基因组合的应用及探针组制造技术

本发明专利技术涉及基因检测领域，特别涉及基因组合的应用及探针组。本发明专利技术提供了RP表征相关的基因组合在制备视网膜色素变性检测panel中的应用及其探针组和试剂盒。本发明专利技术提供的panel可实现一次性对RP表征相关的各种基因进行检测，针对性强，测序深度高，成本低。通过对RP患者和对照组人群的基因筛查，发现致病突变阳性率远远高于现有筛查水平，证实该panel对RP的诊断特异性强、灵敏度高，解决了现有技术中存在的基因涉及不全面、易漏诊的技术问题，且成本较低，通量高、速度快，成本低，解决了WES耗时费力，高成本的问题。高成本的问题。

【技术实现步骤摘要】
基因组合的应用及探针组


[0001]本专利技术涉及基因检测领域，特别涉及基因组合的应用及探针组。

技术介绍

[0002]视网膜色素变性(retinitis pigmentosa，RP)是一种严重的遗传性、致盲性眼底疾病，以光感受器细胞和视网膜色素上皮细胞逐渐退化为主要病理表现，其发病机制复杂，目前尚缺少有效治疗方法，患者多是通过综合防控的方式提高生活质量。
[0003]RP临床表型具有异质性，RP常见有夜视或夜盲，进行性视野缺损，逐渐丧失周围视力，视力下降，最终致盲，典型眼底改变有视网膜血管变细，视网膜骨细胞状色素沉着和眼底检查可见视盘蜡黄等。对于这些RP典型诊断较为明确，依据其特异性临床表现联合各类眼科检查即可。但部分患者早期眼底表现不典型，与其他眼病症状重叠，诊断时易混淆；另有部分患者以综合征形式存在，合并听觉障碍、肥胖以及神经系统病变等症状，这些非典型的视网膜色素变性症状也增加了诊断的难度。对于这类RP，往往需要结合分子诊断。RP的遗传方式呈多样化，多数为常染色体显性、常染色体隐性及X性连锁隐形遗传，少数表现为双基因遗传和线粒体遗传，偶见散发病理。不同遗传方式的RP临床表现存在很大差异，对于已诊断为RP的患者，通过分子诊断鉴定出其突变基因和位点，有助于更好的实现患者指导和更优质的疾病管理，综上原因，RP的分子诊断具有重要意义。
[0004]RP的发生和进展以及临床表现，与其致病基因密切相关，早期技术多采用直接测序或PCR方法验证某些位点是否存在突变，检测位点数量少，通量低，成本高，且由于RP表型与基因型并非一一对应，检出率较低。近年来，基于二代测序(Next
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generation sequencing，NGS)的基因检测逐渐发展，在遗传性疾病的诊断中具有高度的准确性、敏感性，对于RP突变基因和位点的挖掘可利用NGS技术中的外显子测序检测(Whole exome sequencing，WES)。WES可将全基因组外显子区域DNA捕获富集，并进行高通量测序分析。Shen等对28个中国RP家系患者进行了WES分析，发现了25个疑似致病突变和7个新突变位点；Xiao等对3个常染色体隐性遗传RP家族和139例散发性中国RP患者进行WES，发现了8种新的EYS基因变异位点；Zhu等对1个中国家系的WES研究发现了一个与RP非典型和轻度表现相关的CRX基因突变，这些突变丰富了RP的遗传研究。国外研究者Dawood、Bouzidi、Ma、M
é
ndez
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Vidal等分别对巴基斯坦家、摩洛哥、韩国、西班牙等不同国家的RP患者进行了WES检测，结果均检出了不同类型的突变，WES在RP的诊断中取得了很大成就。虽然利用WES检测，可有效检测出突变基因，但由于该方法所需通量大，且需涉及整个外显子区域，其平均测序深度在50X
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150X左右，易造成数据分布不均匀；检测范围大，数据产出量大，分析耗时长，结果解读更为复杂，报告周期长；且成本也相对较高。
[0005]Panel检测是针对感兴趣的基因组区域设计特异性探针，实现目标基因的靶向捕获，再进行测序。与WES相比，检测范围较小，目标更明确，探针覆盖度保证在99.9％以上；数据产出量少，测序深度更高，至少150X，根据实际需要可实现高达1000X，甚至1000X以上，对于超低频率突变的检测有更好的灵敏度，保证变异位点更准确的识别；减轻了数据分析的
负担，报告生成进度加快；降低成本，在文库构建和靶向捕获方面成本与WES相同，但由于数据产出量少，panle的测序成本仅为WES的1/10。因此，提供一种用于筛查视网膜色素变性突变基因的panel具有重要的现实意义。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本专利技术提供的基因组合的应用及探针组，成本较低，通量高、速度快，成本低，解决了WES耗时费力，高成本的问题。
[0007]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0008]本专利技术提供了基因组合在制备视网膜色素变性检测芯片中的应用；
[0009]所述基因组合包括基因组合1、基因组合2或基因组合3；
[0010]所述基因组合1包括ABCA4、BBS2、BEST1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、EYS、FAM161A、GUCA1B、HGSNAT、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG2、KIAA1549、MERTK、NR2E3、OFD1、PDE6A、PDE6B、POMGNT1、PROM1、PRPF8、PRPH2、RBP3、RDH12、RHO、RLBP1、RP1、RP1L1、RP2、RPE65、RPGR、SEMA4A、TOPORS、TRNT1或USH2A中的两者或以上；
[0011]所述基因组合2包括ABCA4、ADIPOR1、AGBL5、ARL2BP、ARL3、ARL6、BBS1、BBS2、BEST1、C8orf37、CA4、CERKL、CLRN1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、DHDDS、DHX38、EMC1、EYS、FAM161A、FSCN2、GUCA1B、HGSNAT、HK1、IDH3B、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG1、IMPG2、KIAA1549、KIZ、KLHL7、LRAT、MAK、MERTK、MVK、NEK2、NEUROD1、NR2E3、NRL、OFD1、PDE6A、PDE6B、PDE6G、POMGNT1、PRCD、PROM1、PRPF3、PRPF31、PRPF4、PRPF6、PRPF8、PRPH2、RBP3、RDH12、RGR、RHO、RLBP1、ROM1、RP1、RP1L1、RP2、RP9、RPE65、RPGR、SAG、SEMA4A、SLC7A14、SNRNP200、SPATA7、SPP2、TOPORS、TRNT1、TTC8、TULP1、USH2A、ZNF408或ZNF513中的两者或以上；
[0012]所述基因组合3包括ABCA4、ABHD12、ADGRA3、ADGRV1、ADIPOR1、AGBL5、AIPL1、ARL2BP、ARL3、ARL6、BBIP1、BBS1、BBS10、BBS12、BBS2、BBS4、BBS9、BEST1、C8orf37、CA4、CACNA1F、CDH23、CDH3、CDHR1、CERKL、CIB2、CLRN1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、DHDDS、DHX38、EMC1、EXOSC2、EYS、FAM161A、FSCN2、GUCA1B、HGSNAT、HK1、IDH3B、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG1、IMPG2、INPP5E、KIAA1549、KIZ、KLHL7、LARGE1、LRAT、MAK、MERTK、MFRP、MFSD8、MT
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ATP6、MVK、MYO7A、NDP、NEK2、NEUROD1、NPHP4、NR2E3、NRL、OFD1、PANK2、PDE6A、PDE6本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基因组合在制备视网膜色素变性检测芯片中的应用；所述基因组合包括基因组合1、基因组合2或基因组合3；所述基因组合1包括ABCA4、BBS2、BEST1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、EYS、FAM161A、GUCA1B、HGSNAT、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG2、KIAA1549、MERTK、NR2E3、OFD1、PDE6A、PDE6B、POMGNT1、PROM1、PRPF8、PRPH2、RBP3、RDH12、RHO、RLBP1、RP1、RP1L1、RP2、RPE65、RPGR、SEMA4A、TOPORS、TRNT1或USH2A中的两者或以上；所述基因组合2包括ABCA4、ADIPOR1、AGBL5、ARL2BP、ARL3、ARL6、BBS1、BBS2、BEST1、C8orf37、CA4、CERKL、CLRN1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、DHDDS、DHX38、EMC1、EYS、FAM161A、FSCN2、GUCA1B、HGSNAT、HK1、IDH3B、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG1、IMPG2、KIAA1549、KIZ、KLHL7、LRAT、MAK、MERTK、MVK、NEK2、NEUROD1、NR2E3、NRL、OFD1、PDE6A、PDE6B、PDE6G、POMGNT1、PRCD、PROM1、PRPF3、PRPF31、PRPF4、PRPF6、PRPF8、PRPH2、RBP3、RDH12、RGR、RHO、RLBP1、ROM1、RP1、RP1L1、RP2、RP9、RPE65、RPGR、SAG、SEMA4A、SLC7A14、SNRNP200、SPATA7、SPP2、TOPORS、TRNT1、TTC8、TULP1、USH2A、ZNF408或ZNF513中的两者或以上；所述基因组合3包括ABCA4、ABHD12、ADGRA3、ADGRV1、ADIPOR1、AGBL5、AIPL1、ARL2BP、ARL3、ARL6、BBIP1、BBS1、BBS10、BBS12、BBS2、BBS4、BBS9、BEST1、C8orf37、CA4、CACNA1F、CDH23、CDH3、CDHR1、CERKL、CIB2、CLRN1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、DHDDS、DHX38、EMC1、EXOSC2、EYS、FAM161A、FSCN2、GUCA1B、HGSNAT、HK1、IDH3B、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG1、IMPG2、INPP5E、KIAA1549、KIZ、KLHL7、LARGE1、LRAT、MAK、MERTK、MFRP、MFSD8、MT
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ATP6、MVK、MYO7A、NDP、NEK2、NEUROD1、NPHP4、NR2E3、NRL、OFD1、PANK2、PDE6A、PDE6B、PDE6G、PITPNM3、PNPLA6、POMGNT1、PRCD、PROM1、PRPF3、PRPF31、PRPF4、PRPF6、PRPF8、PRPH2、RBP3、RDH12、RGR、RHO、RLBP1、ROM1、RP1、RP1L1、RP2、RP9、RPE65、RPGR、RRM2B、SAG、SEMA4A、SLC7A14、SNRNP200、SPATA7、SPP2、TOPORS、TRNT1、TTC8、TUB、TULP1、USH1C、USH1G、USH2A、VSX2、WHRN、ZNF408或ZNF513中的两者或以上；视网膜色素变性检测芯片芯片包括视网膜色素变性检测panel。2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，包括：所述基因组合1为ABCA4、BBS2、BEST1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、EYS、FAM161A、GUCA1B、HGSNAT、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG2、KIAA1549、MERTK、NR2E3、OFD1、PDE6A、PDE6B、POMGNT1、PROM1、PRPF8、PRPH2、RBP3、RDH12、RHO、RLBP1、RP1、RP1L1、RP2、RPE65、RPGR、SEMA4A、TOPORS、TRNT1和USH2A；所述基因组合2为ABCA4、ADIPOR1、AGBL5、ARL2BP、ARL3、ARL6、BBS1、BBS2、BEST1、C8orf37、CA4、CERKL、CLRN1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、DHDDS、DHX38、EMC1、EYS、FAM161A、FSCN2、GUCA1B、HGSNAT、HK1、IDH3B、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG1、IMPG2、KIAA1549、KIZ、KLHL7、LRAT、MAK、MERTK、MVK、NEK2、NEUROD1、NR2E3、NRL、OFD1、PDE6A、PDE6B、PDE6G、POMGNT1、PRCD、PROM1、PRPF3、PRPF31、PRPF4、PRPF6、PRPF8、PRPH2、RBP3、RDH12、RGR、RHO、RLBP1、ROM1、RP1、RP1L1、RP2、RP9、RPE65、RPGR、SAG、SEMA4A、SLC7A14、SNRNP200、SPATA7、SPP2、TOPORS、TRNT1、TTC8、TULP1、USH2A、ZNF408和ZNF513；所述基因组合3为ABCA4、ABHD12、ADGRA3、ADGRV1、ADIPOR1、AGBL5、AIPL1、ARL2BP、ARL3、ARL6、BBIP1、BBS1、BBS10、BBS12、BBS2、BBS4、BBS9、BEST1、C8orf37、CA4、CACNA1F、
CDH23、CDH3、CDHR1、CERKL、CIB2、CLRN1、CNGA1、CNGB1、CRB1、CRX、CYP4V2、DHDDS、DHX38、EMC1、EXOSC2、EYS、FAM161A、FSCN2、GUCA1B、HGSNAT、HK1、IDH3B、IFT140、IFT172、IMPDH1、IMPG1、IMPG2、INPP5E、KIAA1549、KIZ、KLHL7、LARGE1、LRAT、MAK、MERTK、MFRP、MFSD8、MT
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【专利技术属性】
技术研发人员：何伟，王卓实，李建康，吴迪，王晓宇，薛金会，王悦，于卉卉，刘晔，阴正勤，
申请(专利权)人：沈阳眼产业技术研究院有限公司，
类型：发明
国别省市：