一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法技术

本发明专利技术涉及家禽育种领域，特别是一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法，包括确定基因型、计算概率、测交验证和建立慢羽纯系。本发明专利技术通过提取快羽和慢羽纯系鸡血液DNA、DNA文库建设与质量控制、SNP位点筛选分析的基础上建立了基于SNP预测鸡快慢羽的贝叶斯模型，确定一个SNP及群体频率信息，结合本发明专利技术确定的SNP及群体频率信息可根据符合育种目标的地方鸡种进行慢羽概率计算，再进行测交验证和建立慢羽纯系，该方法可大大缩短地方鸡种慢羽纯系的选育时间，节约成本且准确率高，有利于优质肉鸡快慢羽自别雌雄配套系的选育。快慢羽自别雌雄配套系的选育。快慢羽自别雌雄配套系的选育。

【技术实现步骤摘要】
一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法


[0001]本专利技术涉及家禽育种领域，特别是一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法。

技术介绍

[0002]鸡的羽毛有快羽和慢羽，也称为早羽和迟羽，主要是指翼羽和尾羽长出的早迟和快慢，在雏鸡出壳后24％小时即可看出。鸡的快、慢羽属于伴性遗传性状，用快羽公鸡配慢羽母鸡，所得的公雏为慢羽，母雏为快羽，目前被用于初生雏鸡的自别雌雄，替代广泛在生产上使用的肛门雌雄鉴别技术，既简单易行、快速准确、节省劳力资源、节约人力成本，又可避免翻肛鉴别对雏鸡的逆境反应以及避免传播疾病、挤伤雏鸡等，是近代养鸡生产的一项重大技术措施，已被国内外家禽业广泛应用。但要培育出可自别雌雄的优质肉鸡快慢羽配套系，必须在作为素材的地方鸡种中先建立一个慢羽纯系，地方鸡由于选育程度低、羽速性状遗传基础复杂，采用常规育种技术选育慢羽纯系周期长、效率低、成本高，因此急需建立一种符合地方鸡种特点的更高效、准确、经济的慢羽纯系选育方法。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的在于克服现有技术的缺点，提供一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法。
[0004]本专利技术的目的通过以下技术方案来实现：一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法，包括以下步骤：
[0005]S1.确定基因型：选择符合育种目标的地方鸡种，对所选的地方鸡种个体进行血液DNA提取、对染色体上的三个SNP位点的至少一个SNP位点进行PCR扩增和测序，所述三个位点具体为：Z：11263583、Z:11316553和Z:11322621，根据测序结果确定个体的核苷酸突变类型并判定基因型；
[0006]S2.计算概率：根据测序的SNP位点及确定的基因型，带入公式计算慢羽概率，然后选择慢羽概率从高到低的公鸡至少300只，母鸡至少3000只，组建为慢羽纯系F1代；
[0007]计算慢羽概率的公式为：
[0008][0009]式中：p(G)是某一基因型在整个群体中的概率，p(S)是群体中出现慢羽的比例，p(G|S)为慢羽类型中某一基因型的概率；
[0010]S3.测交验证：F1代饲养至性成熟后，让其公鸡与快羽纯系母鸡按照1:15比例组成家系进行测交，15天一个周期收集每只公鸡的种蛋进行系谱孵化，孵化后对1日龄雏鸡的快慢羽表型性状进行鉴定，若后代中雏鸡全为慢羽，保留此F1代公鸡；
[0011]同时F1代进行自繁，产生的F2代公鸡全部淘汰，母鸡根据1日龄快慢羽表型性状进行鉴定，留慢羽种，为F2代母鸡；
[0012]S4.建立慢羽纯系：将测交验证留下的F1代公鸡和F2代母鸡组成新的群体，即为建
立的地方鸡种的慢羽纯系。
[0013]进一步地，SNP位点Z：11263583的群体频率信息具体为：
[0014][0015]SNP位点Z:11316553的群体频率信息具体为：
[0016][0017]SNP位点Z:11322621的群体频率信息具体为：
[0018][0019]进一步地，所述PCR扩增步骤中，位点Z:11322621的上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；位点Z:11316553的上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示；位点Z:11263583的上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示。
[0020]进一步地，所述PCR扩增的反应体系为：模板DNA：1μL，1
×
TSE 101金牌Mix：45μL，上游引物：2μL，下游引物：2μL，总体积50μL。
[0021]进一步地，所述PCR扩增的程序为：98℃预变性3min,循环阶段98℃预变性10s，55
‑
60℃退火10s，72℃延伸40s，37个循环；72℃后延伸5min。
[0022]本专利技术具有以下优点：本专利技术通过提取快羽和慢羽纯系鸡血液DNA、DNA文库建设与质量控制、SNP位点筛选分析的基础上建立了基于SNP预测鸡快慢羽的贝叶斯模型，确定了SNP及群体频率信息，结合本专利技术确定的SNP及群体频率信息可根据符合育种目标的地方鸡种进行慢羽概率计算，再进行测交验证和建立慢羽纯系，该方法可大大缩短地方鸡种慢羽纯系的选育时间，节约成本且准确率高，有利于优质肉鸡快慢羽自别雌雄配套系的选育。
附图说明
[0023]图1为SNP筛查结果原始reads的Quality评分。
[0024]图2为SNP筛查结果Reads的碱基组成。
[0025]图3为使用Vcf工具和Plink软件对SNP进行质量过滤后的高质量SNP。
[0026]图4为SNP在选取的14条主要常染色体和Z染色体的密度分布。
[0027]图5为使用Plink软件用于全基因组关联研究的结果图。
具体实施方式
[0028]下面结合附图及实施例对本专利技术做进一步的描述，本专利技术的保护范围不局限于以下所述：
[0029]实施例1：
[0030]1.提取快羽、慢羽纯系鸡血液DNA
[0031]选取快羽、慢羽纯系鸡各50只，静脉采血，收集血液储存在含2％EDTA抗凝血剂的离心管内，用于血液DNA提取。所有个体的基因组DNA根据Plant Mini Kit试剂盒说明书步骤抽提血液DNA，检测质量和浓度后稀释至50ng/μL，4℃保存备用。
[0032]2.DNA文库建设与质量控制
[0033]根据Illumina的官方程序，使用Covaris超声波破碎机随机打碎序列来制备整个库。然后用Qubit2.0进行初步定量，将文库稀释至1.5ng/ul，用Agilent 2100检测文库的插入尺寸。采用IlluminaNovaSeq6000测序平台进行PE150模式测序；获得的Raw数据通过碱基识别转化为Raw测序序列，称为Raw Reads，并使用Fastp软件进行质量过滤。
[0034]采用以下过滤参数：
[0035]删除(i)包含适配器，(ii)超过3个未知碱基(N个碱基)和(iii)其中一端有超过20％低质量基础Reads(测序质量值<5)的Reads。
[0036]3.SNP位点的筛选过程
[0037]使用BWA软件将Clean Reads与原鸡参考基因组进行比较，然后使用SAM工具软件将初始比对结果转换为BAM格式并进行排序。采用GATK软件的Haplotype Caller模型检测单个样本中的SNP和InDel。最后，利用GATK软件的Combine variables函数对个体样本的基因型GVCF文件进行合并，并利用基因型GVCF函数进行群体SNP检测。使用Vcf工具和Plink软件进行SNP质量过滤。然后使用以下条件对集合进行过滤：
[0038](i)最大等位基因数<2；
[0039](ii)映射质量&本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法，其特征在于，包括以下步骤：S1.确定基因型：选择符合育种目标的地方鸡种，对所选的地方鸡种个体进行血液DNA提取、对染色体上的三个SNP位点的至少一个SNP位点进行PCR扩增和测序，所述三个位点具体为：Z：11263583、Z:11316553和Z:11322621，根据测序结果确定个体的核苷酸突变类型并判定基因型；S2.计算概率：根据测序的SNP位点及确定的基因型，带入公式计算慢羽概率，然后选择慢羽概率从高到低的公鸡至少300只，母鸡至少3000只，组建为慢羽纯系F1代；计算慢羽概率的公式为：式中：p(G)是某一基因型在整个群体中的概率，p(S)是群体中出现慢羽的比例，p(G|S)为慢羽类型中某一基因型的概率；S3.测交验证：F1代饲养至性成熟后，让其公鸡与快羽纯系母鸡按照1:15比例组成家系进行测交，15天一个周期收集每只公鸡的种蛋进行系谱孵化，孵化后对1日龄雏鸡的快慢羽表型性状进行鉴定，若后代中雏鸡全为慢羽，保留此F1代公鸡；同时F1代进行自繁，产生的F2代公鸡全部淘汰，母鸡根据1日龄快慢羽表型性状进行鉴定，留慢羽种，为F2代母鸡；S4.建立慢羽纯系：将测交验证留下的F1代公鸡和F2代母鸡组成新的群体，即为建立的地方鸡种的慢羽纯系。2.根据权利要求1所述的一种地方鸡慢羽纯系的快速准确选育方法，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱莫寒，杨朝武，余春林，张增荣，熊霞，胡陈明，杨礼，彭涵，陈家磊，夏波，宋小燕，刘思洋，朱师良，蒋小松，杜华锐，李晴云，
申请(专利权)人：四川省畜牧科学研究院，
类型：发明
国别省市：