一种用于鉴定芝麻株高的SNP分子标记及应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术领域，具体涉及一种用于鉴定芝麻株高的SNP分子标记及应用。本发明专利技术公开了一种SNP分子标记，可用于芝麻株高的鉴定，通过本发明专利技术提供的分子标记以及方法，可直接检测种子DNA，不受时间、环境等因素限制，节省芝麻株高鉴定的时间和投入，加快适机采芝麻品种的选育效率。品种的选育效率。

【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴定芝麻株高的SNP分子标记及应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种用于鉴定芝麻株高的SNP分子标记及应用。

技术介绍

[0002]芝麻是世界上广泛种植的健康、特色油料作物，含油量高达55％，有“油料皇后”之称。我国已经有2200多年的芝麻种植历史，至今依然是世界上重要的芝麻生产国和消费国，对全球芝麻产业的发展具有重要贡献(王瑞元，中国为全球芝麻产业的发展作出了重要贡献.中国油脂，2019.44(12):1
‑
2)。
[0003]株高是芝麻的重要农艺性状，传统的芝麻品种多为高大型，影响了产量的提升和机械化的实施。芝麻的株高受一对(或两对主基因)+多基因控制或多基因控制，主茎始蒴高度和主茎果轴长度是影响株高的主要因素。朱晓凤等以芝麻重组自交系为试验材料，构建了一张包含344对引物的遗传图谱，利用不同软件对株高多年多点数据进行了QTL定位。
[0004]SNP(Single nucleotide polymorphism)在基因组中数量最大、分布最广泛、多态性最好、构建高密度遗传图谱最理想的分子标记。高通量测序技术是进行高质量SNP开发的主要方法，而且随着测序成本的降低，SNP逐渐成为新一代广泛利用的分子标记。Wei等通过对705份芝麻材料测序，鉴定到5407981个SNP，关联到12个株高相关的高质量SNP标记。Wang等定位了41个株高相关QTL位点，为研究芝麻株型提供了更多的分子遗传学知识。然而，株高是一个复杂的数量性状，现有的分子标记难以为适机采芝麻新品种的选育提供技术支持。

技术实现思路

[0005]为解决上述问题，本专利技术提供了一种用于鉴定芝麻株高的SNP分子标记及应用。
[0006]本专利技术提供了一种与芝麻株高性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述SNP分子的突变位点位于芝麻LG8染色体的20818590bp处基因上，所述突变位点对应于LG8染色体的20818590bp处的T/C。
[0007]本专利技术提供了上述SNP分子标记在鉴定芝麻株高工作中的应用。
[0008]本专利技术还提供了一种鉴定芝麻株高性状的方法，其特征在于，利用如SEQ ID NO.1所示的SNP分子标记进行鉴定，芝麻LG8染色体的20818590bp处为C时，对应样本为高植株；芝麻LG8染色体的20818590bp处为T时，对应样本为中低植株。
[0009]本专利技术还提供了一种鉴定芝麻株高性状的引物组，为扩增所述SNP分子标记的PCR引物组。
[0010]本专利技术还提供了一种鉴定芝麻株高性状的试剂盒，包括扩增所述SNP分子标记的PCR引物组。
[0011]本专利技术还提供了一种鉴定芝麻株高性状的方法，用上述引物组对对芝麻基因组进行扩增。
analysis pipeline for pooled RNA
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seq[J].Genome Research,2013.23(4):687
‑
697.)。在进行ED方法分析时，本专利取原始ED的3次方作为关联值消除背景噪音。理论上，混池之间仅有目标性状相关的位点存在显著差异。因此，目标位点的ED值或ΔSNP
‑
index较大，该位点与目标性状的关联越紧密，其他位点的ED值及ΔSNP
‑
index趋向于0。选择两种算法所得结果的交集作为候选区域。最终在NC_026152.1染色体(LG8)上的20680000bp—20890000bp处发现一个与株高显著关联的染色体区段，其中部位置亲本间不同的20818590bp位置SNP上下游各50bp的碱基序列如表1所示，冀航芝1号的碱基为C，冀芝DW01的碱基为T。
[0025]表1目标位置的SNP数量和碱基位置
[0026][0027]6、SNP标记的验证与应用
[0028]以冀航芝1号为母本、冀芝DW01为父本构建了包含409个单株的F2群体(编号为1
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409)，调查群体的株高(PH)，利用CTAB法提取基因组DNA，检测合格后，利用ELSHIRE等(A robust,simple genotyping
‑
by
‑
sequencing(GBS)approach for high diversity species.PloS one,2011,6(5):e19379.)公布的Genotyping by sequencing(GBS)方法，检测F2群体单株目标位点的DNA序列，利用生物信息学技术和软件检测每个F2单株在目标SNP位置的碱基类型。首先根据编号将409个F2单株分为I(1
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200)和II(201
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409)两个验证群体。其次根据亲本SNP的基因型，分别将两个验证群体分为3个类群，即与冀航芝1号碱基类型相同的I
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A群和II
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A、与冀芝DW01碱基类型相同的I
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B群和II
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B、杂合型I
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H群和II
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H。根据分群结果，计算不同类群之间的株高平均值以及差异显著性。
[0029]差异显著性分析结果发现，两个验证群体中，与冀航芝1号碱基类型相同的类群(A)的株高最高，杂合型类群(H)的株高居中，与冀芝DW01碱基类型相同的类群(B)的株高最低，类群间株高的差异均达到极显著水平(图1)。
[0030]由此证明，所发现的SNP能够非常显著地区分芝麻株高，可以用于芝麻新品种选育过程的株高辅助鉴定。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与芝麻株高性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。2.一种如权利要求1所述的SNP分子标记在鉴定芝麻株高性状中的应用。3.一种利用如权利要求1所述SNP分子标记鉴定芝麻株高性状的方法，其特征在于，对芝麻基因组进行鉴定，芝麻LG8染色体的20818590bp处为C时，对应样本为高植株；芝麻LG...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔彦芹，郭元章，徐桂真，李思达，关中波，韩鹏，桑利民，耿青松，
申请(专利权)人：河北省农林科学院粮油作物研究所，
类型：发明
国别省市：