【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因检测，具体地，涉及一种用于检测snv位点的taqman探针及其应用。
技术介绍
1、单核苷酸变异(single nucleotide variant，snv)，指由单个核苷酸发生转换、颠换、插入或缺失引起的dna序列变化。如果snv发生在胚胎形成的过程中(即胚系基因变异)，且在人群中的变异频率>1％，可称为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snv)。snv在人类基因组中广泛存在，共约有3×106个snv位点，平均500～1000个碱基对中就有1个snv。在数量庞大的snv位点中，仅有少部分会引起氨基酸的变化，取决于snv的位置和变异类型。
2、snv与个体的表型差异、疾病易感性、药物敏感等相关，在物种鉴定、疾病诊断和用药指导等方面具有重要的研究价值。检测snv的方法众多，如taqman探针法、等位基因特异性扩增(arms-pcr)、sanger测序、质谱等，其中taqman探针法是目前主流的snv检测方法。taqman探针是一种双标记、自淬灭的水解探针，其5’和3’末端分别标记荧光基团和淬灭基团，当探针处在游离状态时，由于荧光基团和淬灭基团相距较近，荧光基团的信号可被淬灭，因此无荧光信号产生。在pcr扩增过程中，若taqman探针与扩增产物的其中一条链完全匹配，则可结合在靶标序列上，当taq酶延伸至探针位置时，其外切酶活性将切割水解探针，释放荧光基团而产生荧光信号。随着扩增产物的增多，荧光信号越来越强，可通过仪器实时监测荧光信号的变化。针对双等位基因
3、mgb(minor groove binder)探针是常用于检测snv的taqman探针，其长度可以设计得更短，有利于提高探针识别snv的特异性。但在实际的研发过程中，由于常规taqman探针的特异性不甚理想，需设计和测试较多的mgb探针，一方面测试成本相对较高，另一方面仍存在taqman探针无法区分不同基因型的情况；另外，针对某些存在特殊序列(如回文结构、高gc或高at含量)的snv位点，常规taqman探针的设计非常困难。
技术实现思路
1、为了解决现有技术中taqman探针的snv检测技术特异性不足和特殊snv位点常规taqman探针设计困难的问题，本专利技术提供了一种用于检测snv位点的taqman探针及其应用。
2、本专利技术的一个目的是提供一种用于检测snv位点的taqman探针。
3、本专利技术的另一个目的是提供所述taqman探针在制备检测snv位点的产品中的应用。
4、为了实现上述目的，本专利技术是通过以下方案予以实现的：
5、本专利技术提供了一种结构形式不同于常规taqman探针的新型探针，通过直接在探针中引入一段弯曲的loop域，由于该弯曲的loop域存在一定的张力使其能够发挥更高的特异性识别能力。因探针与靶标序列结合后形成的loop域的形状类似于“ω”，所以将其命名为“omega探针”，其相对于常规taqman探针有更好的snv识别特异性。
6、一种用于检测snv位点的taqman探针，所述taqman探针的序列包含10bp～20bp的锚定序列、14bp～16bp的无关序列和7bp～14bp的snv特异性识别序列；所述无关序列不与模板链互补配对，当所述taqman探针与模板链结合时，在锚定序列和snv特异性识别序列的挤压下所述无关序列形成loop域；所述模板链为snv位点对应的待测碱基的互补碱基所在的dna单链，即所述模板链为snv位点对应的待测碱基所在dna单链的互补链，所述taqman探针与模板链结合。
7、所述taqman探针选自探针1～2中的任意一种；
8、所述探针1的snv特异性识别序列、无关序列和锚定序列按照5’→3’方向依次连接，所述锚定序列与snv位点的上游(-22bp～-20bp)到(-5bp～-3bp)的区域互补配对，所述snv特异性识别序列的5’端(即5’→3’方向的第1～3个碱基)修饰有荧光基团，所述无关序列的5’端(即5’→3’方向的第1～3个碱基)修饰有淬灭基团；
9、所述探针2的锚定序列、无关序列和snv特异性识别序列按照5’→3’方向依次连接，所述锚定序列与snv位点的下游(+5bp～+9bp)到(+17bp～+25bp)的区域互补配对，所述锚定序列的5’端(即5’→3’方向的第1～3个碱基)或所述无关序列的3’端(即3’→5’方向的第1～3个碱基)修饰有荧光基团，所述snv特异性识别序列的3’端(即3’→5’方向的第1～3个碱基)修饰有淬灭基团。
10、优选地，所述锚定序列的长度为11bp～19bp。
11、更优选地，所述锚定序列的长度为11bp、18bp或19bp。
12、优选地，所述无关序列的长度为15bp。
13、优选地，所述snv特异性识别序列的长度为8bp～13bp。
14、更优选地，所述snv特异性识别序列的长度为8bp、9bp或13bp。
15、优选地，所述snv特异性识别序列与snv位点的(-6bp～-2bp)到(+4bp～+8bp)的区域互补配对；所述snv特异性识别序列的5’→3’方向的第5～8个碱基中的任意一个与snv位点对应的待测碱基互补配对。
16、更优选地，所述snv特异性识别序列与snv位点的(-5bp～-3bp)到(+5bp～+7bp)的区域互补配对。
17、更优选地，所述snv特异性识别序列中，与所述snv位点对应的待测碱基相同的碱基设有锁核酸修饰用于增强所述taqman探针对snv位点的特异性识别能力。
18、优选地，所述探针1中，所述锚定序列与snv位点的上游-21bp～-4bp的区域互补配对。
19、优选地，所述探针1中，所述锚定序列的3’端(即3’→5’方向的第1～3个碱基)修饰有封闭基团，用于阻滞探针3’端的延伸。
20、本专利技术对所述封闭基团的种类没有特殊限定，包括但不限于c3-spacer、ddc、nh2c6、inverted da等常规延伸阻滞修饰均能实现本专利技术的目的。
21、更优选地，所述探针1中，所述锚定序列的3’端(即3’→5’方向的第1～3个碱基)修饰有c3-spacer。
22、进一步优选地，所述探针1中，所述锚定序列的3’→5’方向的第1个碱基修饰有c3-spacer。
23、优选地，所述探针1中，8bp snv特异性识别序列、15bp无关序列和18bp的锚定序列按照5’→3’方向依次连接。
24、优选地，所述探针1中，所述snv特异性识别序列与snv位点的-3bp～+4bp的区域互补配对；所述snv特异性本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于检测SNV位点的TaqMan探针，其特征在于，所述TaqMan探针的序列包含10bp～20bp的锚定序列、14bp～16bp的无关序列和7bp～14bp的SNV特异性识别序列；
2.根据权利要求1所述的TaqMan探针，其特征在于，所述SNV特异性识别序列与SNV位点的(-6bp～-2bp)到(+4bp～+8bp)的区域互补配对；
3.根据权利要求2所述的TaqMan探针，其特征在于，所述SNV特异性识别序列中，与所述SNV位点对应的待测碱基相同的碱基设有锁核酸修饰。
4.根据权利要求1所述的TaqMan探针，其特征在于，所述SNV特异性识别序列的长度为8bp～13bp。
5.根据权利要求1所述的TaqMan探针，其特征在于，所述锚定序列的长度为11bp～19bp。
6.根据权利要求1所述的TaqMan探针，其特征在于，所述探针1中，所述锚定序列的3’端修饰有封闭基团。
7.根据权利要求1所述的TaqMan探针，其特征在于，所述探针1中，所述SNV特异性识别序列的5’→3’方向的第1个碱基修饰有荧
8.根据权利要求1所述的TaqMan探针，其特征在于，所述探针1中，所述无关序列的5’→3’方向的第1个碱基修饰有淬灭基团。
9.根据权利要求1所述的TaqMan探针，其特征在于，所述探针2中，所述锚定序列的5’→3’方向的第1个碱基或所述无关序列的3’→5’方向的第4个碱基修饰有荧光基团。
10.权利要求1～9任一所述的TaqMan探针在制备检测SNV位点的产品中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种用于检测snv位点的taqman探针，其特征在于，所述taqman探针的序列包含10bp～20bp的锚定序列、14bp～16bp的无关序列和7bp～14bp的snv特异性识别序列；
2.根据权利要求1所述的taqman探针，其特征在于，所述snv特异性识别序列与snv位点的(-6bp～-2bp)到(+4bp～+8bp)的区域互补配对；
3.根据权利要求2所述的taqman探针，其特征在于，所述snv特异性识别序列中，与所述snv位点对应的待测碱基相同的碱基设有锁核酸修饰。
4.根据权利要求1所述的taqman探针，其特征在于，所述snv特异性识别序列的长度为8bp～13bp。
5.根据权利要求1所述的taqman探针，其特征在于，所述锚定序列的...
【专利技术属性】
技术研发人员：许明炎，张晓妮，周仲春，沈焕明，
申请(专利权)人：深圳海普洛斯医学检验实验室，
类型：发明
国别省市：
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