一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于参考基因组Maize B73genome sequences AGPv4的1号染色体267362668位的碱基处，多态性为C/G。本发明专利技术利用与玉米茎腐病抗性连锁的特异性SNP分子标记，并结合KASP检测技术，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定玉米茎腐病抗性材料，加快玉米茎腐病抗性新品种的选育进程。腐病抗性新品种的选育进程。

【技术实现步骤摘要】
一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于农业分子生物学领域，具体涉及一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]玉米茎腐病是由多种病原菌引起的一类病害，严重影响玉米的生产。全球有多达20种真菌或细菌可侵染玉米诱发茎腐病，分为5种类型，包括腐霉菌、赤霉菌、镰刀菌、炭疽菌和细菌。玉米茎腐病主要以腐霉菌和镰刀菌为主，其中镰刀菌是茎腐病的主要病原菌，而镰刀菌中以禾谷镰刀菌、层出镰刀菌和轮枝镰刀菌危害最为严重。病原菌主要侵染玉米根系及茎基部，造成茎基部腐烂，影响玉米的正常生长，最终导致产量降低。茎腐病发展迅速，危害严重，玉米一旦感染，轻者产量降低10％
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30％，严重时可达50％以上。目前，生产上常用化学药剂进行茎腐病的防治，农药的大量使用不仅污染环境，还会造成病原菌的抗药性，增加茎腐病的防治难度。
[0003]相比化学药剂防治，培育玉米抗茎腐病品种具有安全、环保等特点，在茎腐病防治方面具有突出优势。近年来，相关技术已克隆或定位出多个与茎腐病抗性相关的基因，为玉米抗茎腐病品种的选育提供了理论基础。玉米茎腐病的抗性鉴定需要人为接种病菌，易受环境影响，测定数据可能出现偏差。目前，可用于玉米茎腐病抗性品种选育的分子标记较少，并且这些分子标记需要繁琐的凝胶电泳检测，自动化程度低通量小，大大限制了玉米茎腐病抗性品种的选育进程。因此，开发玉米茎腐病抗性连锁KASP分子标记，可快速高通量的筛选抗病材料，加快新品种的选育进程，对减少玉米茎腐病带来的产量损失具有重要意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记。
[0005]本专利技术还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。
[0006]本专利技术还提出一种试剂盒。
[0007]本专利技术还提出一种基因芯片。
[0008]本专利技术还提出上述SNP分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。
[0009]本专利技术还提出上述SNP分子标记的检测方法。
[0010]根据本专利技术的第一方面实施方式的一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于参考基因组Maize B73 genome sequences AGPv4的1号染色体267362668位的碱基处，多态性为C/G。
[0011]根据本专利技术第二方面实施方式的用于扩增上述SNP分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。
[0012]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2
所示的核苷酸序列。
[0013]根据本专利技术的一些实施方式，所述SNP分子标记还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的通用引物序列。
[0014]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。
[0015]根据本专利技术第三方面实施方式，提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
[0016]根据本专利技术第四方面实施方式，提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。
[0017]根据本专利技术的第五方面实施方式，上述SNP分子标记、引物组、试剂盒或基因芯片的以下任一应用：
[0018](1)在玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1的基因型鉴定中的应用；
[0019](2)在检测玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1中的应用；
[0020](3)在鉴定及筛选具有茎腐病抗性的玉米中的应用；
[0021](4)在玉米分子标记辅助育种中的应用；
[0022](5)在玉米育种中的应用；
[0023](6)在制备玉米育种的产品中的应用。
[0024]根据本专利技术的第六方面实施方式，利用上述SNP分子标记检测玉米茎腐病抗性的方法，所述方法包括以下步骤：
[0025]S1、从玉米中提取基因组DNA；
[0026]S2、对步骤S1中提取的基因组DNA进行所述SNP分子标记的多态性检测，根据检测结果判断待测玉米的茎腐病抗性。
[0027]在本专利技术的一些实施方式中，只检测到引物Primer X所对应的碱基，判定测试的玉米材料不含有ZmAuxRP1茎腐病抗性基因，不具有茎腐病抗性；若只检测到引物Primer Y所对应的碱基，判定测试的玉米材料含有ZmAuxRP1茎腐病抗性基因，具有茎腐病抗性；若同时检测到Primer X与Primer Y对应的碱基，判定测试的玉米材料为杂合基因型，携带ZmAuxRP1茎腐病抗性基因，具有茎腐病抗性。
[0028]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S1中，玉米中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。
[0029]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S2中，用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术对SNP分子标记进行检测。
[0030]一种玉米育种方法，包括如下步骤：利用上述基因型的检测方法，选择具有茎腐病抗性的样品进行后续育种。
[0031]根据本专利技术的一些实施方式，至少具有如下有益效果：本专利技术利用与玉米茎腐病抗性连锁的特异性SNP分子标记，并结合KASP检测技术，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定玉米茎腐病抗性材料，加快玉米茎腐病抗性新品种的选育进程。
[0032]本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。
附图说明
[0033]下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步的说明，其中：
[0034]图1为本专利技术实施例1中的分子标记开发流程图；
[0035]图2为本专利技术实施例1中的标记Zm900003_K01在供受体样品中分型结果；
[0036]图3为本专利技术实施例1中的标记Zm900003_K01在8份样品中分型结果。
具体实施方式
[0037]以下将结合实施例对本专利技术的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充分地理解本专利技术的目的、特征和效果。显然，所描述的实施例只是本专利技术的一部分实施例，而不是全部实施例，基于本专利技术的实施例，本领域的技术人员在不付出创造性劳动的前提下所获得的其他实施例，均属于本专利技术保护的范围。实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到的试剂和材料。
[0038]本专利技术实施例：一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记
[0039]该分子标记的设计过程，如图1所示，相关研究表明，ZmAuxRP1基因具有禾谷镰刀菌茎腐病抗性，可用于玉米茎腐病抗性品种的改良。通过比对抗感品种本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与玉米茎腐病抗性基因ZmAuxRP1连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于参考基因组Maize B73 genome sequences AGPv4的1号染色体267362668位的碱基处，多态性为C/G。2.用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记的引物组。3.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。4.如权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。5.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组还包括通用引物，所述通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。6.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2
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5任一项所述的引物组。7.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2
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【专利技术属性】
技术研发人员：贾佩陇，李乐，闫治斌，罗致春，彭佩，汤曼卓，郭铭凯，田冰川，唐顺学，
申请(专利权)人：甘肃省敦煌种业集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：