一种与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记、引物和应用制造技术

本发明专利技术涉及猪选择育种技术领域，尤其涉及一种NOBOX基因与间性猪相关的SNP分子标记、引物和应用。该SNP分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1，所述SNP分子标记的核苷酸序列中第231个碱基S处为多态位点；在该多态位点处，基因型为CC和CG的个体性别发育异常，基因型为GG的个体性别发育正常。本发明专利技术的引物包括F1和下游引物R1。本发明专利技术的SNP分子标记与猪间性病性状密切相关，能够有效用于种猪选育，预防猪性别发育异常，达到猪的优生优育，也为人类性别发育异常提供参考。发育异常提供参考。发育异常提供参考。

【技术实现步骤摘要】
一种与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记、引物和应用


[0001]本专利技术涉及猪选择育种
，尤其涉及一种与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记、引物和应用。

技术介绍

[0002]性别发育异常(Disorders ofsex development,DSD)是指生物体在性别发育过程中，性别决定或性别分化环节出现异常，导致染色体核型、性腺表型和外生殖器三者表现不一致的疾病。猪是哺乳动物，其性别决定的方式与人类一样，都属于染色体的雄异配型，即正常的母猪的染色体核型为38，XX，公猪的染色体核型为38，XY。一般认为，Y染色体上的性别决定基因(Sex Determining Region Y，SRY)能让生物体的性腺往雄性的方向发育和生长。38,XX
‑
DSD(Y
‑
)是指染色体核型(38，XX)的猪在没有Y染色体的情况下，生殖器官同时拥有雄性和雌性的特征。由于拥有雌雄双性的生殖器官，因此该病也称为猪间性病，其会导致猪的生殖能力受损、泌尿生殖系统感染，生长性能降低，进而使猪养殖经济效益严重下降。据文献报道，38,XX
‑
DSD猪在不同群体中的发生频率在0.08～0.75％之间，在一些独立近交群体中发生频率可达20％，但由于38,XX
‑
DSD猪会存在双隐睾的情况，较难在外观上一眼鉴别，其真实的发生频率可能被低估。
[0003]猪的遗传缺陷致病基因的检测具有重要的生物学意义及经济价值。猪与人类有许多的相似之处，模拟人类生殖的猪生物医学模型极大地促进了人们对疾病的基础科学的理解。猪DSD的研究可以为人类DSD提供参考。2022年末，我国生猪存栏45256万头，其中能繁殖母猪存栏4390万头。假设母猪年生产力(productivityper sowperyear,PSY)是20头和猪DSD发病率为0.08％来算，我国一年约有70.24万头仔猪患有DSD。如果按一头断奶仔猪500元的售卖价格来算，每年全国养猪企业会因此病损失3.512亿元。无论是从提高经济效益还是从育种策略的制定角度，都离不开精准地剔除遗传缺陷病的致病基因。
[0004]38,XX
‑
DSD猪是常染色体多基因遗传性疾病，遗传力高达0.72
‑
0.81。多数学者认为，该病为常染色体隐性遗传，当父母中至少有一方是携带者时，该后代极有可能也携带致病基因；由于杂合子不表现出症状,致病基因可以通过世代遗传而扩散。当父母都是携带者时，其后代有可能会纯合致病基因，导致发生猪DSD。特别是种公猪是携带者时，其危害程度更大，因为人工授精技术已是我国规模商业猪场的主要配种技术，生产上一头公猪的猪精液能按1：80
‑
200配很多头母猪。在我国大规模引进国外的瘦肉型种猪进行选育时，及时检测出携带致病基因的个体非常重要。因此，开发和应用具有38，XX
‑
DSD特异性的SNP分子标记来辅助检测致病基因携带者的工作迫在眉睫。
[0005]为了优化人类的生殖健康，近年来开展了产前诊断，并逐步开发了能够检测性别发育异常的SNP位点专利，并将其应用于实践。然而目前DSD的这些SNPs分子标记仅仅在人类和山羊中应用，在患有DSD的猪、犬、马、牛等动物中还没有得到应用；因此，研发38，XX
‑
DSD猪的SNP分子标记及应用，能填补在这一领域的国际和国内辅助检测工具的空缺。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提出一种与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记、引物和应用，该SNP分子标记与猪间性病性状密切相关，能够用于种猪的遗传诊断和基于分子标记的育种选择，预防猪间性病的传播。
[0007]为达此目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0008]一种与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记，该SNP分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1，所述SNP分子标记的核苷酸序列中第231个碱基S处为等位基因突变，导致具有多态性，该碱基突变导致丙氨酸(Ala)变为甘氨酸(Gly)；基因型为CC和CG的个体性别发育异常，基因型为GG的个体性别发育正常。根据本专利技术的实施例，SEQ ID NO:1的核苷酸序列如下：CATCATGCCACCACCCGCCTGCTCTTACTCAGAAGACCTGGAACCCCAGGATTATCAACCCAGCAACCAGCCAGGGCCATTCCCCTTCCCCCATGCTCCACAGACCCAGCTTTTCCAACCTCCCCAGCCCCAGTTTCCATACCTGCAACCTTTCCCCTTCCACATGCCCAGCTCATTGATGCCTCTGCTACCGGAGGACCCTCTCTTTGCATTGTCCTTTGGCAGCAATGS(C>G)GAACACAGCCCGGAGCTATTTCCCAGGCCCTCCGCAGGGGCAGTTCCTGCTGCAGCCACCTGCTGGCAACATGG。
[0009]根据本专利技术的是实施例，在SNP分子标记处的基因型为CC和CG的个体的性别发育异常，即基因型为CC和CG的个体的性别发育异常且该异常表现符合猪间性病的特征；在SNP分子标记处的基因型为GG的个体性别发育正常，因此，该SNP分子标记与38,XX
‑
DSD猪的发生密切关联。
[0010]具体的，所述SNP分子标记位于猪9号染色体的NOBOX基因第5个外显子上。通过检测猪DNA在上述SNP分子标记处的基因型，能够有效检测其是否具有猪间性病特征。具体的，当在SNP分子标记处的基因型为CC和CG的种猪，会携带猪性别发育异常的致病基因，该致病基因会遗传给其部分子代或者全部子代，子代发生性别发育异常的风险增大。本专利技术与猪性别发育异常相关的SNP分子标记，在应用于种猪选育时，剔除该SNP分子标记基因型为CC和CG的种猪，选用基因型为GG的种猪进行繁殖保种工作。因此，本专利技术提供的与猪性别发育异常相关的SNP分子标记用于种猪选育，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。优选的基因型为GG的猪，可应用于种猪的选育。
[0011]本专利技术还提供一种与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记的引物，该引物用于扩增上述的与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记，该引物包括上游引物和下游引物：
[0012]上游引物F1：5
’‑
TGCTCCACAGACCCAGCTT
‑3’
，
[0013]下游引物R1：5
’‑
GACAATGGAACGCAAGGAACG
‑3’
。
[0014]该与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记的引物用于种猪选育。
[0015]根据本专利技术的实施例，利用上述引物对待测种猪的DNA进行PCR扩增，扩增出目的SNP分子标记片段，通过凝胶电泳检验是否成功扩增。若成功则送去进行S本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记，其特征在于，该SNP分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1，所述SNP分子标记的核苷酸序列中第231个碱基S处为多态位点；在该多态位点处，基因型为CC和CG的个体的性别发育异常，基因型为GG的个体性别发育正常；所述SNP分子标记位于猪9号染色体的NOBOX基因第5个外显子上。2.权利要求1所述的与NOBOX基因猪性别发育异常相关的SNP分子标记用于种猪选育。3.一种NOBOX基因与间性猪相关的SNP分子...

【专利技术属性】
技术研发人员：李华，钟秉洲，赵海全，冯政，吴金华，于聪颖，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：