黄颡鱼的DNA指纹图谱及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种黄颡鱼的DNA指纹图谱及其应用。本发明专利技术所述的黄颡鱼的DNA指纹图谱，包括106个SNP位点，通过对四个不同地区(江苏长江南京段、黑龙江乌苏里江、湖北洪湖和内蒙古都西庙)的黄颡鱼进行重测序得到。用于黄颡鱼鉴定时，与传统的群体鉴定方法相比，本方法更加客观、准确、可靠。可靠。可靠。

【技术实现步骤摘要】
黄颡鱼的DNA指纹图谱及其应用


[0001]本专利技术涉及一种黄颡鱼的DNA指纹图谱及其应用，属于分子生物学领域。

技术介绍

[0002]黄颡鱼隶属于鲇形目、鲿科、黄颡鱼属，为广分布性鱼类，是长江中下游江河、湖泊中常见的经济鱼类。黄颡鱼个体较小，但肉质鲜美，近些年来需求量持续增长。根据2022渔业统计年鉴，2021年黄颡鱼养殖量为587,822吨，较2020年增长3.95％。为了了解黄颡鱼遗传背景、遗传结构以及群体之间的关系，就要对其进行群体区分。而仅从外观等表征上很难进行这项工作，因此制定更加精准的鉴定方法是十分有必要的。
[0003]基于DNA分子水平的鉴定技术正在快速发展，在DNA分子水平上，不同物种甚至是同一物种不同个体之间都能够得到很好的区分，目前DNA分子技术已被广泛地应用于属间、种间、品种间的分类鉴定和亲缘关系研究中。用于鱼类鉴定的DNA分子技术主要是SSR标记技术和SNP标记技术。其中SNP标记技术具有分布广、准确性高等优点。
[0004]目前，还未有通过SNP标记技术建立黄颡鱼DNA指纹图谱的相关报道。

技术实现思路

[0005]专利技术目的：本专利技术的目的是提供了一种用于鉴定黄颡鱼的DNA指纹图谱；本专利技术的另一目的是提供一种利用上述DNA指纹图谱鉴定黄颡鱼群体的鉴定方法。
[0006]技术方案：本专利技术所述的黄颡鱼的DNA指纹图谱，包括106个SNP位点，所述SNP位点及该处的特异性核苷酸如下：
[0007][0008][0009]本专利技术所述的一种上述黄颡鱼的DNA指纹图谱在鉴定黄颡鱼中的应用。
[0010]本专利技术所述的一种黄颡鱼的鉴定方法，包括以下步骤：检测待测鱼样本的基因组DNA中106个SNP位点处的核苷酸，并与权利要求1中所述的黄颡鱼的DNA指纹图谱中对应的
106个SNP位点处的特异性核苷酸相比较，符合率≥95％时，则待测样本鉴定为黄颡鱼群体。
[0011]进一步地，所述待测鱼样本为鱼的尾鳍组织。具体地，所述待测鱼的基因组DNA从待测鱼的新鲜尾鳍组织中获得。
[0012]进一步地，所述鉴定方法包括以下步骤：
[0013](1)对待测鱼样本进行DNA提取及重测序；
[0014](2)对重测序后数据进行SNP位点筛选；所述筛选条件为设置位点缺失率为0和MAF值≥0.1进行过滤；然后再提取位点上下游100bp的序列进行拷贝数分析，保留位点上下游序列在基因组上是唯一的位点；再通过过滤位点杂合率＜0.1和平均深度＞5的位点；最后按照间隔＞4Mb进行筛选位点，得到待测鱼样本的SNP位点；
[0015](3)将步骤(2)中得到的SNP位点处的核苷酸与权力要求1中限定的黄颡鱼的DNA指纹图谱中SNP位点相比较，符合率≥95％时，则待测样本鉴定为黄颡鱼群体。
[0016]进一步地，待测鱼样品鉴定为黄颡鱼群体后，还包括鉴定黄颡鱼具体生活地区的步骤。
[0017]进一步地，鉴定黄颡鱼具体生活地区的步骤为计算样本间遗传距离，与该专利技术中样本进行亲缘关系比较分析，最终鉴定黄颡鱼具体生活地区为江苏长江南京段、黑龙江乌苏里江、湖北洪湖或内蒙古都西庙之一。
[0018]江苏长江南京段、黑龙江乌苏里江、湖北洪湖和内蒙古都西庙这4个地区有着优质黄颡鱼种质资源，能为我国黄颡鱼新种质创制提供很好的育种材料。因此，本申请选择了利用这4个地理群体的黄颡鱼的DNA建立黄颡鱼的DNA指纹图谱。
[0019]进一步地，生活地区为江苏长江南京段的黄颡鱼的DNA指纹图谱为：
[0020][0021][0022]。
[0023]进一步地，生活地区为黑龙江乌苏里江的黄颡鱼的DNA指纹图谱为：
[0024][0025]。
[0026]进一步地，生活地区为湖北洪湖的黄颡鱼的DNA指纹图谱为：
[0027][0028]。
[0029]进一步地，生活地区为内蒙古都西庙的黄颡鱼的DNA指纹图谱为：
[0030][0031][0032]。
[0033]有益效果：与现有技术相比，本专利技术具有如下突出的显著优点：本申请通过对四个不同地区(长江江苏南京段、黑龙江乌苏里江、湖北洪湖和内蒙古都西庙)的黄颡鱼进行重测序，构建的黄颡鱼的DNA指纹图谱更加全面，能够更加有效的进行黄颡鱼种质识别，与传统的群体鉴定方法相比，本方法更加客观、准确、可靠，可以实现黄颡鱼种质资源的精准化管理和高效利用。
附图说明
[0034]图1为样本测序的质量分布图；
[0035]图2为测序碱基含量分布图；
[0036]图3为106个SNP在染色体上的存在情况；
[0037]图4为四个不同地理群体黄颡鱼的遗传距离关系；
[0038]图5为实施例2遗传距离关系。
具体实施方式
[0039]下面结合附图对本专利技术的技术方案作进一步说明。
[0040]本专利技术的研究过程及原理在于：广泛收集不同地理群体黄颡鱼，构建基于重测序后的黄颡鱼DNA数据库，在该数据库中筛选和过滤黄颡鱼特异性位点，基于特异性位点计算样本间亲缘关系并作系统进化树。具体步骤包括：1、广泛收集长江江苏南京段、黑龙江乌苏里江、湖北洪湖和内蒙古都西庙群体黄颡鱼；2、对收集的不同地理群体的黄颡鱼分别进行DNA提取，并对提取的DNA进行质量分析；3、对质控合格后的片段进行重测序；4、对重测序数据进行质量分布检测、碱基分布检测、污染检测；5、采用软件将各个样本的reads与参考基因组进行比对，设置合理的筛选过滤参数，构建黄颡鱼的特异位点(SNP位点)数据库；6、对SNP位点进行变异检测及统计。7、进行指纹图谱位点筛选；8、计算样本间亲缘关系并构建系统进化树；9、构建黄颡鱼SNP分子身份证。
[0041]实施例1黄颡鱼的DNA指纹图谱的建立
[0042]1、广泛收集不同地理群体黄颡鱼的尾鳍，其中江苏长江南京段地区16条，记为A1
‑
A16；黑龙江乌苏里江16条，记为B1
‑
B16；湖北洪湖13条，记为C1
‑
C13；内蒙古都西庙11条，记为D1
‑
D11。
[0043]2、对收集到的尾鳍组织使用DNA提取试剂盒进行提取及质量检测。
[0044]使用诺维赞公司的DNA提取试剂盒(FastPure Cell/Tissue DNA Isolation Mini Kit)进行DNA提取，根据说明书测OD值及浓度，并跑电泳检测质量后使用。其中OD
260
/OD
280
应在1.8
‑
2.0之间；样本量为2μl时，样本浓度需≥50ng/μl。对DNA质量检测不合格样本进行剔除：A2(OD
260
/OD
280
：0.854)、A8(OD
260
/OD
280
：1.274)、A9(OD
260
/OD
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种黄颡鱼的DNA指纹图谱，其特征在于，所述DNA指纹图谱包括106个SNP位点，所述SNP位点及该处的特异性核苷酸如下：
。2.一种权利要求1所述黄颡鱼的DNA指纹图谱在鉴定黄颡鱼中的应用。3.一种黄颡鱼的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：检测待测鱼样本的基因组DNA中106个SNP位点处的核苷酸，并与权利要求1中所述的黄颡鱼的DNA指纹图谱中对应的106个SNP位点处的特异性核苷酸相比较，符合率≥95％时，则待测鱼样本鉴定为黄颡鱼群体。4.根据权利要求2所述的黄颡鱼的鉴定方法，其特征在于，所述待测鱼样本为鱼的尾鳍组织。5.根据权利要求2所述的黄颡鱼的鉴定方法，其特征在于，所述鉴定方法包括以下步骤：(1)对待测鱼样本进行DNA提取及重测序；(2)对重测序后数据进行SNP位点筛选；所述筛选条件为设置位点缺失率为0和MAF值≥0.1进行过滤；然后再提取位点上下游100bp的序列进行拷贝数分析，保留位点上下游序列在基因组上是唯一的位点；再通过过滤位点杂合率＜0.1和平均深度＞5的位点；最后按照间隔＞4Mb进行筛选位点...

【专利技术属性】
技术研发人员：王涛，商如华，尹绍武，张莹，
申请(专利权)人：南京师范大学，
类型：发明
国别省市：