【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子标记，特别是涉及与甜玉米籽粒果皮硬度相关的snp标记组合及其应用。
技术介绍
1、甜玉米是鲜食玉米中的重要类型。甜玉米原产于美洲大陆，其营养价值不亚于水果和蔬菜，也被称作“水果玉米”或“蔬菜玉米”，成熟后可蒸煮加工也可鲜食，甜玉米加工的附加值高经济效益显著，因其富含果糖、蔗糖、葡萄糖以及多种氨基酸、蛋白质、纤维素、矿物质等营养物质，颇受消费者喜爱。甜玉米乳熟期籽粒鲜、甜、脆、嫩可当作水果、蔬菜直接食用。相较于普通玉米而言，甜玉米生长周期短、经济价值高、营养丰富。随着人们生活消费水平的提高，甜玉米的需求量也在不断增加，带动了甜玉米种植及相关产业的发展，有着广阔的市场前景。改善甜玉米的柔嫩度，提高食味品质，是目前甜玉米品质育种的重要方向之一。
2、籽粒果皮硬度是影响甜玉米柔嫩度的关键因素，果皮硬度是柔嫩度的重要组成。籽粒果皮硬度是一个多基因控制的复杂数量性状，如果开发分子标记用于分子标记辅助育种，可通过籽粒果皮硬度性状相关的分子标记来一起应用。
3、虽然以前的研究对甜玉米籽粒果皮硬度的性状也进行了qtl定位，检测到了一些控制玉米籽粒果皮硬度数量性状位点，但由于受到标记密度、群体类型、遗传连锁图谱精度以及对籽粒性状表型检测方法不同的影响，研究获得的籽粒果皮硬度性状相关的qtl结果不尽相同，多为非主效qtl。
技术实现思路
1、为了解决上述问题，本专利技术提供了与甜玉米籽粒果皮硬度相关的snp标记组合及其应用。本专利技术提供的snp标记组合为与甜玉
2、为了实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
3、本专利技术提供了一种与甜玉米籽粒果皮硬度相关的snp标记组合，所述snp标记组合包括第一snp分子标记和第二snp分子标记；
4、所述第一snp分子标记为玉米b73 revgen_v3基因组6号染色体第161990361位点的核苷酸为a或g；
5、所述第二snp分子标记为玉米b73 revgen_v3基因组6号染色体第162070558位点的核苷酸为t或g。
6、本专利技术提供了鉴定上述技术方案所述snp标记组合基因型的引物组。
7、优选的，所述引物组包括第一引物对和第二引物对；所述第一引物对的上游引物的核苷酸序列如seq id no.1所示，所述第一引物对的下游引物的核苷酸序列如seq idno.2所示；所述第二引物对的上游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示，所述第二引物对的下游引物的核苷酸序列如seq id no.4所示。
8、本专利技术提供了上述技术方案所述的snp标记组合或上述技术方案所述的引物组在甜玉米辅助育种中的应用。
9、优选的，所述甜玉米辅助育种包括筛选籽粒果皮硬度相对较低的甜玉米。
10、优选的，所述筛选包括：筛选第一snp分子标记为aa基因型且第二snp分子标记为tt基因型的甜玉米。
11、本专利技术提供了一种筛选籽粒果皮硬度相对较低的甜玉米的方法，包括以下步骤：
12、测定甜玉米的上述技术方案所述snp分子标记组合的基因型；
13、根据所述测定结果，筛选第一snp分子标记为aa基因型且第二snp分子标记为tt基因型的甜玉米为籽粒果皮硬度相对较低的甜玉米。
14、优选的，所述测定方法包括对待测甜玉米进行pcr扩增，对得到的pcr扩增产物进行测序。
15、优选的，所述pcr扩增的引物组包括上述技术方案所述的引物组。
16、有益效果：
17、本专利技术提供了一种与甜玉米籽粒果皮硬度相关的snp标记组合，所述snp标记组合包括第一snp分子标记和第二snp分子标记；所述第一snp分子标记为玉米b73 revgen_v3基因组6号染色体第161990361位点的核苷酸为a或g；所述第二snp分子标记为玉米b73revgen_v3基因组6号染色体第162070558位点的核苷酸为t或g。本专利技术利用甜玉米自交系shl01和shl03为亲本构建ril群体(永久群体)，利用质构仪对甜玉米籽粒果皮硬度相关性状数据进行采集，通过籽粒果皮硬度性状进行qtl定位，发现玉米第6号染色体上存在与甜玉米籽粒果皮硬度相关的1个主效qtl，主效qtl位于snp位点s_chr6:161990361和s_chr6:162070558之间，对籽粒果皮硬度表型贡献率为13.49％，获得的主效qtl连锁的snp标记(即snp标记组合)为分子标记辅助育种奠定了基础，对提高甜玉米食味品质具有重要意义。
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1.一种与甜玉米籽粒果皮硬度相关的SNP标记组合，其特征在于，所述SNP标记组合包括第一SNP分子标记和第二SNP分子标记；
2.鉴定权利要求1所述SNP标记组合基因型的引物组。
3.根据权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括第一引物对和第二引物对；所述第一引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述第一引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述第二引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQID NO.3所示，所述第二引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
4.权利要求1所述的SNP标记组合或权利要求2或3所述的引物组在甜玉米辅助育种中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述甜玉米辅助育种包括筛选籽粒果皮硬度相对较低的甜玉米。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述筛选包括：筛选第一SNP分子标记为AA基因型且第二SNP分子标记为TT基因型的甜玉米。
7.一种筛选籽粒果皮硬度相对较低的甜玉米的方法，其特征在于，包括以下步骤
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述测定方法包括对待测甜玉米进行PCR扩增，对得到的PCR扩增产物进行测序。
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的引物组包括权利要求2或3所述的引物组。
...【技术特征摘要】
1.一种与甜玉米籽粒果皮硬度相关的snp标记组合，其特征在于，所述snp标记组合包括第一snp分子标记和第二snp分子标记；
2.鉴定权利要求1所述snp标记组合基因型的引物组。
3.根据权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括第一引物对和第二引物对；所述第一引物对的上游引物的核苷酸序列如seq id no.1所示，所述第一引物对的下游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示；所述第二引物对的上游引物的核苷酸序列如seqid no.3所示，所述第二引物对的下游引物的核苷酸序列如seq id no.4所示。
4.权利要求1所述的snp标记组合或权利要求2或3所述的引...
【专利技术属性】
技术研发人员：关媛，郑洪建，于典司，顾炜，瞿静涛，王慧，孙萍东，施标，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：
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