【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物，具体地说，是与大麦皮裸性状相关的snp位点及kasp标记。
技术介绍
1、大麦(hordeum vulgare l.)是仅次于小麦、水稻、玉米的世界第四大谷类作物。它用途广泛，可用于食品、饲料、酿造等，其中用于食用的主要是裸大麦。最近，随着人们健康意识的加强，青稞(即裸大麦)的健康价值也不断得到认可。比如，大麦不仅因其高纤维含量和高蛋白质含量而具有很高的价值，而且其在血糖的调节和心脏保护中的有益作用而受到重视。大麦还具有抗炎和抗氧化特性，从而有益于人体的健康和疾病的预防。
2、据研究表明，大麦中的皮、裸性状主要是由位于7hl染色体臂上的单位点(nud)控制，该位点编码一个调节脂质合成的转录因子，由于很长时间以来都未发现控制该性状的其他位点，因而还提出了裸大麦的单起源学说。尽管到目前为止，除了nud/nud之外，没有其他基因的报道，但脂质生物合成的复杂性和大麦巨大的遗传多样性都表明，不同地区的裸大麦可能由不止一个基因的等位基因变异引起的，例如最近报道的来自埃塞俄比亚的一个裸大麦品种(hor1143)就不受nud基因控制，并且在不同染色体上也关联到了与皮裸性状相关的多个snp(wabila,c.,neumann,k.,kilian,b.et al.atiered approach to genome-wide association analysis for the adherence of hulls to the caryopsis ofbarley seeds reveals footprint
3、大麦作为上海主要的谷类作物之一，在这一地区有着悠久的种植历史。因而，该地区积累和保存了大量的大麦种质资源，而且在大麦育种中发挥了重要的作用。
4、但是关于与大麦皮裸性状相关的snp位点及kasp标记目前还未见报道。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供大麦皮裸性状相关的snp位点及kasp标记。
2、此前，我们使用ssr标记和基于gbs的snp标记分析了112个大麦地方品种的遗传背景，这些种质根据系统发育树可以分为三类，并似乎与根据棱型和皮裸性状的分类相一致。在此，本专利技术继续使用gbs技术对上海大麦种质资源收集库里的其他71种材料进行分析，并研究总共183个大麦品种材料的遗传多样性。然后，利用全基因组关联研究(gwas)分析皮裸性状的位点，从而为可能存在控制该性状的新位点的假设提供更多证据。最后，基于与大麦皮裸性状相关的snp标记，开发了kasp标记，为上海裸大麦的标记辅助选择(mas)育种提供新工具。
3、本专利技术的第一方面，提供一种与大麦皮裸性状相关的snp位点的kasp标记引物组，其中上游引物f、上游引物v、下游引物r的序列分别如seq idno.1-seq id no.3所示：
4、snp1-f(seq id no.1)：
5、gaaggtgaccaagttcatgcttctggagctaagtaacctggcg；
6、snp1-v(seq id no.2)：
7、gaaggtcggagtcaacggattactctggagctaagtaacctggca
8、snp1-r(seq id no.3)：
9、cactgctaaggtatctgactttggact。
10、进一步地，所述的与大麦皮裸性状相关的snp位点为7h-523092315；是位于大麦基因组(大麦参考基因组morex品种v2版本)的7h染色体第523092315位核苷酸，其为g或a，g为皮大麦，a为裸大麦。
11、本专利技术的第二方面，提供一种如上所述的kasp标记引物组在裸大麦的标记辅助选择育种中的应用。
12、本专利技术的第三方面，提供一种用于大麦皮裸性状鉴定的试剂盒，所述的试剂盒包括如上所述的kasp标记引物组。
13、进一步地，所述的试剂盒还包括kasp-pcr所需要的试剂。
14、本专利技术的第四方面，提供一种用于鉴定大麦皮裸性状的snp位点，所述的与大麦皮裸性状相关的snp位点为7h-523092315；是位于大麦基因组(大麦参考基因组morex品种v2版本)的7h染色体第523092315位核苷酸，其为g或a，g为皮大麦，a为裸大麦。
15、本专利技术的第五方面，提供检测snp位点7h-523092315的多态性或基因型的试剂在鉴定大麦皮裸性状中的应用，所述的snp位点位于大麦基因组的7h染色体第523092315位核苷酸，其为g或a，g为皮大麦，a为裸大麦。
16、本专利技术的第六方面，提供一种鉴定大麦皮裸性状的方法，所述方法为检测待测大麦的snp位点7h-523092315的基因型，根据基因型确定所述待测大麦皮裸性状。
17、进一步地，所述的方法中采用如上所述的kasp标记引物组检测待测大麦的snp位点7h-523092315的基因型，g为皮大麦，a为裸大麦。
18、本专利技术优点在于：
19、1、本专利技术使用gbs技术对上海大麦种质资源收集库里的总共183个大麦品种材料进行分析，并研究其遗传多样性。然后，利用全基因组关联研究(gwas)分析皮裸性状的位点，从而为可能存在控制该性状的新位点的假设提供更多证据。
20、2、本专利技术基于与大麦皮裸性状相关的snp标记，开发了kasp标记，为上海裸大麦的标记辅助选择(mas)育种提供新工具。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种与大麦皮裸性状相关的SNP位点的KASP标记引物组，其特征在于，其上游引物F、上游引物V、下游引物R的序列分别如SEQ ID No.1-SEQ ID No.3所示。
2.根据权利要求1所述的KASP标记引物组，其特征在于，所述的与大麦皮裸性状相关的SNP位点为7H-523092315，其为G或A，G为皮大麦，A为裸大麦。
3.一种如权利要求1所述的KASP标记引物组在裸大麦的标记辅助选择育种中的应用。
4.一种用于大麦皮裸性状鉴定的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒包括如权利要求1所述的KASP标记引物组。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒还包括KASP-PCR所需要的试剂。
6.一种用于鉴定大麦皮裸性状的SNP位点，其特征在于，所述的与大麦皮裸性状相关的SNP位点为7H-523092315，其为G或A，G为皮大麦，A为裸大麦。
7.检测SNP位点7H-523092315的多态性或基因型的试剂在鉴定大麦皮裸性状中的应用，其特征在于，所述的SNP位点位于大麦基因组的7H染色体第52
8.一种鉴定大麦皮裸性状的方法，其特征在于，所述的方法为检测待测大麦的SNP位点7H-523092315的基因型，根据基因型确定所述待测大麦皮裸性状。
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述的方法中采用如权利要求1所述的KASP标记引物组检测待测大麦的SNP位点7H-523092315的基因型，G为皮大麦，A为裸大麦。
...【技术特征摘要】
1.一种与大麦皮裸性状相关的snp位点的kasp标记引物组，其特征在于，其上游引物f、上游引物v、下游引物r的序列分别如seq id no.1-seq id no.3所示。
2.根据权利要求1所述的kasp标记引物组，其特征在于，所述的与大麦皮裸性状相关的snp位点为7h-523092315，其为g或a，g为皮大麦，a为裸大麦。
3.一种如权利要求1所述的kasp标记引物组在裸大麦的标记辅助选择育种中的应用。
4.一种用于大麦皮裸性状鉴定的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒包括如权利要求1所述的kasp标记引物组。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒还包括kasp-pcr所需要的试剂。
6.一种用于鉴定大麦皮裸性状的...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈志伟，郭珍珠，周龙华，郭桂梅，张述伟，刘成洪，徐红卫，宗营杰，刘世森，李路丽，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：
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