案如下：一种染色体9p21区段SNP检测液相芯片，主要包括有：(A)针对染色体9p21区段的SNP位点设计的野生型和突变型的ASPE引物对，每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对SNP位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对染色体9p21区段G22115503C SNP的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18、A22086055G SNP的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20、A22114477G SNP的SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22、-->A22105026G SNP的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24、A22105959G SNP的SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26、和/或A22088619G SNP的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.14；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQID NO.29～SEQ ID NO.42中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增具有G22115503C、A22086055G、A22114477G、A22105026G、A22105959G和/或A22088619G SNP位点的染色体9p21区段目标序列的扩增引物。优选地，所述扩增引物为：针对G22115503C SNP位点的SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.46、针对A22086055G SNP位点的SEQ ID NO.47和SEQ ID NO.48、针对A22114477G SNP位点的SEQ ID NO.49和SEQ ID NO.50、针对A22105026G SNP位点的SEQ ID NO.51和SEQ IDNO.52、针对A 22105959G SNP位点的SEQ ID NO.53和SEQ ID NO.54、和/或针对A22088619GSNP位点的SEQ ID NO.55和SEQ ID NO.56。所述ASPE引物对为：针对G22115503C SNP位点的由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.17组成的序列以及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.18组成的序列、针对A22086055G SNP位点的由SEQID NO.5和SEQ ID NO.19组成的序列以及由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.20组成的序列、针对A22114477G SNP位点的由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.21组成的序列以及由SEQ ID NO.8和SEQID NO.22组成的序列、针对A 22105026G SNP位点的由SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.23组成的序列以及由SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.24组成的序列、针对A 22105959G SNP位点的由SEQ IDNO.11和SEQ ID NO.25组成的序列以及由SEQ ID NO.12和SEQ ID NO.26组成的序列、和/或针对A22088619G SNP位点的由SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.27组成的序列以及由SEQ ID NO.14和SEQ ID NO.28组成的序列。本专利技术的另一目的是提供对染色体9p21区段和KIF6基因SNP同步检测的液相芯片。该液相芯片可用于检测KIF6基因T2155C(rs20455)的野生型和突变型以及染色体区段9p21的G22115503C(rs1333049)、A22086055G(rs10757274)、A22114477G(rs10757278)、A22105026G(rs2383206)、A22105959G(rs2383207)和A22088619G(rs2891168)突变的野生型和突变型。实现上述目的的技术方案如下：一种染色体9p21区段和KIF6基因SNP检测的液相芯片，主要包括有：(A)针对每种基因的SNP位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对，每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述tag序列选自SEQID NO.1～SEQ ID NO.14；所述特异性引物是：针对染色体9p21区段G22115503C SNP的SEQ ID NO.17和SEQ IDNO.18、A2本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种染色体９ｐ２１区段ＳＮＰ检测液相芯片，其特征是，主要包括有：（Ａ）针对染色体９ｐ２１区段的ＳＮＰ位点设计的野生型和突变型的ＡＳＰＥ引物对，每条ＡＳＰＥ引物由５’端的ｔａｇ序列和３’端针对ＳＮＰ位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对染色体９ｐ２１区段Ｇ２２１１５５０３Ｃ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１７和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１８、Ａ２２０８６０５５Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１９和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２０、Ａ２２１１４４７７Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２１和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２２、Ａ２２１０５０２６Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２３和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２４、Ａ２２１０５９５９Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２５和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２６、和／或Ａ２２０８８６１９Ｇ　ＳＮＰ的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２７和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２８；所述ｔａｇ序列选自ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１～ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１４；（Ｂ）分别包被有特异的ａｎｔｉ－ｔａｇ序列的、具有不同颜色编码的微球，所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列选自ＳＥＱＩＤ　ＮＯ．２９～ＳＥＱ　ＩＤＮＯ．４２中的序列，且所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列能相应地与（Ａ）中所选的ｔａｇ序列互补配对，且所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；（Ｃ）用于扩增具有Ｇ２２１１５５０３Ｃ、Ａ２２０８６０５５Ｇ、Ａ２２１１４４７７Ｇ、Ａ２２１０５０２６Ｇ、Ａ２２１０５９５９Ｇ和／或Ａ２２０８８６１９Ｇ　ＳＮＰ位点的染色体９ｐ２１区段目标序列的扩增引物。...

【技术特征摘要】
1.一种染色体9p21区段SNP检测液相芯片，其特征是，主要包括有：(A)针对染色体9p21区段的SNP位点设计的野生型和突变型的ASPE引物对，每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对SNP位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对染色体9p21区段G22115503C SNP的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18、A22086055G SNP的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20、A22114477G SNP的SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22、A22105026G SNP的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24、A22105959G SNP的SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26、和/或A22088619G SNP的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.14；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQID NO.29～SEQ ID NO.42中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增具有G22115503C、A22086055G、A22114477G、A22105026G、A22105959G和/或A22088619G SNP位点的染色体9p21区段目标序列的扩增引物。2.根据权利要求1所述的染色体9p21区段SNP检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为：针对G22115503C SNP位点的SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.46、针对A22086055G SNP位点的SEQ ID NO.47和SEQ ID NO.48、针对A22114477G SNP位点的SEQ ID NO.49和SEQ ID NO.50、针对A22105026G SNP位点的SEQ ID NO.51和SEQ ID NO.52、针对A22105959G SNP位点的SEQ ID NO.53和SEQ ID NO.54、和/或针对A22088619G SNP位点的SEQ ID NO.55和SEQ IDNO.56。3.根据权利要求1所述的染色体9p21区段SNP检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物对为：由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.17组成的序列以及由SEQ IDNO.4和SEQID NO.18组成的序列、由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.19组成的序列以及由SEQ ID NO.6和SEQID NO.20组成的序列、由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.21组成的序列以及由SEQ ID NO.8和SEQID NO.22组成的序列、由SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.23组成的序列以及由SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.24组成的序列、由SEQ 1D NO.11和SEQ ID NO.25组成的序列以及由SEQ ID NO.12和SEQ ID NO.26组成的序列、和/或由SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.27组成的序列以及由SEQID NO.14和SEQ ID NO.28组成的序列。4.根据权利要求1-3任一项所述的染色体9p21区段SNP检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5-10个T。5.一种染色体9p21区段和KIF6基因SNP检测的液相芯片，其特征是，其主要包括有：(A)针对每种基因的SNP位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对，每条ASPE引物由5，端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述tag序列选自SEQID NO.1～SEQ ID NO.14；所述特异性引物是：针对染色体9p21区段G22115503C SNP的SEQ ID NO.17和SEQ IDNO.18、A22086055G SNP的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20、A22114...

【专利技术属性】
技术研发人员：许嘉森，秦会娟，余刚，曾涛，
申请(专利权)人：广州益善生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：81[中国|广州]