用于免疫疗法的T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域3(TIM3)组合物和方法技术

提供了在TIM3基因内进行编辑(例如改变DNA序列)的组合物和方法。提供了用于免疫疗法的组合物和方法。的组合物和方法。的组合物和方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于免疫疗法的T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域3(TIM3)组合物和方法
[0001]本申请根据35U.S.C.119(e)要求2021年2月8日提交的美国临时申请第63/147,221号的权益，所述临时申请的内容通过引用整体并入本文。
[0002]本申请与电子格式的序列表一起提交。所述序列表以命名为“01155
‑
0041
‑
00PCT_Seq_List_ST25.txt”的文件提供，所述文件创建于2022年2月3日，大小为133，120字节。所述序列表的电子格式的信息通过引用整体并入本文。
[0003]引言和
技术实现思路

[0004]T细胞耗竭是一个广义的术语，用于描述T细胞对慢性抗原刺激的反应。这种情况最早是在慢性病毒感染的情形下观察到的，但也在对肿瘤的免疫反应中进行过研究。T细胞耗竭机制的特征和特性可能对检查点阻断和过继性T细胞转移疗法的成功具有至关重要的影响。
[0005]T细胞耗竭是由于长期抗原刺激导致的效应功能逐渐丧失，是慢性感染和癌症的特性。除了持续的抗原刺激外，微环境中的抗原呈递细胞和细胞因子也会导致这种耗竭表型。因此，T细胞耗竭是T细胞功能失调的一种状态，在这种状态下，T细胞的效应功能不良并持续表达抑制性受体。这阻止了对感染或肿瘤的最佳控制。此外，耗竭T细胞的转录状态不同于功能性效应细胞或记忆T细胞的转录状态。治疗性治疗有可能挽救耗竭的T细胞(Goldberg，M.V.和Drake，C.G.2011；Wherry，E.J.和Kurachi M.，2015)。
>[0006]耗竭的T细胞通常表达协同抑制受体如程序性细胞死亡1(PDCD1或PD
‑
1)。基因产物作为免疫检查点系统的一个组成部分。通过阻断这些受体可逆转T细胞耗竭。
[0007]TIM
‑
3(T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域3)是一种I型跨膜蛋白并且充当T细胞中的免疫检查点。在慢性感染期间，T细胞表达TIM
‑
3以及其他免疫检查点基因，所述免疫检查点基因下调T细胞的免疫反应。TIM
‑
3与癌发生有关。在胃癌、结直肠癌、肝癌和胰腺癌患者中，TIM
‑
3肿瘤表达与肿瘤侵袭、存活率降低和转移相关。在许多免疫细胞类型中都观察到了TIM
‑
3蛋白的表达，包括Th1、Th17、自然杀伤(NK)和自然杀伤T(NKT)细胞以及调控性T细胞(Treg)。TIM
‑
3可在抗原呈递细胞(APC)上表达，在此其与PD
‑
1共同表达。TIM
‑
3已表明可与半乳糖凝集素
‑
9结合，所述半乳糖凝集素
‑
9通过钙
‑
钙蛋白酶
‑
半胱天冬酶
‑
1途径导致CD4+和CD8+细胞凋亡。TIM
‑
3与半乳糖凝集素
‑
9结合使Y265细胞内TIM
‑
3结构域磷酸化。此外，在小鼠的肿瘤浸润T细胞中也观察到表达TIM
‑
3的细胞。TIM
‑
3可直接抑制Th1介导的自身免疫，并且已证明它可通过诱导髓源性抑制细胞(MDSC)的扩增而间接促进免疫抑制，其机制不明。阻断TIM
‑
3可增加淋巴细胞产生IFNγ，但这种作用的分子基础未知。
[0008]本文提供了例如用于制备细胞的方法中的化合物和组合物，所述细胞在TIM3序列(例如基因组基因座)中具有例如使用CRISPR/Cas系统产生的基因修饰(例如插入、缺失、取代)；以及在TIM3序列中具有基因修饰的细胞及其在各种方法中的用途，例如以促进免疫反应，例如在免疫肿瘤学和感染性疾病中。具有可降低TIM3表达的TIM3基因修饰的细胞可包括对其他基因组序列的基因修饰，所述基因组序列包括T细胞受体(TCR)基因座，例如TRAC或TRBC基因座，以减少TCR表达；减少MHC I类分子表达的基因组基因座，例如B2M和HLA
‑
A基
因座；减少MHC II类分子表达的基因组基因座，例如CIITA基因座；以及检查点抑制剂基因座，例如CD244(2B4)基因座、LAG3基因座和PD
‑
1基因座。本公开涉及包括具有TIM3序列和任选地如本文所提供的其他基因组基因座的基因修饰的细胞的细胞群体。所述细胞可用于过继性T细胞转移疗法。本公开涉及具有TIM3序列的基因修饰的细胞用于疗法(例如癌症疗法和免疫疗法)的组合物和用途。本公开涉及并提供可用于细胞基因组编辑的gRNA分子、CRISPR系统、细胞和方法。
[0009]本文提供了一种工程化细胞，所述工程化细胞包含在人类TIM3序列中在chr5：157085832
‑
157109044基因组坐标内的基因修饰。其他实施方案通篇提供并在权利要求书和附图中描述。
[0010]还公开了前述实施方案中任一项的细胞的组合物或制剂用于制备用以治疗受试者的药物的用途。所述受试者可以是人类或动物(例如人类或非人类动物，例如食蟹猴)。优选地所述受试者是人类。
[0011]还公开了用于产生TIM3基因序列基因修饰(例如插入、取代或缺失)的任何前述组合物或制剂。在某些实施方案中，所述序列内的基因修饰导致核酸序列的改变，其阻止全长蛋白质在基因组基因座的基因修饰之前的翻译，例如，通过形成移码或无义突变，使得翻译过早终止。所述基因修饰可包括剪接位点(即剪接受体位点或剪接供体位点)的插入、取代或缺失，因而异常剪接导致移码突变、无义突变或截短mRNA，使得翻译过早终止。基因修饰也可破坏编码蛋白质的翻译或折叠，导致翻译过早终止。
[0012]本文提供了用于在序列内产生基因修饰的组合物，所述基因修饰优选导致所述序列的蛋白质表达，例如蛋白质的细胞表面表达的减少。
[0013]在另一方面，本专利技术提供了一种向受试者提供免疫疗法的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的如本文所述的细胞，例如，前述细胞方面和实施方案中任一者的细胞。
[0014]在所述方法的实施方案中，所述方法包括在施用如本文所述的细胞或细胞群体之前进行淋巴清除。在所述方法的实施方案中，所述方法包括在向受试者施用有效量的如本文所述的细胞，例如，前述细胞方面和实施方案中任一者的细胞之前，施用淋巴清除剂或免疫抑制剂。在另一方面，本专利技术提供了一种制备细胞(例如细胞群体)的方法。
[0015]免疫疗法是通过激活或抑制免疫系统来治疗疾病。旨在激发或扩大免疫反应的免疫疗法被归类为激活免疫疗法。基于细胞的免疫疗法已被证明可有效治疗一些癌症。免疫效应细胞如淋巴细胞、巨噬细胞、树突状细胞、自然杀伤细胞(NK细胞)、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)可经编程以对肿瘤细胞表面上表达的异常抗原做出反应。因此，癌症免疫疗法允许免疫系统的组成部分摧毁肿瘤或其他癌细胞。
[0016]免疫疗法也可用于治疗慢性感染性疾病，例如乙型和丙型肝炎病毒感染本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种工程化细胞，所述工程化细胞包含在人类TIM3序列中在chr5:157085832
‑
157109044的基因组坐标内的基因修饰。2.如权利要求1所述的工程化细胞，其中所述基因修饰选自插入、缺失和取代。3.如权利要求1或2所述的工程化细胞，其中所述基因修饰抑制所述TIM3基因的表达。4.如权利要求1
‑
3中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包括以下内的至少一个核苷酸的修饰：选自以下的基因组坐标：一个核苷酸的修饰：选自以下的基因组坐标：
或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
1至TIM3
‑
4、TIM3
‑
6至TIM3
‑
15、TIM3
‑
18、TIM3
‑
19、TIM3
‑
22、TIM3
‑
29、TIM3
‑
42、TIM3
‑
44、TIM3
‑
58、TIM3
‑
62、TIM3
‑
69、TIM3
‑
82、TIM3
‑
86和TIM3
‑
88：chr5:157106867
‑
157106887、chr5:157106862
‑
157106882、chr5:157106803
‑
157106823、chr5:157106850
‑
157106870、chr5:157106668
‑
157106688、chr5:157104681
‑
157104701、chr5:157104681
‑
157104701、chr5:157104680
‑
157104700、chr5:157106676
‑
157106696、chr5:157087271
‑
157087291、chr5:157095432
‑
157095452、chr5:157095361
‑
157095381、chr5:157095360
‑
157095380、chr5:157108945
‑
157108965、chr5:157106751
‑
157106771、chr5:157095419
‑
157095439、chr5:157104679
‑
157104699、chr5:157095379
‑
157095399、chr5:157095405
‑
157095425、chr5:157095404
‑
157095424、chr5:157087126
‑
157087146、chr5:157106889
‑
157106909、chr5:157087084
‑
157087104、chr5:157106875
‑
157106895、chr5:157087184
‑
157087204和chr5:157104696
‑
157104716；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
1至TIM3
‑
5、TIM3
‑
7、TIM3
‑
8、TIM3
‑
12至TIM3
‑
15、TIM3
‑
23、TIM3
‑
26、TIM3
‑
32、TIM3
‑
56、TIM3
‑
59、TIM3
‑
63、TIM3
‑
66、TIM3
‑
75和TIM3
‑
87：chr5:157106867
‑
157106887、chr5:157106862
‑
157106882、chr5:157106803
‑
157106823、chr5:157106850
‑
157106870、chr5:157106668
‑
157106688、chr5:157104681
‑
157104701、chr5:157104681
‑
157104701、chr5:157095432
‑
157095452、chr5:157095361
‑
157095381、chr5:157095360
‑
157095380、chr5:157108945
‑
157108965、chr5:157106824
‑
157106844、chr5:157087117
‑
157087137、chr5:157106864
‑
157106884、chr5:157106888
‑
157106908、chr5:157087253
‑
157087273、chr5:157106935
‑
157106955、chr5:157106641
‑
157106661、chr5:157104663
‑
157104683和chr5:157106936
‑
157106956；或分别选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
2、TIM3
‑
4、TIM3
‑
15、TIM3
‑
23、TIM3
‑
56、TIM3
‑
59、TIM3
‑
63、TIM3
‑
75和TIM3
‑
87：chr5:157106862
‑
157106882、chr5:157106850
‑
157106870、chr5:157108945
‑
157108965、chr5:157106824
‑
157106844、chr5:157106888
‑
157106908、chr5:157087253
‑
157087273、chr5:157106935
‑
157106955、chr5:157104663
‑
157104683和chr5:157106936
‑
157106956；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
1至TIM3
‑
4：chr5:157106867
‑
157106887、chr5:157106862
‑
157106882、chr5:157106803
‑
157106823和chr5:157106850
‑
157106870；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
2、TIM
‑
4和TIM3
‑
15：chr5:157106862
‑
157106882、chr5:157106850
‑
157106870和chr5:157108945
‑
157108965；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
2、TIM
‑
4、TIM3
‑
15、TIM3
‑
63和TIM3
‑
87：chr5:157106862
‑
157106882、chr5:157106850
‑
157106870、chr5:157108945
‑
157108965、chr5:157106935
‑
157106955和chr5:157106936
‑
157106956y；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
2和TIM3
‑
15：chr5:157106862
‑
157106882和chr5:157108945
‑
157108965；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
63和TIM3
‑
87：chr5:157106935
‑
157106955和chr5:157106936
‑
157106956；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：TIM3
‑
15：chr5:157108945
‑
157108965。
5.如权利要求1
‑
4中任一项所述的工程化细胞，其中所述工程化细胞包含在内源T细胞受体(TCR)序列的基因组坐标内的基因修饰，其中所述基因修饰抑制所述TCR基因的表达，任选地其中所述TCR基因是TRAC或TRBC。6.如权利要求5所述的工程化细胞，所述工程化细胞包含TRBC在选自以下的基因组坐标内的基因修饰：
7.如权利要求4
‑
6中任一项所述的工程化细胞，所述工程化细胞包含TRAC在选自以下的基因组坐标内的基因修饰：
或所述基因修饰在选自chr14:22547524
‑
22547544、chr14:22547529
‑
22547549、chr14:22547525
‑
22547545、chr14:22547536
‑
22547556、chr14:22547501
‑
22547521、chr14:22547556
‑
22547576和chr14:22547502
‑
22547522的基因组坐标内。8.如权利要求1
‑
7中任一项所述的工程化细胞，其中所述细胞包含基因修饰，其中所述基因修饰抑制一种或多种MHC I类蛋白质的表达。9.如权利要求8所述的工程化细胞，其中所述抑制一种或多种MHC I类蛋白质表达的基因修饰是B2M序列中的基因修饰，其中所述基因修饰在选自以下的基因组坐标内：
10.如权利要求8所述的工程化细胞，其中所述抑制一种或多种MHC I类蛋白质表达的基因修饰是HLA
‑
A序列中的基因修饰，并且任选地其中所述基因修饰在选自以下的基因组坐标内：chr6:29942854至chr6:29942913和chr6:29943518至chr6:29943619，任选地选自以下的基因组坐标：chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；chr6:29942883
‑
29942903；chr6:29943126
‑
29943146；chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；chr6:29943589
‑
29943609；和chr6:29944026
‑
29944046。11.如权利要求1
‑
10中任一项所述的工程化细胞，其中所述细胞包含基因修饰，其中所述基因修饰抑制一种或多种MHC II类蛋白质的表达。12.如权利要求11所述的工程化细胞，其中所述抑制一种或多种MHC II类蛋白质表达的基因修饰是CIITA序列中的基因修饰，其中所述基因修饰在选自以下的基因组坐标内：
chr:16:10902171
‑
10923242，任选地，chr16:10902662
‑
10923285、chr16:10906542
‑
10923285或chr16:10906542
‑
10908121，任选地chr16:10908132
‑
10908152、chr16:10908131
‑
10908151、chr16:10916456
‑
10916476、chr16:10918504
‑
10918524、chr16:10909022
‑
10909042、chr16:10918512
‑
10918532、ch r16:10918511
‑
10918531、chr16:10895742
‑
10895762、chr16:10916362
‑
10916382、chr16:10916455
‑
10916475、chr16:10909172
‑
10909192、ch r16:10906492
‑
10906512、chr16:10909006
‑
10909026、chr16:10922478
‑
10922498、chr16:10895747
‑
10895767、chr16:10916348
‑
10916368、ch r16:10910186
‑
10910206、chr16:10906481
‑
10906501、chr16:10909007
‑
10909027、chr16:10895410
‑
10895430和chr16:10908130
‑
10908150；任选地chr16:10918504
‑
10918524、chr16:10923218
‑
10923238、chr16:10923219
‑
10923239、chr16:10923221
‑
10923241、chr16:10906486
‑
10906506、chr16:10906485
‑
10906505、chr16:10903873
‑
10903893、chr16:10909172
‑
10909192、chr16:10918423
‑
10918443、chr16:10916362
‑
10916382、chr16:10916450
‑
10916470、chr16:10922153
‑
10922173、chr16:10923222
‑
10923242、chr16:10910176
‑
10910196、chr16:10895742
‑
10895762、chr16:10916449
‑
10916469、chr16:10923214
‑
10923234、chr16:10906492
‑
10906512和chr16:10906487
‑
1090650；或任选地chr16:10916432
‑
10916452、chr16:10922444
‑
10922464、chr16:10907924
‑
10907944、chr16:10906985
‑
10907005、chr16:10908073
‑
10908093、chr16:10907433
‑
10907453、chr16:10907979
‑
10907999、chr16:10907139
‑
10907159、chr16:10922435
‑
10922455、chr16:10907384
‑
10907404、chr16:10907434
‑
10907454、chr16:10907119
‑
10907139、chr16:10907539
‑
10907559、chr16:10907810
‑
10907830、chr16:10907315
‑
10907335、chr16:10916426
‑
10916446、chr16:10909138
‑
10909158、chr16:10908101
‑
10908121、chr16:10907790
‑
10907810、chr16:10907787
‑
10907807、chr16:10907454
‑
10907474、chr16:10895702
‑
10895722、chr16:10902729
‑
10902749、chr16:10918492
‑
10918512、chr16:10907932
‑
10907952、chr16:10907623
‑
10907643、chr16:10907461
‑
10907481、chr16:10902723
‑
10902743、chr16:10907622
‑
10907642、chr16:10922441
‑
10922461、chr16:10902662
‑
10902682、chr16:10915626
‑
10915646、chr16:10915592
‑
10915612、chr16:10907385
‑
10907405、chr16:10907030
‑
10907050、chr16:10907935
‑
10907955、chr16:10906853
‑
10906873、chr16:10906757
‑
10906777、chr16:10907730
‑
10907750和chr16:10895302
‑
10895322。13.如权利要求1
‑
12中任一项所述的工程化细胞，其中所述细胞的TIM3蛋白的细胞表面表达减少，或者其中所述细胞的TIM3蛋白的细胞表面表达减少并且TRAC蛋白或TRBC蛋白的细胞表面表达减少。14.如权利要求1
‑
13中任一项所述的工程化细胞，所述工程化细胞包含在人类2B4/CD244序列中在chr1:160830160
‑
160862887的基因组坐标内的基因修饰。15.如权利要求14所述的工程化细胞，其中所述2B4/CD244中的基因修饰在选自以下的基因组坐标内：
或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：2B4
‑
1至2B4
‑
5：chr1:160841611
‑
160841631、chr1:160841865
‑
160841885、chr1:160862624
‑
160862644、chr1:160862671
‑
160862691和chr1:160841622
‑
160841642；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：2B4
‑
1和2B4
‑
2：chr1:160841611
‑
160841631和chr1:160841865
‑
160841885；或选自由以下靶向的那些的基因组坐标：2B4
‑
3、2B4
‑
4、2B4
‑
10和2B4
‑
17：chr1:160862624
‑
160862644、chr1:160862671
‑
160862691、chr1:160841806
‑
160841826和chr1:160841679
‑
160841699。16.如权利要求1
‑
15中任一项所述的工程化细胞，所述工程化细胞包含在人类LAG3序列中在chr12:6772483
‑
6778455的基因组坐标内的基因修饰。17.如权利要求16所述的工程化细胞，其中所述LAG3中的基因修饰在选自以下的基因组坐标内：
LAG 3 NO基因组坐标(hg38)LAG3
‑
1ch...

【专利技术属性】
技术研发人员：D，
申请(专利权)人：因特利亚治疗公司，
类型：发明
国别省市：