一种与合方鲫体重相关的制造技术

本发明专利技术公开一种与合方鲫体重相关的

【技术实现步骤摘要】
一种与合方鲫体重相关的SNP分子标记及其扩增引物和应用


[0001]本专利技术属于分子标记
，具体涉及一种与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记及其扩增引物和应用
。

技术介绍

[0002]合方鲫
(Hefang crucian carp)
是湖南师范大学省部共建淡水鱼类发育生物学国家重点实验室研究人员自主培育的新品种，具有肉质鲜美，营养丰富等特点，在实际生产中具有巨大的发展前景，能够创造巨大的经济价值
。
合方鲫在养殖中的产量与最后的经济效益密切相关，因而高效快速筛选出具有高生长潜力的合方鲫有利于节省养殖时间，降低成本，提高利润
。
[0003]在育种工作中，体重筛选主要是依赖于分子标记
。
传统的分子标记方法主要包括
RFLP(
限制性内切酶片段长度多态性
)
标记和
AFLP(
扩增片段长度多态性
)
标记技术
。RFLP
标记技术的原理是检测
DNA
在限制性内切酶酶切后形成的特定
DNA
片段大小，若
DNA
序列中存在导致酶切位点变化的点或序列突变，则可以通过该方法检测出来
。
但
RFLP
标记技术在实验过程中要制备探针，需要用到放射性同位素标记和核酸杂交技术，存在安全隐患并且不自动化
。AFLP
标记技术的原理是通过检测限制性内切酶酶切后不同长度的
DNA
片段
。
但
AFLP
标记技术的试剂盒价格昂贵，并且实验过程中涉及到同位素标记，对样品
DNA
质量要求严格
。
[0004]单核苷酸多态性
(SNP)
是最新一代的遗传分子标记，易于检测和统计，广泛应用于生物学的各个领域
。
目前，
SNP
已应用于小麦
、
水稻等作物品种鉴定，石斑鱼
、
大黄鱼等鱼类抗病品系的筛选，牛
、
猪等牲畜的生长和发育性状筛选等
。
启动子是基因表达调控中重要的顺式调控元件，对于转录水平的高低起不可或缺的作用
。
启动子序列的
SNP
变化将对其调控转录的能力产生影响
。
研究表明，威宁黄牛
CIS
基因启动子区
SNP
多态性对胸宽等性状产生显著影响
。
可见，代谢和发育相关基因的启动子区域的
SNP
与某些经济相关性状之间存在关联
。
[0005]脂质代谢是生物体内复杂而重要的生化反应过程，与能量代谢和生长发育密切相关
。
二酰甘油酰基转移酶
2(DGAT2)
是合成三酰甘油的限速步骤，催化二酰甘油酰基化转化成三酰甘油
。
该酶在脂肪吸收
、
合成
、
储存，血浆中三酰甘油的浓度调节等中发挥作用，与生长发育存在关联
。
在以往研究中发现，
DGAT2
的遗传多态性影响猪背膘中的脂肪沉积，绒山羊的生长情况和胴体性状，牛的产奶量和乳脂率等
。
这说明
DGAT2
基因的研究对养殖业中高效筛选优质品系，提高经济产量，增加效益具有重要性
。
[0006]因此，本专利技术通过研究
DGAT2
基因的启动子区域
SNP
位点与合方鲫生长性状之间的关联，可以在基因水平上筛选具有高生长潜力的合方鲫，为合方鲫生产实践提供技术指导
。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的是提供一种与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记及其扩增引物和应
用，该方法通过
SNP
分子标记可高效筛选合方鲫体重，由此可选育出具有高生长潜力的合方鲫
。
[0008]本专利技术通过以下技术方案实现：
[0009]一种与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记，所述分子标记位于
DGAT2
基因中，所述分子标记的序列如
SEQ ID NO:1
所示，该序列的第
460
位核苷酸为
SNP
位点
。
[0010]本专利技术提供一种扩增如上所述的与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记的引物对，所述引物对的序列分别为：
[0011]DGAT2
‑
F
：5’‑
TTTCAACAGCACCTTATCTGCACCA
‑3’
；
[0012]DGAT2
‑
R
：5’‑
GAAGACTTTAGCCCCGCCCTCA
‑3’
。
[0013]本专利技术提供一种用于检测如上所述的与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记的试剂盒，所述试剂盒包括如上所述的引物对
。
[0014]本专利技术提供一种检测如上所述的与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记的方法，所述方法包括以合方鲫的基因组
DNA
为模板，利用以上所述的引物对对其进行
PCR
扩增以获得
PCR
产物，对所得的
PCR
产物进行测序，根据测序峰图，判断基因型
。
[0015]所述方法具体包括以下步骤：
(1)
提取待测合方鲫基因组
DNA
；
(2)
通过
PCR
扩增得到
DGAT2
启动子待测片段，并通过琼脂糖凝胶电泳
、
胶回收获得纯化的待测扩增样品；
(3)
进行测序，直接获得待测样品的核苷酸序列；
(4)SNP
分析，通过扩增序列的第
460
位点上的单核苷酸多态性类型进行体重筛选
。
[0016]进一步地，所述
PCR
扩增的反应体系为：
Taq
预混料
10
μ
L、10
μ
M
正向和反向引物各1μ
L、115ng/
μ
L DNA
模板1μ
L
和
ddH2O 7
μ
L
，最终体积为
20
μ
L。
[0017]进一步地，所述
PCR
扩增的反应条件为：
94℃
预变性
5min
，之后进入
35
个循环，包括：
94℃
变性
30s本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记，其特征在于，所述分子标记位于
DGAT2
基因中，所述分子标记的序列如
SEQ ID NO:1
所示，该序列的第
460
位核苷酸为
SNP
位点
。2.
一种扩增如权利要求1所述的与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的序列分别为：
DGAT2
‑
F
：5’‑
TTTCAACAGCACCTTATCTGCACCA
‑3’
；
DGAT2
‑
R
：5’‑
GAAGACTTTAGCCCCGCCCTCA
‑3’
。3.
一种用于检测如权利要求1所述的与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物对
。4.
一种检测如权利要求1所述的与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记的方法，其特征在于，所述方法包括以合方鲫的基因组
DNA
为模板，利用权利要求2所述的引物对对其进行
PCR
扩增以获得
PCR
产物，对所得的
PCR
产物进行测序，根据测序峰图，判断基因型
。5.
根据权利要求4所述的检测与合方鲫体重相关的
SNP
分子标记的方法，其特征在于，所述
PCR
扩增的反应体系为：
Taq
预混料
10
μ
L、10
μ
M
正向和反向引物各1μ
L、115ng/
μ
L...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘少军，周毅，刘慧，钟欢，张纯，陶敏，秦伟玲，戴韬，皮佳敏，周钰玲，张怡，
申请(专利权)人：岭南现代农业科学与技术广东省实验室，
类型：发明
国别省市：