对肺腺癌亚型分型的方法技术

提供了用于通过检测选自一组肺腺癌基因标签的至少一种分类器生物标记物的表达水平来确定个体的肺腺癌(AD)亚型的方法和组合物。本文还提供了用于确定具有一种腺癌亚型的个体对诸如免疫疗法等疗法的反应的方法和组合物。物。物。

【技术实现步骤摘要】
对肺腺癌亚型分型的方法
本申请是申请日为2017年5月17日、申请号为201780044229.7、专利技术名称为“对肺腺癌亚型分型的方法”的专利技术专利申请的分案申请。交叉引用本申请要求2016年5月17日提交的美国临时申请号62/337,591、2016年5月17日提交的美国临时申请号62/337,645、2016年9月19日提交的美国临时申请号62/396,587、2016年11月11日提交的美国临时申请号62/420,836和2016年11月23日提交的美国临时申请号62/425,717的优先权，出于所有目的将每个临时申请通过引用以其整体并入。


本专利技术涉及用于确定肺样品的腺癌亚型和用于预测患有特定肺癌亚型的患者对治疗的反应的方法。关于序列表的声明与本申请相关的序列表以文本格式提供以代替纸质拷贝，并且通过引用特此并入本说明书中。包含该序列表的文本文件的名称是GNCN_009_01WO_SeqList_ST25.txt。文本文件为194KB，并且创建于2017年5月16日，并通过EFS
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Web以电子方式提交。专利技术背景肺癌是美国以及全世界中癌症死亡的主要原因。2005年诊断出大约172,000例肺部肿瘤，估计有163,000例死亡，超过结肠、乳腺和前列腺癌症的总和。至少75％的患者出现局部晚期疾病。尽管已经作出很多努力来使用诸如高分辨率CT等技术改进筛查，但这些方法通常会产生假阳性结果，并且通常不会改变结果。因此，即使是早期检测到的小肿瘤也对于如下患者构成重大威胁，该患者的I期肺癌术后5年存活率估计在47％至63％之间。对于晚期疾病患者，预后较差，中值存活期低于一年。一般而言，姑息治疗有效但不可持续，并且对总体存活期的平均影响为大约3个月。在群体水平上，肺癌的根本原因显然是烟草使用，其中全部肺癌中的90％直接归因于吸烟。吸烟与肺癌如此紧密相关，以致于它击败与大多数其他危险因素的决定性联系；虽然石棉、氡和一些肺部刺激物通常被认为是肺癌的危险因素。强烈怀疑遗传联系，然而，确切的机制仍然被确定在罕见的孟德尔癌症综合征选定组之外。尽管有许多分类方案和正在进行的临床试验，但在临床诊断和治疗领域总体上取得了令人失望的进展。大多数肺癌被归类为非小细胞肺癌(NSCLC)(>85％)，其是一个多样化的组，在整个呼吸道中都有亚型。腺癌(AD)和鳞状细胞癌(SCC或SQ)是NSCLC的两个主要亚型，其诊断频率几乎相等，但常常在不同位置被发现，SCC出现在更中心的位置。由世界卫生组织(WHO)开发的第6版肺癌共识分类(consensus classification of lung cancers)描述了不少于90种恶性形态类别和变体。通常可能存在异质性，尤其是在>1.5cm的较大肿瘤中，使得形态学分类更加困难并且导致诸如腺癌
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鳞状细胞癌等命名。此外，组织学诊断再现性的研究已经表明病理学家内一致性和病理学家间一致性有限。形态学的变化性、有限的组织样品以及对不断增加的治疗靶向标记物列表评估的需要对当前的诊断标准提出了挑战。如下观点
进一步突出了这一点：肺癌的各种形态学亚型之间的区分在指导患者管理方面是必不可少的并且可以使用另外的分子测试来鉴定特定的治疗靶标记物。目前，基于基因表达的肺腺癌(AD)亚型分型主要限于如下研究方案，该研究方案涉及：从新鲜冷冻肺肿瘤中提取RNA，随后使用超过500种基因的定量基因表达来应用最近质心(nearest centroid)预测因子。已显示基于基因表达的腺癌亚型分型将腺癌肿瘤分类为3个生物学上不同的亚型(末端呼吸单元型(TRU；以前称为支气管型(Bronchioid))、近端炎症型(PI；以前称为鳞状型(Squamoid))和近端增生型(PP；以前称为巨型(Magnoid)))，其可以在基因组谱(包括基因表达、突变谱和拷贝数变化)方面不同。此外，这三种亚型可以在其预后方面，在其吸烟者与非吸烟者的分布方面，在其EGFR改变、ALK重排、TP53突变的发生率方面，在其血管生成特征方面以及在其免疫原性反应特征方面各不相同。尽管有AD亚型分型的预后和预测益处的证据，但是需要>500种基因的基因表达结合复杂的生物信息学分析，阻碍了AD亚型分型在药物开发和/或临床中的应用。癌症免疫监视的原则是免疫系统可以鉴定癌前细胞和癌性细胞，并在这些细胞变成临床相关性之前杀死它们，这已经在免疫缺陷小鼠模型中得到证明。先天性和适应性免疫反应可以一起工作以促进或抑制癌症生长，并且逃避免疫破坏是癌症的新兴标志。在历史上，免疫刺激的方法对于临床上的肺癌患者无效。肿瘤抗原表达的缺陷和抗原呈递细胞(APC)的呈现，免疫抑制细胞和细胞因子的浸润以及无效的T细胞活化可以导致在肿瘤部位的免疫抑制。对癌症和免疫系统的理解的进展已经导致有效的疗法，该疗法激活抗肿瘤反应，甚至在已经高度发展免疫逃避方法的肿瘤(例如肺癌)中。然而，由于患者中免疫激活和免疫抑制之间的微妙平衡，由肺部肿瘤引起的高免疫抑制作用限制了这些进展的有益效果。例如，在NSCLC中，阻碍免疫激活的免疫抑制细胞的作用很高，这被认为与肿瘤的类型、疾病的进展期和肿瘤负荷有关。因此，开发一种有效区分固有的肺腺癌亚型的方法对临床诊断和疾病管理至关重要。因此，需要新的方法来进一步确定可能对免疫疗法有反应的群体。本专利技术部分地基于患者的腺癌亚型(末端呼吸单元型(TRU)、近端炎症型(PI)、近端增生型(PP))来解决该领域中的这些和其他需求，以便确定腺癌患者群体的预后或疾病结果。与本领域已知的诊断方法相比，本专利技术的方法提供了用于确定肺癌的细胞和分子起源(例如，对AD亚型分型)的手段，并且可以提供更准确的诊断和可应用的治疗。专利技术概述在一个方面，本文提供了用于确定从患者获得的肺组织样品的腺癌(AD)亚型的方法，该方法包括检测表1的至少一种分类器生物标记物的表达水平，其中该分类器生物标记物的表达水平的检测特异性地鉴定末端呼吸单元(TRU)、近端增生(PP)或近端炎症(PI)AD亚型。在一些情况下，该方法还包括将检测到的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达水平与至少一个样品训练集中的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达进行比较，其中该至少一个样品训练集包括来自参考AD TRU样品的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达数据、来自参考AD PP样品的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达数据、来自参考AD PI样品的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达数据或其组合；并且基于比较步骤的结果将样品分类为TRU、PP或PI亚型。在一些情况下，比较步骤包括应用统计算法，该统计算法包括确定从样品获得的表达数据与来自该至少一个训练集的表达数据之间的相
关性；并且基于统计算法的结果将样品分类为TRU、PP或PI亚型。在一些情况下，在核酸水平检测分类器生物标记物的表达水平。在一些情况下，核酸水平是RNA或cDNA。在一些情况下，对表达水平的检测包括进行定量实时逆转录酶聚合酶链反应(qRT
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PCR)、RNAseq、微阵列、基因芯片、nCounter基因表达测本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于确定从患者获得的肺组织样品的腺癌(AD)亚型的方法，该方法包括检测表1的至少一种分类器生物标记物的表达水平，其中对该分类器生物标记物的表达水平的检测特异性地鉴定末端呼吸单元(TRU)、近端增生(PP)或近端炎症(PI)AD亚型。2.权利要求1的方法，其中该方法还包括将检测到的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达水平与至少一个样品训练集中的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达进行比较，其中该至少一个样品训练集包括来自参考AD TRU样品的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达数据、来自参考AD PP样品的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达数据、来自参考AD PI样品的表1的该至少一种分类器生物标记物的表达数据或其组合；并且基于该比较步骤的结果将该样品分类为TRU、PP或PI亚型。3.权利要求2的方法，其中该比较步骤包括应用统计算法，该统计算法包括确定从该样品获得的该表达数据与来自该至少一个训练集的表达数据之间的相关性；并且基于该统计算法的结果将该样品分类为TRU、PP或PI亚型。4....

【专利技术属性】
技术研发人员：H，
申请(专利权)人：北卡罗来纳大学教堂山分校，
类型：发明
国别省市：