【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】靶向HER
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2的双特异性组合物以及其制造和使用方法
序列表陈述
[0001]序列表的计算机可读形式为通过电子提交随本申请且以全文引用的方式并入本申请中。序列表含于2021年6月14日创建的文件中,所述文件的文件名为“789
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601_20
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1832
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WO_ST25_FINAL.txt”且大小为1502kb。参考陈述
[0002]本申请要求2020年6月25日申请的名为“BARCODED BISPECIFIC COMPOSITIONS AND METHODS FOR MAKING AND USING THE SAME”的美国临时专利申请第63/044,301号、2020年9月11日申请的名为“BARCODED BISPECIFIC COMPOSITIONS AND METHODS FOR MAKING AND USING THE SAME”的美国临时专利申请第63/077,503号、2020年11月2日申请的名为“BARCODED BISPECIFIC COMPOSITIONS AND METHODS FOR MAKING AND USING THE SAME”的美国临时专利申请第63/108,783号、2021年3月26日申请的名为“HER2 TARGETED BISPECIFIC COMPOSITIONS AND METHODS FOR MAKING AND USING THE SAME”的美国临时专利申请第63/166,857号及2021年6月3日申请的 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种具有N端氨基酸和C端氨基酸的多肽,所述多肽包含:(a)扩展型重组多肽(XTEN),其包含:在蛋白酶消化后可自所述多肽释放的条形码片段(BAR);(b)双特异性抗体构建体(BsAb),其包含:特异性结合至分化簇3T细胞受体(CD3)的第一抗原结合片段(AF1),所述AF1包含轻链互补决定区1(CDR
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L1)、2(CDR
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L2)和3(CDR
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L3)以及重链互补决定区1(CDR
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H1)、2(CDR
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H2)和3(CDR
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H3),其中所述CDR
‑
H3包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列;及特异性结合至人类表皮生长因子受体2(HER2)的第二抗原结合片段(AF2);及(c)位于所述XTEN与所述双特异性抗体构建体之间的释放区段(RS),其中所述XTEN的特征在于:(i)其包含至少100个或至少150个氨基酸;(ii)其氨基酸残基的至少90%在本文中通过甘氨酸(G)、丙氨酸(A)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、谷氨酸(E)或脯氨酸(P)加以标识;(iii)其包含至少4种不同类型的在本文中通过G、A、S、T、E或P加以标识的氨基酸;及(iv)所述XTEN由长度各自为9至14个氨基酸的复数个非重叠序列模体形成,其中所述复数个非重叠序列模体包含:(1)一组非重叠序列模体,其中所述组非重叠序列模体中的各非重叠序列模体在所述XTEN中重复至少两次;及(2)非重叠序列模体,其在所述XTEN内仅出现一次;其中所述条形码片段(BAR)包括在所述XTEN内仅出现一次的所述非重叠序列模体的至少一部分;其中所述条形码片段(BAR)与在所述蛋白酶完全消化所述多肽后可自所述多肽释放的所有其他肽片段的不同之处在于序列和分子量;且其中所述条形码片段(BAR)不包括所述多肽的所述N端氨基酸或所述C端氨基酸。2.根据权利要求1所述的多肽,其中所述组非重叠序列模体各自独立地在本文中通过SEQ ID NO:179
‑
200和1715
‑
1722加以标识。3.根据权利要求1或2所述的多肽,其中所述组非重叠序列模体各自独立地在本文中通过SEQ ID NO:186
‑
189加以标识。4.根据权利要求3所述的多肽,其中所述组非重叠序列模体包含所述序列模体SEQ IDNO:186
‑
189中的至少两个、至少三个或全部四个。5.根据权利要求1至4中任一项所述的多肽,其中所述XTEN包含100至3,000个、150至3,000个、100至1,000个或150至1,000个氨基酸残基的长度。6.根据权利要求1至5中任一项所述的多肽,其中所述XTEN包含至少200、至少250、至少300、至少350、至少400、至少450或至少500个氨基酸残基的长度。7.根据权利要求1至6中任一项所述的多肽,其中所述XTEN的所述氨基酸残基的至少91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%为甘氨酸(G)、丙氨酸(A)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、谷氨酸(E)或脯氨酸(P)。8.根据权利要求1至7中任一项所述的多肽,其中所述XTEN与表3a中所阐述的序列具有至少90%、至少92%、至少95%、至少98%、至少99%或100%序列一致性。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)不包括紧邻所述XTEN中的另一谷氨酸(若存在)的谷氨酸。10.根据权利要求1至9中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)在其C端处具有谷氨酸。11.根据权利要求1至10中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)具有紧随谷氨酸残基之后的N端氨基酸。12.根据权利要求1至11中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)与所述多肽的所述N端或所述多肽的所述C端相距一定距离定位,其中所述距离为10至150个氨基酸或10至125个氨基酸长度。13.根据权利要求1至12中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)的特征在于:(i)其不包括紧邻所述XTEN中的另一谷氨酸(若存在)的谷氨酸;(ii)其在其C端处具有谷氨酸;(iii)其具有紧随谷氨酸残基之后的N端氨基酸;及(iv)其与所述多肽的所述N端或所述多肽的所述C端相距一定距离定位,其中所述距离为10至150个氨基酸或10至125个氨基酸长度。14.根据权利要求11至13中任一项所述的多肽,其中在所述条形码片段(BAR)的所述N端氨基酸之前的所述谷氨酸残基不紧邻另一谷氨酸残基。15.根据权利要求1至14中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)在除所述条形码片段的所述C端以外的位置处不包括第二谷氨酸残基,除非所述第二谷氨酸之后紧随脯氨酸。16.根据权利要求1至15中任一项所述的多肽,其中所述XTEN位于所述双特异性抗体构建体(BsAb)的N端,且其中所述条形码片段(BAR)位于所述多肽的所述N端200个、150个、100个或50个氨基酸内。17.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽,其中所述XTEN位于所述双特异性抗体构建体(BsAb)的N端,且其中所述条形码片段(BAR1)位于距所述蛋白质的所述N端10个与200个之间、30个与200个之间、40个与150个之间或50个与100个之间的氨基酸的位置处。18.根据权利要求1至15中任一项所述的多肽,其中所述XTEN位于所述双特异性抗体构建体(BsAb)的C端,且其中所述条形码片段(BAR)位于所述多肽的所述C端200个、150个、100个或50个氨基酸内。19.根据权利要求1至15和18中任一项所述的多肽,其中所述XTEN位于所述双特异性抗体构建体(BsAb)的C端,且所述条形码片段(BAR)位于距所述蛋白质的所述C端10个与200个之间、30个与200个之间、40个与150个之间或50个与100个之间的氨基酸的位置处。20.根据权利要求1至19中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)长度为至少4个氨基酸。21.根据权利要求20所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)长度为在4个与20个之间、在5个与15个之间、在6个与12个之间或在7个与10个之间的氨基酸。22.根据权利要求1至21中任一项所述的多肽,其中所述条形码片段(BAR)包含表2中所阐述的氨基酸序列。23.根据权利要求1至22中任一项所述的多肽,其中所述XTEN的长度为由近端和远端界
定,其中(1)所述近端为相对于所述远端、更接近所述双特异性抗体构建体(BsAb)定位,且其中(2)所述条形码片段(BAR)位于如自所述远端开始量测在所述XTEN的所述长度的5%与50%之间、7%与40%之间或10%与30%之间延伸的所述XTEN的区域内。24.根据权利要求1至23中任一项所述的多肽,其中所述XTEN进一步包含额外的一个或多个条形码片段,其中所述额外的一个或多个条形码片段各自与在所述蛋白酶完全消化所述多肽之后可自所述多肽释放的所有其他肽片段的不同之处在于序列和分子量。25.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽,其中所述释放区段(RS)包含与在本文中通过SEQ ID NO:7001
‑
7626加以标识的序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的氨基酸序列。26.根据权利要求1至25中任一项所述的多肽,其中所述蛋白酶在后面不跟随脯氨酸的谷氨酸残基的C端侧上裂解。27.根据权利要求26所述的多肽,其中所述蛋白酶为Glu
‑
C蛋白酶。28.根据权利要求1至27中任一项所述的多肽,其表达为融合蛋白,其中呈未裂解状态的所述融合蛋白自N端至C端具有在本文中通过AF1
‑
AF2
‑
RS
‑
XTEN、AF2
‑
AF1
‑
RS
‑
XTEN、XTEN
‑
RS
‑
AF1
‑
AF2或XTEN
‑
RS
‑
AF2
‑
AF1加以标识的结构布置。29.根据权利要求1至28所述的多肽,其中所述释放区段(RS)通过间隔子与所述双特异性抗体构建体(BsAb)融合。30.根据权利要求29所述的多肽,其中所述间隔子包含至少4种类型的氨基酸,所述氨基酸为甘氨酸(G)、丙氨酸(A)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、谷氨酸(E)或脯氨酸(P)。31.根据权利要求29所述的多肽,其中所述间隔子包含与表C中所阐述的序列具有至少80%、90%或100%序列一致性的氨基酸序列。32.根据权利要求1至31中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)的所述CDR
‑
H1和所述CDR
‑
H2分别包含SEQ ID NO:8和9的氨基酸序列。33.根据权利要求1至32中任一项所述的多肽,其中:所述AF1的所述CDR
‑
L1包含SEQ ID NO:1或2的氨基酸序列;所述AF1的所述CDR
‑
L2包含SEQ ID NO:4或5的氨基酸序列;且所述AF1的所述CDR
‑
L3包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列。34.根据权利要求1至32中任一项所述的多肽,其中:所述AF1的所述CDR
‑
L1包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列;所述AF1的所述CDR
‑
L2包含SEQ ID NO:4或5的氨基酸序列;且所述AF1的所述CDR
‑
L3包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列。35.根据权利要求1至32中任一项所述的多肽,其中:所述AF1的所述CDR
‑
L1包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列;所述AF1的所述CDR
‑
L2包含SEQ ID NO:4或5的氨基酸序列;且所述AF1的所述CDR
‑
L3包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列。36.根据权利要求1至32中任一项所述的多肽,其中:所述AF1的所述CDR
‑
L1包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列;所述AF1的所述CDR
‑
L2包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列;且所述AF1的所述CDR
‑
L3包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列。
37.根据权利要求1至32中任一项所述的多肽,其中:所述AF1的所述CDR
‑
L1包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列;所述AF1的所述CDR
‑
L2包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列;且所述AF1的所述CDR
‑
L3包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列。38.根据权利要求1至37中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)包含四个链可变域构架区1(FR
‑
H1)、2(FR
‑
H2)、3(FR
‑
H3)和4(FR
‑
H4),所述构架区各自分别与SEQ ID NO:60、64、65和67的氨基酸序列展现至少86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致。39.根据权利要求1至37中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)包含四个链可变域构架区1(FR
‑
H1)、2(FR
‑
H2)、3(FR
‑
H3)和4(FR
‑
H4),所述构架区各自分别与SEQ ID NO:61、64、65和67的氨基酸序列展现至少86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致。40.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段进一步包含四个轻链可变域构架区(FR
‑
L):FR
‑
L1、FR
‑
L2、FR
‑
L3和FR
‑
L4,所述构架区各自分别与SEQ ID NO:51、52、53和59的氨基酸序列展现至少86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致。41.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段进一步包含四个轻链可变域构架区(FR
‑
L):FR
‑
L1、FR
‑
L2、FR
‑
L3和FR
‑
L4,所述构架区各自分别与SEQ ID NO:51、52、54和59的氨基酸序列展现至少86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致。42.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段进一步包含四个轻链可变域构架区(FR
‑
L):FR
‑
L1、FR
‑
L2、FR
‑
L3和FR
‑
L4,所述构架区各自分别与SEQ ID NO:51、52、55和59的氨基酸序列展现至少86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致。43.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段进一步包含四个轻链可变域构架区(FR
‑
L):FR
‑
L1、FR
‑
L2、FR
‑
L3和FR
‑
L4,所述构架区各自分别与SEQ ID NO:51、52、56和59的氨基酸序列展现至少86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致。44.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)进一步包含轻链构架区1(FR
‑
L1)、2(FR
‑
L2)、3(FR
‑
L3)和4(FR
‑
L4)以及重链构架区1(FR
‑
H1)、2(FR
‑
H2)、3(FR
‑
H3)和4(FR
‑
H4),其中:所述FR
‑
L1包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列;所述FR
‑
L2包含SEQ ID NO:52的氨基酸序列;所述FR
‑
L3包含SEQ ID NO:53、54、55或56的氨基酸序列;所述FR
‑
L4包含SEQ ID NO:59的氨基酸序列;所述FR
‑
H1包含SEQ ID NO:60或61的氨基酸序列;所述FR
‑
H2包含SEQ ID NO:64的氨基酸序列;所述FR
‑
H3包含SEQ ID NO:65的氨基酸序列;且所述FR
‑
H4包含SEQ ID NO:67的氨基酸序列。
45.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)进一步包含轻链构架区1(FR
‑
L1)、2(FR
‑
L2)、3(FR
‑
L3)和4(FR
‑
L4)以及重链构架区1(FR
‑
H1)、2(FR
‑
H2)、3(FR
‑
H3)和4(FR
‑
H4),其中:所述FR
‑
L1包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列;所述FR
‑
L2包含SEQ ID NO:52的氨基酸序列;所述FR
‑
L3包含SEQ ID NO:53的氨基酸序列;所述FR
‑
L4包含SEQ ID NO:59的氨基酸序列;所述FR
‑
H1包含SEQ ID NO:60的氨基酸序列;所述FR
‑
H2包含SEQ ID NO:64的氨基酸序列;所述FR
‑
H3包含SEQ ID NO:65的氨基酸序列;且所述FR
‑
H4包含SEQ ID NO:67的氨基酸序列。46.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)进一步包含轻链构架区1(FR
‑
L1)、2(FR
‑
L2)、3(FR
‑
L3)和4(FR
‑
L4)以及重链构架区1(FR
‑
H1)、2(FR
‑
H2)、3(FR
‑
H3)和4(FR
‑
H4),其中:所述FR
‑
L1包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列;所述FR
‑
L2包含SEQ ID NO:52的氨基酸序列;所述FR
‑
L3包含SEQ ID NO:54的氨基酸序列;所述FR
‑
L4包含SEQ ID NO:59的氨基酸序列;所述FR
‑
H1包含SEQ ID NO:61的氨基酸序列;所述FR
‑
H2包含SEQ ID NO:64的氨基酸序列;所述FR
‑
H3包含SEQ ID NO:65的氨基酸序列;且所述FR
‑
H4包含SEQ ID NO:67的氨基酸序列。47.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)进一步包含轻链构架区1(FR
‑
L1)、2(FR
‑
L2)、3(FR
‑
L3)和4(FR
‑
L4)以及重链构架区1(FR
‑
H1)、2(FR
‑
H2)、3(FR
‑
H3)和4(FR
‑
H4),其中:所述FR
‑
L1包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列;所述FR
‑
L2包含SEQ ID NO:52的氨基酸序列;所述FR
‑
L3包含SEQ ID NO:55的氨基酸序列;所述FR
‑
L4包含SEQ ID NO:59的氨基酸序列;所述FR
‑
H1包含SEQ ID NO:61的氨基酸序列;所述FR
‑
H2包含SEQ ID NO:64的氨基酸序列;所述FR
‑
H3包含SEQ ID NO:65的氨基酸序列;且所述FR
‑
H4包含SEQ ID NO:67的氨基酸序列。48.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)进一步包含轻链构架区1(FR
‑
L1)、2(FR
‑
L2)、3(FR
‑
L3)和4(FR
‑
L4)以及重链构架区1(FR
‑
H1)、2(FR
‑
H2)、3(FR
‑
H3)和4(FR
‑
H4),其中:所述FR
‑
L1包含SEQ ID NO:51的氨基酸序列;所述FR
‑
L2包含SEQ ID NO:52的氨基酸序列;所述FR
‑
L3包含SEQ ID NO:56的氨基酸序列;
所述FR
‑
L4包含SEQ ID NO:59的氨基酸序列;所述FR
‑
H1包含SEQ ID NO:61的氨基酸序列;所述FR
‑
H2包含SEQ ID NO:64的氨基酸序列;所述FR
‑
H3包含SEQ ID NO:65的氨基酸序列;且所述FR
‑
H4包含SEQ ID NO:67的氨基酸序列。49.根据权利要求1至48中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)展现比由SEQ ID NO:206中所阐述的序列组成的抗CD3结合片段高的热稳定性,如在体外分析中通过以下所证明:所述第一抗原结合片段的熔融温度(T
m
)相对于所述抗CD3结合片段的熔融温度(T
m
)而言较高;或在将所述第一抗原结合片段并入测试双特异性抗原结合构建体中之后,所述测试双特异性抗原结合构建体的T
m
相对于对照双特异性抗原结合构建体的T
m
而言较高,其中所述测试双特异性抗原结合构建体包含所述第一抗原结合片段和结合至除CD3以外的抗原的参考抗原结合片段;且其中所述对照双特异性抗原结合构建体由所述抗CD3结合片段和所述参考抗原结合片段组成,所述抗CD3结合片段由所述SEQ ID NO:206的序列组成。50.根据权利要求49所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段的T
m
比由所述SEQ IDNO:206的序列组成的所述抗CD3结合片段的T
m
高至少2℃或至少3℃或至少4℃或至少5℃。51.根据权利要求1至50中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)包含重链可变区(VH
I
),其中所述VH
I
包含与SEQ ID NO:102或105的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致的氨基酸序列。52.根据权利要求1至51中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)包含轻链可变区(VL
I
),其中所述VL
I
包含与SEQ ID NO:101、103、104、106或107中任一者的氨基酸序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致的氨基酸序列。53.根据权利要求51或52所述的多肽,其中所述VH
I
和所述VL
I
为通过接头连接,所述接头包含与表A中所阐述的序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的氨基酸序列。54.根据权利要求1至53中任一项所述的多肽,其中所述第一抗原结合片段(AF1)包含与SEQ ID NO:201
‑
205中任一者的氨基酸序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%序列一致性或与所述氨基酸序列一致的氨基酸序列。55.根据权利要求1至53中任一项所述的多肽,其中所...
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