用于对禽类肠道炎症状态进行分类的方法技术

本发明专利技术提供了用于对待测试的禽类对象或禽类对象群体的肠道炎症状态进行分类的方法，所述方法包括：将从来源于待测试的个体禽类对象或禽类对象群体的肠道样品材料中分离的基因组DNA中的预先选定的LMR组内的平均甲基化水平与涉及一个或多个具有阴性肠道炎症状态的参考样品的基因组DNA中的相同LMR组的平均甲基化度进行比较。甲基化度进行比较。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于对禽类肠道炎症状态进行分类的方法


[0001]本专利技术分别涉及用于对肠道炎症状态进行分类的基于表观遗传学的方法和用于开发用于对禽类肠道样品的肠道炎症状态进行分类的测试系统的方法。

技术介绍

[0002]肠道健康对家畜动物的安康和表现至关重要，特别是对诸如家禽/鸡的禽类而言。影响胃肠道(GIT)结构完整性的肠道疾病和炎症过程由于体重增加减少、饲料转化效率低下、死亡率增加和药物成本增加而导致高经济损失。
[0003]完整的肠道屏障提供了许多生理和功能特征，包括营养消化和吸收、宿主代谢和能量生成、稳定的微生物组、粘液层发育、屏障功能和粘膜免疫反应。作为身体最大的器官，肠道充当了将营养和液体吸收到体内同时排除不期望的分子和病原体的选择性屏障。因此，适当的肠道功能对于保持全身最佳健康和平衡至关重要，并且代表了抵御环境中外来抗原的关键防线。
[0004]最近，对鸡肠道通透性的研究越来越感兴趣，从而产生了不同的策略来测量肠道炎症和伴随的肠道屏障衰竭。然而，所提出的策略都未代表肉鸡产业的好标志物，因为它们要么不适用于田间条件，要么对肠道炎症非特异性。
[0005]因此，能够准确地检测禽类的肠道炎症和伴随的肠道完整性紊乱的一种标志物或一组标志物将是非常期望的。
[0006]“表观遗传变化”，即DNA甲基化模式的变化是自然发生的，但也可能受到包括年龄、环境/生活方式和疾病状态的几个因素的影响。DNA甲基化是一种表型的可遗传变化，它在不改变基因型的情况下调节基因表达，并因此不涉及潜在DNA序列的变化，而是通过CpG二核苷酸(5'
‑
C
‑
磷酸盐
‑
G
‑
3')(即DNA的区域，其中胞嘧啶核苷酸在沿其5'
→
3'方向的线性碱基序列中后跟鸟嘌呤核苷酸)的甲基化对DNA进行化学修饰而起作用。取决于年龄和/或环境，许多生物体产生组织特异性甲基化模式，这些模式由CpG岛和峡谷(低/无甲基化，通常与启动子区有关)和低甲基化区(LMR)介导。LMR代表动态甲基化组的关键特征并且通常与转录因子结合的区域或位点一致，这些区域或位点可能被环境因子占据或不响应环境因子。改变表观遗传模式的环境影响是例如饮食、疾病、微生物组、温度、压力。因此，这些甲基化模式显示了身体/组织与其环境的相互作用，因此是在分子水平上评估对象与对照组的年龄或健康状况的合适读数。
[0007]鉴于上述，本专利技术的目的是提供能够准确且可靠地检测禽类对象或对象群体中的肠道炎症的表观遗传标志物。

技术实现思路

[0008]上述目的已通过根据本专利技术的方法解决。更具体地，本专利技术涉及一种用于对待测试的禽类对象或禽类对象群体的肠道炎症状态进行分类的方法，所述方法包括：将从来源于待测试的个体禽类对象或禽类对象群体的肠道样品材料中分离的基因组DNA中的预先选
定的LMR组内的平均甲基化水平与涉及一个或多个具有阴性肠道炎症状态的参考样品的基因组DNA中的相同LMR组的平均甲基化度进行比较。
[0009]在本专利技术的另一个方面中，提供了一种用于对待测试的禽类对象或禽类对象群体，禽类测试对象的肠道炎症状态进行分类的方法，所述方法包括：
[0010]a.测定在来自来源于所述禽类测试对象的肠道测试样品的分离的基因组DNA中的预先选定的低甲基化区域(LMR)组的测试平均甲基化水平；
[0011]b.将在步骤(a)中获得的所述测试平均甲基化水平与从至少一个具有阴性肠道炎症状态的禽类肠道样品中分离的基因组DNA中的相同LMR组的参考平均甲基化水平进行比较，
[0012]其中当所述测试平均甲基化水平基本上类似于所述参考平均甲基化水平时，则所述测试对象具有阴性肠道炎症状态，并且当所述测试平均甲基化水平不同于所述参考平均甲基化水平时，则所述测试对象具有阳性肠道炎症状态。
[0013]在本公开的上下文中，术语“显著类似”是通过统计手段(即生物信息学)或通过经验观察而观察到的相似性。
[0014]在本专利技术的另一个方面，提供了一种用于开发用于对禽类肠道样品的肠道炎症状态进行分类的测试系统(“分类器”)的方法。特别地，该方法包括以下步骤：
[0015]a.检测从具有已知肠道炎症状态的禽类对象或禽类对象群体获得的肠道样品中的基因组DNA中的低甲基化区域(LMR)，
[0016]b.从步骤(a)的LMR中选择适合于每种已知肠道炎症状态的LMR组，使得所选LMR组的分类可靠性针对所述已知肠道炎症状态的分配而优化，
[0017]c.对于每种已知的肠道炎症状态，测量所选择的LMR组的平均甲基化水平，以及
[0018]d.为各自已知的肠道炎症状态创建所述所选择的LMR组的不同参考平均甲基化水平的文库，
[0019]其中从肠道测试样品获得的平均甲基化水平与所述所选择的LMR组的所述参考平均甲基化水平的比较允许对所述肠道测试样品的肠道炎症状态进行分类。
具体实施方式
[0020]在下文中，将描述本专利技术的要素。如本文中使用的术语“本专利技术的”、“根据本专利技术的”、“根据本专利技术”等旨在指本文中描述和/或要求保护的本专利技术的所有方面和实施方案。如本文所用，术语“包含”应被解释为包括“包含”和“由......组成”两者，这两个含义都有专门意图，并因此是根据本专利技术的单独公开的实施方案。
[0021]除非上下文另有规定，否则上述特征的描述和定义不限于本专利技术的任何特定方面或实施方案，并且同样适用于所描述的所有方面和实施方案。
[0022]术语“甲基化水平”是指范围可以从0(＝未甲基化)到1(＝完全甲基化)的特定甲基化位点的水平。因此，基于一个或多个甲基化位点的甲基化水平，可以确定甲基化谱。因此，术语“甲基化谱”或“甲基化模式”是指生物样品中任何特定残基段处的甲基化C或未甲基化C的相对或绝对浓度。例如，如果DNA序列内未典型甲基化的胞嘧啶(C)残基在样品中甲基化程度更高，则其可称为“高甲基化”；而如果DNA序列内典型甲基化的胞嘧啶(C)残基甲基化程度较低，则其可称为“低甲基化”。同样，如果DNA序列(例如，样品核酸)内的胞嘧啶
(C)残基在与来自不同区域或不同个体的另一个序列相比(例如，相对于正常核酸)时甲基化程度更高，则该序列与另一序列相比被认为是高甲基化的。或者，如果DNA序列内的胞嘧啶(C)残基在与来自不同区域或不同个体的另一个序列相比时甲基化程度更低，则该序列与另一序列相比被认为是低甲基化的。这些序列被认为是“差异甲基化的”。例如，当炎症组织与非炎症组织之间的甲基化状态不同时，这些序列被认为是“差异甲基化的”。差异甲基化水平的测量可以通过本领域技术人员已知的多种方式进行。作为非限制性实例，一种方法是测量通过亚硫酸氢盐测序方法确定的单个询问的CpG位点的甲基化水平。
[0023]如本文所用，“甲基化核苷酸”或“甲基化核苷酸碱基”是指核苷酸碱基上存在甲基部分，其中甲基部分不存在于公认的典型核苷酸碱基中。例如，胞嘧啶在其本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】15chr21537097953711567.根据权利要求1至3中任一项的方法，其中所述预先选定的LMR组是选自以下LMR16至LMR30的LMR列表的至少五种LMR：LMR30的LMR列表的至少五种LMR：8.根据前述权利要求中任一项的方法，其中使用亚硫酸氢盐测序来测定所述预先选定的LMR组的平均甲基化水平。9.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述待测试的禽类对象或禽类对象群体是鸡或鸡群体。10.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述肠道样品和肠道测试样品是肠道组织，所述肠道组织优选为回肠或空肠。11.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述肠道测试样品是来源于待测试的禽类对象群体的合并样品。12.一种用于开发用于对禽类肠道样品的肠道炎症状态进行分类的测试系统的方法，所述方法包括：a.检测从具有已知肠道炎症状态的禽类对象或禽类对象群体获得的肠道样品中的基因组DNA中的低甲基化区域(LMR)，b.从步骤(a)的LMR中选择适合于每种已知肠道炎症状态的LMR组，使得所选择的LMR组的分类可靠性针对所述已知肠道炎症状态的分配而优化，c.对于每种已知的肠道炎症状态，测量所选择的LMR组的平均甲基化水平，和d.为各已知的肠道炎症状态创建所选择的LMR组的不同参考平均甲基化水平的文库，其中所选择的LMR组的从肠道测试样品获得的平均甲基化水平与参考平均甲基化水平的比较允许对所述肠道测试样品的肠道炎症状态进行分类。13.根据权利要求12的方法，其中所述基因组DNA中的所述LMR：
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具有10％至50％范围内的平均甲基化...

【专利技术属性】
技术研发人员：F，
申请(专利权)人：赢创运营有限公司，
类型：发明
国别省市：