【技术实现步骤摘要】
技术介绍
技术实现思路
【技术保护点】
1.诱导SERPINA1基因中的双链断裂(DSB)的方法，所述方法包括向细胞递送组合物，其中所述组合物包含指导RNA，所述指导RNA包含选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的指导序列或与选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
2.修饰SERPINA1基因的方法，所述方法包括向细胞递送组合物，其中所述组合物包含(i)RNA指导的DNA结合剂或编码RNA指导的DNA结合剂的核酸及(ii)指导RNA，其包含选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的指导序列或与选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
3.治疗α-1抗胰蛋白酶缺乏症(AATD)的方法，所述方法包括向有需要的个体施用组合物，由此治疗AATD，其中所述组合物包含(i)RNA指导的DNA结合剂或编码RNA指导的DNA结合剂的核
4.减少或预防α-1抗胰蛋白酶(AAT)在个体的肝脏中累积的方法，所述方法包括向有需要的个体施用组合物，由此减少AAT在肝脏中累积，其中所述组合物包含(i)RNA指导的DNA结合剂或编码RNA指导的DNA结合剂的核酸及(ii)指导RNA，其包含选自SEQ ID NO:5至SEQID NO:129的指导序列或与选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
5.组合物，其包含指导RNA，所述指导RNA包含选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的指导序列或与选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
6.组合物，其包含编码指导RNA的载体，其中所述指导RNA包含选自SEQ ID NO:5至SEQID NO:129的指导序列或与选自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
7.如权利要求5或6的组合物，其用于诱导细胞或个体的SERPINA1基因中的双链断裂(DSB)。
8.如权利要求5或6的组合物，其用于修饰细胞或个体中的SERPINA1基因。
9.如权利要求5或6的组合物，其用于治疗个体中的α-1抗胰蛋白酶缺乏症(AATD)。
10.如权利要求5或6的组合物，其用于降低个体中的血清或肝脏AAT浓度。
11.如权利要求5或6的组合物，其用于减少或预防α-1抗胰蛋白酶(AAT)在个体的肝脏中累积。
12.如权利要求1至4中任一项的方法或如权利要求5至11中任一项所使用的组合物，其中所述组合物会降低血清及/或肝脏AAT水平。
13.如权利要求12所使用的方法或组合物，其中相较于施用所述组合物之前的血清及/或AAT水平，所述血清及/或肝脏AAT水平降低至少40％。
14.如权利要求12所使用的方法或组合物，其中相较于施用所述组合物之前的血清及/或AAT水平，所述血清及/或肝脏AAT水平降低40％至50％、50％至60％、60％至70％、70％至80％、80％至90％、90％至95％、95％至98％、98％至99％或99％至100％。
15.如权利要求1至4或7至14中任一项所使用的方法或组合物，其中所述组合物引起编辑SERPINA1基因。
16.如权利要求15所使用的方法或组合物，其中所述编辑是计算所编辑的群组的百分比(编辑百分比)。
17.如权利要求16所使用的方法或组合物，其中所述编辑百分比在30％与99％之间。
18.如权利要求17所使用的方法或组合物，其中所述编辑百分比在30％与35％之间、35％与40％之间、40％与45％之间、45％与50％之间、50％与55％之间、55％与60％之间、60％与65％之间、65％与70％之间、70％与75％之间...
【技术特征摘要】
1.诱导serpina1基因中的双链断裂(dsb)的方法，所述方法包括向细胞递送组合物，其中所述组合物包含指导rna，所述指导rna包含选自seq id no:5至seq id no:129的指导序列或与选自seq id no:5至seq id no:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
2.修饰serpina1基因的方法，所述方法包括向细胞递送组合物，其中所述组合物包含(i)rna指导的dna结合剂或编码rna指导的dna结合剂的核酸及(ii)指导rna，其包含选自seq id no:5至seq id no:129的指导序列或与选自seq id no:5至seq id no:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
3.治疗α-1抗胰蛋白酶缺乏症(aatd)的方法，所述方法包括向有需要的个体施用组合物，由此治疗aatd，其中所述组合物包含(i)rna指导的dna结合剂或编码rna指导的dna结合剂的核酸及(ii)指导rna，其包含选自seq id no:5至seq id no:129的指导序列或与选自seq id no:5至seq id no:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
4.减少或预防α-1抗胰蛋白酶(aat)在个体的肝脏中累积的方法，所述方法包括向有需要的个体施用组合物，由此减少aat在肝脏中累积，其中所述组合物包含(i)rna指导的dna结合剂或编码rna指导的dna结合剂的核酸及(ii)指导rna，其包含选自seq id no:5至seqid no:129的指导序列或与选自seq id no:5至seq id no:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
5.组合物，其包含指导rna，所述指导rna包含选自seq id no:5至seq id no:129的指导序列或与选自seq id no:5至seq id no:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
6.组合物，其包含编码指导rna的载体，其中所述指导rna包含选自seq id no:5至seqid no:129的指导序列或与选自seq id no:5至seq id no:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
7.如权利要求5或6的组合物，其用于诱导细胞或个体的serpina1基因中的双链断裂(dsb)。
8.如权利要求5或6的组合物，其用于修饰细胞或个体中的serpina1基因。
9.如权利要求5或6的组合物，其用于治疗个体中的α-1抗胰蛋白酶缺乏症(aatd)。
10.如权利要求5或6的组合物，其用于降低个体中的血清或肝脏aat浓度。
11.如权利要求5或6的组合物，其用于减少或预防α-1抗胰蛋白酶(aat)在个体的肝脏中累积。
12.如权利要求1至4中任一项的方法或如权利要求5至11中任一项所使用的组合物，其中所述组合物会降低血清及/或肝脏aat水平。
13.如权利要求12所使用的方法或组合物，其中相较于施用所述组合物之前的血清及/或aat水平，所述血清及/或肝脏aat水平降低至少40％。
14.如权利要求12所使用的方法或组合物，其中相较于施用所述组合物之前的血清及/或aat水平，所述血清及/或肝脏aat水平降低40％至50％、50％至60％、60％至70％、70％至80％、80％至90％、90％至95％、95％至98％、98％至99％或99％至100％。
15.如权利要求1至4或7至14中任一项所使用的方法或组合物，其中所述组合物引起编辑serpina1基因。
16.如权利要求15所使用的方法或组合物，其中所述编辑是计算所编辑的群组的百分比(编辑百分比)。
17.如权利要求16所使用的方法或组合物，其中所述编辑百分比在30％与99％之间。
18.如权利要求17所使用的方法或组合物，其中所述编辑百分比在30％与35％之间、35％与40％之间、40％与45％之间、45％与50％之间、50％与55％之间、55％与60％之间、60％与65％之间、65％与70％之间、70％与75％之间、75％与80％之间、80％与85％之间、85％与90％之间、90％与95％之间或95％与99％之间。
19.如权利要求1至4或7至18中任一项所使用的方法或组合物，其中施用或递送所述组合物至少两次。
20.如权利要求19所使用的方法或组合物，其中施用或递送所述组合物至少三次。
21.如权利要求19所使用的方法或组合物，其中施用或递送所述组合物至少四次。
22.如权利要求19所使用的方法或组合物，其中施用或递送所述组合物至多五、六、七、八、九或十次。
23.如权利要求19至22中任一项所使用的方法或组合物，其中所述施用或递送以1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天的间隔进行。
24.如权利要求19至22中任一项所使用的方法或组合物，其中所述施用或递送以1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15周的间隔进行。
25.如权利要求19至22中任一项所使用的方法或组合物，其中所述施用或递送以1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个月的间隔进行。
26.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述指导序列选自seq id no:5至seq id no:129。
27.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述指导rna与人类serpina1基因中所存在的靶序列至少部分互补。
28.如权利要求27的方法或组合物，其中所述靶序列处于人类serpina1基因的外显子2、3、4或5中。
29.如权利要求27的方法或组合物，其中所述靶序列处于人类serpina1基因的外显子2中。
30.如权利要求27的方法或组合物，其中所述靶序列处于人类serpina1基因的外显子3中。
31.如权利要求27的方法或组合物，其中所述靶序列处于人类serpina1基因的外显子4中。
32.如权利要求27的方法或组合物，其中所述靶序列处于人类serpina1基因的外显子5中。
33.如权利要求1至32中任一项的方法或组合物，其中所述指导序列与serpina1的正链中的靶序列互补。
34.如权利要求1至32中任一项的方法或组合物，其中所述指导序列与serpina1的负链中的靶序列互补。
35.如权利要求1至32中任一项的方法或组合物，其进一步包含第二指导序列，其中第一指导序列与serpina1基因的正链中的第一靶序列互补，且其中所述第二指导序列与serpina1基因的负链中的第二靶序列互补。
36.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述指导rna包含crrna，其包含所述指导序列且进一步包含seq id no:140的核苷酸序列，其中seq id no:140的核苷酸在所述指导序列的3’端后。
37.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述指导rna为双指导(dgrna)。
38.如权利要求37的方法或组合物，其中所述双指导rna包含crrna及trrna，所述crrna包含seq id no:140的核苷酸序列，其中seq id no:140的核苷酸在所述指导序列的3’端后。
39.如权利要求1至36中任一项的方法或组合物，其中所述指导rna为单指导(sgrna)。
40.如权利要求39的方法或组合物，其中所述sgrna包含具有seq id no:130的修饰的指导序列。
41.如权利要求39的方法或组合物，其中所述sgrna包含seq id no:130。
42.如权利要求40或41的方法或组合物，其中seq id no:130中的各n为任何天然或非天然核苷酸，其中所述n形成所述指导序列，且所述指导序列使rna指导的dna结合剂靶向serpina1基因。
43.如权利要求39至42中任一项的方法或组合物，其中所述sgrna包含所述seq id no:5至seq id no:129的指导序列及所述seq id no:140的核苷酸中任一个。
44.如权利要求39至43中任一项的方法或组合物，其中所述sgrna包含与选自seq idno:5至seq id no:129的序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％或90％同一性的指导序列。
45.如权利要求42的方法或组合物，其中seq id no:130中的各n共同地经选自seq idno:5至seq id no:129的指导序列取代。
46.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述指导rna包含至少一种修饰。
47.如权利要求46的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括经2’-o-甲基(2’-o-me)修饰的核苷酸。
48.如权利要求46或47的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括各核苷酸之间的硫代磷酸酯(ps)键。
49.如权利要求46至48中任一项的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括经2’-氟(2’-f)修饰的核苷酸。
50.如权利要求46至49中任一项的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括在5’端前五个核苷酸中的一处或多处的修饰。
51.如权利要求46至50中任一项的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括在3’端最后五个核苷酸中的一处或多处的修饰。
52.如权利要求46至51中任一项的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括在前四个核苷酸之间的ps键。
53.如权利要求46至52中任一项的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括在最后四个核苷酸之间的ps键。
54.如权利要求46至53中任一项的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括在5’端前三个核苷酸处的经2’-o-me修饰的核苷酸。
55.如权利要求46至54中任一项的方法或组合物，其中所述至少一种修饰包括在3’端最后三个核苷酸处的经2’-o-me修饰的核苷酸。
56.如权利要求46至55中任一项的方法或组合物，其中所述指导rna包含seq id no:130的经修饰核苷酸。
57.如权利要求1至56中任一项的方法或组合物，其中所述组合物进一步包含可药用赋形剂。
58.如权利要求1至57中任一项的方法或组合物，其中所述指导rna及任选的所述rna指导的dna结合剂或编码rna指导的dna结合剂的核酸是与脂质纳米颗粒(lnp)结合。
59.如权利要求58的方法或组合物，其中所述lnp包含ccd脂质。
60.如权利要求59的方法或组合物，其中所述ccd脂质为脂质a。
61.如权利要求58至60的方法或组合物，其中所述lnp包含中性脂质。
62.如权利要求61的方法或组合物，其中所述中性脂质为dspc。
63.如权利要求58至62中任一项的方法或组合物，其中所述lnp包含辅助脂质。
64.如权利要求63的方法或组合物，其中所述辅助脂质为胆固醇。
65.如权利要求58至64中任一项的方法或组合物，其中所述lnp包含隐形脂质。
66.如权利要求58至65的方法或组合物，其中所述隐形脂质为peg2k-dmg。
67.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述组合物进一步包含rna指导的dna结合剂。
68.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述组合物进一步包含编码rna指导的dna结合剂的mrna。
69.如权利要求67或68的方法或组合物，其中所述rna指导的dna结合剂为cas切割酶。
70.如权利要求69的方法或组合物，其中所述rna指导的dna结合剂为cas9。
71.如权利要求67至70中任一项的方法或组合物，其中所述rna指导的dna结合剂经修饰。
72.如权利要求67至71中任一项的方法或组合物，其中所述rna指导的dna结合剂为切口酶(nickase)。
73.如权利要求71或72的方法或组合物，其中所述经修饰的rna指导的dna结合剂包含核定位信号(nls)。
74.如权利要求67至73中任一项的方法或组合物，其中所述rna指导的dna结合剂为来自ii型crispr/cas系统的cas。
75.如前述权利要求中任一项的方法或组合物，其中所述组合物为药物制剂且进一步包含可药用载体。
76.如权利要求1至4或7至75中任一项所使用的方法或组合物，其中所述组合物会减少或预防α-1抗胰蛋白酶(aat)在肝脏中累积。
77.如权利要求76所使用的方法或组合物，其中所述aat为变形的。
78.如权利要求1至4或7至77中任一项所使用的方法或组合物，其中非同源末端连接(non-homologous ending joining；nhej)在修复serpina1基因中的dsb期间引起突变。
79.如权利要求78所使用的方法或组合物，其中nhej在修复serpina1基因中的dsb期间引起核苷酸缺失或插入。
80.如权利要求79所使用的方法或组合物，其中核苷酸的所述缺失或插入在serpina1基因内诱导移码或无义突变。
81.如权利要求80所使用的方法或组合物，其中在至少50％的肝脏细胞的serpina1基因中诱导移码或无义突变。
82.如权利要求81所使用的方法或组合物，其中在50％至60％、60％至70％、70％或80％、80％至90％、90％至95％、95％至99％或99％至100％的肝脏细胞的serpina1基因中诱导移码或无义突变。
83.如权利要求79至82中任一项所使用的方法或组合物，其中发生在serpina1基因中的核苷酸缺失或插入为在脱靶位点处的的核苷酸缺失或插入的至少50倍或大于50倍。
84.如权利要求83所使用的方法或组合物，其中发生在serpina1基因中的核苷酸缺失或插入比在脱靶位点处的核苷酸缺失或插入多50倍至150倍、150倍至500倍、500倍至1500倍、1500倍至5000倍、5000倍至15000倍、15000倍至30000倍或30000倍至60000倍。
85.如权利要求1至4或7至84中任一项所使用的方法或组合物，其中施用所述组合物会降低所述个体中的aat水平。
86.如权利要求85所使用的方法或组合物，其中所述aat水平降低至少40％。
87.如权利要求86所使用的方法或组合物，其中所述aat水平降低40％至50％、50％至60％、60％至70％、70％或80％、80％至90％、90％至95％、95％至99％或99％至100％。
88.如权利要求86或87所使用的方法或组合物，其中在血清、血浆、血液、脑脊液或痰中测量所述aat水平。
89.如权利要求86或87所使用的方法或组合物，其中在肝脏及/或血清中测量所述aat水平。
90.如权利要求85至89中任一项所使用的方法或组合物，其中通过酶联免疫吸附分析法(enzyme-linked immunosorbent assay；elisa)测量所述aat水平。
91.如权利要求1至4或7至90中任一项所使用的方法或组合物，其中所述个体患有aatd。
92.如权利要求1至4或7至91中任一项所使用的方法或组合物，其中所述个体为人类。
93.如权利要求91或92所使用的方法或组合物，其中所述个体患有aatd。
94.如权利要求91或92所使用的方法或组合物，其中所述个体患有遗传性aatd。
95.如权利要求1至4、7至92或94中任一项所使用的方法或组合物，其中所述个体具有aatd家族病史。
96.如权利要求1至4或7至95中任一项所使用的方法或组合物，其中所述个体仅具有或主要具有aatd的肝脏症状。
97.如权利要求1至4或7至96中任一项所使用的方法或组合物，其中所述个体在serpina1基因座的z等位基因为杂合的。
98.如权利要求97的方法，其中所述个体在serpina1基因座处具有一个z等位基因及一个s等位基因。
99.如权利要求1至4或7至98中任一项所使用的方法或组合物，其中所述个体在aat的氨基酸序列处不具有e342k突变，但具有降低水平的野生型aat。
100.如权利要求1至4或7至99中任一项所使用的方法或组合物，其中所述个体的水肿、腹水或黄疸有所改善、稳定或减缓，或已推迟对肝脏移植的需要。
101.如权利要求1至4或7至99中任一项所使用的方法或组合物，其中如通过成像方法或肝酶水平所测量，个体由于施用而具有改善、稳定或减缓变化。
102.如权利要求1至4或7至101中任一项所使用的方法或组合物，其中所述组合物或药物制剂通过病毒载体施用。
103.如权利要求1至4或7至102中任一项所使用的方法或组合物，其中所述组合物或药物制剂通过脂质纳米颗粒施用。
104.如权利要求1至4或7至103中任一项所使用的方法或组合物，其中在施用所述组合物或配制物之前，测试所述个体的serpina1基因中的特定突变。
105.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:5。
106.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:6。
107.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:7。
108.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:8。
109.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:9。
110.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:10。
111.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:11。
112.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:12。
113.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:13。
114.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:14。
115.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:15。
116.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:16。
117.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:17。
118.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:18。
119.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:19。
120.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:20。
121.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:21。
122.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:22。
123.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:23。
124.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:24。
125.如权利要求1至104中任一项的方法或组合物，其中选自seq id no:5至seq idno:129的所述序列为seq id no:25。
126.如权...
【专利技术属性】
技术研发人员：S·奥达特，W·斯特雷普斯，R·M·莱斯卡博，
申请(专利权)人：因特利亚治疗公司，
类型：发明
国别省市：
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