【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】微生物种群分析本专利技术涉及分析微生物种群，像不同分类学群组的细菌种群的方法，所述细菌种群在怀疑含有所述微生物、引物、引物组和适合用于本方法的成对引物组的环境中，和将该 方法用于测定外部因子像药物、营养素和杀虫剂对这样的种群的作用。在最近的文章(Science(2005) Volume 308(5728) 1635-8)中，Eckburg 和同事描 述了巨大多样性的人类肠微生物菌群。他们报道至少395细菌种系型(phylotype)的存在， 其中至少244个是新的，80%代表来自未被培养的物种的序列。所指微生物大多是硬壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌(Bacteroidetes)门的成 员，大多数硬壁菌门序列是梭菌(Clostridia)纲的成员。其它检测到的门是变形菌门 (Proteobacteria) > lif Π (Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)禾口抚微菌门 (Verrucomicrobia)。通常接受的是更好地理解肠微生物菌群的组成将对于理解微生物菌群在健康和 疾病中(例如在Crohn疾病、免疫、代谢疾病...
【技术保护点】
一种分析在怀疑含有细菌的环境中的不同分类群组的微生物种群，如细菌种群的方法，该方法包括下列步骤： ａ）提供获自所述环境的ＤＮＡ并且提供至少 ｉ）第一引物组Ｐ１，其含有至少一个引物ｐ１，ｐ１针对于对选自门、纲、目或科的第一分类群组特异的至少一个保守位置Ｌ１； ｉｉ）第二引物组Ｐ２，其含有至少一个引物ｐ２，ｐ２针对于对选自门、纲、目或科的第二分类群组特异的至少一个保守位置Ｌ２； ｉｉｉ）第三引物组Ｐ３，其含有至少一个引物ｐ３，ｐ３针对于至少对属于第一分类群组的微生物特异的至少一个保守位置Ｌ３； ｉｖ）第四引物组Ｐ４，其含有至少一个引物ｐ４，ｐ４针对于至少对于属于第二分...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】EP 2007-4-17 07075289.4一种分析在怀疑含有细菌的环境中的不同分类群组的微生物种群，如细菌种群的方法，该方法包括下列步骤a)提供获自所述环境的DNA并且提供至少i)第一引物组P1，其含有至少一个引物p1，p1针对于对选自门、纲、目或科的第一分类群组特异的至少一个保守位置L1；ii)第二引物组P2，其含有至少一个引物p2，p2针对于对选自门、纲、目或科的第二分类群组特异的至少一个保守位置L2；iii)第三引物组P3，其含有至少一个引物p3，p3针对于至少对属于第一分类群组的微生物特异的至少一个保守位置L3；iv)第四引物组P4，其含有至少一个引物p4，p4针对于至少对于属于第二分类群组的微生物特异的至少一个保守位置L4，并且其中引物组P1和P3适于扩增所述保守区域L1和L3之间的区域，并且其中引物组P2和P4适于扩增所述保守区域L2和L4之间的区域；b)使用所述引物组进行扩增反应，因此产生具有可检测大小、数量和/或核苷酸序列的差异的片段；c)检测所述差异。2.根据权利要求1的方法，其中微生物种群含有细菌。3.根据权利要求1-2的方法，其中第一和/或第二分类群组是门。4.根据权利要求1-3的方法，其中所述引物组P3和所述引物组P4相同。5.用于检测存在于环境中的微生物种群变化的方法，包括下列步骤a)在第一时间点tO在获自所述环境的DNA上操作根据前述权利要求任意所述的方法；b)在第二时间点tl在获自所述环境的DNA上操作根据前述权利要求任意所述的方法；禾口c)比较在步骤a和b获得的结果。6.根据权利要求5的方法，其特征在于比较在门、纲、目、科、属或种的水平，优选在门 的水平进行。7.根据前述权利要求任意所述的方法，其特征在于引物组Pl由一个引物组成和/或引 物组P2由一个引物组成。8.根据前述权利要求任意所述的方法，其特征在于引物组P3和/或P4由至少两个，优 选至少三个不同的引物组成。9.根据前述权利要求任意所述的方法，其特征在于DNA来自选自存在于人类、植物、 动物、水、食物或土壤的微生物环境的环境，更优选来自胃肠道、皮肤、肺、唾液、结肠、口、腹 水、排泄物、溃疡、脓、牙窝、伤口液体、创伤、血或心血管系统的微生物环境。10.根据前述权利要求任意所述的方法，其中所述第一和第二引物组Pl和P2被标记 并且含有选自荧光标记，优选FAM、ΤΕΤ、HEX、Cy 5、Cy 5. 5, Cy 3、Cy 3. 5, Cy 7、四甲基罗丹 明、ROX、J0E、FITC、TRITC、放射性标记，优选 3H、14C、32P 或 33P、35S 的标记。11.根据权利要求10的方法，其中引物组Pl的标记与引物组P2的标记不同。12.根据前述权利要求任意所述的方法，其特征在于当第一或第二分类群组是门时，该门选自硬壁菌门firmicutes、梭杆菌门fusobacterium、脱铁杆菌门deferribacteres、 螺$定体门spirochaetes、蓝细菌门cyanobacteria、乳杆菌门acidobacteria、硝酸 剌菌门nitrospina、消化螺旋菌门nitrospirae、暧发菌门caldithrix、卤素厌氧细 菌门 haloanaerobiales,抚微菌门 verrucomicrobia、衣原体 chlamydiae、浮霉...
【专利技术属性】
技术研发人员：PHM萨韦尔库尔，AE巴丁，
申请(专利权)人：高等教育科学研究及疾病护理协会，
类型：发明
国别省市：NL[荷兰]
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