检测多主棒孢B-I280V突变的引物组合制造技术

本发明专利技术公开了检测多主棒孢B

【技术实现步骤摘要】
检测多主棒孢B
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I280V突变的引物组合


[0001]本专利技术涉及生物
中，检测多主棒孢B
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I280V突变的引物组合。

技术介绍

[0002]多主棒孢(Corynesporacassiicola)是一种全球性真菌，在世界各地均有报道。其寄主范围广泛，可为害葫芦科、茄科、豆科等蔬菜。由多主棒孢引起的黄瓜棒孢叶斑病已成为一种世界性病害，一般田间发病率为10％～25％，严重时可达60％～70％，甚至100％，造成严重的经济损失。由于多主棒孢具高度变异性，易产生抗药性，导致该病害很难防治。靶基因的点突变是多主棒孢对杀菌剂产生抗药性的重要机制之一，目前已报道B
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I280V、B
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H278Y/R/L、C
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S73P、C
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N75S、D
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S89P、D
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D95E、D
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H105R和D
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G109V等突变可导致多主棒孢对SDHIs杀菌剂产生不同水平的抗性，其中B
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I280V突变体低抗啶酰菌胺和吡噻菌胺，中抗氟吡菌酰胺和萎锈灵。此外，该突变体与田间野生型敏感菌株相比无适合度代价，并在华北地区逐渐发展为田间优势群体。因此，及时、快速检测该基因型在田间的发生，对该病害的科学防治尤为重要。
[0003]传统的病原菌抗性检测方法包括菌丝生长速率法、孢子萌发法、抑菌圈法等，但存在工作量大、工作周期长等缺点。随着分子生物技术的发展，多种分子检测手段应用于病原菌抗药性检测，如普通PCR(allele specific PCR,AS
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PCR)、实时荧光定量PCR(Real
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time PCR)、多重等位基因PCR(multiplex allele specific PCR,MAS
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PCR)等，但需要特定的PCR扩增仪、凝胶电泳仪和凝胶成像仪等，过程繁琐，且检测时间长，不能满足快速检测的要求。
[0004]2000年日本荣研化学株式会社研发了一种环介导等温扩增(LAMP)的新方法，该方法使用了一种链置换DNA聚合酶和针对靶基因6个区域设计4个特异性引物，在等温条件下即可高特异性、高效率快速扩增DNA，若添加环引物，扩增时间可缩短至原来的1/2～1/3。LAMP反应的结果观察有多种方式，可以通过浊度仪实时监测、凝胶电泳形成梯形条带，也可以通过添加不同类型的指示剂实现可视化。然而，目前针对多主棒孢B
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I280V突变的LAMP检测体系还未建立。

技术实现思路

[0005]本专利技术所要解决的技术问题是如何检测多主棒孢B
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I280V突变。
[0006]为解决上述技术问题，本专利技术首先提供了用于检测多主棒孢B
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I280V突变的引物组，所述引物组由引物FIP、引物BIP、引物F3、引物B3、引物LPF和引物LPB组成；
[0007]所述引物FIP为序列表的SEQ ID No.1所示的单链DNA分子；
[0008]所述引物BIP为序列表的SEQ ID No.2所示的单链DNA分子；
[0009]所述引物F3为序列表的SEQ ID No.3所示的单链DNA分子；
[0010]所述引物B3为序列表的SEQ ID No.4所示的单链DNA分子；
[0011]所述引物LPF为序列表的SEQ ID No.5所示的单链DNA分子；
[0012]所述引物LPB为序列表的SEQ ID No.6所示的单链DNA分子。
[0013]上述引物组中，各单链DNA可独立包装，也可包装在一起。所述引物FIP、所述引物BIP、所述引物F3、所述引物B3、所述引物LPF和所述引物LPB的摩尔比为8:8:1:1:4:4。
[0014]本专利技术还提供了所述引物组的应用，为如下(b1)至(b6)中的任意一种：
[0015](b1)在检测多主棒孢B
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I280V突变中的应用；
[0016](b2)在制备用于检测多主棒孢B
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I280V突变的试剂盒中的应用；
[0017](b3)在检测待测病原菌是否为B
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I280V突变多主棒孢中的应用；
[0018](b4)在制备用于检测待测病原菌是否为B
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I280V突变多主棒孢的试剂盒中的应用；
[0019](b5)在检测待测样本是否含有B
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I280V突变多主棒孢中的应用；
[0020](b6)在制备用于检测待测样本是否含有B
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I280V突变多主棒孢的试剂盒中的应用。
[0021]上述应用中，所述待测样本可为植物组织或病原菌。
[0022]本专利技术还提供了含有所述引物组的试剂盒；所述试剂盒的用途为如下(c1)或(c2)或(c3)：
[0023](c1)检测多主棒孢B
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I280V突变；
[0024](c2)检测待测病原菌是否为B
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I280V突变多主棒孢；
[0025](c3)检测待测样本是否含有B
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I280V突变多主棒孢。
[0026]上述试剂盒中，所述待测样本可为植物组织或病原菌。
[0027]本专利技术还提供了所述试剂盒在如下(c1)或(c2)或(c3)中的应用：
[0028](c1)检测多主棒孢B
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I280V突变；
[0029](c2)检测待测病原菌是否为B
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I280V突变多主棒孢；
[0030](c3)检测待测样本是否含有B
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I280V突变多主棒孢。
[0031]上述应用中，所述待测样本可为植物组织或病原菌。
[0032]本专利技术还提供了检测多主棒孢B
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I280V突变的方法，所述方法包括：以待测样本的基因组DNA为模板，利用所述引物组进行LAMP反应，反应结束后检测反应体系是否发生了阳性扩增；如发生了阳性扩增，所述待测样本为或候选为含有B
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I280V突变的多主棒孢，或所述待测样本含有或候选含有B
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I280V突变多主棒孢；如未发生阳性扩增，所述待测样本不为或候选不为含有B
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I280V突变的多主棒孢，或所述待测样本不含有或候选不含有B
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I280V突变多主棒孢。
[0033]本专利技术中，利用所述引物组进行LAMP反应的反应体系均可如下：所述引物FIP和所述引物BIP各1.6μM、所述引物F3和所述引物B3各0.2μM、所述引物LPF和所述引物LPB各0.8μM、1.4mM dNTPs、0.8M Betaine、20mM Tris
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HCl(pH8.8)、10mM KCl、10mM(NH4)2SO4、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测多主棒孢B
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I280V突变的引物组，由引物FIP、引物BIP、引物F3、引物B3、引物LPF和引物LPB组成；所述引物FIP为序列表的SEQ ID No.1所示的单链DNA分子；所述引物BIP为序列表的SEQ ID No.2所示的单链DNA分子；所述引物F3为序列表的SEQ ID No.3所示的单链DNA分子；所述引物B3为序列表的SEQ ID No.4所示的单链DNA分子；所述引物LPF为序列表的SEQ ID No.5所示的单链DNA分子；所述引物LPB为序列表的SEQ ID No.6所示的单链DNA分子。2.权利要求1所述引物组的应用，为如下(b1)至(b6)中的任意一种：(b1)在检测多主棒孢B
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I280V突变中的应用；(b2)在制备用于检测多主棒孢B
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I280V突变的试剂盒中的应用；(b3)在检测待测病原菌是否为B
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I280V突变多主棒孢中的应用；(b4)在制备用于检测待测病原菌是否为B
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I280V突变多主棒孢的试剂盒中的应用；(b5)在检测待测样本是否含有B
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I280V突变多主棒孢中的应用；(b6)在制备用于检测待测样本是否含有B
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I280V突变多主棒孢的试剂盒中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述待测样本为植物组织或病原菌。4.含有权利要求1所述引物组的试剂盒；所述试剂...

【专利技术属性】
技术研发人员：石延霞，李宝聚，朱广雪，孙炳学，谢学文，柴阿丽，李磊，范腾飞，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：