本发明专利技术提供了一种豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点及其应用，包括6个SNP位点，各SNP位点前后碱基片段的序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.6所示。本发明专利技术提供的SNP分子标记可用于豹纹鳃棘鲈分子标记辅助育种，加快选育抗病豹纹鳃棘鲈品种，为豹纹鳃棘鲈的抗病选育工作提供参考依据。选育工作提供参考依据。选育工作提供参考依据。
【技术实现步骤摘要】
豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点及其应用
[0001]本专利技术属于水产生物育种领域，特别涉及豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点及其应用。
技术介绍
[0002]豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)，属鲈形目，鮨科，石斑鱼亚科，鳃棘鲈属，俗称东星斑。它主要分布于印度洋至太平洋之间的热带海域，海南东岸和南部海域均有分布，为热带珊瑚礁鱼类，数量稀少，其营养价值高，肉质鲜美，具有广阔的市场前景。我国海南具有适合豹纹鳃棘鲈生长的优越自然条件，其养殖产业发展迅速，目前已经进行养殖和人工育苗，苗种供不应求。
[0003]近几年，在石斑鱼养殖过程中发现病毒性神经坏死病危害严重，病毒性神经坏死病是由神经坏死病毒（nervous necrosis viral，NNV）感染所致，对石斑鱼危害最大的是赤点石斑神经坏死病毒基因型（Red spotted grouper NNV，RGNNV）。病毒主要影响石斑鱼苗种生产期的仔鱼和幼鱼，造成鱼脑和视网膜坏死和空泡化，继而发病使鱼苗死亡，发病时症状为厌食，眼球突出，鱼体失去平衡，侧身打转或不规则泳动等，感染死亡率在90％以上，最严重时可导致养殖鱼苗在一周内全部死亡，严重影响东星斑的产量。
[0004]目前对于神经坏死病毒没有有效的治疗方法，因此，开展抗病品种的培育，从而提高豹纹鳃棘鲈产量是较为经济有效的方式。SNP是指基因组中单个核苷酸的变异，是遗传变异的最常见形式之一。SNP位点的研究可以揭示不同个体之间的遗传差异，为遗传性状的研究提供重要的基础。在豹纹鳃棘鲈中，研究SNP位点与抗NNV性状的相关性，可以为豹纹鳃棘鲈的抗病育种提供重要的理论依据。因此，研究豹纹鳃棘鲈抗NNV的相关SNP位点，对于豹纹鳃棘鲈的养殖和疾病防控具有重要意义。目前，研究者已经鉴定出一些与石斑鱼抗NNV相关的SNP位点，但与豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点未见报道。
技术实现思路
[0005]鉴于现有技术的不足，本专利技术提供豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点及其应用，通过对抗性和易感豹纹鳃棘鲈幼鱼进行全基因组重测序并通过全基因组关联分析找出影响抗病的关键基因，获得具有育种价值的SNP分子标记。本专利技术方法鉴定出豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点，挖掘相关的候选基因，可以为培育抗病优质的石斑鱼品种提供技术支撑。
[0006]本专利技术技术方案如下：本专利技术的目的之一是提供一种豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点，包括6个SNP位点，各位点信息为：第1 SNP位点位于SEQ ID NO .1所示序列的第301位，其中第301位的碱基y是c（胞嘧啶）或t（胸腺嘧啶）；第2 SNP位点位于SEQ ID NO .2所示序列的第300位，其中第300位的碱基r是a（腺
嘌呤）或g（鸟嘌呤）；第3 SNP位点位于SEQ ID NO .3所示序列的第300位，其中第300位的碱基y是c（胞嘧啶）或t（胸腺嘧啶）；第4 SNP位点位于SEQ ID NO .4所示序列的第301位，其中第301位的碱基y是c（胞嘧啶）或t（胸腺嘧啶）；第5 SNP位点位于SEQ ID NO .5所示序列的第301位，其中第301位的碱基k是t（胸腺嘧啶）或g（鸟嘌呤）；第6 SNP位点位于SEQ ID NO .6所示序列的第301位，其中第301位的碱基s是c（胞嘧啶）或g（鸟嘌呤）。
[0007]进一步说明：当样本第1 SNP位点的基因型为TT，第2 SNP位点的基因型为AG，第3 SNP位点的基因型为TC，第4 SNP位点的基因型为CC，第5 SNP位点的基因型为GG或第6 SNP位点的基因型为CG时，该样本为抗神经坏死病毒的个体；当样本第1 SNP位点的基因型为CT，第2 SNP位点的基因型为GG，第3 SNP位点的基因型为CC，第4 SNP位点的基因型为TC，第5 SNP位点的基因型为TG或第6 SNP位点的基因型为GG时，该样本为易感神经坏死病毒的个体。
[0008]本专利技术的目的之二是提供一种用于检测所述豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒相关的SNP位点的引物组合，包括：用于检测第1 SNP位点的引物对，上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；用于检测第2 SNP位点的引物对，上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；用于检测第3 SNP位点的引物对，上游引物序列如SEQ ID NO.11所示，下游引物序列如SEQ ID NO.12所示；用于检测第4 SNP位点的引物对，上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；用于检测第5 SNP位点的引物对，上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID NO.16所示；用于检测第6 SNP位点的引物对，上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID NO.18所示。
[0009]本专利技术的目的之三是提供所述豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点或所述的引物组合在豹纹鳃棘鲈抗病品种选育中的应用。
[0010]进一步的，所述抗病品种为抗神经坏死病毒品种。
[0011]与现有技术相比，本专利技术的有益成果在于：本专利技术筛选出与豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒显著相关的SNP分子标记，定位到7个抗病相关基因，相关SNP分子标记及基因可用于豹纹鳃棘鲈分子标记辅助育种，加快选育抗病豹纹鳃棘鲈品种，为豹纹鳃棘鲈或其他养殖鱼类的抗病选育工作提供参考依据。
附图说明
[0012]图1是抗病组与易感组主成分分析图。
[0013]图2是抗病组与易感组全基因组关联分析曼哈顿图。
具体实施方式
[0014]为使本领域技术人员更好的理解本专利技术
技术实现思路
，下面结合具体实施例和附图对本专利技术做进一步的说明。
[0015]实施例1豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒的全基因组关联分析2022年5月，海南省东方市感城镇海南省晨海水厂有限公司养殖的豹纹鳃棘鲈幼鱼出现病毒性神经坏死病症状，例如：厌食，眼球突出，鱼体失去平衡，侧身打转或不规则泳动等。选择100尾感染病毒后死亡的豹纹鳃棘鲈幼鱼作为易感组，100尾稳定后存活的幼鱼作为抗病组，挑取易感组100尾和抗性组100尾，共200个幼鱼样品送至深圳华大公司进行测序，对易感组和抗病组进行基因组重测序和GWAS分析，通过联合探针锚定聚合技术（cPAS）进行测序，测序深度为5
×
。
[0016]1.1测序数据质控对测序获得的raw data（原始数据）进行质控，使用 SOAPnuke 软件进行过滤及质控，去除低质量、含N碱基多和有接头污染的reads，过滤后的高质量reads用于后续分析，对获得的clean data（有效数据）进行相关数据统计，包括测序数据量、Q20比例、Q30比例、GC含量等。
[0017]1.2基因组比对利用BWA软件 (bwa mem
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【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点，包括6个SNP位点，其特征在于：第1 SNP位点位于SEQ ID NO .1所示序列的第301位，其中第301位的碱基y是c或t；第2 SNP位点位于SEQ ID NO .2所示序列的第300位，其中第300位的碱基r是a或g；第3 SNP位点位于SEQ ID NO .3所示序列的第300位，其中第300位的碱基y是c或t；第4 SNP位点位于SEQ ID NO .4所示序列的第301位，其中第301位的碱基y是c或t；第5 SNP位点位于SEQ ID NO .5所示序列的第301位，其中第301位的碱基k是t或g；第6 SNP位点位于SEQ ID NO .6所示序列的第301位，其中第301位的碱基s是c或g。2.根据权利要求1所述豹纹鳃棘鲈抗神经坏死病毒性状相关的SNP位点，其特征在于：当样本第1 SNP位点的基因型为TT，第2 SNP位点的基因型为AG，第3 SNP位点的基因型为TC，第4 SNP位点的基因型为CC，第5 SNP位点的基因型为GG或第6 SNP位点的基因型为CG时，该样本为抗神经坏死病毒的个体；当样本第1 SNP位点的基因型为CT，第2 SNP位点的基因型为GG，第3 SNP位点的基因型为CC...
【专利技术属性】
技术研发人员：胡景杰，汪波，王靖雯，韦存，郭一兰，丁晖，王梦娅，吴绍轩，包振民，
申请(专利权)人：中国海洋大学三亚海洋研究院，
类型：发明
国别省市：
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