一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点及其应用制造技术

本发明专利技术涉及基因工程技术领域，提供了一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点及应用。一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点位于HADHB基因第一外显子46bp处，类型为A/G突变。本发明专利技术以肉牛为研究对象，通过PCR扩增和基因测序分析外显子SNP位点，明确HADHB基因的突变与肉牛的肉质性状显著相关，为进一步探究HADHB基因作为有效遗传标记的可信性提供了参考。传标记的可信性提供了参考。传标记的可信性提供了参考。

【技术实现步骤摘要】
一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点及其应用


[0001]本专利技术涉及基因工程
，尤其涉及一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点及其应用。

技术介绍

[0002]牛肉是人类理想的食品之一，其营养丰富，肉质鲜美，蛋白质含量高，氨基酸和矿物质种类丰富，在我国膳食结构中占有不可替代的位置。我国有丰富的黄牛品种资源，而延边黄牛是我国五大著名品种之一。延边黄牛容易育肥，牛肉细嫩多汁，鲜美可口，其肉质明显优于其它品种牛，深受消费之喜爱。随着人民生活水平的提高，近年来消费者对牛肉的品质有了更高的要求，市场对高档牛肉的需求量日益增加，但因其生产技术要求高，成本高，又无规范的生产程序，使牛肉品质不能到达高档牛肉水平，我国的高档牛肉仍主要依赖进口。羟酰辅酶A脱氢酶/3
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酮酰辅酶A硫酶/烯醇辅酶A水合酶β亚基(hydroxyacyl
‑
CoA dehydrogenase trifunctional multienzyme complex subunitbeta，HADHB)位于牛的11号染色体。HADHB基因的CDS编码区序列长2688bp。HADHB基因有17个外显子和16个内含子。
[0003]线粒体脂肪酸β
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氧化多酶复合物具有α4β4结构，α和β亚基(HADHA和HADHB)分别是烯酰辅酶A水合酶/3
‑
羟酰辅酶A脱氢酶和3
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酮酰辅酶A硫醇酶家族的成员，两个完全不同的基因，编码两个独立的蛋白质形成多酶复合物。HADHB基因编码线粒体三官能蛋白的β亚基，该蛋白执行β氧化的最后三个步骤，即脂肪酸β
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氧化循环的第二至第四次反应，通过三功能蛋白的三个酶的活动中心来调控脂代谢、脂肪酸代谢、脂肪酸的β氧化过程，主要功能是使长链脂肪酸降解，为心肌组织、肝脏、肌肉提供能量。有研究利用Affymetrix鸡基因组芯片确定HADHB是与脂质代谢有关的调控肉品质的功能基因。小鼠试验中HADHB突变直接影响小鼠体况和生长发育的至关因素，致小鼠的心率不齐和体重增加量减少，肝脏脂肪变性。通过食物添加含有HADHB的鱼油，可以抑制斑马肥胖。还有研究从分子水平上明确了在鸡胚中HADHB基因在调控脂肪酸的氧化时起到相同作用，即对β
‑
氧化脂肪酸的降解起到降低作用。miR
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33可能通过负调节HADHB基因的表达在鸡肝中的脂质代谢中发挥重要作用。
[0004]目前，对肉牛HADHB基因的研究较少。关于HADHB基因作为重要的脂肪酸代谢调控基因，在寻找可行性遗传标记SNP位点方面还需进行进一步的研究。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点及其应用，发现了HADHB基因存在与牛肉用性状相关的SNP位点，为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供了参考。
[0006]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0007]本专利技术提供了一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点，所述突变位点位于HADHB基因第一外显子46bp处，类型为A/G突变。
[0008]优选的，所述突变位点对应的基因型为AA、AG或GG。
[0009]优选的，所述突变位点突变前后对应的氨基酸为苏氨酸变为丙氨酸。
[0010]优选的，扩增所述突变位点的引物如SEQ ID NO：2～3所示。
[0011]本专利技术还提供了一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点在评价或筛选肉牛肉质中的应用。
[0012]优选的，所述肉质的指标包括蛋白质含量和肉色。
[0013]优选的，所述突变位点的基因型为GA时，肉牛蛋白质含量高；所述突变位点的基因型为GG时，肉色较好。
[0014]本专利技术证实了HADHB基因第一外显子46bp处存在A/G突变，有3种基因型：AA、AG和GG，其中AA基因型为优势等位基因型，A为优势等位基因。卡方适合性检验表明该SNP位点在肉牛群体中处于Hardy
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Weinberg平衡状态。A/G突变位点杂合度相对较低，在肉牛群体中的变异较小，PIC为0.4671，属于中度多态。关联分析结果表明，HADHB基因第一外显子A/G突变的不同基因型与肉牛肉质性状中蛋白质含量和肉色(24h)值存在显著相关。GA基因型蛋白质含量高于AA基因型。GG基因型肉色高于AA基因型。本专利技术以肉牛为研究对象，通过PCR扩增和基因测序分析外显子SNP位点，明确HADHB基因的突变与肉牛的肉质性状显著相关，为进一步探究HADHB基因作为有效遗传标记的可信性提供了参考。
附图说明
[0015]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据提供的附图获得其他的附图。
[0016]图1为实施例1中HADHB基因外显子1PCR产物电泳图；
[0017]图2为实施例1中HADHB基因外显子1AA、AG和GG基因型的测序峰图；
[0018]图3为实施例1中HADHB基因外显子1氨基酸突变序列对比。
具体实施方式
[0019]下面结合实施例对本专利技术提供的技术方案进行详细的说明，但是不能把它们理解为对本专利技术保护范围的限定。
[0020]实施例1
[0021]1、材料与方法
[0022]1.1试验动物及样品采集
[0023]实验室采集吉林省犇福牛场96头健康的延黄牛肝脏组织样。每头采集肝脏组织约1.5g放入自封袋中，标记好牛号和时间带回实验室，组织样于
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80℃保存。取延黄牛背最长肌用来研究肉质性状，包括肌内脂肪含量、蛋白质含量、初水分含量、肉嫩度、解冻损失率、肉色、大理石花纹、眼肌面积、压榨损失率、熟肉率、蒸煮损失、离心损失率、滴水损失和PH值。
[0024]1.2主要仪器与试剂
[0025]基因组DNA小量制备试剂盒购自康宁生命科学(吴江)有限公司；PCR预混酶来源于北京康为世纪生物有限公司；PCR引物合成及测序服务由江苏金唯智生物科技公司提供。
[0026]1.3引物的设计与合成
[0027]在Ensembl genome browser中查找牛HADHB基因序列(登录号：NC 037008.1)，使用的转录本是基因ENSBIXG00000021795.1的产物。通过primer5.0设计引物，序列为
[0028]HADHB
‑
F1：5'
‑
TTAGCCGAAAACAAAGGAC
‑
3'(SEQ ID NO.2)；
[0029]HADHB
‑
R1：5'
‑
ATAGGCGACATCGTTGCTC
‑
3'(SEQ ID NO.3本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肉牛HADHB基因的SNP突变位点，其特征在于，所述突变位点位于HADHB基因第一外显子46bp处，类型为A/G突变。2.如权利要求1所述的肉牛HADHB基因的SNP突变位点，其特征在于，所述突变位点对应的基因型为AA、AG或GG。3.如权利要求2所述的肉牛HADHB基因的SNP突变位点，其特征在于，所述突变位点突变前后对应的氨基酸为苏氨酸变为丙氨酸。4.如权利要求2所述的肉牛HADHB基...

【专利技术属性】
技术研发人员：秦立红，王天禹，赵玉民，关诗羽，谷兴亮，李欣，曲磊，
申请(专利权)人：吉林省农业科学院，
类型：发明
国别省市：