【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物医学领域，涉及圆锥角膜疾病，特别是指与圆锥角膜遗传风险相关的smad3基因的snp标志物、检测试剂及评分模型。
技术介绍
1、圆锥角膜（keratoconus，kc）是一种以角膜扩张、中央区角膜基质变薄、呈圆锥形突起及高度不规则近视散光为特征的致盲性眼病。该病患病率约为1.38/1000，多于青春期发病，病变呈进行性发展，晚期视力严重下降，对患者的生活质量产生极大影响，也给家庭和社会带来沉重负担。因此，圆锥角膜的早期诊断和治疗显得尤为重要。
2、圆锥角膜早期主要症状为单眼或双眼出现近视和/或散光，且近视散光进行性加剧，中晚期通过裂隙灯显微镜可以观察到圆锥角膜具有fleischer环、vogt线、munson征以及角膜中央或偏颞下部变薄呈锥状前突等典型体征。但对于早期圆锥角膜，临床体征不明显，特别是极早期圆锥角膜的诊断极为困难。目前的研究表明圆锥角膜的发生有家族聚集倾向，遗传因素在该病发生过程中有重要作用。因此，在基因水平上探究圆锥角膜的发病机制逐渐成为国内外研究的热点。
3、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，snp）作为第三代遗传标记，其分布密度高，遍布于整个动物和人类基因组中；与功能基因具有高度关联性；突变率低，遗传稳定性强；检测通量高便于自动化分析。现在普遍认为snp研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。这主要是因为snp将提供一个强有力的工具，用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。snp在基因组
4、目前smad3基因snp位点在中国人群圆锥角膜诊断中的研究尚未见到相关报道，例如专利cn106399564a公开了ercc8基因在先天性白内障合并圆锥角膜检测中的应用，该检测是针对ercc8基因进行检测进而诊断圆锥角膜疾病；专利cn116083555a公开了预测或检测圆锥角膜的生物标志物组合及检测剂和应用，涉及以下snp位点：rs121912863、rs372606845、rs201648982、rs142093416、rs752452590、rs541270955、rs121909212、rs118020901、rs201716527和rs74315433。上述snp位点分布于不同的基因上，且该专利并没有足够的实验结果证明这几个snp位点对圆锥角膜的检测检测性如何。
技术实现思路
1、本专利技术提出一种与圆锥角膜遗传风险相关的smad3基因的snp标志物、检测试剂及评分模型。通过芯片筛选与圆锥角膜相关的smad3基因snp位点，进而构建遗传风险评分(grs)，分析snps间的联合作用对圆锥角膜患病风险评估的影响，为圆锥角膜的早期筛查提供理论依据。
2、本专利技术的技术方案是这样实现的：
3、专利技术人通过试验研究确定了smad3基因上7个snp位点与中国人群圆锥角膜相关的基因位点，通过检测这些位点，可以评估中国人群圆锥角膜的发病风险。
4、所述snp标志物是登录号为gene id: 4088的smad3基因的dna序列中出现下列snp位点突变组合中的一种或多种：rs34708051、rs12912010、rs12912045、rs12708492、rs1866320、rs10152544和rs12913547。
5、上述snp位点突变为位于chr15:67464545的 rs34708051，碱基为t/c；位于chr15:67467143的 rs12912010，碱基为t/g；位于chr15:67467297的 rs12912045，碱基为t/c；位于chr15:67467541的rs12708492，碱基为c/t；位于chr15:67465320的 rs1866320，碱基为t/g；位于chr15:67444747 的rs10152544，碱基为t/c；位于chr15:67467507 的rs12913547，碱基为c/t。
6、一种圆锥角膜筛查试剂包括用于识别smad3基因snp标志物的试剂。
7、上述圆锥角膜筛查试剂包括snapshot基因分型用试剂、taqman基因分型用试剂、kasp基因分型用试剂、dna测序用试剂。
8、含有上述的圆锥角膜筛查试剂的试剂盒。
9、与上述的试剂盒配套的评分模型，所述评分模型为：
10、遗传风险评分＝σβi×ni；
11、其中，βi是指第i个snp的效应值，ni指待测个体所携带第i个snp的效应等位基因数目。
12、各snp的效应值如下所示：
13、 snp 效应等位基因 其他等位基因 snp效应值 rs10152544 t c -0.4884 rs34708051 t c -0.5234 rs1866320 t g -0.5207 rs12912010 t g -0.5209 rs12912045 t c -0.5471 rs12913547 c t -0.5499 rs12708492 c t -0.4935 本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与圆锥角膜遗传风险相关的SMAD3基因的SNP标志物，其特征在于：所述SNP标志物是登录号为Gene ID: 4088的SMAD3基因的DNA序列中出现下列SNP位点突变组合中的一种或多种：rs34708051、rs12912010、rs12912045、rs12708492、rs1866320、rs10152544和rs12913547。
2.根据权利要求1所述的与圆锥角膜遗传风险相关的SMAD3基因的SNP标志物，其特征在于：所述SNP位点突变为位于chr15:67464545的 rs34708051，碱基为T/C；位于chr15:67467143的 rs12912010，碱基为T/G；位于chr15:67467297的 rs12912045，碱基为T/C；位于chr15:67467541的 rs12708492，碱基为C/T；位于chr15:67465320的 rs1866320，碱基为T/G；位于chr15:67444747 的rs10152544，碱基为T/C；位于chr15:67467507 的rs12913547，碱基为C/T。
3.
4.根据权利要求3所述的圆锥角膜筛查试剂，其特征在于：所述圆锥角膜筛查试剂包括SNapshot基因分型用试剂、Taqman基因分型用试剂、KASP基因分型用试剂、DNA测序用试剂。
5.含有权利要求3或4所述的圆锥角膜筛查试剂的试剂盒。
6.与权利要求5所述的试剂盒配套的评分模型，其特征在于，所述评分模型为：
7.根据权利要求6所述的评分模型，其特征在于：所述SNP位点rs34708051的效应值为-0.4884、SNP位点rs12912010的效应值为-0.5209、SNP位点rs12912045的效应值为-0.5471、SNP位点rs12708492的效应值为-0.4935、SNP位点rs1866320的效应值为-0.5207、SNP位点rs10152544的效应值为-0.4884、SNP位点rs12913547的效应值为-0.5499。
8.根据权利要求7所述的评分模型，其特征在于：所述评分模型得到的遗传风险评分与待测个体患圆锥角膜病的概率呈正比。
9.根据权利要求6-8任一项所述的评分模型，其特征在于：所述待测个体为人类。
10.根据权利要求9所述的评分模型，其特征在于：所述待测个体为中国人。
...【技术特征摘要】
1.一种与圆锥角膜遗传风险相关的smad3基因的snp标志物，其特征在于：所述snp标志物是登录号为gene id: 4088的smad3基因的dna序列中出现下列snp位点突变组合中的一种或多种：rs34708051、rs12912010、rs12912045、rs12708492、rs1866320、rs10152544和rs12913547。
2.根据权利要求1所述的与圆锥角膜遗传风险相关的smad3基因的snp标志物，其特征在于：所述snp位点突变为位于chr15:67464545的 rs34708051，碱基为t/c；位于chr15:67467143的 rs12912010，碱基为t/g；位于chr15:67467297的 rs12912045，碱基为t/c；位于chr15:67467541的 rs12708492，碱基为c/t；位于chr15:67465320的 rs1866320，碱基为t/g；位于chr15:67444747 的rs10152544，碱基为t/c；位于chr15:67467507 的rs12913547，碱基为c/t。
3.用于检测权利要求1或2所述的snp标志物的圆锥角膜筛查试剂，其特征在于：所述圆锥角膜筛查试剂包括用于识别smad3基因snp...
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