用于减少细胞中II类MHC的组合物和方法技术

本发明专利技术涉及用于降低细胞中的II类MHC蛋白表达的组合物和方法，其包含基因修饰CIITA以用于例如过继性细胞转移疗法中。用于例如过继性细胞转移疗法中。用于例如过继性细胞转移疗法中。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于减少细胞中II类MHC的组合物和方法
[0001]本申请根据35 U.S.C.119(e)要求2020年12月11日提交的美国临时申请第63/124,064号和2020年12月23日提交的美国临时申请第63/130,106号的权益；所述申请的公开内容各自通过引用整体并入本文。
[0002]本申请与电子格式的序列表一起提交。所述序列表以命名为“2021
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12
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10_01155
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0034
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00PCT_Seq_List_ST25.txt”的文件提供，所述文件创建于2021年12月10日，大小为392,081字节。所述序列表的电子格式的信息通过引用整体并入本文。
[0003]引言和
技术实现思路

[0004]下调II类MHC的能力对于许多体内和离体应用至关重要，例如当使用同种异体细胞(源自供体)进行移植和/或例如在体外产生不会激活T细胞的细胞群体时。特别是，将同种异体细胞转移至受试者中是细胞疗法领域非常有兴趣的。同种异体细胞的使用由于接受受试者的免疫细胞排斥问题而受到限制，所述免疫细胞将移植细胞识别为外来的并发动攻击。为避免免疫排斥问题，基于细胞的疗法集中于自体方法，所述方法使用受试者自身的细胞作为疗法的细胞来源，这是一种耗时且昂贵的方法。
[0005]通常，同种异体细胞的免疫排斥由供体与接受体之间的主要组织相容性复合体(MHC)分子错配产生。在人类群体内，MHC分子以各种形式存在，包括例如编码不同形式的MHC蛋白的任何给定MHC基因的许多遗传变体，即等位基因。MHC分子的主要类别称为I类MHC和II类MHC。I类MHC分子(例如人类中的HLA
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A、HLA
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B和HLA
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C)表达于所有有核细胞上并且呈递抗原以激活细胞毒性T细胞(CD8+ T细胞或CTL)。II类MHC分子(例如人类中的HLA
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DP、HLA
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DQ和HLA
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DR)仅在某些细胞类型(例如B细胞、树突状细胞和巨噬细胞)上表达并且呈递抗原以激活辅助T细胞(CD4+ T细胞或Th细胞)，进而向B细胞提供信号以产生抗体。
[0006]例如个体之间的MHC等位基因的微小差异会导致接受体中的T细胞被激活。在T细胞发育期间，个体的T细胞库对自身MHC分子具有耐受性，但识别另一个体的MHC分子的T细胞可在循环中持续存在并且称为同种异体反应性T细胞。同种异体反应性T细胞可例如通过在体内存在另一个体的表达MHC分子的细胞而被激活，引起例如移植物抗宿主疾病和移植排斥反应。
[0007]用于降低同种异体细胞对排斥反应的易感性的方法和组合物是令人感兴趣的，包括例如降低细胞的MHC蛋白表达以避免接受体T细胞反应。实际上，基因修饰同种异体细胞以移植至受试者中的能力受到在多重基因编辑以降低所有MHC蛋白表达的同时要避免其他有害接受体免疫反应的要求的妨碍。例如，尽管耗竭I类MHC蛋白的策略可能会减少CTL活化，但在表面上缺乏I类MHC的细胞易于由免疫系统的自然杀手(NK)细胞溶解，因为NK细胞活化是通过I类MHC特异性抑制受体调节。耗竭II类MHC分子的基因编辑策略也已证实是困难的，尤其在某些细胞类型中，原因包括低编辑效率和低细胞存活率，阻碍了作为细胞疗法的实际应用。
[0008]因此，需要用于修饰同种异体细胞的改进方法和组合物以克服接受体免疫排斥问题和与产生更安全移植细胞所需的多重基因修饰相关的技术难题。
[0009]本公开提供了具有降低或消除的II类MHC表面表达的工程化细胞。所述工程化细
胞包含CIITA基因(II类主要组织相容性复合体反式激活因子)中的基因修饰，可适用于细胞疗法。本公开进一步提供了通过基因修饰CIITA基因来降低或消除细胞中II类MHC蛋白的表面表达的组合物和方法。CIITA蛋白充当转录激活因子(激活II类MHC启动子)并且对II类MHC蛋白表达至关重要。在一些实施方案中，本公开进一步提供了通过基因修饰B2M(β
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微球蛋白)来降低或消除细胞中I类MHC蛋白的表面表达的组合物和方法。B2M蛋白与I类MHC分子形成杂二聚体并且为细胞表面上的I类MHC蛋白表达所需。本公开进一步提供了通过细胞表达NK细胞抑制剂分子，以降低或消除NK细胞的裂解活性。在一些实施方案中，所述方法和组合物进一步提供了例如编码靶向受体、在细胞表面上表达的其他多肽或从细胞分泌的多肽的外源核酸的插入。因此，在一些实施方案中，所述工程化细胞适用作“细胞工厂”，用于在接受体中分泌外源蛋白。在一些实施方案中，所述工程化细胞适用作过继性细胞疗法。
[0010]在一些实施方案中，提供了一种工程化细胞，其相对于未经修饰细胞具有降低或消除的II类MHC的表面表达，所述工程化细胞包含CIITA基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr16：10902171
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10923242内的剪接位点的至少一个核苷酸。在一些实施方案中，基因修饰包含剪接受体位点的至少一个核苷酸的修饰。在一些实施方案中，一个核苷酸为A。在一些实施方案中，一个核苷酸为G。在一些实施方案中，基因修饰包含剪接供体位点的至少一个核苷酸的修饰。在一些实施方案中，一个核苷酸为G。在一些实施方案中，一个核苷酸为T。在一些实施方案中，基因修饰包含剪接位点边界核苷酸的修饰。
[0011]在一些实施方案中，提供了一种工程化细胞，其相对于未经修饰细胞具有降低或消除的II类MHC的表面表达，所述工程化细胞包含CIITA基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的插入/缺失、C至T取代或A至G取代：chr16：10895410
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10895430、chr16：10898649
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10898669、chr16：10898658
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10898678、chr16：10902171
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10902191、chr16：10902173
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10902193、chr16：10902174
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10902194、chr16：10902179
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10902199、chr16：10902183
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10902203、chr16：10902184
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10902204、chr16：10902644
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10902664、chr16：10902779
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10902799、chr16：10902788
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10902808、chr16：10902789
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10902809、chr16：10902790
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10902810、chr16：10902795
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10902815、chr16：10902799
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10902819、chr16：10903708...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种工程化细胞，所述工程化细胞相对于未经修饰细胞具有降低或消除的II类MHC的表面表达，所述工程化细胞包含CIITA基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr16：10902171
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10923242内的剪接位点的至少一个核苷酸。2.如权利要求1所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含剪接受体位点的至少一个核苷酸的修饰，任选地其中所述一个核苷酸为A或G。3.如权利要求1所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含剪接供体位点的至少一个核苷酸的修饰，任选地其中所述一个核苷酸为G或T。4.如权利要求1
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3中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含剪接位点边界核苷酸的修饰。5.如权利要求1
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4中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr16：10902171
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10923242内的至少5、6、7、8、9或10个连续核苷酸。6.如权利要求1
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5中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr16：10902171
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10923242内的至少一个C至T取代或至少一个A至G取代。7.如权利要求1
‑
6中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的剪接位点的至少一个核苷酸：chr16：10918504
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10918524、chr16：10923218
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10923238、chr16：10923219
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10923239、chr16：10923221
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10923241、chr16：10906485
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10906505、chr16：10916359
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10916379、chr16：10903873
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10903893、chr16：10909172
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10909192、chr16：10922153
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10922173、chr16：10916450
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10916470、chr16：10923222
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10923242、chr16：10916449
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10916469和chr16：10923214
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10923234。8.如权利要求1
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7中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的剪接位点的至少一个核苷酸：chr16：10908132
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10908152、chr16：10908131
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10908151、chr16：10916456
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10916476、chr16：10918504
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10918524、chr16：10909022
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10909042、chr16：10918512
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10918532、chr16：10918511
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10918531、chr16：10895742
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10895762、chr16：10916362
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10916382、chr16：10916455
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10916475、chr16：10909172
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10909192、chr16：10906492
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10906512、chr16：10909006
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10909026、chr16：10922478
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10922498、chr16：10895747
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10895767、chr16：10916348
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10916368、chr16：10910186
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10910206、chr16：10906481
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10906501、chr16：10909007
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10909027、chr16：10895410
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10895430和chr16：10908130
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10908150。9.如权利要求1
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8中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的剪接位点的至少一个核苷酸：chr16：10918504
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10918524、chr16：10923218
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10923238、chr16：10923219
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10923239、chr16：10923221
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10923241、chr16：10906486
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10906506、chr16：10906485
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10906505、chr16：10903873
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10903893、chr16：10909172
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10909192、chr16：10918423
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10918443、chr16：10916362
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10916382、chr16：10916450
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10916470、chr16：10922153
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10922173、chr16：10923222
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10923242、chr16：10910176
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10910196、chr16：10895742
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10895762、chr16：10916449
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10916469、chr16：10923214
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10923234、chr16：10906492
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10906512和chr16：10906487
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10906507。10.一种工程化细胞，所述工程化细胞相对于未经修饰细胞具有降低或消除的II类MHC的表面表达，所述工程化细胞包含CIITA基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的插入/缺失、C至T取代或A至G取代：chr16：10895410
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10895430、chr16：
10898649
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10898669、chr16：10898658
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10898678、chr16：10902171
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10902191、chr16：10902173
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10902193、chr16：10902174
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10902194、chr16：10902179
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10902199、chr16：10902183
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10902203、chr16：10902184
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10902204、chr16：10902644
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10902664、chr16：10902779
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10902799、chr16：10902788
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10902808、chr16：10902789
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10902809、chr16：10902790
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10902810、chr16：10902795
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10902815、chr16：10902799
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10902819、chr16：10903708
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10903728、chr16：10903713
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10903733、chr16：10903718
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10903738、chr16：10903721
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10903741、chr16：10903723
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10903743、chr16：10903724
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10903744、chr16：10903873
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10903893、chr16：10903878
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10903898、chr16：10903905
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10903925、chr16：10903906
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10903926、chr16：10904736
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10904756、chr16：10904790
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10904810、chr16：10904811
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10904831、chr16：10906481
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10906501、chr16：10906485
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10906505、chr16：10906486
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10906506、chr16：10906487
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10906507、chr16：10906492
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10906512、chr16：10908127
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10908152、chr16：10908137
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10908157、chr16：10908138
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10908158、chr16：10908139
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10908159、chr16：10909006
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10909026、chr16：10909007
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10909027、chr16：10909018
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10909038、chr16：10909021
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10909041、chr16：10909022
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10909042、chr16：10909172
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10909192、chr16：10910165
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10910185、chr16：10910176
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10910196、chr16：10910186
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10915567、chr16：10915551
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10915571、chr16：10915552
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10915572、chr16：10915567
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10915587、chr16：10916348
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10916368、chr16：10916359
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10916379、chr16：10916362
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10916382、chr16：10916449
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10916469、chr16：10916450
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10916470、chr16：10916455
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10916475、chr16：10916456
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10916476、chr16：10918423
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10918443、chr16：10918504
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10918524、chr16：10918511
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10918531、chr16：10918512
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10918559、chr16：10922153
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10922173、chr16：10922478
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10922507、chr16：10922499
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10922519、chr16：10923205
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10923234、chr16：10923218
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10923238、chr16：10923219
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10923239、chr16：10923220
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10923240、chr16：10923221
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10923241和chr16：10923222
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10923242。11.如权利要求10所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的剪接位点的至少一个核苷酸：chr16：10918504
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10918524、chr16：10923218
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10923238、chr16：10923219
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10923239、chr16：10923221
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10923241、chr16：10906485
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10906505、chr16：10916359
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10916379、chr16：10903873
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10903893、chr16：10909172
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10909192、chr16：10922153
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10922173、chr16：10916450
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10916470、chr16：10923222
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10923242、chr16：10916449
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10916469和chr16：10923214
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10923234。12.如权利要求10所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的剪接位点的至少一个核苷酸：chr16：10908132
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10908152、chr16：10908131
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10908151、chr16：10916456
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10916476、chr16：10918504
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10918524、chr16：10909022
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10909042、chr16：10918512
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10918532、chr16：10918511
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10895762、chr16：10916362
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10910206、
chr16：10906481
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10895430和chr16：10908130
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10908150。13.如权利要求10所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的剪接位点的至少一个核苷酸：chr16：10918504
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10918524、chr16：10923218
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10923238、chr16：10923219
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10923239、chr16：10923221
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10923241、chr16：10906486
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10906506、chr16：10906485
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10906505、chr16：10903873
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10903893、chr16：10909172
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10909192、chr16：10918423
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10918443、chr16：10916362
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10916382、chr16：10916450
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10916470、chr16：10922153
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10922173、chr16：10923222
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10923242、chr16：10910176
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10910196、chr16：10895742
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10895762、chr16：10916449
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10916469、chr16：10923214
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10923234、chr16：10906492
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10906512和chr16：10906487
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10906507。14.如权利要求10
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13中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含所述基因组坐标内的至少5、6、7、8、9或10个连续核苷酸。15.如权利要求10
‑
14中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含所述基因组坐标内的至少一个C至T取代或至少一个A至G取代。16.如权利要求1
‑
15中任一项所述的工程化细胞，其中所述II类MHC表达通过结合至CIITA基因组目标序列的基因编辑系统而降低或消除，所述目标序列包含选自以下的基因组坐标内的至少5个连续核苷酸：chr16：10895410
‑
10895430、chr16：10898649
‑
10898669、chr16：10898658
‑
10898678、chr16：10902171
‑
10902191、chr16：10902173
‑
10902193、chr16：10902174
‑
10902194、chr16：10902179
‑
10902199、chr16：10902183
‑
10902203、chr16：10902184
‑
10902204、chr16：10902644
‑
10902664、chr16：10902779
‑
10902799、chr16：10902788
‑
10902808、chr16：10902789
‑
10902809、chr16：10902790
‑
10902810、chr16：10902795
‑
10902815、chr16：10902799
‑
10902819、chr16：10903708
‑
10903728、chr16：10903713
‑
10903733、chr16：10903718
‑
10903738、chr16：10903721
‑
10903741、chr16：10903723
‑
10903743、chr16：10903724
‑
10903744、chr16：10903873
‑
10903893、chr16：10903878
‑
10903898、chr16：10903905
‑
10903925、chr16：10903906
‑
10903926、chr16：10904736
‑
10904756、chr16：10904790
‑
10904810、chr16：10904811
‑
10904831、chr16：10906481
‑
10906501、chr16：10906485
‑
10906505、chr16：10906486
‑
10906506、chr16：10906487
‑
10906507、chr16：10906492
‑
10906512、chr16：10908127
‑
10908147、chr16：10908130
‑
10908150、chr16：10908131
‑
10908151、chr16：10908132
‑
10908152、chr16：10908137
‑
10908157、chr16：10908138
‑
10908158、chr16：10908139
‑
10908159、chr16：10909006
‑
10909026、chr16：10909007
‑
10909027、chr16：10909018
‑
10909038、chr16：10909021
‑
10909041、chr16：10909022
‑
10909042、chr16：10909172
‑
10909192、chr16：10910165
‑
10910185、chr16：10910176
‑
10910196、chr16：10910186
‑
10910206、chr16：10915547
‑
10915567、chr16：10915551
‑
10915571、chr16：10915552
‑
10915572、chr16：10915567
‑
10915587、chr16：10916348
‑
10916368、chr16：10916359
‑
10916379、chr16：10916362
‑
10916382、chr16：10916449
‑
10916469、chr16：10916450
‑
10916470、chr16：10916455
‑
10916475、chr16：10916456
‑
10916476、chr16：10918423
‑
10918443、chr16：10918504
‑
10918524、chr16：10918511
‑
10918531、chr16：10918512
‑
10918532、chr16：10918539
‑
10918559、chr16：10922153
‑
10922173、chr16：10922478
‑
10922498、
chr16：10922487
‑
10922507、chr16：10922499
‑
10922519、chr16：10923205
‑
10923225、chr16：10923214
‑
10923234、chr16：10923218
‑
10923238、chr16：10923219
‑
10923239、chr16：10923220
‑
10923240、chr16：10923221
‑
10923241和chr16：10923222
‑
10923242。17.如权利要求1
‑
16中任一项所述的工程化细胞，其中所述II类MHC表达通过结合至CIITA基因组目标序列的基因编辑系统而降低或消除，所述目标序列包含选自以下的基因组坐标内的至少5个连续核苷酸：chr16：10903873
‑
10903893、chr16：10903878
‑
10903898、chr16：10903905
‑
10903925、chr16：10903906
‑
10903926、chr16：10904736
‑
10904756、chr16：10904790
‑
10904810、chr16：10904811
‑
10904831、chr16：10906481
‑
10906501、chr16：10906485
‑
10906505、chr16：10906486
‑
10906506、chr16：10906487
‑
10906507、chr16：10906492
‑
10906512、chr16：10908127
‑
10908147、chr16：10908130
‑
10908150、chr16：10908131
‑
10908151、chr16：10908132
‑
10908152、chr16：10908137
‑
10908157、chr16：10908138
‑
10908158、chr16：10908139
‑
10908159、chr16：10909006
‑
10909026、chr16：10909007
‑
10909027、chr16：10909018
‑
10909038、chr16：10909021
‑
10909041、chr16：10909022
‑
10909042、chr16：10909172
‑
10909192、chr16：10910165
‑
10910185、chr16：10910176
‑
10910196、chr16：10910186
‑
10910206、chr16：10915547
‑
10915567、chr16：10915551
‑
10915571、chr16：10915552
‑
10915572、chr16：10915567
‑
10915587、chr16：10916348
‑
10916368、chr16：10916359
‑
10916379、chr16：10916362
‑
10916382、chr16：10916449
‑
10916469、chr16：10916450
‑
10916470、chr16：10916455
‑
10916475、chr16：10916456
‑
10916476、chr16：10918423
‑
10918443、chr16：10918504
‑
10918524、chr16：10918511
‑
10918531、chr16：10918512
‑
10918532、chr16：10918539
‑
10918559、chr16：10922153
‑
10922173、chr16：10922478
‑
10922498、chr16：10922487
‑
10922507、chr16：10922499
‑
10922519、chr16：10923205
‑
10923225、chr16：10923214
‑
10923234、chr16：10923218
‑
10923238、chr16：10923219
‑
10923239、chr16：10923220
‑
10923240、chr16：10923221
‑
10923241和chr16：10923222
‑
10923242。18.如权利要求1
‑
17中任一项所述的工程化细胞，其中所述II类MHC表达通过结合至CIITA基因组目标序列的基因编辑系统而降低或消除，所述目标序列包含选自以下的基因组坐标内的至少5个连续核苷酸：chr16：10906485
‑
10906505、chr16：10906486
‑
10906506、chr16：10906487
‑
10906507、chr16：10906492
‑
10906512、chr16：10908127
‑
109...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：因特利亚治疗公司，
类型：发明
国别省市：