【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及核酸序列复制，尤其涉及一种新型引物及其应用。
技术介绍
1、单碱基变异包括单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，snp)和单核苷酸变异(single-nucleotide variants，snvs)。其中，单核苷酸多态性(snps)是最常见、最简单的一种基因组变异形式，发生的概率一般大于1％(针对群体而言)。人基因组上平均约每1000个核苷酸即可能出现1个snp的变化，其中有些snps可能与疾病有关，但大多数与疾病无关。单核苷酸变异(snvs)一般针对“个体”而言，发生频率非常低，是dna序列中单一核苷酸的变异。snvs存在置换、缺失、插入三种常见模式，其发生与疾病密切相关，如癌症。
2、目前，单碱基变异检测方法有多种，包括测序法、荧光定量taqman探针法、等位基因特异性扩增法(as-pcr)、分子信标法(molecular beacon，mb)、高分辨率熔解曲线法(hrm)、酶切扩增多态性序列法(cleaved amplified polymorphic sequence，caps)、snapshot法、kasp(kompetitive allele-specific pcr)法、基因芯片法和质谱法等多种技术手段。除了测序法可直接获取核酸信息外，其它方法均是基于已知单碱基变异位点进行设计的检测方法。单碱基变异高通量检测方法多以二代测序技术为主，一次实验可获得大量snp位点信息，但是流程复杂且价格昂贵，不适用于位点数目较少的场景。低通量的方法，如荧光定量ta
技术实现思路
1、本专利技术的主要目的在于提供一种新型引物及其应用，旨在解决目前的单碱基变异检测技术检测特异性较低的问题。
2、为实现上述目的，本专利技术提供一种新型引物，该新型引物包括：3p臂、loop域和5p臂；
3、所述3p臂包括3’端和5’端；
4、所述5p臂包括3’端和5’端；
5、所述loop域连接所述3p臂的5’端和所述5p臂的3’端；
6、所述3p臂用于和dna模板杂交，所述5p臂用于和dna模板杂交；
7、在与所述dna模板杂交的情况下，所述3p臂的3’端与所述5p臂的5’端相邻。
8、可选地，所述5p臂的5’端还包括一个游离碱基。
9、可选地，所述新型引物与野生型dna模板杂交之后，所述游离碱基和所述野生型dna模板互补配对。
10、可选地，所述loop域上靠近所述3p臂的一端引入阻断修饰物。
11、可选地，所述游离碱基与锁核酸修饰物结合。
12、可选地，所述阻断修饰物包括c3-spacer、inverted da、ddc或nh2c6。
13、可选地，所述3p臂的序列长度为6-10个核苷酸长度。
14、可选地，所述5p臂的序列长度为12-18个核苷酸长度。
15、可选地，所述loop域的序列长度为10-30个核苷酸长度。
16、此外，为实现上述目的，本专利技术还提供一种新型引物在单碱基变异检测中的应用，所述新型引物如上文所述。
17、本专利技术提供的新型引物，包括3p臂、loop域和5p臂；所述3p臂包括3’端和5’端；所述5p臂包括3’端和5’端；所述loop域连接所述3p臂的5’端和所述5p臂的3’端；所述3p臂用于和dna模板杂交，所述5p臂用于和dna模板杂交；在与所述dna模板杂交的情况下，所述3p臂的3’端与所述5p臂的5’端相邻。3p臂检查引发位点的正确性，启动聚合酶延伸反应，5p臂用作结合dna模板的锚，3p臂和5p臂均和dna模板杂交，loop域不与dna模板杂交，连接3p臂的5’端和5p臂的3’端，可增加3p臂和5p臂与dna模板结合的张力，减小3p臂和5p臂与dna模板之间的结合力，增大在发生突变的位点之后的引物序列和dna模板之间结合的难度，从而增加新型引物的特异性。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种新型引物，其特征在于，所述新型引物包括：3p臂、Loop域和5p臂；
2.如权利要求1所述的新型引物，其特征在于，所述5p臂的5’端还包括一个游离碱基。
3.如权利要求2所述的新型引物，其特征在于，所述新型引物与野生型DNA模板杂交之后，所述游离碱基和所述野生型DNA模板互补配对。
4.如权利要求2所述的新型引物，其特征在于，所述Loop域上靠近所述3p臂的一端引入阻断修饰物。
5.如权利要求3所述的新型引物，其特征在于，所述游离碱基与锁核酸修饰物结合。
6.如权利要求3所述的新型引物，其特征在于，所述阻断修饰物包括C3-Spacer、Inverted dA、ddC或NH2C6。
7.如权利要求1所述的新型引物，其特征在于，所述3p臂的序列长度为6-10个核苷酸长度。
8.如权利要求1所述的新型引物，其特征在于，所述5p臂的序列长度为12-18个核苷酸长度。
9.如权利要求1所述的新型引物，其特征在于，所述Loop域的序列长度为10-30个核苷酸长度。
10.一种新
...【技术特征摘要】
1.一种新型引物，其特征在于，所述新型引物包括：3p臂、loop域和5p臂；
2.如权利要求1所述的新型引物，其特征在于，所述5p臂的5’端还包括一个游离碱基。
3.如权利要求2所述的新型引物，其特征在于，所述新型引物与野生型dna模板杂交之后，所述游离碱基和所述野生型dna模板互补配对。
4.如权利要求2所述的新型引物，其特征在于，所述loop域上靠近所述3p臂的一端引入阻断修饰物。
5.如权利要求3所述的新型引物，其特征在于，所述游离碱基与锁核酸修饰物结合。
6.如权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：许明炎，张晓妮，周仲春，沈焕明，
申请(专利权)人：深圳海普洛斯医学检验实验室，
类型：发明
国别省市：
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