一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法及试剂盒、引物和选育方法技术

本发明专利技术公开了一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法，通过检测鸡第21号染色体PLEKHM2基因编码区第1013位碱基G突变为碱基A的位点基因型实现，基因型为GG为沙门氏菌抗性鸡。还同时公开了用于上述检测的试剂盒和引物，以及相应的育种方法。上述鉴定方法确定了与沙门氏菌感染抗性相关的SNP分子标记并通过检测该分子标记实现高通量快速鉴别。实现高通量快速鉴别。实现高通量快速鉴别。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法及试剂盒、引物和选育方法


[0001]本专利技术涉及分子检测及遗传育种领域，具体涉及一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法及试剂盒、引物和选育方法。

技术介绍

[0002]由鸡沙门氏菌引发的禽类疾病传染性、传播性极强。目前，种鸡场净化鸡沙门氏菌的方式主要是检测患病鸡群，及时淘汰阳性鸡群，并结合科学的预防措施、疫苗接种和使用抗生素来缓解疾病对鸡场造成的损失，但种鸡场的鸡沙门氏菌净化是长期系统工程，需要严格把控多个环节。鉴于在鸡育种或是种质资源改良过程中，利用分子育种手段可以改变育种过程中难以对抗病力进行选择提高的情况，通过分子抗病育种手段选择具有抗性个体成为辅助鸡沙门氏菌净化新的替代性方法，现有研究已经确定了鸡对沙门氏菌定植易感性的遗传差异，并利用多种手段鉴定了一些候选基因，但目前仍缺乏能够应用在育种实践中的抗性等位基因，因此鉴定与沙门氏菌感染抗性相关的SNP分子标记，成为降低沙门氏菌危害的重要技术措施。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的之一是提供一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法，该方法发现了与沙门氏菌感染抗性相关的SNP分子标记并通过检测该分子标记的多态性实现高通量快速鉴别。
[0004]为实现上述目的，本专利技术采取以下技术方案：
[0005]一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法，通过检测鸡第21号染色体PLEKHM2基因编码区第1013位由碱基G突变为碱基A的位点基因型实现，基因型为GG则为沙门氏菌抗性鸡。
[0006]优选的，上述方法包括如下步骤：
>[0007]步骤S1：提取鸡的基因组DNA；
[0008]步骤S2：利用KASP对鸡第21号染色体PLEKHM2基因编码区第1013位由碱基G突变为碱基A的位点进行检测，根据基因分型结果确定基因型。
[0009]优选的，所述步骤S2中，KASP所用的引物为：
[0010]正向引物1：
[0011]5'
‑
CCCCCCTGTCACTCAGCC
‑
3'；
[0012]正向引物2：
[0013]5'
‑
GTCCCCCCTGTCACTCAGCT
‑
3'；
[0014]反向通用引物：
[0015]5'
‑
GCAGAGCAGTGGAGACAGCGAT
‑
3'。
[0016]优选的，所述步骤S2中，KASP的反应体系包括鸡的基因组DNA，所述引物以及KASP混合液：
[0017]KASP的步骤为：预变性，温度94摄氏度，时间15分钟，进行1个循环；变性，94摄氏度，时间20秒，进行10个循环；延伸，61
‑
55摄氏度，每个循环降0.6摄氏度，时间60秒，进行10
个循环；在温度为94摄氏度时变性20秒，55摄氏度时退火和延伸60秒，29个循环。
[0018]优选的，所述沙门氏菌为伤寒沙门氏菌和白痢沙门氏菌。
[0019]本专利技术点的目的之二是提供一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的试剂盒，所述试剂盒用于检测鸡第21号染色体PLEKHM2基因编码区第1013位由碱基G突变为碱基A的位点的基因型。
[0020]优选的，所述的试剂盒包括如下组成：
[0021]KASP引物及KASP混合液，所述KASP引物为：
[0022]正向引物1：
[0023]5'
‑
CCCCCCTGTCACTCAGCC
‑
3'；
[0024]正向引物2：
[0025]5'
‑
GTCCCCCCTGTCACTCAGCT
‑
3'；
[0026]反向通用引物：
[0027]5'
‑
GCAGAGCAGTGGAGACAGCGAT
‑
3'；
[0028]所述KASP混合液为：PCR扩增用KASP 2
ⅹ
PCR mix。
[0029]本专利技术的目的之三是提供一种用于鉴定沙门氏菌抗性鸡的引物，所述引物为：
[0030]5'
‑
CCCCCCTGTCACTCAGCC
‑
3'；
[0031]正向引物2：
[0032]5'
‑
GTCCCCCCTGTCACTCAGCT
‑
3'；
[0033]反向通用引物：
[0034]5'
‑
GCAGAGCAGTGGAGACAGCGAT
‑
3'。
[0035]本专利技术的目的之四是提供一种选育沙门氏菌抗性鸡的方法，利用前述鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法选留沙门氏菌抗性鸡并进行培育。
[0036]本专利技术的有益效果在于，确定了与沙门氏菌抗性相关的变异位点，该变异对应鸡第21号染色体PLEKHM2基因编码区第1013位碱基G突变为碱基A，此位点的基因型为GG个体则为沙门氏菌抗性鸡并以此建立了KASP基因分型方法。本专利技术的SNP分子标记可进行高通量快速准确地鉴定鸡沙门氏菌抗性鸡，用于育种则显著提高育种群的鸡沙门氏菌抗性，从而可以选育高抗病力的品系。本专利技术检测方法操作简便，速度快、成本低、准确度高，该方法的推广有利于鸡种质资源改良和疾病控制，从根本上提高鸡对沙门氏菌的抗性，同时也有助于减少抗生素等药物在家禽生产中的使用，在家禽育种领域具有良好的应用前景。
附图说明
[0037]图1是变异位点基因分型结果图；
[0038]图2是变异位点的测序图谱。
具体实施方式
[0039]下面通过具体实施方式，从变异位点筛选、DNA提取及基因分型、攻菌试验等方面对本专利技术做进一步说明：
[0040]一、PLEKHM2基因编码区第1013位碱基G突变为碱基A的位点的筛选
[0041]通过检测人工感染鼠伤寒沙门氏菌的商品肉鸡品种Cobb和地方品种Kashmir faverolla脾脏和肝脏的载菌量，确定了Cobb为易感品种，Kashmir faverolla为抗性品种。
从数据库NCBI SRA下载脾脏的转录组数据(Cobb：SRA编号分别为SRR13826991，SRR13826992，SRR13826993，SRR13826994，SRR13826995，SRR13826996，SRR13826997，SRR13826998，SRR13826999，SRR13827000；Kashmir faverolla：SRA编号分别为SRR13827001，SRR13827002，SRR13827003，SRR13827004，SRR13827005，SRR13827006，SRR13827007，SRR13827008，SRR13827009)。利用fastp软件进行数据质控后获取干净读本，利用BWA软件中的mem程序将干净读本与参考基因组GRCg6a版本进行比对，利用picard软件中的Mark本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定沙门氏菌抗性鸡的方法，通过检测鸡第21号染色体PLEKHM2基因编码区第1013位由碱基G突变为碱基A的位点基因型实现，基因型为GG则为沙门氏菌抗性鸡。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于包括如下步骤：步骤S1：提取鸡的基因组DNA；步骤S2：利用KASP对鸡第21号染色体PLEKHM2基因编码区第1013位由碱基G突变为碱基A的位点进行基因分型，根据基因分型结果确定基因型。3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：所述步骤S2中，KASP所用的引物为：正向引物1：5'
‑
CCCCCCTGTCACTCAGCC
‑
3'；正向引物2：5'
‑
GTCCCCCCTGTCACTCAGCT
‑
3'；反向通用引物：5'
‑
GCAGAGCAGTGGAGACAGCGAT
‑
3'。4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：所述步骤S2中，KASP的反应体系包括鸡的基因组DNA，所述引物以及KASP混合液：KASP的步骤为：预变性，温度94摄氏度，时间15分钟，进行1个循环；变性，94摄氏度，时间20秒，进行10个循环；延伸，61
‑
55摄氏度，每个循环降0.6摄氏度，时间60秒，进行10个循环；在温度为94摄氏度时变性20秒，55摄氏度时退火和延伸60秒，29个循环。5.如权利要求1
‑
4任一项所述的方...

【专利技术属性】
技术研发人员：周荣艳，刘华格，丁虹，臧素敏，褚素乔，王文君，陈辉，王德贺，石雷，
申请(专利权)人：河北省畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：