【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于中和靶标的信号增强型检测的方法、组合物、试剂盒和系统
相关申请的交叉引用
[0001]根据35U.S.C.
§
119(e),本申请要求2020年10月6日提交的美国临时申请No.63/087,960和2021年4月9日提交的美国临时申请No.63/173,039以及2021年10月5日提交的美国临时申请No.63/252,545的权益,通过引用的方式将它们各自的内容以其整体并入本文。
[0002]本公开涉及用于检测靶标(如中和抗体)的方法、组合物、试剂盒和系统。
技术介绍
[0003]中和抗体代表了抗体治疗剂的一个重要类别,旨在通过形成抗原
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抗体复合物来改变靶标组分的生物活性。在免疫原性测试中,中和抗体或抗药物抗体(ADA)的存在往往会引起相应药物的异常PK行为或功效损失。另一方面,能够中和有害物质(即病毒和细胞因子)的抗体可具有巨大的治疗潜力。中和抗体也是疫苗评价方面对病毒的抗性和免疫力的重要指标。中和抗体对许多病毒(如登革热、黄热病和日本脑炎)的保护水平已被建立。目前现有的方法(包括基于功能细胞的测定和竞争性配体结合测定)在敏感性上都具有有限的性能。因此,本领域仍然需要用于检测靶标(如中和抗体)的方法和组合物。
技术实现思路
[0004]本文提供了用于检测靶标(例如来自样品(如生物样品)的中和抗体)的方法、组合物和试剂盒。在一个方面,本文提供了敏感地检测(针对病毒、细胞因子、白细胞介素或其它蛋白质)中和抗体的通用方法。该方法包括用专门设计的 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种检测样品中的靶标的方法,所述方法包括:a.使所述样品与第一报告探针和封闭探针接触,其中:i.所述第一报告探针包含连接至第一核酸的第一靶标结合配体;ii.所述封闭探针包含封闭配体,所述封闭配体能够直接或间接地与所述第一靶标结合配体形成复合物,并连接至封闭探针核酸,其中,所述第一核酸的一部分和所述封闭探针核酸的一部分能够在不存在所述靶标的情况下杂交,其中,所述靶标对所述第一报告探针的结合抑制所述复合物的形成,并且其中,所述第一核酸的一部分能够在存在所述靶标的情况下延伸至少两次以产生核酸记录体,并且在不存在所述靶标的情况下延伸不超过一次;b.提供聚合酶,从而产生所述第一报告探针和所述靶标之间的相互作用的核酸记录体;以及c.检测所述核酸记录体。2.如权利要求1所述的方法,其中:a.使所述样品与所述第一报告探针和所述封闭探针接触包括使所述样品与所述第一报告探针、第二报告探针和所述封闭探针接触,其中:i.所述第一核酸包含双链核酸,其中,所述双链核酸包含:(1).第一核酸第一链,所述第一核酸第一链连接至所述第一靶标结合配体并且包含位于所述双链核酸的第一末端的单链toehold结构域(a);以及(2).与所述第一链实质上互补的第一核酸第二链,所述第一核酸第二链与所述第一链形成双链区(双链体区),并包含位于所述双链核酸的第二末端的toehold结构域(x和b),并且其中,所述双链核酸包含所述双链体区中的第一核酸第一链中的第一终止分子以及所述第一核酸第二链中的第二终止分子;ii.所述第二报告探针包含第二靶标结合配体,所述第二靶标结合配体能够结合所述靶标,并连接至第二核酸,所述第二核酸包含与所述第一报告探针的双链核酸的toehold结构域(a)实质上互补的toehold结构域(a*),并且其中,所述靶标能与所述第一报告探针和所述第二报告探针同时结合;iii.所述封闭配体能够直接或间接地与所述第一靶标结合配体和/或所述第二靶标结合配体形成复合物,并连接至所述封闭探针核酸,其中,所述封闭探针核酸包含与所述第一报告探针的toehold结构域(a)实质上相同的第一toehold结构域(a),以及与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上互补的第二toehold结构域(x*),并且其中,所述靶标对所述第一报告探针的结合抑制所述第一报告探针与所述封闭探针形成复合物,和/或其中,所述靶标对所述第二报告探针的结合抑制所述第二报告探针与所述封闭探针形成复合物。3.如权利要求1所述的方法,其中:a.使所述样品与所述第一报告探针和所述封闭探针接触包括使所述样品与所述第一报告探针、第二报告探针以及所述封闭探针接触,其中:i.所述第一核酸包含双链核酸,其中,所述双链核酸包含:(1).第一核酸第一链,所述第一核酸第一链连接至所述第一靶标结合配体,并且包含
位于所述双链核酸的第一末端的单链toehold结构域(a);以及(2).与所述第一核酸第一链实质上互补的第一核酸第二链,所述第一核酸第二链与所述第一核酸第一链形成双链区(双链体区),并包含位于所述双链核酸的第二末端的toehold结构域(x和b),并且其中,所述双链核酸包含所述双链体区中的所述第一核酸第一链中的第一终止分子和所述第一核酸第二链中的第二终止分子;ii.所述第二报告探针包含第二靶标结合配体,所述第二靶标结合配体能够结合所述靶标,并连接至第二核酸第一链,所述第二核酸第一链包含连接至toehold结构域(x)的第二核酸第一杂交结构域,所述toehold结构域(x)与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上相同;第二核酸第二链,所述第二核酸第二链与所述第二核酸第一链杂交,并包含第二核酸第二杂交结构域,所述第二核酸第二杂交结构域与所述第二核酸第一杂交结构域实质上互补,并连接至引物结合结构域(d*),所述引物结合结构域(d*)连接至toehold结构域(a*),所述toehold结构域(a*)与所述第一报告探针的toehold结构域(a)实质上互补;iii.所述封闭探针包含封闭配体,所述封闭配体能够直接或间接地与所述第一靶标结合配体和/或所述第二靶标结合配体形成复合物,并连接至所述封闭探针核酸,其中,所述封闭探针核酸包含与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上互补的toehold结构域(x*),并且其中,所述靶标对所述第一报告探针的结合抑制所述第一报告探针与所述封闭探针形成复合物,和/或其中,所述靶标对所述第二报告探针的结合抑制所述第二报告探针与所述封闭探针形成复合物。4.如权利要求1所述的方法,其中:a.使所述样品与所述第一报告探针和所述封闭探针接触包括使所述样品与所述第一报告探针、第二报告探针和所述封闭探针接触,其中:i.所述第一核酸包含:连接链,所述连接链连接至所述第一靶标结合配体并包含连接至toehold结构域(x)的第一核酸第一杂交结构域;以及与所述连接链杂交的双链核酸,其中,所述双链核酸包含:(1).第一核酸第一链,所述第一核酸第一链与连接至所述第一靶标结合配体的连接链杂交,并且包含位于所述toehold结构域(x)的远端的单链toehold结构域(a);以及(2).与所述第一核酸第一链实质上互补的第一核酸第二链,所述第一核酸第二链与所述第一核酸第一链形成双链区(双链体区),并包含位于所述双链核酸的第二末端的toehold结构域(b),并且其中,所述双链核酸包含所述双链体区中的所述第一核酸第一链中的第一终止分子和所述第一核酸第二链中的第二终止分子;ii.所述第二报告探针包含第二靶标结合配体,所述第二靶标结合配体能够结合所述靶标,并连接至第二核酸第一链,所述第二核酸第一链包含连接至toehold结构域(x)的第二核酸第一杂交结构域,所述toehold结构域(x)与所述第一报告探针的配对结构域(x)实质上相同的;第二核酸第二链,所述第二核酸第二链与所述第二核酸第一链杂交,并包含与所述第二核酸第一杂交结构域实质上互补的第二核酸第二杂交结构域,所述第二核酸第二杂交结构域连接至引物结合结构域(d*),所述引物结合结构域(d*)连接至toehold结构域(a*),所述toehold结构域(a*)与所述第一报告探针的toehold结构域(a)实质上互补;iii.所述封闭探针包含封闭配体,所述封闭配体能够直接或间接地与所述第一靶标结
合配体和/或第二靶标结合配体形成复合物,并连接至所述封闭探针核酸,其中,所述封闭探针核酸包含与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上互补的toehold结构域(x*),并且其中,所述靶标对所述第一报告探针的结合抑制所述第一报告探针与所述封闭探针形成复合物,和/或其中,所述靶标对所述第二报告探针的结合抑制所述第二报告探针与所述封闭探针形成复合物。5.一种检测样品中的靶标的方法,所述方法包括:a.使所述样品与第一报告探针接触,其中:i.所述第一报告探针包含连接至第一核酸的第一靶标结合配体;b.使所述样品与封闭探针接触,其中:i.所述封闭探针包含封闭配体,所述封闭配体能够直接或间接地与所述第一靶标结合配体形成复合物,并连接至封闭探针核酸,其中,所述第一核酸的一部分和所述封闭探针核酸的一部分能够在不存在所述靶标的情况下杂交,其中,所述靶标对所述第一报告探针的结合抑制所述复合物的形成,并且其中,所述第一核酸的一部分能够在不存在所述靶标的情况下延伸至少两次以产生核酸记录体,并且在存在所述靶标的情况下延伸不超过一次;c.提供聚合酶,从而产生所述第一核酸和所述封闭探针核酸之间的相互作用的核酸记录体,如果所述相互作用存在的话;以及d.检测所述核酸记录体的存在或不存在,并且其中,所述核酸记录体的不存在指示所述靶标存在于所述样品中。6.如权利要求5所述的方法,其中:i.所述第一核酸包含双链核酸,其中,所述双链核酸包含:(1).第一核酸第一链,所述第一核酸第一链连接至所述第一靶标结合配体,并且包含位于所述双链核酸的第一末端的单链toehold结构域(a);以及(2).与所述第一链实质上互补的第一核酸第二链,所述第一核酸第二链与所述第一核酸第一链形成双链区(双链体区),并包含位于所述双链核酸的第二末端的toehold结构域(b),并且其中,所述双链核酸包含所述双链体区中的第一核酸第一链中的第一终止分子以及所述第一核酸第二链中的第二终止分子;ii.所述封闭探针核酸包含:与所述第一报告探针的toehold结构域(a)实质上相同的第一toehold结构域(a);以及引物结合结构域(d*)。7.一种检测样品中的靶标的方法,所述方法包括:a.使所述样品与第一报告探针和第二报告探针接触,其中:i.所述第一报告探针包含第一靶标结合配体,所述第一靶标结合配体能够结合所述靶标,并连接至第一核酸,其中,所述第一核酸包含:连接链,所述连接链连接至所述第一靶标结合配体并包含连接至toehold结构域(x)的第一核酸第一杂交结构域(Lk1*);以及与所述连接链杂交的双链核酸,其中,所述双链核酸包含:(1).第一核酸第一链,所述第一核酸第一链与连接至所述第一靶标结合配体的连接链杂交,并且包含连接至单链toehold结构域(a)的第一核酸第二杂交结构域(Lk1),其中,所
述toehold结构域(a)处于所述杂交结构域(Lk1)的远端,并且其中,所述杂交结构域(Lk1)与所述杂交结构域(Lk1*)实质上互补;以及(2).与所述第一核酸第一链实质上互补的第一核酸第二链,所述第一核酸第二链与所述第一核酸第一链形成双链区(双链体区),并包含位于所述双链核酸的第二末端的toehold结构域(b),并且其中,所述双链核酸包含所述双链体区中的所述第一核酸第一链中的第一终止分子以及所述第一核酸第二链中的第二终止分子;ii.所述第二报告探针包含第二靶标结合配体,所述第二靶标结合配体能够结合所述靶标,并连接至第二核酸,其中,所述第二核酸包含第二核酸第一链、第二核酸第二链,所述第二核酸第一链包含连接至toehold结构域(x)的第二核酸第一杂交结构域(Lk2*),所述toehold结构域(x)与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上相同;所述第二核酸第二链与所述第二核酸第一链杂交,并包含与所述第二核酸第一杂交结构域(Lk2*)实质上互补的第二核酸第二杂交结构域(Lk2),所述第二核酸第二杂交结构域(Lk2)连接至toehold结构域(a*),所述toehold结构域(a*)与所述第一报告探针的toehold结构域(a)实质上互补,其中,所述第一核酸的一部分和所述第二核酸的一部分能够在所述靶标存在的情况下杂交;b.使所述样品与第一封闭探针和第二封闭探针接触,其中:i.所述第一封闭探针包含封闭配体,所述封闭配体能够直接或间接地与所述第一靶标结合配体形成复合物,并且连接至封闭探针核酸,其中,所述第一封闭探针核酸包含连接至第一封闭探针杂交结构域(Lk1)的toehold结构域(x*),其中,所述toehold结构域(x*)与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上互补,其中,所述杂交结构域(Lk1)与所述第一报告探针的杂交结构域(Lk1*)实质上互补,并且其中,所述靶标对所述第一报告探针的结合抑制所述第一报告探针与所述第一封闭探针形成复合物;以及ii.所述第二封闭探针包含第二封闭配体,所述第二封闭配体能够直接或间接地与所述第二靶标结合配体形成复合物,并且连接至第二封闭探针核酸,其中,所述第二封闭探针核酸包含连接至第二封闭探针杂交结构域(Lk2)的toehold结构域(x*),其中,所述toehold结构域(x*)与所述第二报告探针的toehold结构域(x)实质上互补,其中,所述杂交结构域(Lk2)与所述第二报告探针的杂交结构域的(Lk2*)实质上互补,并且其中,所述靶标对所述第二报告探针的结合抑制所述第二报告探针与所述第二封闭探针形成复合物;c.提供聚合酶,从而产生所述第一核酸和所述第二核酸之间的相互作用的核酸记录体,如果所述相互作用存在的话;以及d.检测所述核酸记录体的存在或不存在,并且其中,所述核酸纪录体的存在指示所述靶标存在于所述样品中。8.一种检测样品中的靶标的方法,所述方法包括:a.使所述样品与第一报告探针和第二报告探针接触,其中:i.所述第一报告探针包含第一靶标结合配体,所述第一靶标结合配体能够结合所述靶标,并连接至第一核酸,其中,所述第一核酸包含:连接链,所述连接链连接至所述第一靶标结合配体并包含连接至toehold结构域(x)的第一核酸第一杂交结构域(Lk1*);以及与所述连接链杂交的双链核酸,其中,所述双链核酸包含:
(1).第一核酸第一链,所述第一核酸第一链与连接至所述第一靶标结合配体的连接链杂交,并且包含连接至单链toehold结构域(a)的第一核酸第二杂交结构域(Lk1),其中,所述toehold结构域(a)处于所述杂交结构域(Lk1)的远端,并且其中,所述杂交结构域(Lk1)与所述杂交结构域(Lk1*)实质上互补;以及(2).与所述第一核酸第一链实质上互补的第一核酸第二链,所述第一核酸第二链与所述第一核酸第一链形成双链区(双链体区),并包含位于所述双链核酸的第二末端的toehold结构域(b),并且其中,所述双链核酸包含所述双链体区中的所述第一核酸第一链中的第一终止分子以及所述第一核酸第二链中的第二终止分子;ii.所述第二报告探针包含第二靶标结合配体,所述第二靶标结合配体能够结合所述靶标,并连接至第二核酸,其中,所述第二核酸包含第二核酸第一链、第二核酸第二链,所述第二核酸第一链包含连接至toehold结构域(x)的第二核酸第一杂交结构域(Lk2*),所述toehold结构域(x)与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上相同;所述第二核酸第二链与所述第二核酸第一链杂交,并包含与所述第二核酸第一杂交结构域(Lk2*)实质上互补的第二核酸第二杂交结构域(Lk2),所述第二核酸第二杂交结构域(Lk2)连接至toehold结构域(a*),所述toehold结构域(a*)与所述第一报告探针的toehold结构域(a)实质上互补,其中,所述第一报告探针的toehold结构域(b)包含不存在于所述第一报告探针的杂交结构域(Lk1)和所述第二探针的杂交结构域(Lk2)中的核苷酸,并且其中,所述第一核酸的一部分和所述第二核酸的一部分能够在所述靶标存在的情况下杂交;b.使所述样品与第一封闭探针和第二封闭探针接触,其中:i.所述第一封闭探针包含封闭配体,所述封闭配体能够直接或间接地与所述第一靶标结合配体形成复合物,并且连接至封闭探针核酸,其中,所述封闭探针核酸包含与所述第一报告探针的toehold结构域(x)实质上互补的toehold结构域(x*),并且其中,所述靶标对所述第一报告探针的结合抑制所述第一报告探针与所述第一封闭探针形成复合物;以及ii.所述第二封闭探针包含第二封闭配体,所述第二封闭配体能够直接或间接地与所述第二靶标结合配体形成复合物,并连接至第二封闭探针核酸,其中,所述第二封闭探针核酸包含与所述第二报告探针的toehold结构域(x)实质上互补的toehold结构域(x*),并且其中,所述靶标对所述第二报告探针的结合抑制所述第二报告探针和所述第二封闭探针形成复合物;c.提供聚合酶和第一dNTP混合物,其中,所述第一dNTP混合物实质上不含与如下的核苷酸互补的dNTP,所述核苷酸存在于所述第一报告探针的toehold结构域(b)中,但不存在于所述第一报告探针的杂交结构域(Lk1)和所述第二报告探针的杂交结构域(Lk2)中;d.提供第二dNTP混合物以及可选的聚合酶,其中,所述第二dNTP混合物包含与如下的核苷酸互补的dTNP,所述核苷酸存在于所述第一报告探针的toehold结构域(a)或(b)中,但不存在于所述第一报告探针的杂交结构域(Lk1)和所述第二报告探针的杂交结构域(Lk2)中,从而产生所述第一核酸和所述第二核酸之间的相互作用的核酸记录体,如果所述相互作用存在的话;以及e.检测所述核酸记录体的存在或不存在,并且其中,所述核酸纪录体的存在指示所述
靶标存在于所述样品中。9.如权利要求1
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8中任一项所述的方法,其中,提供所述聚合酶使所述核酸中的一种或多种延伸。10.如权利要求1
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9中任一项所述的方法,其中,所述方法进一步包括在检测核酸记录体的存在或不存在之前扩增所述核酸记录体,如果所述核酸记录体存在的话。11.如权利要求1
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10中任一项所述的方法,其中,所述第一靶标结合配体和/或所述第二靶标结合配体与所述封闭配体为受体与配体、核酸与核酸结合蛋白、抗体与抗原、抗体的抗原结合片段与抗原、抗体与Fc受体、抗体与蛋白A、适体与其结合靶标、或药物与其结合靶标。12.如权利要求1
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11中任一项所述的方法,其中,所述靶标为生物分子。13.如权利要求1
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12中任一项所述的方法,其中,所述靶标为抗体、核酸、小分子或抗原。14.如权利要求1
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13中任一项所述的方法,其中,所述靶标为中和抗体、抗原、刺突蛋白、核酸或小分子。15.如权利要求14所述的方法,其中,所述抗原包含在疫苗中,或者其中,所述抗...
【专利技术属性】
技术研发人员:玄峰,王宇,尹鹏,范慈荣,
申请(专利权)人:哈佛大学校长及研究员协会,
类型:发明
国别省市:
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