HPP1基因甲基化定量检测方法技术

技术编号:4171893 阅读:533 留言:0更新日期:2012-04-11 18:40
本发明专利技术属于生物医学技术领域。基因的异常甲基化参与肿瘤的发生发展,本发明专利技术的目的在于克服甲基化敏感性限制性内切酶法、重亚硫酸盐测序法和甲基化特异性PCR法的缺点,提供一种操作简便、敏感性高的HPP1基因甲基化定量检测方法。本发明专利技术取胰腺癌组织,提取DNA制备ACTB的标准曲线样品,利用全甲基化模板,制备HPP1的标准曲线样品;提取待测组织DNA,并进行化学修饰,针对人HPP1基因启动子区CPG岛设计甲基化引物及探针,针对人参照基因ACTB启动子区CPG岛设计BSP引物及探针,采用Taqman-MGB实时定量PCR方法对亚硫酸盐处理后的DNA进行实时定量PCR,计算出HPP1基因甲基化程度的定量值。本发明专利技术方法快速、准确、灵敏度高。

Quantitative detection method for methylation of HPP1 gene

The invention belongs to the technical field of biomedicine. Abnormal methylation of genes involved in cancer development, the aim of the invention is to overcome the methylation sensitive restriction endonuclease method, bisulfite sequencing and methylation specific PCR method shortcomings, provides a simple operation and high sensitivity of HPP1 gene methylation quantitative detection method. The present invention from pancreatic cancer, extracted from the standard curve samples prepared by DNA ACTB, using the full methylated template, the standard curve of sample preparation of HPP1; extraction of tissue to be measured DNA, and chemical modification, human HPP1 gene promoter CPG island methylation primer and probe design, the needle of ginseng ACTB gene CPG Island in the promoter region of BSP primer design and probe, using real-time quantitative PCR method of Taqman MGB real-time PCR of sulfite treated DNA, calculate the quantitative value of HPP1 gene methylation. The method of the invention is fast, accurate and sensitive.

【技术实现步骤摘要】

【技术保护点】
一种HPP1基因甲基化定量检测方法,其特征在于该方法包括如下步骤:  A、待检样本处理:用QIAGEN EpiTect Bisufite KitTM试剂盒对待检样本的DNA进行重亚硫酸盐处理,用作扩增模板;  B、分别制备ACTB参照基因的标准品和HPP1靶基因的标准品:  设计并合成ACTB参照基因的BSP引物:  ACTB BF:5′TGGTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGT 3′  ACTB BR:5′AACCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA 3′设计并合成HPP1靶基因的MSP引物:  HPP 1BF:5′AGTAGTAGTAGGGTAGAGAGGGG′3′  HPP 1BR:5′AACCTTAAAATTACACRCTCTT 3′  ACTB参照基因进行BSP反应的条件:95℃预变性10min;95℃变性30s.60℃退火30s.72℃延伸30s,共40个循环;  HPP1靶基因进行BSP反应的条件:95℃预变性10min;95℃变性30s.53.3℃退火30s.72℃延伸30s,共40个循环;  PCR产物进行纯化,连接入pMD18-T Vector,然后电击法转化至E.coliDH5α、工程菌,测序正确的重组菌进行扩增,应用试剂盒抽提纯化质粒,分别制备出ACTB参照基因的标准品和HPP1靶基因的标准品;  C、在BSP扩增片段内设计MSP引物及探针  HHP 1MF:5’GTTGTTTTTAGGTCGGTAAGAGC 3’  HHP 1MR:5’ACGTCCTACTAACGACCGACG 3’  D、HPP1基因甲基化的定量检测:  设计并合成ACTB的探针和HPP1的探针:ACTB探针:FAM-TTTGTTATTGTGTGTTGGGTG-MGB  HPP 1探针:FAM-TTAGAGAAAYGTTTTTGGTTT-MGB  对重亚硫酸盐处理过的待检样本DNA,分别同时进行实时荧光定量PCR、条件是:①95℃10min②95℃15s,70℃15s,60℃1min,共50个循环;检测ACTB和HPP1基因的拷贝数;待检样本DNA中HPP1基因的拷贝数除以ACTB基因的拷贝数,即为待检样本中HPP1基因甲基化程度的定量值。...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员:李兆申王小玮高军杜奕奇龚燕芳
申请(专利权)人:中国人民解放军第二军医大学
类型:发明
国别省市:31[中国|上海]

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